ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานคือฐานข้อมูลที่สร้างขึ้นเพื่อเก็บข้อมูลเกี่ยวกับอนุกรมวิธาน ทางชีวภาพ – ตัวอย่างเช่น กลุ่มสิ่งมีชีวิตที่จัดเรียงตามชื่อสปีชีส์หรือตัวระบุอนุกรมวิธานอื่นๆ – เพื่อการจัดการข้อมูลและการค้นหาข้อมูล อย่างมีประสิทธิภาพ ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานถูกนำมาใช้เป็นประจำสำหรับการสร้างรายการตรวจสอบทางชีวภาพโดยอัตโนมัติ เช่นพืชและสัตว์ทั้งสำหรับการตีพิมพ์ในรูปแบบสิ่งพิมพ์และออนไลน์ เพื่อสนับสนุนการทำงานของระบบข้อมูลสปีชีส์บนเว็บ เป็นส่วนหนึ่งของการจัดการคอลเลกชันทางชีวภาพ (ตัวอย่างเช่น ในพิพิธภัณฑ์และหอพรรณไม้ ) ตลอดจนในบางกรณี เป็นส่วนประกอบของการจัดการอนุกรมวิธานในระบบข้อมูลวิทยาศาสตร์หรือชีววิทยาที่กว้างขึ้น นอกจากนี้ยังเป็นส่วนสำคัญอย่างยิ่งต่อสาขาวิชาสารสนเทศความหลากหลายทางชีวภาพอีก ด้วย

ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานแปลงข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพทางวิทยาศาสตร์ให้เป็นดิจิทัลและให้การเข้าถึงข้อมูลอนุกรมวิธานสำหรับการวิจัย^{[ 1 ]}ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานมีความแตกต่างกันในด้านขอบเขตของกลุ่มอนุกรมวิธานและพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่ต้องการรวมไว้ ตัวอย่างเช่น ด้วงในภูมิภาคที่กำหนด สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมทั่วโลก หรืออนุกรมวิธานทั้งหมดที่ได้รับการอธิบายในแผนภูมิ วิวัฒนาการ ^{[ 2 ]}ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานอาจรวมถึงตัวระบุสิ่งมีชีวิต (ชื่อวิทยาศาสตร์ ผู้เขียน และสำหรับอนุกรมวิธานทางสัตววิทยา ปีที่ตีพิมพ์ครั้งแรก) คำพ้องความหมาย ความคิดเห็นทางอนุกรมวิธาน แหล่งที่มาของวรรณกรรมหรือการอ้างอิง ภาพประกอบหรือภาพถ่าย และคุณลักษณะทางชีววิทยาสำหรับแต่ละอนุกรมวิธาน (เช่น การกระจายทางภูมิศาสตร์ นิเวศวิทยา ข้อมูลเชิงพรรณนา สถานะถูกคุกคามหรือเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ เป็นต้น) ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}ฐานข้อมูลบางแห่ง เช่น ฐานข้อมูล Global Biodiversity Information Facility (GBIF) และBarcode of Life Data Systemจะจัดเก็บบาร์โค้ด DNAของแท็กซอนหากมีอยู่ (เรียกอีกอย่างว่า Barcode Index Number (BIN) ซึ่งอาจได้รับการกำหนดโดยโครงการ International Barcode of Life (iBOL) หรือ UNITE ซึ่งเป็นฐานข้อมูลสำหรับบาร์โค้ด DNA ของเชื้อรา เป็นต้น ) ^{[ 6 ] [ 7 ]}

ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานมีเป้าหมายเพื่อสร้างแบบจำลองลักษณะที่น่าสนใจซึ่งเกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตที่อยู่ในขอบเขตของการครอบคลุมและการใช้งานของระบบอย่างแม่นยำ^{[ 8 ]}ตัวอย่างเช่น ฐานข้อมูลของเชื้อราสาหร่ายมอสและพืช มีท่อ ลำเลียง("พืชชั้นสูง")จะเข้ารหัสข้อกำหนดจากประมวลกฎการตั้งชื่อทางพฤกษศาสตร์ระหว่างประเทศในขณะที่ฐานข้อมูลของสัตว์และโปรติสต์ ส่วนใหญ่ จะเข้ารหัสกฎที่เทียบเท่ากันจากประมวลกฎการตั้งชื่อทางสัตววิทยาระหว่างประเทศ การสร้างแบบจำลอง ลำดับชั้นอนุกรมวิธานที่เกี่ยวข้องสำหรับอนุกรมวิธานใด ๆ นั้นสอดคล้องกับ แบบจำลอง เชิงสัมพันธ์ที่ใช้ในระบบฐานข้อมูลเกือบทั้งหมด ความเห็นพ้องทางวิทยาศาสตร์ยังไม่บรรลุผลสำหรับกลุ่มอนุกรมวิธานทั้งหมด และยังคงมีการอธิบายชนิดพันธุ์ใหม่ ๆ อย่างต่อเนื่อง ดังนั้นเป้าหมายอีกประการหนึ่งของฐานข้อมูลอนุกรมวิธานคือการช่วยแก้ไขความขัดแย้งทางความคิดเห็นทางวิทยาศาสตร์และรวมอนุกรมวิธานให้เป็นหนึ่งเดียว^{[ 2 ]}

