ในช่วงปลายปี 2547 ข่าวการก่อตั้งสายการบินใหม่ได้ถูกประกาศต่อสื่อมวลชน สายการบิน Wayraperú เกิดจากการร่วมทุนระหว่างบริษัทOceanAir ของบราซิลและ Fondo de Inversiones Sustentables ซึ่งบริหารงานโดยนักธุรกิจ Pedro Koechlin ในช่วงที่รุ่งเรืองที่สุด สายการบินนี้ให้บริการไปยัง 14 จุดหมายปลายทาง โดยใช้เครื่องบินFokker 100 จำนวน 3 ลำ สำหรับสายการบิน American Airlinesเมื่อวันที่ 20 มีนาคม 2549 สายการบินได้เริ่มดำเนินการอย่างเป็นทางการ โดยเปิดเส้นทางบินจากลิมาไปยังอาเรกีปา

เมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 เที่ยวบินทั้งหมดถูกระงับ โดยอ้างถึงการบริหารจัดการที่ไม่ดีซึ่งก่อให้เกิดวิกฤตการณ์ที่ "คุกคามการอยู่รอด" ของบริษัท สายการบินดังกล่าวมีส่วนแบ่งการตลาดในเปรู 9% ตามตัวเลขในเดือนกันยายน พ.ศ. 2549 โดยมีเที่ยวบินไป^ยัง Arequipa , Iquitos , Tacna , Pucallpa , Talara , Tarapoto , TrujilloและTumbes [ ^{1 ]}

เมื่อวันที่ 30 มกราคม 2561 สายการบิน Wayraperú ประกาศว่าจะกลับมาเปิดให้บริการอีกครั้งหลังจากหยุดไป 12 ปี การประกาศดังกล่าวเกิดขึ้นหลังจากที่สายการบินมีกำหนดจะซื้อ เครื่องบิน Fokker 70 จำนวน 2 ลำ ซึ่งเดิมเป็นของสายการบิน KLM Cityhopperที่ปลดระวางเครื่องบินดังกล่าวเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 2560

Wayraperú มีใบอนุญาตประกอบกิจการการบินที่ใช้งานได้จากกระทรวงคมนาคมและการสื่อสารของเปรู ซึ่งอนุญาตให้ดำเนินการเที่ยวบินเช่าเหมาลำผู้โดยสารภายในประเทศจากฐานระหว่างประเทศหลักในลิมา รวมถึงอิควิตอส ทาราโปโต ปู^คัลปาและชาชาโปยาสอย่างไรก็ตาม สายการบินยังไม่มีใบรับรองผู้ประกอบการการบิน [ ^{2 ]}

เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม 2561 สายการบินได้กลับมาดำเนินการอีกครั้งโดยใช้เครื่องบินFokker 70จาก Tarapoto ไปยังสนามบิน Juan Simons Velaในเที่ยวบินสำรวจ โดยมีพนักงานสายการบินและนายกเทศมนตรีของRiojaคือ Mercedes Torres อยู่บนเครื่องด้วย^{[ 3 ]}มีรายงานว่าสายการบินจะเริ่มให้บริการเที่ยวบินระหว่าง Rioja และ Lima สัปดาห์ละสองครั้งตั้งแต่เดือนมิถุนายน 2561 ซึ่งอาจเพิ่มความถี่ได้ตามความต้องการ^{[ 4 ]}

ในปี 2021 Wayraperú ได้ปลดระวางเครื่องบินลำสุดท้ายและเก็บรักษาไว้ที่ลิมาและเว็บไซต์อย่างเป็นทางการของบริษัทก็ได้ปิดตัวลงตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา