Synergistota เป็นไฟลัมของแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจน ที่แสดงการย้อม สีแกรมลบและมีรูปร่างเซลล์เป็นแท่ง/ไวบริออยด์[ 1 ] [ 2 ] แม้ว่า Synergistotaจะมีเยื่อหุ้มเซลล์แบบไดเดอร์ม[ 3 ] [ 4 ]แต่ยีนสำหรับโปรตีนต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ ลิโปโพลีแซคคาไรด์ ยังไม่ถูกตรวจพบใน Synergistota ซึ่งบ่งชี้ว่าพวกมันอาจมีเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอกที่ผิดปกติ[ 3 ] [ 4 ] Synergistota อาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมแบบไม่ใช้ออกซิเจนเป็นส่วนใหญ่ รวมถึงทางเดินอาหารของสัตว์ ดิน บ่อน้ำมัน และ โรง บำบัดน้ำเสียและยังพบได้ในบริเวณที่เป็นโรคของมนุษย์ เช่น ซีสต์ ฝี และบริเวณที่เป็นโรคปริทันต์[ 5 ] [ 6 ]เนื่องจากการปรากฏตัวในบริเวณที่เกี่ยวข้องกับโรค Synergistota จึงถูกเสนอว่าเป็นเชื้อก่อโรคฉวยโอกาส แต่ก็สามารถพบได้ในบุคคลที่มีสุขภาพดีในไมโครไบโอมของสะดือและในจุลินทรีย์ปกติของช่องคลอด [ 6 ] [ 7 ] สปีชีส์ในไฟลัมนี้ยังเกี่ยวข้องกับโรคปริทันต์ [ 8 ]การติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร และการติดเชื้อในเนื้อเยื่ออ่อน[ 6 ] สปีชีส์อื่นๆ จากไฟลัมนี้ได้รับการระบุว่าเป็นผู้มีส่วนสำคัญในการย่อยสลายตะกอนเพื่อผลิตก๊าซชีวภาพในเครื่องย่อยสลายแบบไม่ใช้ออกซิเจน และเป็นผู้ที่มีศักยภาพในการใช้ในการผลิตพลังงานหมุนเวียนผ่านการผลิตก๊าซไฮโดรเจน[ 9 ]สปีชีส์และสกุล Synergistota ที่รู้จักทั้งหมดในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของชั้นเดียว (Synergistia) อันดับเดียว (Synergistiales) และวงศ์เดียว (Synergistaceae) [ 2 ]
จีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบและลักษณะเฉพาะระดับโมเลกุล
การวิเคราะห์เปรียบเทียบจีโนม Synergistota ที่ได้รับการจัดลำดับเมื่อเร็ว ๆ นี้ นำไปสู่การระบุอินเดลลายเซ็นที่อนุรักษ์ไว้ จำนวนมาก (CSIs) ในลำดับโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับสปีชีส์ Synergistota ทั้งหมดที่ได้รับการจัดลำดับ หรือกลุ่มย่อยบางกลุ่มที่สังเกตได้ในแผนภูมิวิวัฒนาการ [ 10 ] ในบรรดา CSIs ที่ระบุได้ 32 รายการอยู่ในโปรตีนที่กระจายอย่างกว้างขวาง เช่น RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA เป็นต้น รวมถึงการแทรกขนาดใหญ่ >300 aa ในโปรตีน RpoC ซึ่งพบในสปีชีส์ Synergistota ต่างๆ แต่ยกเว้นแบคทีเรียที่แยกได้ CSIs เหล่านี้จะไม่พบในโปรตีนโฮโมล็อกจากสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ทั้งหมด CSIs เหล่านี้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลใหม่สำหรับการจำแนกสปีชีส์ Synergistota จากแบคทีเรียอื่นๆ ทั้งหมด[ 10 ] CSI อีกเจ็ดรายการในโปรตีนสำคัญ รวมถึงกรดอะมิโน 13 ตัวใน RpoB พบว่ามีอยู่เฉพาะใน สายพันธุ์ Jonquetella , PyramidobacterและDethiosulfovibrioซึ่งบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดและเฉพาะเจาะจงระหว่างแบคทีเรียเหล่านี้ ซึ่งได้รับการสนับสนุนอย่างแข็งแกร่งจากแผนภูมิวิวัฒนาการ CSI เพิ่มเติมอีก 15 รายการที่มีอยู่เฉพาะในJonquetellaและPyramidobacterบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่างสองสายพันธุ์นี้[ 10 ]สุดท้าย ความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่าง สายพันธุ์ AminomonasและThermanaerovibrioยังได้รับการสนับสนุนจาก CSI ที่ระบุได้ 9 รายการ เครื่องหมายโมเลกุลที่ระบุได้เหล่านี้เป็นวิธีการที่เชื่อถือได้สำหรับการแบ่งสายพันธุ์จากไฟลัม Synergistota ออกเป็นลำดับชั้นทางอนุกรมวิธานระดับกลาง เช่น วงศ์และอันดับ[ 10 ]
วิวัฒนาการ
| LTPที่ใช้ 16S rRNA _10_2024 [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] | โปรตีนมาร์กเกอร์ 120 ตัวตามGTDB 10-RS226 [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] |
|---|
| ไซเนอร์จิสโตตา | | | | | | อามินิวิบริโอเนซี | | | | Dethiosulfovibrionaceae | | | | | | เดธิโอซัลโฟไวบริโอ | | D. salsuginis Díaz-Cárdenas และคณะ 2010 | | | | | D. faecalis Grabowski et al. 2022 | | | D. peptidovorans Magot et al. 1997 (ชนิดต้นแบบ) | |
| | | | D. marinus Surkov และคณะ 2001 | | | | D. acidaminovorans Surkov และคณะ 2544 | | | D. russensis Surkov และคณะ 2544 | |
| |
| |
| |
| |
| |
| |
| |
| |
| | ไซเนอร์จิสโตตา | | | | | | | | | | | | | | อะมิโนแบคทีเรียซี | | | | Dethiosulfovibrionaceae | | |
| |
| |
| |
| |
|