การจัดการข้อมูลอนุกรมวิธานในรูปแบบคอมพิวเตอร์ที่ได้รับการบันทึกไว้เป็นครั้งแรกน่าจะเป็นระบบการเข้ารหัสอนุกรมวิธานที่พัฒนาโดย Richard Swartz และคณะที่สถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเลเวอร์จิเนียสำหรับสิ่งมีชีวิตในอ่าวเชซาพีค และอธิบายไว้ในรายงานที่ตีพิมพ์ในปี 1972 ^{[ 9 ]}งานนี้นำไปสู่โครงการอื่นๆ ที่มีชื่อเสียงมากขึ้นโดยตรงหรือโดยอ้อม รวมถึงระบบรหัสอนุกรมวิธาน NODC ^{[ 10 ]}ซึ่งมีการพัฒนาถึง 8 เวอร์ชันก่อนที่จะถูกยกเลิกในปี 1996 และถูกรวมและแปลงเป็นระบบข้อมูลอนุกรมวิธานแบบบูรณาการ (ITIS) ที่ยังคงใช้งานอยู่จนถึงปัจจุบัน ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานอื่นๆ อีกหลายฐานที่เชี่ยวชาญในกลุ่มสิ่งมีชีวิตเฉพาะกลุ่มที่ปรากฏขึ้นในช่วงทศวรรษ 1970 จนถึงปัจจุบันได้ร่วมกันสนับสนุนโครงการ Species 2000 ซึ่งตั้งแต่ปี 2001 ได้ร่วมมือกับ ITIS เพื่อสร้างผลิตภัณฑ์ร่วมกันคือCatalogue of Life ในขณะที่แคตตาล็อกของสิ่งมีชีวิตในปัจจุบันมุ่งเน้นไปที่การรวบรวมข้อมูลชื่อพื้นฐานเป็นรายการตรวจสอบสายพันธุ์ทั่วโลก โครงการฐานข้อมูลอนุกรมวิธานอื่นๆ อีกมากมาย เช่นFauna Europaea , Australian Faunal Directory ^{[ 11 ]}และอื่นๆ ให้ข้อมูลเสริมมากมาย รวมถึงคำอธิบาย ภาพประกอบ แผนที่ และอื่นๆ โครงการฐานข้อมูลอนุกรมวิธานจำนวนมากอยู่ในรายการเว็บไซต์ "Biodiversity Information Projects of the World" ของ TDWG ^{[ 12 ]}

การแสดงข้อมูลอนุกรมวิธานในรูปแบบที่เครื่องสามารถเข้ารหัสได้ก่อให้เกิดปัญหาหลายประการที่ไม่พบในโดเมนอื่น เช่น วิธีการอ้างอิงชนิดเดียวกันหรือชื่ออนุกรมวิธานอื่นที่แตกต่างกัน การใช้ชื่อเดียวกันสำหรับอนุกรมวิธานหลายรายการ (คำพ้องเสียง ) ชื่อที่ไม่เป็นปัจจุบันหลายชื่อสำหรับอนุกรมวิธานเดียวกัน ( คำพ้องความหมาย ) การเปลี่ยนแปลงในชื่อและคำจำกัดความของแนวคิดอนุกรมวิธานเมื่อเวลาผ่านไป และอื่น ๆ^{[ 8 ] [ 2 ] [ 1 ]}หมวดหมู่และเมตาเดตาที่ไม่เป็นมาตรฐานในฐานข้อมูลอนุกรมวิธานขัดขวางความสามารถของนักวิจัยในการวิเคราะห์ข้อมูล^{[ 3 ]}เวทีหนึ่งที่ส่งเสริมการอภิปรายและวิธีแก้ปัญหาที่เป็นไปได้สำหรับปัญหาเหล่านี้และปัญหาที่เกี่ยวข้องมาตั้งแต่ปี 1985 คือมาตรฐานข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ (TDWG)ซึ่งเดิมเรียกว่ากลุ่มทำงานฐานข้อมูลอนุกรมวิธาน

แม้ว่าฐานข้อมูลออนไลน์จะมีประโยชน์มากมาย (เช่น การเข้าถึงข้อมูลอนุกรมวิธานที่เพิ่มขึ้น) แต่ก็ยังมีปัญหา เช่น ความเสี่ยงด้านความสมบูรณ์ของข้อมูลเนื่องจากเวอร์ชันออนไลน์และออฟไลน์และการอัปเดตอย่างต่อเนื่อง ปัญหาการเข้าถึงทางเทคนิคเนื่องจากเซิร์ฟเวอร์หรืออินเทอร์เน็ตขัดข้อง และความสามารถที่แตกต่างกันสำหรับการสืบค้นที่ซับซ้อนเพื่อดึงข้อมูลอนุกรมวิธานลงในรายการ^{[ 2 ]}เนื่องจากปริมาณข้อมูลในฐานข้อมูลอนุกรมวิธานออนไลน์ขยายตัวอย่างรวดเร็ว การรวบรวมข้อมูล และการบูรณาการและการจัดเรียงข้อมูลที่ไม่เป็นมาตรฐานในฐานข้อมูลต่างๆ จึงเป็นความท้าทายอย่างมากในด้านอนุกรมวิธานและสารสนเทศความหลากหลายทางชีวภาพ^{[ 1 ]}

• รายชื่อฐานข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ
• การจำแนกทางชีววิทยา
• Darwin Coreคือชุดมาตรฐานสำหรับการแบ่งปันข้อมูลอนุกรมวิธานด้านความหลากหลายทางชีวภาพที่เครื่องสามารถอ่านได้
• ฐานข้อมูลสายพันธุ์ทั่วยุโรป โครงสร้างพื้นฐาน