กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 4 นาที

ไซเนอร์จิสโตตา

คลาสแบคทีเรียโมโนไทป์/การเปลี่ยนเส้นทางที่สามารถพิมพ์ได้/เปลี่ยนเส้นทางไปยังแท็กซ่า monotypic ของแบคทีเรีย/ซินเนอร์จิสโตตา

Synergistota เป็นไฟลัมของแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจน ที่แสดงการย้อม สีแกรมลบและมีรูปร่างเซลล์เป็นแท่ง/ไวบริออยด์ แม้ว่า Synergistotaจะมีเยื่อหุ้มเซลล์แบบไดเดอร์ม...

ไซเนอร์จิสโตตา

ไซเนอร์จิสโตตา
การจำแนกทางวิทยาศาสตร์แก้ไขการจัดหมวดหมู่นี้
โดเมน: แบคทีเรีย
อาณาจักร: เทอร์โมโทกาติ
ไฟลัม: Synergistota Jumas-Bilak และคณะ 2552
ระดับ: Synergistia Jumas-Bilak และคณะ 2552
คำสั่ง: Synergistales Jumas-Bilak และคณะ 2552
ครอบครัว
  • อะซิโตไมโครไบโอซี
  • อามินิฟิลาซี
  • อามินิธิโอฟิลาซี
  • อะมิโนแบคทีเรียซี
  • Dethiosulfovibrionaceae
  • ไซเนอร์จิสทีซี
  • เทอร์โมซินเนอร์จิสทีซี
  • เทอร์โมเวอร์จีซี
คำพ้องความหมาย
  • "Synergistaeota" Oren และคณะ 2558
  • "การทำงานร่วมกัน" Jumas-Bilak และคณะ 2552
  • "ซินเนอร์จิสโตตา" วิทแมน และคณะ 2018

Synergistota เป็นไฟลัมของแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจน ที่แสดงการย้อม สีแกรมลบและมีรูปร่างเซลล์เป็นแท่ง/ไวบริออยด์[ 1 ] [ 2 ] แม้ว่า Synergistotaจะมีเยื่อหุ้มเซลล์แบบไดเดอร์ม[ 3 ] [ 4 ]แต่ยีนสำหรับโปรตีนต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ ลิโปโพลีแซคคาไรด์ ยังไม่ถูกตรวจพบใน Synergistota ซึ่งบ่งชี้ว่าพวกมันอาจมีเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอกที่ผิดปกติ[ 3 ] [ 4 ] Synergistota อาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมแบบไม่ใช้ออกซิเจนเป็นส่วนใหญ่ รวมถึงทางเดินอาหารของสัตว์ ดิน บ่อน้ำมัน และ โรง บำบัดน้ำเสียและยังพบได้ในบริเวณที่เป็นโรคของมนุษย์ เช่น ซีสต์ ฝี และบริเวณที่เป็นโรคปริทันต์[ 5 ] [ 6 ]เนื่องจากการปรากฏตัวในบริเวณที่เกี่ยวข้องกับโรค Synergistota จึงถูกเสนอว่าเป็นเชื้อก่อโรคฉวยโอกาส แต่ก็สามารถพบได้ในบุคคลที่มีสุขภาพดีในไมโครไบโอมของสะดือและในจุลินทรีย์ปกติของช่องคลอด [ 6 ] [ 7 ] ปีชีส์ในไฟลัมนี้ยังเกี่ยวข้องกับโรคปริทันต์ [ 8 ]การติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร และการติดเชื้อในเนื้อเยื่ออ่อน[ 6 ] ปีชีส์อื่นๆ จากไฟลัมนี้ได้รับการระบุว่าเป็นผู้มีส่วนสำคัญในการย่อยสลายตะกอนเพื่อผลิตก๊าซชีวภาพในเครื่องย่อยสลายแบบไม่ใช้ออกซิเจน และเป็นผู้ที่มีศักยภาพในการใช้ในการผลิตพลังงานหมุนเวียนผ่านการผลิตก๊าซไฮโดรเจน[ 9 ]สปีชีส์และสกุล Synergistota ที่รู้จักทั้งหมดในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของชั้นเดียว (Synergistia) อันดับเดียว (Synergistiales) และวงศ์เดียว (Synergistaceae) [ 2 ]

จีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบและลักษณะเฉพาะระดับโมเลกุล

