ZC3H12B
| ZC3H12B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ตัวระบุ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ชื่อเรียกอื่น | ZC3H12B , CXorf32, MCPIP2, ซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH ที่มี 12B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| รหัสภายนอก | โอมิม : 300889 ; เอ็มจีไอ : 2442133 ; โฮโมโลยีน : 19395 ; การ์ดเสียง : ZC3H12B ; OMA : ZC3H12B - ออโธโลจี | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| วิกิดาต้า | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZC3H12Bหรือที่รู้จักกันในชื่อCXorf32หรือMCPIP2เป็นโปรตีนที่ถูกสร้างขึ้นจากยีน ZC3H12B ซึ่งตั้งอยู่บนโครโมโซม Xq12 ในมนุษย์
ยีน
ยีน ZC3H12B ประกอบด้วยเบสคู่ (bp) จำนวน 19,709 คู่ และมีเอ็กซอน 5 ส่วน ตั้งอยู่บนโครโมโซม Xที่ตำแหน่ง q12 บนสายบวก
ตำแหน่งยีน ZC3H12B
ZC3H12Bประกอบด้วย โดเมน ไรโบเอนไซม์ (ribonuclease domain) และโดเมนซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH (CCCH-type zinc finger domain) ไรโบเอนไซม์ (RNases) ทำหน้าที่ย่อยสลาย RNA และมีส่วนเกี่ยวข้องในกระบวนการเจริญเติบโตของ RNA นอกจากนี้ยังเป็นกลไกป้องกัน RNA จากไวรัส (D'Alessio and Riordan 1997) ซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH เกี่ยวข้องกับการทำให้ mRNA ไม่เสถียร ซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH ได้รับการพิสูจน์แล้วว่าสามารถเปลี่ยนแปลง mRNA ได้โดยไม่ต้องกำจัดส่วนหาง PolyA (Lai and Blackshear 2001) ZC3H12B และโปรตีนที่คล้ายคลึงกันอย่าง ZC3H12A, ZC3H12C และ ZC3H12D ล้วนมีโดเมนซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH ซึ่งเกี่ยวข้องกับวงจรเซลล์และการเปลี่ยนผ่านระยะการเจริญเติบโตในยูคาริโอต (InterPro)
โปรโมเตอร์
โปรแกรม Genomatix ElDorado ทำนายว่ามีโปรโมเตอร์ขนาด 601 bp อยู่เหนือยีน ZC3H12B ซึ่งมีตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัสหลายตำแหน่ง รวมถึงปัจจัยนิวเคลียร์ของเซลล์ T ที่ถูกกระตุ้นและโปรตีนซิงค์ฟิงเกอร์ที่เกี่ยวข้องกับไรโบโปรตีน MOK-2 (หรือที่รู้จักกันในชื่อZNF239 )
การทำนายตำแหน่งการจับของปัจจัยถอดรหัสในโปรโมเตอร์ของ ZC3H12B
เอ็มอาร์เอ็นเอ
ZC3H12B ประกอบด้วย mRNA ขนาด 7273 bp มีทรานสคริปต์ที่คาดการณ์ได้เพียงหนึ่งเดียวโดย Aceview ไม่มีการทำนายรูปแบบการพับ (Mfold) มีอินทรอนจำนวน 4 ตัวที่ถูกตัดออกจาก ZC3H12B
Aceview ทำนายตัวแปร mRNA เดี่ยวใน ZC3H12B
โปรตีน
ZC3H12B เป็นไรโบเอนไซม์ที่น่าจะเป็นไปได้ ซึ่งประกอบด้วยโดเมนซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH และโดเมนไรโบเอนไซม์ โปรตีนที่มีกรดอะมิโน 836 ตัว มีน้ำหนักโมเลกุลที่คาดการณ์ไว้ 94.2 กิโลดาลตัน ไม่มีเปปไทด์สัญญาณหรือบริเวณเยื่อหุ้มเซลล์ PSORTII คาดการณ์ว่ามีความน่าจะเป็น 65.2% ที่จะอยู่ในนิวเคลียส ซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH และไรโบเอนไซม์นั้นคาดว่าจะอยู่ในนิวเคลียสเพื่อทำหน้าที่ตัด RNA โดยเฉพาะอย่างยิ่งการตัด RNA แบบแฮร์พิน (Boysen และ Hearn 2008)
ลักษณะโครงสร้าง
โครงสร้างทุติยภูมิของโปรตีนเป็นส่วนผสมของเกลียวอัลฟาและสายเบต้า โดเมนสองโดเมนที่ระบุได้จนถึงขณะนี้คือโดเมนไรโบเอนไซม์และโดเมนซิงค์ฟิงเกอร์ชนิด CCCH
