กิฟฟอร์ดได้ยุติความขัดแย้งกับลิงกาปปา เจ้าเมืองปูนามัลลี โดยเสนอสันติภาพกับเขา ลิงกาปปาเห็นโอกาสจึงเรียกร้องเงินจำนวนมหาศาลเพื่อแลกกับมิตรภาพและความช่วยเหลือในการปราบปรามการค้าเอกชนและกิจกรรมทางอาชญากรรมอื่นๆ บริษัทตกลงและจ่ายเงินให้เขา 7,000 ปาโกดาเจ้าเมืองปูนามัลลีได้ลงนามในพระราชโองการในนามของสุลต่านแห่งโกลคอนดาโดยจัดหาพื้นที่ใหม่สำหรับเขตมาดราสปัตนัมในอัตรา 1,200 ปาโกดาต่อปี

เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 1683 ทูตจากสุลต่านแห่งโกลคอนดาเดินทางมาถึงบ้านพักในสวนของบริษัท และได้รับการต้อนรับด้วยเสียงปืนดังสนั่น ท่ามกลางการเฉลิมฉลองและความตื่นเต้นพระราชโองการจึงได้รับการลงนาม

ภายใต้แรงกดดันอย่างหนักจาก Josiah Childe วิลเลียม กิฟฟอร์ด ได้นำการปฏิรูปมาใช้เพื่อเพิ่มรายได้ของบริษัทอีสต์อินเดียธนาคารมาดราสก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน ค.ศ. 1683 ด้วยทุนจดทะเบียนหนึ่งแสนปอนด์สเตอร์ลิง ธนาคารแห่งนี้ให้กู้ยืมเงินแก่ประชาชนในเมืองมาดราสในอัตราดอกเบี้ยร้อยละหก ธนาคารมาดราส ซึ่งต่อมากลายเป็นธนาคารแห่งมาดราสในปี ค.ศ. 1843 และในที่สุดก็ควบรวมกับธนาคารแห่งเบงกอลและธนาคารแห่งบอมเบย์เพื่อก่อตั้งธนาคารอิมพีเรียลแห่งอินเดียในปี ค.ศ. 1921 เป็นสถาบันการธนาคารแบบยุโรปที่เก่าแก่ที่สุดในอินเดีย^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}

นอกจากนี้ กิฟฟอร์ดยังได้ออกกฎหมายเพื่อควบคุมการค้าทาสในเขตปกครองของป้อมเซนต์จอร์จ การค้าทาสถูกกำหนดให้เป็นความผิดทางกฎหมาย และมีการจัดตั้งศาลทหารเรือขึ้นเมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม ค.ศ. 1684 เพื่อพิจารณาคดีผู้กระทำผิด โดยเข้ามาแทนที่ศาลยุติธรรมที่สเตรนแชม มาสเตอร์ได้จัดตั้งขึ้น ซึ่งตัวแทนเป็นผู้ตัดสินคดีผู้บุกรุกและผู้ค้าทาส

เมื่อวันที่ 8 สิงหาคม ค.ศ. 1684 เมืองมัทราสได้รับการยกฐานะเป็นเมืองประธานาธิบดี และเอลิฮู เยลได้รับแต่งตั้งเป็นประธานาธิบดีคนแรก

ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1686 เกิดการกบฏขึ้นในหมู่ประชาชนชาวเมืองมัทราสที่ไม่พอใจกับการเก็บภาษีที่เข้มงวด บรรดาเสมียน ช่างทอผ้า และคนงานรับจ้างทั่วไปที่รับเงินเดือนจากบริษัทได้ก่อการจลาจลและขู่ว่าจะไม่มาทำงาน วิลเลียม กิฟฟอร์ด ตอบโต้ด้วยมาตรการเด็ดขาดและวางกำลังรักษาความปลอดภัยอย่างเข้มงวดตามทางเข้าเมืองทุกแห่ง มีการออกประกาศและอ่านต่อสาธารณชน ตามประกาศนี้ ฝ่ายบริหารขู่ว่าจะเนรเทศทุกคนที่ปฏิเสธที่จะจ่ายภาษี พ่อค้าธัญพืชในเมืองถูกขู่ว่าจะยึดสินค้าหากพวกเขาไม่ขายธัญพืช วันรุ่งขึ้น (4 มกราคม ค.ศ. 1686) ได้มีการประนีประนอมกันโดยที่ชาวเมืองมัทราสยอมรับและตกลงที่จะจ่ายภาษี

เมื่อวันที่ 4 สิงหาคม ค.ศ. 1686 ทหาร โปรตุเกสที่รับใช้บริษัทอีสต์อินเดียซึ่งถูกส่งไปประจำการในสงครามที่เบงกอลปฏิเสธที่จะออกเดินทาง เนื่องจากสงสัยว่าผู้รับใช้บริษัทตั้งใจจะส่งพวกเขาไปฟื้นฟูหมู่บ้านร้างในสุมาตราตะวันตกซึ่งประสบกับโรคระบาดลึกลับ เมื่อทางการพยายามบังคับ พวกเขาจึงก่อการกบฏขึ้น ฝ่ายบริหารจึงจับกุมผู้นำการกบฏและประหารชีวิตพวกเขา การกบฏสงบลงในที่สุดภายในไม่กี่วัน

ในปี ค.ศ. 1686 เกิดภาวะอดอยากครั้งใหญ่ขึ้นในเมืองมัทราส จากประชากรประมาณ 300,000 คน มีผู้เสียชีวิต 35,000 คน และกว่า 6,000 ครอบครัวถูกบังคับให้อพยพออกจากเมือง^{[ 6 ]}

หลังจากการเสียชีวิตของชิวาจีในปี 1680 อำนาจ ของมาราฐาในเดคคานก็เริ่มเสื่อมถอยลง และจักรพรรดิออรังเซบ แห่งราชวงศ์โมกุล ได้นำกองทัพขนาดใหญ่ลงใต้เพื่อกู้คืนดินแดนที่สูญเสียไป ในปี 1686 มุอัซซัมโอรส ของออรังเซบ ได้เปิดฉากการรุกรานโกลคอนดา ซึ่งจบลงด้วยการปิดล้อมและยึดครองเมืองหลวงได้ในที่สุดในเดือนกันยายนปี 1687 อย่างไรก็ตาม กองกำลังของโกลคอนดาได้ต่อต้านอย่างแข็งขันนานกว่าเจ็ดเดือน ในช่วงเวลานั้นทั่วทั้งโกลคอนดาตกอยู่ในความหวาดกลัวต่อการรุกรานและการสังหารหมู่

บรรดาผู้แทนจากเมืองมัทราส ซึ่งเป็นพันธมิตรที่ภักดีของโกลคอนดา คาดการณ์ว่าจะมีการรุกราน จึงขอความช่วยเหลือจากอังกฤษ พวกเขายังโน้มน้าวโรงงานที่กัลกัตตา ซึ่งมีกำลังคนและอิทธิพลมากกว่า ให้เจรจากับออรังเซบ อย่างไรก็ตาม ก่อนที่การปิดล้อมโกลคอนดาจะสิ้นสุดลง และก่อนที่ออรังเซบจะสามารถทุ่มเทพลังงานไปช่วยเหลือพันธมิตรเล็กๆ ของสุลต่านแห่งโกลคอนดาได้ กิฟฟอร์ดก็ถูกเรียกตัวกลับและถูกแทนที่โดยเอลิฮู เยล ในตำแหน่งประธานของมัทราส