ฐานข้อมูลสารพิษและเป้าหมายของสารพิษ
ฐานข้อมูลสารพิษและเป้าหมายสารพิษ (T3DB) [ 1 ] [ 2 ]หรือที่รู้จักกันในชื่อฐานข้อมูลสารพิษเอ็กซ์โพโซมเป็นฐานข้อมูลออนไลน์ที่เข้าถึงได้ฟรีของสารทั่วไปที่เป็นพิษต่อมนุษย์ พร้อมด้วยโปรตีนดีเอ็นเอ หรือ เป้าหมายอวัยวะ ฐานข้อมูลนี้ปัจจุบันมีสารประกอบที่เป็น พิษ หรือ สารพิษเกือบ 3,700 ชนิดซึ่งมีคำพ้องความหมายเกือบ 42,000 คำ รายการนี้รวมถึงกลุ่มสารพิษ ต่างๆ เช่นมลพิษทั่วไปสารกำจัดศัตรูพืชยา สารพิษในอาหาร สารพิษในครัวเรือนและอุตสาหกรรม/สถานที่ทำงาน สารพิษจากบุหรี่ และสารพิษยูเรมิคสารพิษเหล่านี้เชื่อมโยงกับบันทึกเป้าหมายโปรตีน/ดีเอ็นเอที่สอดคล้องกัน 2,086 รายการ โดยรวมแล้วมีการเชื่อมโยงสารพิษกับเป้าหมายสารพิษทั้งหมด 42,433 รายการ ข้อมูลสารประกอบพิษแต่ละรายการ (ToxCard) ใน T3DB ประกอบด้วยฟิลด์ข้อมูลเกือบ 100 ฟิลด์ และเก็บข้อมูลต่างๆ เช่น คุณสมบัติทางเคมีและคำอธิบายกลไกการออกฤทธิ์ ค่า ความ เป็นพิษ หรือปริมาณยาที่ทำให้เสียชีวิตปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลและเซลล์ ข้อมูลทางการแพทย์ (อาการและการรักษา) (รูปที่ 1–3) สเปกตรัมNMRและ MS และยีนที่ถูกควบคุมขึ้นและลงข้อมูลเหล่านี้ถูกดึงมาจากแหล่ง ข้อมูลมากกว่า 18,000 แหล่ง ซึ่งรวมถึงฐานข้อมูลอื่นๆเอกสารของรัฐบาล หนังสือ และวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์
จุดประสงค์หลักของ T3DB คือการให้ข้อมูลเกี่ยวกับกลไกการเกิดพิษและการระบุโปรตีนเป้าหมายสำหรับสารพิษทั่วไป แม้ว่าจะมีฐานข้อมูลสารประกอบพิษอื่นๆ อยู่บ้าง แต่ฐานข้อมูลเหล่านั้นเน้นการครอบคลุมสารประกอบทางเคมีจำนวนมากซึ่งแทบจะไม่เคยพบเห็นนอกห้องปฏิบัติการเคมีเลย T3DB พยายามรวบรวมข้อมูลเฉพาะสารพิษที่มีอยู่มากมายหรือมีการใช้งานอย่างแพร่หลาย และได้รับการตรวจพบหรือวัดได้ในมนุษย์เท่านั้น T3DB สามารถค้นหาได้อย่างเต็มรูปแบบและรองรับการค้นหาข้อความ ลำดับโครงสร้างทางเคมีการค้นหาเชิงสัมพันธ์และการค้นหาสเปกตรัม T3DB ได้รับการออกแบบตามแบบอย่างและเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับฐานข้อมูล Human Metabolome Database ( HMDB ) และDrugBankการประยุกต์ใช้ T3DB ที่เป็นไปได้ ได้แก่ การศึกษา เมตาโบลิกส์ และการสัมผัสสารพิษในสิ่งแวดล้อม การทำนาย การเผาผลาญสารประกอบพิษการทำนายปฏิกิริยาระหว่างสารพิษกับยา และการสร้างความตระหนักรู้เกี่ยวกับสารพิษโดยทั่วไป
ขอบเขตและการเข้าถึง
ข้อมูลทั้งหมดใน T3DB ไม่ใช่ข้อมูลที่เป็นกรรมสิทธิ์ หรือได้มาจากแหล่งที่ไม่ใช่กรรมสิทธิ์ สามารถเข้าถึงและใช้งานได้โดยเสรีสำหรับทุกคน นอกจากนี้ ข้อมูลเกือบทุกรายการสามารถตรวจสอบย้อนกลับได้อย่างครบถ้วนและอ้างอิงถึงแหล่งที่มาดั้งเดิมอย่างชัดเจน ข้อมูล T3DB สามารถเข้าถึงได้ผ่านทางเว็บอินเทอร์เฟซสาธารณะและการดาวน์โหลด