Synergistota เป็นไฟลัมของแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจน ที่แสดงการย้อม สีแกรมลบและมีรูปร่างเซลล์เป็นแท่ง/ไวบริออยด์[ 1 ] [ 2 ] แม้ว่า Synergistotaจะมีเยื่อหุ้มเซลล์แบบไดเดอร์ม[ 3 ] [ 4 ]แต่ยีนสำหรับโปรตีนต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ ลิโปโพลีแซคคาไรด์ ยังไม่ถูกตรวจพบใน Synergistota ซึ่งบ่งชี้ว่าพวกมันอาจมีเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอกที่ผิดปกติ[ 3 ] [ 4 ] Synergistota อาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมแบบไม่ใช้ออกซิเจนเป็นส่วนใหญ่ รวมถึงทางเดินอาหารของสัตว์ ดิน บ่อน้ำมัน และ โรง บำบัดน้ำเสียและยังพบได้ในบริเวณที่เป็นโรคของมนุษย์ เช่น ซีสต์ ฝี และบริเวณที่เป็นโรคปริทันต์[ 5 ] [ 6 ]เนื่องจากการปรากฏตัวในบริเวณที่เกี่ยวข้องกับโรค Synergistota จึงถูกเสนอว่าเป็นเชื้อก่อโรคฉวยโอกาส แต่ก็สามารถพบได้ในบุคคลที่มีสุขภาพดีในไมโครไบโอมของสะดือและในจุลินทรีย์ปกติของช่องคลอด [ 6 ] [ 7 ] สปีชีส์ในไฟลัมนี้ยังเกี่ยวข้องกับโรคปริทันต์ [ 8 ]การติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร และการติดเชื้อในเนื้อเยื่ออ่อน[ 6 ] สปีชีส์อื่นๆ จากไฟลัมนี้ได้รับการระบุว่าเป็นผู้มีส่วนสำคัญในการย่อยสลายตะกอนเพื่อผลิตก๊าซชีวภาพในเครื่องย่อยสลายแบบไม่ใช้ออกซิเจน และเป็นผู้ที่มีศักยภาพในการใช้ในการผลิตพลังงานหมุนเวียนผ่านการผลิตก๊าซไฮโดรเจน[ 9 ]สปีชีส์และสกุล Synergistota ที่รู้จักทั้งหมดในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของชั้นเดียว (Synergistia) อันดับเดียว (Synergistiales) และวงศ์เดียว (Synergistaceae) [ 2 ]
จีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบและลักษณะเฉพาะระดับโมเลกุล
การวิเคราะห์เปรียบเทียบจีโนม Synergistota ที่ได้รับการจัดลำดับเมื่อเร็ว ๆ นี้ นำไปสู่การระบุอินเดลลายเซ็นที่อนุรักษ์ไว้ จำนวนมาก (CSIs) ในลำดับโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับสปีชีส์ Synergistota ทั้งหมดที่ได้รับการจัดลำดับ หรือกลุ่มย่อยบางกลุ่มที่สังเกตได้ในแผนภูมิวิวัฒนาการ [ 10 ] ในบรรดา CSIs ที่ระบุได้ 32 รายการอยู่ในโปรตีนที่กระจายอย่างกว้างขวาง เช่น RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA เป็นต้น รวมถึงการแทรกขนาดใหญ่ >300 aa ในโปรตีน RpoC ซึ่งพบในสปีชีส์ Synergistota ต่างๆ แต่ยกเว้นแบคทีเรียที่แยกได้ CSIs เหล่านี้จะไม่พบในโปรตีนโฮโมล็อกจากสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ทั้งหมด CSIs เหล่านี้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลใหม่สำหรับการจำแนกสปีชีส์ Synergistota จากแบคทีเรียอื่นๆ ทั้งหมด[ 10 ] CSI อีกเจ็ดรายการในโปรตีนสำคัญ รวมถึงกรดอะมิโน 13 ตัวใน RpoB พบว่ามีอยู่เฉพาะใน สายพันธุ์ Jonquetella , PyramidobacterและDethiosulfovibrioซึ่งบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดและเฉพาะเจาะจงระหว่างแบคทีเรียเหล่านี้ ซึ่งได้รับการสนับสนุนอย่างแข็งแกร่งจากแผนภูมิวิวัฒนาการ CSI เพิ่มเติมอีก 15 รายการที่มีอยู่เฉพาะในJonquetellaและPyramidobacterบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่างสองสายพันธุ์นี้[ 10 ]สุดท้าย ความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่าง สายพันธุ์ AminomonasและThermanaerovibrioยังได้รับการสนับสนุนจาก CSI ที่ระบุได้ 9 รายการ เครื่องหมายโมเลกุลที่ระบุได้เหล่านี้เป็นวิธีการที่เชื่อถือได้สำหรับการแบ่งสายพันธุ์จากไฟลัม Synergistota ออกเป็นลำดับชั้นทางอนุกรมวิธานระดับกลาง เช่น วงศ์และอันดับ[ 10 ]
วิวัฒนาการ
| LTPที่ใช้ 16S rRNA _10_2024 [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] | โปรตีนมาร์กเกอร์ 120 ตัวตามGTDB 10-RS226 [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] |
|---|
| ไซเนอร์จิสโตตา | | | | อามินิธิโอฟิลาซี | Aminithiophilus ramosus Pradel และคณะ 2023 | |
