• เซเลียน ดาร์เรสไทด์ – ตัวละครผู้เล่น เซเลียนเป็นอัศวินผู้สูงศักดิ์และมีคุณธรรม เขาต่อสู้เพื่อรักษาคณะอัศวินของตนท่ามกลางการไต่สวนของศาสนจักร แตกต่างจากอัศวินร่วมสมัยหลายคน เซเลียนได้รับการศึกษาอย่างเป็นทางการควบคู่ไปกับการฝึกฝนการต่อสู้ เนื่องจากเขาเคยตกจากหอคอยในอดีต เซเลียนจึงสูญเสียความทรงจำทั้งหมดก่อนวัยผู้ใหญ่
• มารี ดีเบลิน – หลานสาวของกาย ดีเบลินมารีได้รับการเลี้ยงดูตามประเพณีของชาวซาราเซน เธอเข้าร่วมกับเซเลียนหลังจากถูกตราหน้าว่าเป็นพวกนอกรีตโดยเหล่าผู้สอบสวน เธอได้รับการฝึกฝนให้ต่อสู้และป้องกันตัวเองตั้งแต่อายุยังน้อย และใช้มีดสั้นคู่เป็นอาวุธในการต่อสู้
• โรลองด์ เดอ แซงต์-โอแมร์ – สมาชิกอาวุโสของคณะอัศวินเทมพลาร์ ผู้ร่วมรบเคียงข้างเซเลียนในหลายสมรภูมิทางตะวันออก
• เลดี้อิซาเบลล์ – ผู้ส่งสารชาวฝรั่งเศสที่พระเจ้าฟิลิปที่ 4 ทรงส่งมา ต่อมาคุณจะพบว่าเธอกำลังพยายามทำลายล้างคณะอัศวินเทมพลาร์ และเธอปกปิดเป้าหมายของเธอจากเซเลียนและผองเพื่อน
• วิลเฮล์มแห่งโบฌู – ปรมาจารย์ใหญ่แห่งคณะอัศวินเทมพลาร์และอาจารย์ที่ปรึกษาของเซเลียนมาอย่างยาวนาน เขาได้รับการกล่าวขานว่าเป็นผู้นำที่ชาญฉลาดและมีร่างกายแข็งแรงแม้จะมีอายุมากแล้ว
• พระเจ้าฟิลิปที่ 4 – กษัตริย์แห่งฝรั่งเศส และเป็นหนึ่งในตัวร้ายหลัก พระองค์ทรงทรยศต่อคณะอัศวินเทมพลาร์และไปเป็นพันธมิตรกับศาลศาสนา
• ไบแซนไทน์ – ตัวร้ายรองที่เพิ่มเข้ามาในแพ็ก DLC Arena เขาอาศัยอยู่ในปราสาทที่มีป้อมปราการและสนามประลองขนาดใหญ่ และบังคับให้เชลยของเขาเข้าร่วมการต่อสู้แบบกลาดิเอเตอร์

ในปี ค.ศ. 1291สงครามครูเสดและราชอาณาจักรเยรูซาเลมกำลังจะสิ้นสุดลง เมือง เอเคอร์ เมือง คริสเตียนสุดท้ายในดินแดนศักดิ์สิทธิ์กำลังถูกล้อมและกำลังจะตกอยู่ในมือของพวกมัมลุก

เซเลียนและโรแลนด์อัศวินเทมพลา ร์สองคน เดินทางมาถึงไซปรัสเพื่อปรึกษากับแกรนด์ มาสเตอร์ของเทมพลาร์ เกี่ยวกับภารกิจตามหาจอกศักดิ์สิทธิ์พวกเขาพบว่าเกาะแห่งนี้กำลังถูกโจมตีโดยนักรบมุสลิมจึงรีบเข้าไปปกป้องเกาะ พวกเขาช่วยเหลือผู้ส่งสารที่ถูกลักพาตัวไปจากกาย ดีเบลินซึ่งแจ้งให้พวกเขาทราบว่ามารี ดีเบลิน ธิดาของแกรนด์มาสเตอร์ ถูกศาลศาสนา คุมขังอยู่

หลังจากปรึกษากับปรมาจารย์แล้ว เซเลียนและโรแลนด์เดินทางไปยังสถานที่ลับแห่งหนึ่งในยุโรปและได้ค้นพบแผนการใหญ่ของศาลศาสนาที่นำโดยอิสยาห์ พวกเขาช่วยมารีออกมาได้ แต่โรแลนด์ถูกทิ้งไว้ข้างหลังและคาดว่าเสียชีวิตแล้ว จากนั้นมารีจึงกลายเป็นคู่หูของเซเลียนในการตามหาจอกศักดิ์สิทธิ์ พวกเขาต่อสู้กับศัตรูชาวมุสลิมมากมายและช่วยเหลือผู้ที่ต้องการความช่วยเหลือ แม้ว่ามารีจะวิจารณ์ว่าพวกเขากำลังเสียเวลาไปเปล่าๆ ก็ตาม

ในที่สุด พวกเขาก็ได้รู้ข่าวการเสียชีวิตของกาย ดีเบลิน และการสูญเสียดินแดนศักดิ์สิทธิ์อย่างถาวร พวกเขาพบวิหารศักดิ์สิทธิ์ แต่กลับพบว่ามันว่างเปล่า อัศวินเทมพลาร์ที่กำลังจะตายอยู่ข้างในเข้าใจผิดคิดว่าเซเลียนเป็นปรมาจารย์ใหญ่ เมื่อหมดหนทาง พวกเขาจึงมุ่งหน้าไปยังฝรั่งเศสเพื่อขอคำแนะนำจากปรมาจารย์ใหญ่และคณะอัศวินเทมพลาร์หลัก

ในปี ค.ศ. 1307พวกเขาเดินทางมาถึงฝรั่งเศส ขณะที่พระเจ้าฟิลิปที่ 4และสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 5กล่าวหาอัศวินเทมพลาร์ว่าเป็นพวกนอกรีต ทั้งสองถูกจับโดยศาลศาสนา แต่ได้รับการช่วยเหลือจากโรแลนด์ ผู้ซึ่งถูกทรมานจนต้องเข้าร่วมขบวนการต่อต้านอัศวินเทมพลาร์ แต่ยังคงจงรักภักดีต่อเซเลียน โรแลนด์ช่วยพวกเขาหลบหนี และพวกเขาก็ไปถึงป้อมปราการ ของอัศวินเทมพลาร์ เพื่อรวมกำลังและต่อสู้กับกองทัพฝรั่งเศส

ปรมาจารย์ใหญ่เปิดเผยว่าเซเลียนแท้จริงแล้วคือฮิวส์ เดอ ปาเยนส์ผู้ก่อตั้งคณะอัศวินเทมพลาร์ ผู้ซึ่งกำลังสูญเสียความทรงจำเนื่องจากการลอบสังหารโดยปรมาจารย์ใหญ่เอง ฮิวส์ได้ซ่อนจอกศักดิ์สิทธิ์ไว้เพื่อป้องกันไม่ให้มันยืดอายุของเหล่าผู้ก่อตั้งทั้งเก้าคน ปรมาจารย์ใหญ่ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้ก่อตั้งทั้งเก้าคน ได้ชักใยให้ฮิวส์ออกตามหาจอกศักดิ์สิทธิ์ โดยหวังว่าเขาจะนำทางพวกเขาไปพบมัน

ตัวร้ายที่แท้จริงถูกเปิดเผยว่าเป็นกลุ่มอัศวินเทมพลาร์นั่นเอง เซเลียนซึ่งได้กลับคืนสู่ตัวตนที่แท้จริงของเขาในฐานะฮิวส์ ตระหนักว่าปราสาท ของเขา คือสถานที่ซ่อนจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ดีที่สุด ในท้ายที่สุด ผู้เล่นเอาชนะทั้งแกรนด์มาสเตอร์และอิสยาห์ และเลือกที่จะใช้หรือทำลายจอกศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งจะส่งผลต่อเรื่องราวตอนจบ ไม่ว่าจะเป็น ผู้พิทักษ์ อมตะหรือมนุษยชาติที่ได้รับอิสรภาพ