หลังจากกลับมาที่บอสตันMatagordaได้เข้าร่วม Patrol Wings Atlantic (PatWingLant) และบรรทุกตอร์ปิโดและ คลัง อาวุธที่นิวพอร์ต รัฐโรดไอแลนด์เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม 1942 เธอออกจากนิวพอร์ตและย้ายไปที่เกาะเซย์มัวร์^{[ 2 ]}ในหมู่เกาะกาลาปากอสเมื่อมาถึงที่นั่นในวันที่ 25 พฤษภาคม 1942 เธอได้เข้าประจำการแทนเรือสนับสนุนเครื่องบินทะเลUSS Osmond Ingram (AVD-9)  และเริ่มดูแลเครื่องบินทะเลของ Patrol Wing 3 (PatWing 3)

หลังจากเสร็จสิ้นภารกิจเหล่านี้ เรือมาตาโกร์ดาเดินทางมาถึงโคโคโซโลในเขตคลองปานามาเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 1942 เธอทำหน้าที่คุ้มกันเรือสินค้าไปยังคิวบาและจาเมกาก่อนจะกลับมาปฏิบัติหน้าที่ดูแลเครื่องบินทะเลอีกครั้งในวันที่ 22 กรกฎาคม 1942 โดยครั้งนี้ประจำการจากฐานทัพในอเมริกากลางและอเมริกาใต้เธอปฏิบัติการจากปวยร์โตกัสติยาประเทศฮอนดูรัสและการ์ตาเฮนาประเทศโคลอมเบียจนกระทั่งกลับมายังเขตคลองปานามาในวันที่ 12 พฤศจิกายน 1942

หลังจากเสร็จสิ้นภารกิจส่งเสบียงและคุ้มกันไปยังเปอร์โตริโกและตรินิแดดเรือมาทากอร์ดาได้ออกเดินทางจากพอร์ตออฟสเปนประเทศตรินิแดด เมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน 1942 และมาถึงบอสตันในวันที่ 4 ธันวาคม 1942 เพื่อทำการดัดแปลงและปรับปรุงใหม่

เมื่อวันที่ 5 มกราคม 1943 เรือมาทากอร์ดาออกเดินทางจากบอสตันเพื่อขนส่งทหารและเสบียงไปยังฐานทัพเรืออาร์เจนเทีย รัฐนิวฟาวนด์แลนด์และกลับมายังบอสตันในวันที่ 14 มกราคม 1943

หลังจากบรรทุกเสบียงการบินที่ น อร์ฟอล์กรัฐเวอร์จิเนีย เรือ มาทากอร์ดาเดินทางมาถึงซานฮวนเปอร์โตริโกในวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 1943 เรือลำนี้ปฏิบัติการส่วนใหญ่จากเปอร์โตริโกจนถึงต้นเดือนสิงหาคม 1943 โดยทำหน้าที่คุ้มกันเรือสินค้าและขนส่งอาวุธยุทโธปกรณ์และเสบียงการบินไปยังฐานทัพในทะเลแคริบเบียนเรือได้แวะจอดที่หมู่เกาะเวอร์จินคิวบาสาธารณรัฐโดมินิกันและตรินิแดด

เรือมาทากอร์ดาออกเดินทางจากซานฮวนเมื่อวันที่ 3 สิงหาคม 1943 และแล่นผ่านเบอร์มูดาและนอร์ฟอล์กไปยังอาร์เจนเทีย โดยมาถึงในวันที่ 26 สิงหาคม 1943 ในวันที่ 28 สิงหาคม 1943 เธอเข้าร่วมขบวนเรือ UT-1 และเดินทางไปยังสหราชอาณาจักรโดยมาถึงเพมโบรกเวลส์ในวันที่ 4 กันยายน 1943 หลังจากขนถ่ายสินค้าแล้ว เธอแล่นผ่านไอซ์แลนด์ และบอสตันไปยังนอร์ฟอล์ก โดยมาถึงที่นั่นในวันที่ 27 กันยายน 1943 ระหว่างวันที่ 5 ตุลาคม 1943 ถึง 5 มีนาคม 1944 เธอได้เดินทางไปกลับ มหาสมุทรแอตแลนติกอีกสองรอบเธอขนส่งกำลังพลและสินค้าไปยังเพมโบรกและบริสตอลประเทศอังกฤษและทำการคุ้มกันและส่งเสบียงไปยังคาซาบลังกาโมร็อกโกฝรั่งเศสและยิบรอลตาร์