การวิเคราะห์เปรียบเทียบจีโนม Synergistota ที่ได้รับการจัดลำดับเมื่อเร็ว ๆ นี้ นำไปสู่การระบุอินเดลลายเซ็นที่อนุรักษ์ไว้ จำนวนมาก (CSIs) ในลำดับโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับสปีชีส์ Synergistota ทั้งหมดที่ได้รับการจัดลำดับ หรือกลุ่มย่อยบางกลุ่มที่สังเกตได้ในแผนภูมิวิวัฒนาการ [ 10 ] ในบรรดา CSIs ที่ระบุได้ 32 รายการอยู่ในโปรตีนที่กระจายอย่างกว้างขวาง เช่น RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA เป็นต้น รวมถึงการแทรกขนาดใหญ่ >300 aa ในโปรตีน RpoC ซึ่งพบในสปีชีส์ Synergistota ต่างๆ แต่ยกเว้นแบคทีเรียที่แยกได้ CSIs เหล่านี้จะไม่พบในโปรตีนโฮโมล็อกจากสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ทั้งหมด CSIs เหล่านี้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลใหม่สำหรับการจำแนกสปีชีส์ Synergistota จากแบคทีเรียอื่นๆ ทั้งหมด[ 10 ] CSI อีกเจ็ดรายการในโปรตีนสำคัญ รวมถึงกรดอะมิโน 13 ตัวใน RpoB พบว่ามีอยู่เฉพาะใน สายพันธุ์ Jonquetella , PyramidobacterและDethiosulfovibrioซึ่งบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดและเฉพาะเจาะจงระหว่างแบคทีเรียเหล่านี้ ซึ่งได้รับการสนับสนุนอย่างแข็งแกร่งจากแผนภูมิวิวัฒนาการ CSI เพิ่มเติมอีก 15 รายการที่มีอยู่เฉพาะในJonquetellaและPyramidobacterบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่างสองสายพันธุ์นี้[ 10 ]สุดท้าย ความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่าง สายพันธุ์ AminomonasและThermanaerovibrioยังได้รับการสนับสนุนจาก CSI ที่ระบุได้ 9 รายการ เครื่องหมายโมเลกุลที่ระบุได้เหล่านี้เป็นวิธีการที่เชื่อถือได้สำหรับการแบ่งสายพันธุ์จากไฟลัม Synergistota ออกเป็นลำดับชั้นทางอนุกรมวิธานระดับกลาง เช่น วงศ์และอันดับ[ 10 ]

วิวัฒนาการ

LTPที่ใช้ 16S rRNA _10_2024 [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]โปรตีนมาร์กเกอร์ 120 ตัวตามGTDB 10-RS226 [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ]
ไซเนอร์จิสโตตา
อามินิธิโอฟิลาซี

