ฐานข้อมูลเส้นทางโมเลกุลขนาดเล็ก
ฐานข้อมูลเส้นทางโมเลกุลขนาดเล็ก (SMPDB) [ 1 ] [ 2 ]เป็นฐานข้อมูลออนไลน์ที่ครอบคลุม คุณภาพสูง เข้าถึงได้ฟรี ซึ่งประกอบด้วย เส้นทาง โมเลกุลขนาดเล็ก (เช่น เส้นทางเมตาบอลิซึม) มากกว่า 600 เส้นทางที่พบในมนุษย์ SMPDB ได้รับการออกแบบมาโดยเฉพาะเพื่อสนับสนุนการอธิบายเส้นทางและการค้นพบเส้นทางในเมตาโบ โลมิกส์ ทราน สคริปโตมิกส์ โปรตีโอมิกส์และชีววิทยาระบบโดยสามารถทำได้บางส่วนด้วยการจัดเตรียมแผนภาพที่มีสีสัน รายละเอียดครบถ้วน ค้นหาได้เต็มรูปแบบ และมีไฮเปอร์ลิงก์ของเส้นทางโมเลกุลขนาดเล็ก 5 ประเภท ได้แก่ 1) เส้นทางเมตาบอลิ ซึมทั่วไปของมนุษย์ 2) เส้นทางโรคเมตาบอลิซึมของมนุษย์ 3) เส้นทางการส่งสัญญาณเมตาโบไลต์ ของมนุษย์ 4) เส้นทางการออกฤทธิ์ของยา และ 5) เส้นทาง การเผาผลาญยาเส้นทาง SMPDB สามารถนำทาง ดู และซูมแบบโต้ตอบได้โดยใช้อินเทอร์เฟซที่คล้ายกับ Google Maps เส้นทาง SMPDB ทั้งหมดประกอบด้วยข้อมูลเกี่ยวกับอวัยวะที่เกี่ยวข้องส่วนประกอบย่อยของเซลล์ ปัจจัยร่วมของ โปรตีนตำแหน่งของโปรตีน ตำแหน่งของเมตาบอไลต์โครงสร้างทางเคมีและโครงสร้างควอเทอร์นารีของโปรตีน (รูปที่ 1) โมเลกุลขนาดเล็ก แต่ละตัว ใน SMPDB จะเชื่อมโยงไปยังคำอธิบายโดยละเอียดที่มีอยู่ใน HMDB [ 3 ]หรือ DrugBank [ 4 ]และโปรตีนหรือเอนไซม์เชิงซ้อนแต่ละตัวจะเชื่อมโยงไปยัง UniProt [ 5 ]นอกจากนี้ เส้นทาง SMPDB ทั้งหมดจะมาพร้อมกับคำอธิบายโดยละเอียดและข้อมูลอ้างอิง ซึ่งให้ภาพรวมของเส้นทาง สภาวะ หรือกระบวนการที่แสดงในแต่ละแผนภาพ ผู้ใช้สามารถเรียกดู SMPDB (รูปที่ 2) หรือค้นหาเนื้อหาโดยการค้นหาข้อความ (รูปที่ 3) การค้นหาลำดับ หรือ การค้นหา โครงสร้างทางเคมีนอกจากนี้ยังสามารถค้นหาข้อมูลที่มีประสิทธิภาพมากขึ้นได้ เช่น การค้นหาด้วยรายการชื่อยีนหรือโปรตีน ชื่อยา ชื่อเมตาบอไลต์รหัสGenBank รหัส Swiss-Protรหัสไมโครอาร์เรย์AgilentหรือAffymetrix คำสั่งค้นหาเหล่านี้จะสร้างรายการเส้นทางที่ตรงกันและเน้นโมเลกุลที่ตรงกันในแต่ละแผนภาพเส้นทาง นอกจากนี้ ข้อมูลความเข้มข้น ของยีน เม ตาบอไลต์และโปรตีนยังสามารถแสดงผลผ่านอินเทอร์เฟซการแมปของ SMPDB ได้อีกด้วย
SMPDB เป็นส่วนหนึ่งของชุด ฐานข้อมูล เมตาโบลิกส์ซึ่งประกอบด้วยHuman Metabolome Database , DrugBankและToxin and Toxin-Target Database (T3DB) DrugBank มีข้อมูลเกี่ยวกับยา 7,000 ชนิด และเป้าหมายของยา เอนไซม์ตัวขนส่ง และพาหะที่ไม่ซ้ำกันมากกว่า 4,200 รายการ ในขณะที่ HMDB มีข้อมูล เมตาโบไลต์โมเลกุลขนาดเล็ก กว่า 40,000 ชนิด ที่พบในร่างกายมนุษย์ ชุดฐานข้อมูลนี้เสริมด้วย T3DB ซึ่งมีสารพิษ ทั่วไปมากกว่า 3,100 ชนิด และเป้าหมายของสารพิษที่เกี่ยวข้องมากกว่า 1,300 รายการ
ประวัติเวอร์ชัน
SMPDB เวอร์ชันแรกเปิดตัวเมื่อวันที่ 1 มกราคม 2553 [ 1 ]เวอร์ชันนี้มีเส้นทางที่แมปภาพมากกว่า 350 เส้นทางสำหรับเส้นทางโมเลกุลขนาดเล็ก อินเทอร์เฟซผู้ชมถูกจำกัดไว้ที่การนำทางภาพด้วยแถบเลื่อนพร้อมการซูม 3 ระดับ (เล็ก กลาง ใหญ่) เส้นทางในเวอร์ชันแรกนี้จำกัดอยู่ที่ 1) เส้นทางการเผาผลาญ ของมนุษย์ 2) เส้นทางโรคการเผาผลาญของมนุษย์ และ 3) เส้นทางการส่งสัญญาณเมตาโบไลต์ของมนุษย์ SMPDB เวอร์ชันที่สองเปิดตัวในปี 2557 [ 2 ]เวอร์ชันนี้มีเส้นทางโมเลกุลขนาดเล็กมากกว่า 620 เส้นทาง อินเทอร์เฟซผู้ชมได้รับการปรับปรุงให้มีอินเทอร์เฟซคล้าย Google Maps พร้อมการนำทางภาพแบบคลิกและลาก และการซูมแบบโต้ตอบได้ไม่จำกัด เส้นทางในเวอร์ชันที่สองนี้ได้รับการขยายให้รวมถึง: 1) เส้นทางการเผาผลาญของมนุษย์ทั่วไป 2) เส้นทางโรคการเผาผลาญของมนุษย์ 3) เส้นทางการส่งสัญญาณเมตาโบไลต์ของมนุษย์ 4) เส้นทาง การออกฤทธิ์ของยาและ 5) เส้นทางการเผาผลาญยา