วัดแห่ง นี้สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2324 ประมาณ 27 ปีก่อนที่เมืองอยุธยาจะก่อตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการ วัดนี้จึงต้องมีความเชื่อมโยงกับชุมชนในยุคแรกๆ ในพื้นที่นี้ด้วย ชุมชนเหล่านี้มีรายงานว่า^{[ 1 ]} ชุมชนผู้ลี้ภัยจาก ราชวงศ์ซ่งของจีนมีจำนวน 200 คน

วิหารขนาดใหญ่ซึ่งเป็นอาคารที่สูงที่สุดภายในหมู่เทวสถาน เป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปปางนั่งปิดทองขนาดใหญ่สูง19เมตร สร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1334 พระพุทธรูปองค์นี้ได้รับการเคารพนับถืออย่างสูง ชาวไทยเรียกว่าหลวงพ่อโตและชาวไทยเชื้อสายจีนเรียกว่า สามเปาคงพระพุทธรูปองค์นี้ถือเป็นผู้พิทักษ์ชาวเรือกล่าวกันว่าก่อนที่อยุธยาจะถูกทำลายโดยชาวพม่าในปี ค.ศ. 1767 “น้ำตาไหลจากดวงตาอันศักดิ์สิทธิ์ไปยังสะดืออันศักดิ์สิทธิ์” ^{[ 2 ]}พระพุทธรูปองค์นี้ได้รับการบูรณะหลายครั้งในประวัติศาสตร์ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้า เจ้าอยู่หัวทรง ตั้งชื่อพระพุทธรูปองค์นี้ว่าพระพุทธไตรรัตนนายกหลังจากการบูรณะในปี ค.ศ. 1854

• หลวงพ่อโถ
• 
• 
• 
• 

เจิ้งเหอขันทีชาวจีนมุสลิมที่เป็นนายพลเรือจากยูนนานซึ่งนำทัพในการเดินทางทางทะเลครั้งที่สอง ของราชวงศ์ หมิง ได้ เสด็จเยือนวัดแห่งนี้ในปี ค.ศ. 1407 พระองค์ได้พระราชทานของขวัญแก่วัดในพิธีอันยิ่งใหญ่ซึ่งมีพระราชวงศ์สยามเข้าร่วมด้วย และปัจจุบันนักท่องเที่ยวชาวไทยเชื้อสายจีนยังคงระลึกถึงวัดแห่งนี้เพื่อเป็นเกียรติแก่พระองค์^{[ 3 ]}

ชื่อวัดพะนันเชิงมีที่มาสองแหล่ง แหล่งแรกคือตำนานเจ้าหญิงโซยดอกมาก เล่าว่าจักรพรรดิจีนได้ยกพระธิดา เจ้าหญิงโซยดอกมาก ให้แก่เจ้าชายสายน้ำผึ้งจักรพรรดิได้ ส่งเจ้าหญิงไปยังอยุธยาโดยเรือสำเภาที่ตกแต่งอย่างสวยงาม หลังจากเรือเทียบท่า ปรากฏว่าเจ้าชายสายน้ำผึ้งไม่ได้ส่งใครมาต้อนรับ เจ้าหญิงจึงผิดหวัง แต่เจ้าชาย สายน้ำผึ้งตรัสหยอกล้อว่า "ถ้าไม่อยากลงจากเรือก็อยู่ตรงนั้นแหละ" แล้วเจ้าหญิงก็กลั้นหายใจจนสิ้นพระชนม์ เจ้าชายสายน้ำผึ้งโศกเศร้าและสั่งให้คนงานสร้างศาลเพื่อเป็นอนุสรณ์แก่เจ้าหญิงโซยดอกมากผู้เป็นที่รัก ชาวบ้านเชื่อว่าตำนานนี้อาจเป็นที่มาของชื่อวัด ซึ่งมาจากคำว่าพระนางลองเชิง " พระนางทรงตั้งพระทัย" ปัจจุบันมีศาลอุทิศแด่พระนางสร้างอยู่ที่ปลายวัด^{[ 4 ]}ศาลเจ้าเป็นสถานที่ที่ผู้คนสามารถขอพรได้ โดยเฉพาะในเรื่องความรักและอาชีพการงาน

ในทางประวัติศาสตร์ ชื่อPhanan ChoengมาจากภาษาเขมรโดยPhanaengหมายถึง "ทับซ้อน" หรือ "สานกัน" และChoengหมายถึง "เท้า" ซึ่งโดยรวมแล้วหมายถึงท่าขัดสมาธิของหลวงพ่อโถ^{[ 5 ]}