หลังจากการโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ ในช่วงกลางเดือนธันวาคม ปี 1941 เรือลำนี้ได้กลับไปยังนิวลอนดอน และในเดือนมกราคม ปี 1942 เธอก็กลับไปยังเขตคลองปานามาอีกครั้ง

ปฏิบัติการป้องกันในบริเวณทางเข้าคลองสุเอซทำให้เรือS-47 ต้อง ปฏิบัติภารกิจต่อเนื่องไปจนถึงเดือนมีนาคม เมื่อวันที่ 5 มีนาคม เรือได้เคลื่อนพลไปทางตะวันตกพร้อมกับกองเรือย่อยที่ 53 เพื่อเข้าร่วมกับกองกำลังเฉพาะกิจที่ 42 ที่บริสเบน รัฐควีน ส์แลนด์ เรือมาถึงในช่วงกลางเดือนเมษายน และเมื่อวันที่ 22 เมษายน เรือได้ออกเดินทางเพื่อปฏิบัติการลาดตระเวนเชิงรุกครั้งแรกในพื้นที่นิวบริเตน - นิวไอร์แลนด์

เมื่อวันที่ 27 เมษายน เธอเริ่มปฏิบัติการใต้น้ำในเวลากลางวัน เช้าวันที่ 29 เมษายน เธอแล่นผ่านเกาะบูแกงวิลล์และในคืนวันที่ 30 เมษายน เธอเดินทางมาถึงนอกชายฝั่งนิวบริเตนเย็นวันถัดมา เธอพยายามเข้าใกล้เรือดำน้ำข้าศึกแต่ก็ขาดการติดต่อกับเป้าหมาย คืนนั้น เธอแล่นผ่านช่องแคบเซนต์จอร์จและเช้าวันที่ 2 พฤษภาคม เธอเข้าใกล้บริเวณอ่าวแบลนช์แม้จะมีเรือลาดตระเวนของข้าศึกจำนวนมากทั้งบนผิวน้ำและในอากาศ นอกชายฝั่งคาบสมุทรเค รเตอร์ เธอเคลื่อนตัวไปยังท่าเรือซิมป์สันเพื่อพยายามโจมตีเรือบรรทุกน้ำมันที่มาพร้อมกับเรือพิฆาตอย่างไรก็ตาม เป้าหมายของเธอหนีไปได้อย่างปลอดภัยก่อนที่S-47จะเข้าใกล้ได้

เรือดำ น้ำ S-47รออยู่นอกท่าเรือ สี่ชั่วโมงต่อมา เรือพิฆาตสองลำแล่นเข้ามาในท่าเรือ และหลังจากนั้นไม่นานก็พบเรือลาดตระเวนลำ หนึ่งแล่นมาในเส้นทางเดียวกัน เรือดำ น้ำ S-47จึงเพิ่มความเร็วและเตรียมโจมตี แต่ก่อนที่เธอจะพร้อมโจมตี วงจรไฟฟ้าจุดระเบิดเกิดลัดวงจร ทำให้ท่อยิงหมายเลขสี่ลั่นขึ้น เรือลาดตระเวนจึงแล่นเข้ามาในท่าเรือต่อ วงจรไฟฟ้าจุดระเบิดในเรือดำน้ำS-47จึงถูกตัดขาด

เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม ขณะที่ยังอยู่ในพื้นที่นั้น เรือ ดำน้ำ S-47ตกเป็นเป้าหมายของการล่าเรือดำน้ำนานสามชั่วโมง ซึ่งดำเนินการโดยเรือพิฆาต สองลำ และเรือกวาดทุ่นระเบิด สองลำ พร้อมกับ การโจมตี ด้วยระเบิดน้ำลึก เป็นระยะๆ ในคืนนั้น เรือดำน้ำได้ออกจากพื้นที่ไป เมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม เรือดำน้ำอยู่บริเวณนอกชายฝั่งนิวแฮโนเวอร์และในวันที่ 8 พฤษภาคม เรือดำน้ำได้ยิงใส่เรือบรรทุกสินค้าลำหนึ่ง ซึ่งได้เปลี่ยนเส้นทางและมุ่งหน้ามายังเรือดำน้ำด้วยความเร็วสูง เรือดำน้ำS-47ดำลงไปลึกและเตรียมท่อปล่อยระเบิดสองท่อเพื่อยิง อย่างไรก็ตาม เป้าหมายได้แล่นผ่านไปเหนือหัวเรือดำน้ำ แล้วกลับลำไปตามเส้นทางเดิม และในไม่ช้าก็หนีพ้นเรือดำน้ำไปได้