เรือมาทากอร์ดาออกเดินทางจากบอสตันเมื่อวันที่ 18 เมษายน 1944 บรรทุกเสบียงสำหรับเครื่องบินทะเลที่เมืองบายอนน์รัฐนิวเจอร์ซีย์และออกเดินทางจากบายอนน์ในวันที่ 22 เมษายน 1944 ไปยังบราซิลโดยถึงเมืองเรซิเฟประเทศบราซิล ในวันที่ 6 พฤษภาคม 1944 จนถึงต้นเดือนเมษายน 1945 เธอได้ทำการฝึกซ้อมและปฏิบัติการส่งเสบียงอย่างกว้างขวาง และแล่นเรือในน่านน้ำบราซิลตั้งแต่เมืองเบเล็มไปจนถึง เมืองฟล อเรียนอปอลิสในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม 1944 และอีกครั้งในเดือนกรกฎาคม 1944 เธอได้ดูแลเครื่องบินทะเลที่เมืองฟลอเรียนอปอลิส

เรือมาตาโกร์ดาได้หยุดปฏิบัติหน้าที่ชั่วคราวในวันที่ 24 และ 25 กรกฎาคม 1944 เพื่อค้นหาและช่วยเหลือลูกเรือทั้งหมด 67 คนจากเรือสินค้าอเมริกัน SS William Gastonซึ่งถูกเรือดำน้ำเยอรมันยิงตอร์ปิโดเมื่อช่วงดึกของวันที่ 23 กรกฎาคม 1944 นอกชายฝั่งบราซิล นอกจากนี้ ขณะปฏิบัติการจากเมืองฟอร์ตาเลซา เธอยังได้ช่วยเหลือผู้รอดชีวิต 5 คนจาก เครื่องบินทะเลConsolidated PBY-5 Catalinaที่ถูกยิงตกรวมถึงลูกเรือจาก เครื่องบินทะเล Martin PBM Mariner ที่ให้ความช่วยเหลือ ในวันที่ 29 สิงหาคม 1944 อีกด้วย

เรือมาตากอร์ดาได้ปฏิบัติภารกิจขนส่งเสบียงและฝึกอบรมตามแนวชายฝั่งบราซิลหลายครั้ง โดยมีฐานอยู่ที่เมืองเรซิเฟ เธอได้แวะเยือนท่าเรือหลายแห่งในบราซิล รวมถึง เมือง วิโตเรียนาตาลเกาะเฟอร์นันโด เด โนโรนาบาเฮียและริโอเดจาเนโร

เรือมาทากอร์ดาออกเดินทางจากเรซิเฟเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1945 แวะจอดที่ซานฮวน เปอร์โตริโก ชั่วครู่ และถึงนอร์ฟอล์กเมื่อวันที่ 14 เมษายน 1945 ตั้งแต่วันที่ 2 มิถุนายน 1945 ถึง 6 กรกฎาคม 1945 เธอได้บินไปเบอร์มูดาและเปอร์โตริโกสองเที่ยว ก่อนจะกลับมายังนอร์ฟอล์กพร้อมกับลูกเรือจากฝูงบินเครื่องบิน ทะเล

เรือ มาทากอร์ดาออกเดินทางไปยังนครนิวยอร์กเมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม 1945 เพื่อเริ่มต้นการดัดแปลงเป็นเรือให้ ข้อมูลข่าวสารสำหรับ สื่อมวลชนภารกิจของเธอคือการจัดหา อุปกรณ์อำนวยความสะดวกด้าน ข่าวสาร ที่เหมาะสมทั้งหมด สำหรับสื่อมวลชน และขนส่งพวกเขาไปยังชายฝั่งญี่ปุ่นเพื่อรายงานข่าวปฏิบัติการ " โอลิมปิก " และ " โคโรเน็ต " ซึ่งวางแผนไว้สำหรับการบุกญี่ปุ่นในปี 1945 และ 1946 เธอได้รับการจัดประเภทใหม่เป็น "เรือช่วยรบเบ็ดเตล็ด" และกำหนดหมายเลขใหม่เป็นAG-122เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 1945

การยุติการสู้รบกับญี่ปุ่นและการสิ้นสุดของสงครามโลกครั้งที่สองเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 1945 ทำให้การบุกญี่ปุ่นไม่จำเป็นอีกต่อไป และ การเปลี่ยนศาสนา ของมาทากอร์ดาจึงถูกระงับในต้นเดือนกันยายน 1945