ซิ มเมอร์มันน์มีบทบาททางการทูตและภูมิรัฐศาสตร์อย่างแข็งขันในช่วงเริ่มต้นของสงครามบอสเนีย

ตามที่Robert W. Tuckerศาสตราจารย์กิตติคุณด้านนโยบายต่างประเทศอเมริกันแห่งมหาวิทยาลัย Johns Hopkinsและ David C. Hendrickson ศาสตราจารย์แห่ง Colorado College กล่าวไว้ Zimmermann อาจขัดขวางข้อตกลงลิสบอนหรือที่รู้จักกันในชื่อแผนสันติภาพCarrington - Cutileiro ^{[ 4 ]}ซึ่งเป็นข้อตกลงที่จะสร้างสันติภาพระหว่างกลุ่มชาติพันธุ์หลักสามกลุ่ม ได้แก่ชาวบอสเนียชาวเซิร์บและชาวโครเอเชียที่อาศัยอยู่ในเขตแดนของบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาโดยการสร้าง ระบบ แคนตันเช่นเดียวกับที่มีอยู่ในสวิตเซอร์แลนด์ในช่วงเวลาที่บอสเนียและเฮอร์เซโกวีนากำลังตกอยู่ในภาวะสงครามตามแนวทางชาติพันธุ์ แผนนี้เสนอการแบ่งปันอำนาจตามชาติพันธุ์ในทุกระดับการบริหาร และการกระจายอำนาจรัฐบาลกลางไปยังชุมชนชาติพันธุ์ท้องถิ่น เมื่อวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2535 สิบวันหลังจากที่ทั้งสามฝ่ายได้ลงนามในข้อตกลง ซิมเมอร์มันน์เดินทางมายังซาราเยโวเพื่อพบกับอาลิยา อิเซตเบโกวิช ประธานคณะประธานาธิบดีแห่งบอสเนียและเฮอร์เซ โกวีนา โดยให้คำมั่นกับอิเซตเบโกวิชว่าสหรัฐฯ จะสนับสนุนให้ประเทศเป็นอิสระอย่างสมบูรณ์โดยปราศจากการแบ่งแยกภายใน^{[ 5 ] [ 6 ]}

ภายในไม่กี่วันหลังจากพบกับซิมเมอร์มันน์ อิเซตเบโกวิชได้ถอนลายเซ็นและสละสิทธิ์ในแผนสันติภาพที่เขาตกลงไว้ในลิสบอน โดยประกาศอย่างกะทันหันว่าเขาต่อต้านการแบ่งแยกทางชาติพันธุ์ใดๆ ในบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา ภายในไม่กี่สัปดาห์ สงครามเต็มรูปแบบก็ปะทุขึ้น สามปีครึ่งต่อมาข้อตกลงเดย์ตันที่ทั้งสามฝ่ายยอมรับในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2538 ซึ่งเป็นการยุติสงคราม มีระบบแคนตันที่คล้ายคลึงกันมาก โดยแบ่งบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาภายในตามเส้นแบ่งทางชาติพันธุ์^{[ 7 ]}ในปี พ.ศ. 2540 อัลเฟรด เชอร์แมนนักวิเคราะห์การเมืองชาวอังกฤษและที่ปรึกษาของมาร์กาเร็ต แทตเชอร์ เขียน ไว้ว่า การมีส่วนร่วมของซิมเมอร์มันน์ในบอสเนีย พร้อมกับนโยบายต่างประเทศโดยรวมของอเมริกาในบอลข่าน เป็นการ "โกหกและหลอกลวง ปลุกปั่นสงครามที่พลเรือนเป็นเหยื่อหลัก และความเกลียดชังในอดีตก็ทวีความรุนแรงขึ้น" ^{[ 8 ]}

เมื่อความขัดแย้งในบอสเนียลุกลามกลายเป็นสงครามเต็มรูปแบบในช่วงฤดูใบไม้ผลิปี 1992 ซิ มเมอร์มันน์ได้สนับสนุนนโยบายการแทรกแซง ทางทหารจากต่างประเทศ

ตามที่นักข่าวSamantha Powerผู้เขียนหนังสือA Problem from Hell: America and the Age of Genocide กล่าวไว้อาชีพของ Zimmermann ในยูโกสลาเวียนั้นเต็มไปด้วย "ความผิดหวังกับการที่รัฐบาลบุชไม่ยอมเข้าแทรกแซง" การกระทำอย่างเป็นทางการครั้งสุดท้ายของเขาก่อนที่จะถูกเรียกตัวกลับสหรัฐอเมริกาในวันที่ 16 พฤษภาคม 1992 คือการเขียนบันทึกข้อความลับชื่อ "ใครฆ่ายูโกสลาเวีย?" ^{[ 9 ]}ถึงรัฐมนตรีต่างประเทศ แต่ละส่วนทั้งห้าส่วนของบันทึกข้อความนั้นมีหัวข้อเป็นบทกวีจากบทกวี " ใครฆ่าค็อกโรบิน? " ในการวิเคราะห์ของ Zimmermann ลัทธิชาตินิยมของผู้นำบอลข่านนำไปสู่การล่มสลายของประเทศ^{[ 10 ]}

ซิมเมอร์แมนลาออกจากราชการทางการทูตในปี 1994 เพื่อประท้วงความลังเลของ ประธานาธิบดี บิล คลินตัน ที่จะเข้าแทรกแซง สงครามบอสเนีย เขารณรงค์เพื่อโน้มน้าวให้สหรัฐฯ ดำเนินการเพื่อยุติสิ่งที่เขาเห็นว่าเป็น " การรุกรานของเซอร์เบียในสมรภูมิรบของบอสเนีย" ^{[ 2 ]}และมีความเห็นว่า "การโจมตีทางอากาศของนาโตต่อชาวเซอร์เบียในช่วงสงครามจะยุติสงครามและนำไปสู่ข้อตกลงที่เจรจาได้" ^{[ 11 ]}

ต่อมา Zimmermann ได้สอนที่มหาวิทยาลัย Johns Hopkins (1994–96) และมหาวิทยาลัย Columbia (1996–2000) และได้ออกมาพูดต่อต้านการละเมิดสิทธิมนุษยชน^{[ 2 ]}

ซิมเมอร์มันน์เขียนบันทึกประสบการณ์ของเขาในยูโกสลาเวีย ชื่อThe Origins Of A Catastrophe (1996) ^{[ 2 ]}ตามที่เขาเขียนไว้ในหนังสือฟรานโย ทูจมันอ้างว่าบอสเนียควรถูกแบ่งระหว่างชาวโครเอเชียและชาวเซิร์บในการประชุมคาราจอร์เจโวระหว่างมิโลเชวิชและทูจมัน “ ทูจมันยอมรับว่าเขาได้พูดคุยเกี่ยวกับจินตนาการเหล่านี้กับมิโลเชวิชผู้นำกองทัพยูโกสลาเวียและ ชาวเซิ ร์บในบอสเนีย ” ซิมเมอร์มันน์เขียน “ และพวกเขาก็เห็นพ้องกันว่าทางออกเดียวคือการแบ่งบอสเนียระหว่างเซอร์เบียและโครเอเชีย ” ^{[ 12 ] [ 13 ]}