เรือ S-47ยังคงลาดตระเวนอยู่ในพื้นที่นั้นอีกสี่วัน ต่อมาในวันที่ 12 พฤษภาคม เธอได้ย้ายไปยัง พื้นที่ บูกาและลาดตระเวนอยู่นอกชายฝั่งท่าเรือควีนคาโรลาจนถึงวันที่ 15 พฤษภาคม จากนั้นจึงมุ่งหน้าไปยังบริสเบน

เรือ S-47จอดเทียบท่าเพื่อซ่อมแซมตั้งแต่วันที่ 20 พฤษภาคมจนถึงต้นเดือนมิถุนายน และ ออก จากอ่าวโมเรตันในวันที่ 6 มิถุนายน เพื่อกลับไปยัง เกาะ นิวบริเตน จากนั้น ก็ออกล่าเหยื่ออีกครั้งบริเวณคาบสมุทรเครเตอร์และระหว่างนั้นกับหมู่เกาะดยุคแห่งยอร์ก ก่อน จะเคลื่อนตัวไปยัง บริเวณ หมู่เกาะชอร์ตแลนด์ แล้ว มุ่งหน้าไปยังออสเตรเลียในวันที่ 22 มิถุนายน

เธอออกเดินทางจากชายฝั่งออสเตรเลียอีกครั้งในวันที่ 28 กรกฎาคม แต่เนื่องจากถังน้ำมันรั่วจึงต้องวกกลับในวันที่ 1 สิงหาคม ระหว่างวันที่ 5-24 สิงหาคมเธออยู่ที่บริสเบน ในวันที่ 25 สิงหาคม เธอออกเดินทางไปยังช่องแคบเซนต์จอร์จและพื้นที่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของราบาอูล อีกครั้ง ในวันที่ 2 กันยายน การลาดตระเวนของเธอเปลี่ยนไปรวมถึงชายฝั่งตะวันออกและตะวันออกเฉียงใต้ของเกาะนิวไอร์แลนด์ซึ่งในวันที่ 12 กันยายน เธอได้สร้างความเสียหายให้กับเรือรบของศัตรู ในวันที่ 22 กันยายน เธอเดินทางกลับบริสเบน

ยี่สิบแปดวันต่อมา เรือ S-47ออกจากอ่าวโมเรตันเพื่อปฏิบัติภารกิจลาดตระเวนทางสงครามครั้งสุดท้ายในฐานะหน่วยหนึ่งของกองเรือเฉพาะกิจที่ 42 โดยเคลื่อนพลข้ามทะเลคอรัลและเข้าสู่หมู่เกาะโซโลมอนเธอพบเกาะชอร์ตแลนด์ในวันที่ 28 ตุลาคม และในคืนวันที่ 30/31 ตุลาคม ได้เริ่มออกล่าตาม แนวเส้น บูอิน - ราบาอูลในวันที่ 2 พฤศจิกายน ทางตะวันออกของเกาะบูเกนวิลล์เธอได้สร้างความเสียหายให้กับเรือรบญี่ปุ่นลำที่สอง สองวันต่อมา เธอเริ่มเคลื่อนตัวไปทางตะวันออกเฉียงใต้ ในวันที่ 8 พฤศจิกายน เธอผ่านเกาะซานคริสโตบัล และออก จากหมู่เกาะโซโลมอน มุ่งหน้าไปยังหมู่เกาะฟิจิและคลองปานามา

เมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน 1942 เรือดำน้ำS-47ได้เข้าร่วมกับหน่วยอื่นๆ ในกองเรือดำน้ำที่ 53 และเรือสนับสนุนเรือดำน้ำUSS Griffin ในท่าเรือซูวาจากนั้นกลุ่มเรือดำน้ำก็เดินทางต่อไปยังโคโคโซโล ที่นั่น ในช่วงไตรมาสแรกของปี 1943 เรือดำน้ำS-47ได้รับการซ่อมบำรุงครั้งใหญ่และติดตั้งเรดาร์ค้นหาผิวน้ำ ในเดือนมีนาคม เธอได้รับคำสั่งให้ไปที่ตรินิแดด หมู่เกาะอินเดียตะวันตกของอังกฤษเพื่อให้บริการฝึกอบรมแก่เรือต่อต้านเรือดำน้ำที่ประจำการอยู่ที่นั่น แต่ไม่นานเธอก็ถูกเรียกตัวกลับไปยังเขตคลองสุเอซ จากนั้นได้รับคำสั่งให้ไปที่ซานฟรานซิสโก รัฐแคลิฟอร์เนียเพื่อทำการซ่อมบำรุงเพิ่มเติมที่อู่ ต่อเรือ เบธเลเฮมสตีลคอมปานี เธอมาถึงในช่วงต้นเดือนพฤษภาคมและอยู่ที่อู่ต่อเรือตลอดช่วงฤดูร้อน และหลังจากฝึกซ้อมนอกชายฝั่งทางตอนใต้ของรัฐแคลิฟอร์เนียในเดือนกันยายน เธอก็มุ่งหน้าไปทางเหนือสู่หมู่เกาะอะลูเชียน

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2486 เรือ S-47เดินทางมาถึงดัตช์ฮาร์เบอร์ เกาะอูนาลาสกาจากนั้นจึงทำการลาดตระเวนทางสงครามสองครั้งเพื่อขัดขวางการคมนาคมของญี่ปุ่นใน พื้นที่ ปารามูชิโรในวันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2487 เธอได้เสร็จสิ้นภารกิจลาดตระเวนในมหาสมุทรแปซิฟิกเหนือครั้งที่สอง และหนึ่งเดือนต่อมา เธอได้ออกจากหมู่เกาะอะลูเชียนเพื่อกลับไปยังมหาสมุทรแปซิฟิกตะวันตกเฉียงใต้

เรือ S-47เดินทางมาถึงอ่าว Milneในวันที่ 17 มีนาคม และ เข้าร่วมกับกองเรือเฉพาะกิจที่ 72 (TF 72) จากนั้นจึงทำการฝึกปฏิบัติการต่อต้านเรือดำน้ำให้กับ เรือกวาดทุ่นระเบิดของ กองเรือที่ 7 เป็นเวลาสองเดือน อย่างไรก็ตาม ในเดือนมิถุนายน เรือได้ย้ายไปที่ท่าเรือ Seeadlerในหมู่เกาะ Admiraltyและออกเดินทางไปลาดตระเวนทางสงครามอีกครั้งในวันที่ 17 มิถุนายน การลาดตระเวนครั้งนี้มีขึ้นเพื่อสนับสนุนการรุกของฝ่ายสัมพันธมิตรตาม แนวชายฝั่ง นิวกินีและเสร็จสิ้นในวันที่ 5 กรกฎาคม นี่เป็นหนึ่งในภารกิจลาดตระเวนทางสงครามครั้งสุดท้ายของเรือ S-47 

หลังจากนั้น เรือได้เข้าประจำการที่บริสเบน และในปลายเดือนสิงหาคม เธอก็กลับไปยังท่าเรือซีแอดเลอร์เพื่อดำเนินการฝึกต่อต้านเรือดำน้ำต่อไป ในเดือนพฤศจิกายน เธอได้ย้ายไปที่มิออส โวเอนดี และในเดือนกุมภาพันธ์ ปี 1945 เธอได้มุ่งหน้าไปยังบริสเบน จากนั้นในวันที่ 8 มีนาคม เธอได้ออกเดินทางไปยังสหรัฐอเมริกาเธอมาถึงซานดิเอโกในกลางเดือนเมษายนและอยู่ที่นั่นจนกระทั่งหลังจากการยุติสงครามในมหาสมุทรแปซิฟิก ในกลางเดือนกันยายน เธอได้ย้ายไปที่ซานฟรานซิสโก