Aminithiophilus ramosus Pradel และคณะ 2023

เทอร์โมเวอร์จีซี

Thermovirga lienii Dahle และ Birkeland 2006

เทอร์โมซินเนอร์จิสทีซี

Thermosynergistes pyruvativorans Yang และคณะ 2021

อะซีโตมิโครโบซี
อะซิโตมิโคเบียม

A. flavidum Soutschek et al. 1985

A. mobile (Menes & Muxi 2002) Ben Hania และคณะ 2559

A. ไฮโดรเจนนิฟอร์แมนส์ (Maune & Tanner 2012) Ben Hania และคณะ 2559

A. thermoterrenum (Rees และคณะ 1997) Ben Hania และคณะ 2559

อามินิฟิลาซี

Aminiphilus circumscriptus Díaz และคณะ 2550

ไซเนอร์จิสทีซี

อะมิโนโมแนส paucivorans Baena และคณะ 1999

เทอร์มาเนโรไวบริโอ

T. acidaminovorans (Guangsheng และคณะ 1997) Baena และคณะ 1999

ต. velox Zavarzina และคณะ 2000

Synergistes jonesii Allison และคณะ 1993

โคลอาซิบาซิลลัส

C. evryensis Ganesan และคณะ 2551

C. porcorum Looft et al. 2013

อามินิวิบริโอเนซี

Lactivibrio แอลกอฮอล์ Qiu และคณะ 2014

อะมินิวิบริโอ ไพรูวาติฟิลัสฮอนด้า และคณะ 2013

Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013

อะมิโนแบคทีเรียม

ก. ธันนาเรียมฮัมดี และคณะ 2558

A. colombiense Baena และคณะ 1999 (แบบ sp.)

A. โทรศัพท์มือถือ Baena และคณะ 2000

Dethiosulfovibrionaceae

Jonquetella anthropi Jumas-Bilak และคณะ 2550

Rarimicrobium hominis Jumas-Bilak และคณะ 2558

ไพริมาโดแบคเตอร์

P. piscolens Downes และคณะ 2552

P. porci Wylensek et al. 2021

เดธิโอซัลโฟไวบริโอ

D. salsuginis Díaz-Cárdenas และคณะ 2010

D. faecalis Grabowski et al. 2022

D. peptidovorans Magot et al. 1997 (ชนิดต้นแบบ)

D. marinus Surkov และคณะ 2001

D. acidaminovorans Surkov และคณะ 2544

D. russensis Surkov และคณะ 2544

ไซเนอร์จิสโตตา
เทอร์โมซินเนอร์จิสทีซี

Thermosynergistes pyruvativorans

อะซิโตไมโครไบโอซี
เทอร์โมเวอร์จีซี

เทอร์โมเวอร์กา ลีนี

อามินิธิโอฟิลาซี

อะมินิไธโอฟิลัส ราโมซัส

อามินิฟิลาซี

อามินิฟิลัส เซอร์คัมสคริปตัส

ไซเนอร์จิสทีซี
อะมิโนแบคทีเรียซี

อามินิวิบริโอ ไพรูวาติฟิลัส

เฟรติแบคทีเรียม ฟาสทิดิโอซัม

Dethiosulfovibrionaceae

จอนเควเทลลา แอนโทรปี

ไพริมาโดแบคเตอร์

พี.พิสโคเลนส์

พี. พอร์ซี

เดธิโอซัลโฟไวบริโอ

ดี. ซัลซูกินิส

ดี. เฟคาลิส

ดี. เปปติโดโวแรนส์

ดี. รัสเซนซิส

อนุกรมวิธาน

อนุกรมวิธานที่ยอมรับในปัจจุบันนั้นอิงตามรายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LSPN) [ 17 ]และศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) [ 18 ]

  • ไฟลัมSynergistota Jumas-Bilak และคณะ 2021
    • คลาสSynergistia Jumas-Bilak และคณะ 2552
      • สั่งซื้อSynergistales Jumas-Bilak และคณะ 2552
        • สกุล " Pacaella " Ndongo และคณะ 2017
          • สปีชีส์ ?” P. MassiliensisNdongo และคณะ. 2017
        • สกุล " Candidatus Tammella " Hongoh et al. 2550
          • ชนิด ?" Ca. T. caduceiae " Hongoh et al. 2550
        • วงศ์Aminithiophilaceae Pradel และคณะ 2023
          • สกุลAminithiophilus Pradel และคณะ 2023
        • วงศ์Acetomicrobiaceae Pradel และคณะ 2023
          • สกุลAcetomicrobium Soutschek และคณะ 1985 [ Anaerobaculum Rees และคณะ 1997 ]
        • วงศ์Aminiphilaceae Pradel และคณะ 2023
          • สกุล " Aminirhabdus " corrig. หลิวและคณะ 2021 [" อามินิร็อด " (sic]
            • สายพันธุ์ ?" A. propionatiphilus " corrig. หลิวและคณะ 2021
          • สกุลAminiphilus Díaz และคณะ 2550
        • วงศ์Aminobacteriaceae Pradel และคณะ 2023
        • วงศ์Dethiosulfovibrionaceae Pradel และคณะ 2023
          • สกุลDethiosulfovibrio Magot และคณะ 1997
          • สกุลJonquetella Jumas-Bilak และคณะ 2550
          • สกุลPyramidobacter Downes และคณะ 2009
          • สกุลRarimicrobium Jumas-Bilak และคณะ 2558
        • วงศ์Synergistaceae Jumas-Bilak และคณะ 2009 [วงศ์ Clostridiales วงศ์ที่ XV; วงศ์ Thermosynergistaceae Yang และคณะ 2021 ]
          • สกุลAminomonas Baena และคณะ 1999
          • สกุล " Candidatus Caccocola " Gilroy และคณะ 2021
          • สกุล ? Caenicola El Houari และคณะ 2025
          • สกุลCloacibacillus Ganesan และคณะ 2551 แก้ไข ลอฟต์ และคณะ 2013
          • สกุล " Candidatus Equadaptatus " Gilroy และคณะ 2022
            • ชนิด " Ca. E. faecalis " Gilroy et al. 2022
          • สกุลSynergistes Allison et al. 1993
          • สกุลThermanaerovibrio Baena และคณะ ปี 1999 ปาลาเนียปปัน และคณะ 2013
        • วงศ์Thermosynergistaceaeหยางและคณะ 2021
          • ประเภทThermosynergistes Yang และคณะ 2021
        • วงศ์Thermovirgaceae Pradel และคณะ 2023
ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Synergistota&oldid=1339141727 "

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ไซเนอร์จิสโตตา

Synergistota เป็นไฟลัมของแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจน ที่แสดงการย้อม สีแกรมลบและมีรูปร่างเซลล์เป็นแท่ง/ไวบริออยด์ แม้ว่า Synergistotaจะมีเยื่อหุ้มเซลล์แบบไดเดอร์ม...

จีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบและลักษณะเฉพาะระดับโมเลกุล

การวิเคราะห์เปรียบเทียบจีโนม Synergistota ที่ได้รับการจัดลำดับเมื่อเร็ว ๆ นี้ นำไปสู่การระบุ อินเดลลายเซ็นที่อนุรักษ์ไว้ จำนวนมาก (CSIs) ในลำดับโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับสปีชีส์ Synergistota ทั้งหมดที่ได้รับการจัดลำดับ หรือกลุ่มย่อยบางกลุ่มที่สังเกตได้ใน...

วิวัฒนาการ

Aminithiophilus ramosus Pradel และคณะ 2023

อนุกรมวิธาน

อนุกรมวิธานที่ยอมรับในปัจจุบันนั้นอิงตาม รายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LSPN) [ 17 ] และ ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) [ 18 ]