ภาพด้านล่างแสดงโดเมนอนุรักษ์ของพาราโลก ZC3H12B ที่ชื่อ Mcpip1 (หรือ ZC3H12A) ในการเปรียบเทียบโครงสร้างด้วย BLAST พบว่ามีความเหมือนกัน 82% โดยมีการครอบคลุมของแบบสอบถาม 24% และค่า e-value ที่คาดการณ์ไว้คือ 2e-118 ความเหมือนกัน 82% นั้นเพียงพอที่จะทำการเปรียบเทียบโดเมนอนุรักษ์นิ้วสังกะสีของ ZC3H12B และ Mcpip1 (ZC3H12A) ซึ่งทั้งสองคาดว่าจะประกอบด้วยสายเบต้าและเกลียวอัลฟา
ภาพเรนเดอร์ Cn3D ของโดเมนอนุรักษ์ของ Mcpip1 ที่มีลวดลายซิงค์ฟิงเกอร์
การดัดแปลงหลังการแปล
โปรแกรม Phobius ทำนายตำแหน่งโปรตีนที่ไม่ใช่ไซโตพลาสซึม NetPhos 2.0 ทำนายตำแหน่งฟอสโฟรีเลชัน 63 ตำแหน่งใน ZC3H12B ซึ่งถูกทำเครื่องหมายไว้ในการแปลเชิงแนวคิด YinOYang1.2 ทำนายตำแหน่งการเชื่อมต่อ 0-Beta-GlcNAc สามตำแหน่ง ซึ่งแข่งขันกับตำแหน่งฟอสโฟรีเลชัน 0-Beta-GlcNAc น่าจะเป็นไกลโคซิเลชันชนิดเดียวที่เกิดขึ้นในนิวเคลียสและ/หรือไซโตพลาสซึมของเซลล์ มีความเชื่อมโยงที่น่าสนใจระหว่างการกระตุ้นแอนติเจนโดยลิมโฟไซต์และการเกิด 0-B-Glycosylation แบบไดนามิกในโปรตีนนิวเคลียส (Hart และ Akimoto) NetNGlyc ทำนายตำแหน่งไกลโคซิเลชัน แต่ตำแหน่งเหล่านี้ถูกตัดออกเนื่องจากโปรตีนน่าจะอยู่ในนิวเคลียสและจะไม่เกิดไกลโคซิเลชันในรูปแบบนี้ ไม่มีการทำนายตำแหน่งอะเซทิเลชันที่ปลาย N-terminus ของโปรตีน นี่เป็นเรื่องผิดปกติเนื่องจากโปรตีนของมนุษย์ประมาณ 85% จะถูกอะเซทิเลตที่ปลาย N เพื่อใช้ในการสังเคราะห์ การทำให้เสถียร และการกำหนดตำแหน่งของโปรตีน (Van Damm et al.) ไม่พบคลัสเตอร์ประจุบวก ประจุลบ หรือประจุผสม ไม่พบส่วนที่ชอบน้ำ (SAPS SDSC Biology Workbench) MitoProtII ไม่พบสัญญาณการส่งออกไมโทคอนเดรีย การทดสอบหลังการแปลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าโปรตีนตั้งอยู่ในนิวเคลียสและมีการฟอสโฟรีเลชันแบบไดนามิกและการดัดแปลง 0-Beta-GlcNAc
วิวัฒนาการ
โดเมนบางส่วนของ ZC3H12B มีการอนุรักษ์ไว้ในสัตว์มีกระดูกสันหลัง สัตว์ขาปล้อง และหนอนปล้องส่วนใหญ่ ไม่มีโดเมนที่มีการอนุรักษ์ไว้ในกลุ่มแบคทีเรียหรืออาร์เคีย และไม่มีโดเมนที่มีการอนุรักษ์ไว้อย่างมีนัยสำคัญในยีสต์ พืช หรือโปรติสต์
พาราล็อกส์
ZC3H12B มีพาราโลก อยู่ 3 ชนิด ซึ่งอยู่ในตระกูลซิงค์ฟิงเกอร์แบบ CCCH เดียวกัน โดยทั้งหมดมีความเหมือนกับ ZC3H12B มากกว่า 50% เมื่อพิจารณาจากการวิเคราะห์ด้วย BLAST (NCBI)
| ชื่อ | สายพันธุ์ | หมายเลขการเข้าถึง NCBI | ความยาว (AA) | เอกลักษณ์ของโปรตีน |
|---|---|---|---|---|
| ZC3H12B | โฮโมเซเปียนส์ | NM_001010888.3 | 836aa | 100% |
| ZC3H12A | โฮโมเซเปียนส์ | NM_025079.2 | 599aa | 68% |
| ZC3H12C | โฮโมเซเปียนส์ | NM_033390.1 | 883aa | 53% |
| ZC3H12D | โฮโมเซเปียนส์ | NM_207360.2 | 527aa | 61% |
ออร์โธล็อก
ยีน ZC3H12B มีการอนุรักษ์ไว้ในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก แมลง และหนอนตัวกลม (BLAST) ดูตารางด้านล่างสำหรับสรุปออร์โธล็อกของ ZC3H12B ในมนุษย์
| สายพันธุ์ | ชื่อสามัญของสายพันธุ์ | ความแตกต่าง (MYA) | หมายเลขการเข้าถึง NCBI (โปรตีน) | ความยาว (กรดอะมิโน) | เอกลักษณ์ของโปรตีน | ความคล้ายคลึงกัน | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| โฮโมเซเปียนส์ | มนุษย์ | ไม่มีข้อมูล | NP_001010888.3 | 836aa | 100% | 100% | |