| | | | | | เทอร์โมเวอร์จีซี | Thermovirga lienii Dahle และ Birkeland 2006 | |
| | | | เทอร์โมซินเนอร์จิสทีซี | Thermosynergistes pyruvativorans Yang และคณะ 2021 | | | อะซีโตมิโครโบซี | | |
| |
| | | | อามินิฟิลาซี | Aminiphilus circumscriptus Díaz และคณะ 2550 | | | ไซเนอร์จิสทีซี | | |
| |
| |
| | | | อามินิวิบริโอเนซี | | | Lactivibrio แอลกอฮอล์ Qiu และคณะ 2014 | | | | อะมินิวิบริโอ ไพรูวาติฟิลัสฮอนด้า และคณะ 2013 | | | Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013 | |
| |
| | | | |
| | | Dethiosulfovibrionaceae | | | Jonquetella anthropi Jumas-Bilak และคณะ 2550 | | | | Rarimicrobium hominis Jumas-Bilak และคณะ 2558 | | | | |
| |
| | | | เดธิโอซัลโฟไวบริโอ | | D. salsuginis Díaz-Cárdenas และคณะ 2010 | | | | | D. faecalis Grabowski et al. 2022 | | | D. peptidovorans Magot et al. 1997 (ชนิดต้นแบบ) | |
| | | | D. marinus Surkov และคณะ 2001 | | | | D. acidaminovorans Surkov และคณะ 2544 | | | D. russensis Surkov และคณะ 2544 | |
| |
| |
| |
| |
| |
| |
| |
| |
| | ไซเนอร์จิสโตตา | | | เทอร์โมซินเนอร์จิสทีซี | Thermosynergistes pyruvativorans | | | อะซิโตไมโครไบโอซี | | |
| | | | | เทอร์โมเวอร์จีซี | เทอร์โมเวอร์กา ลีนี | |
| | | | | | อามินิธิโอฟิลาซี | อะมินิไธโอฟิลัส ราโมซัส | |
| | | | อามินิฟิลาซี | อามินิฟิลัส เซอร์คัมสคริปตัส | | | ไซเนอร์จิสทีซี | | | | | | " Ca. Equadaptatus faecalis " | | | | |
| |
| |
| |
| | | | อะมิโนแบคทีเรียซี | | | อามินิวิบริโอ ไพรูวาติฟิลัส | | | เฟรติแบคทีเรียม ฟาสทิดิโอซัม | |
| | | | |
| | | Dethiosulfovibrionaceae | | |
| |
| |
| |
| |
|
อนุกรมวิธาน
อนุกรมวิธานที่ยอมรับในปัจจุบันนั้นอิงตามรายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LSPN) [ 17 ]และศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) [ 18 ]
- ไฟลัมSynergistota Jumas-Bilak และคณะ 2021
- คลาสSynergistia Jumas-Bilak และคณะ 2552
- สั่งซื้อSynergistales Jumas-Bilak และคณะ 2552
- สกุล " Pacaella " Ndongo และคณะ 2017
- สปีชีส์ ?” P. Massiliensis “ Ndongo และคณะ. 2017
- สกุล " Candidatus Tammella " Hongoh et al. 2550
- ชนิด ?" Ca. T. caduceiae " Hongoh et al. 2550
- วงศ์Aminithiophilaceae Pradel และคณะ 2023
- สกุลAminithiophilus Pradel และคณะ 2023
- วงศ์Acetomicrobiaceae Pradel และคณะ 2023
- สกุลAcetomicrobium Soutschek และคณะ 1985 [ Anaerobaculum Rees และคณะ 1997 ]
- วงศ์Aminiphilaceae Pradel และคณะ 2023
- สกุล " Aminirhabdus " corrig. หลิวและคณะ 2021 [" อามินิร็อด " (sic]
- สายพันธุ์ ?" A. propionatiphilus " corrig. หลิวและคณะ 2021
- สกุลAminiphilus Díaz และคณะ 2550
- วงศ์Aminobacteriaceae Pradel และคณะ 2023
- วงศ์Dethiosulfovibrionaceae Pradel และคณะ 2023
- สกุลDethiosulfovibrio Magot และคณะ 1997
- สกุลJonquetella Jumas-Bilak และคณะ 2550
- สกุลPyramidobacter Downes และคณะ 2009
- สกุลRarimicrobium Jumas-Bilak และคณะ 2558
- วงศ์Synergistaceae Jumas-Bilak และคณะ 2009 [วงศ์ Clostridiales วงศ์ที่ XV; วงศ์ Thermosynergistaceae Yang และคณะ 2021 ]
- สกุลAminomonas Baena และคณะ 1999
- สกุล " Candidatus Caccocola " Gilroy และคณะ 2021
- สกุล ? Caenicola El Houari และคณะ 2025
- สกุลCloacibacillus Ganesan และคณะ 2551 แก้ไข ลอฟต์ และคณะ 2013
- สกุล " Candidatus Equadaptatus " Gilroy และคณะ 2022
- ชนิด " Ca. E. faecalis " Gilroy et al. 2022
- สกุลSynergistes Allison et al. 1993
- สกุลThermanaerovibrio Baena และคณะ ปี 1999 ปาลาเนียปปัน และคณะ 2013
- วงศ์Thermosynergistaceaeหยางและคณะ 2021
- ประเภทThermosynergistes Yang และคณะ 2021
- วงศ์Thermovirgaceae Pradel และคณะ 2023