| แพน พานิสคัส | ชิมแปนซี | 6.3 | XP_003816967.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| ปองโก อาเบลี | อุรังอุตัง | 15.7 | XP_002831786.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Macaca mulatta | ลิงแรซัส | 29 | XP_002806307.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| คาลลิทริกซ์ จาคัส | ลิงมาร์โมเซ็ต | 42.6 | XP_002762992.2 | 836aa | 98% | 98% | |
| มัส มัสคูลัส | หนู | 92.3 | NP_001030079.2 | 835aa | 91% | 94% | |
| ซัส สครอฟา | หมู | 94.2 | XP_003360389.1 | 836aa | 93% | 96% | |
| ไก่ตัวผู้ ไก่ตัวผู้ | ไก่ | 296 | XP_003641177.1 | 837aa | 77% | 85% | |
| Chrysemys picta bellii | เต่าลาย | 296 | XP_005279572.1 | 838aa | 78% | 86% | |
| โอริเซียส ลาติเปส | เมดากะ | 400.1 | XP_004076599.1 | 845aa | 67% | 77% | |
| กาดัส มอร์ฮัว | ปลาค็อดแอตแลนติก | 400.1 | AFK76491.1 | 842aa | 29% | 44% | |
| ดานิโอ เรริโอ | ปลาซีบราฟิช | 400.1 | XP_001342172.3 | 982aa | 68% | 77% | |
| เปโตรมีซอน มารินัส | ปลาแลมเพรย์ | 535.7 | ABO21295.1 | 222aa | 44% | 58% | |
| Branchiostoma floridae | แลนซ์เล็ต | 713.2 | XP_002598834.1 | 492aa | 66% | 79% | |
| Ciona intestinalis | ทูนิเคทแจกัน | 722.5 | XP_002125834.1 | 863aa | 54% | 66% | |
| สตรองจิโลเซนโทรตัส เพอร์พูราตัส | เม่นทะเลสีม่วง | 742.9 | XP_787030.3 | 974aa | 58% | 72% | |
| อะพลิซิโอมอร์ฟา คาลิฟอร์นิกา | ทากทะเล | 782.7 | XP_005113312.1 | 1269aa | 51% | 69% | |
| ดรอโซฟิล่า กริมชอว์ | แมลงวันผลไม้ฮาวาย | 782.7 | XP_001994140.1 | 548aa | 51% | 69% | |
| อะโนเฟลส์ แกมเบีย | ยุง | 782.7 | XP_321880 | 637aa | 59% | 75% | |
| ผึ้งงาน | ผึ้ง | 782.7 | XP_397264 | 652aa | 58% | 73% | |
| Caenorhabditis elegans | พยาธิตัวกลม (นีมาโทด) | 937.5 | NP_491985.4 | 634aa | 46% | 64% |
การแสดงออกและหน้าที่
การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อปกติด้วย ไมโครอาร์เรย์แสดงให้เห็นว่ามีการแสดงออกของยีนเพิ่มขึ้นในตับอ่อน ต่อมลูกหมาก สมอง ไขสันหลัง และต่อมไทมัส (GEO) ซึ่งแตกต่างจากยีน คู่ขนาน ( paralogs ) ตรงที่ไม่มีการแสดงออกในเนื้อเยื่อที่ถูกกระตุ้นโดยแมโครฟาจ ซึ่งบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์แบบคู่ขนานกับการตอบสนองต่อการอักเสบ (Liang et al. 2008) ZC3H12B มีการแสดงออกชั่วคราวในเนื้อเยื่อสมอง ต่อมไทมัส และอัณฑะ (EST)
ปฏิสัมพันธ์
การทำนายปฏิสัมพันธ์โดย Ingenuity Systems ไม่พบโมเลกุลเป้าหมายยาในวิถีการทำงาน และไม่มีเป้าหมายยาที่รู้จัก หน้าที่และโรคที่ระบุไว้อันดับต้น ๆ ได้แก่ มะเร็ง การบาดเจ็บและความผิดปกติของสิ่งมีชีวิต และโรคของระบบสืบพันธุ์ มีการทำนายปฏิสัมพันธ์ ของ miRNA หลายรายการ เป้าหมาย miRNA ที่ทำนายไว้ยังไม่ตรงกับลำดับ ZC3H12B และยังไม่ชัดเจนว่ามีปฏิสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองหรือไม่ ในอนาคต อาจใช้การทดสอบต่างๆ เช่น Forster Resonance Energy Transfer (FRET), co-immunoprecipitation, two-hybrid screening, hydropathic complementarity, cluster-microarray และ ChiP เพื่อทดสอบปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน/โครมาตินใหม่กับ ZC3H12B
ความสำคัญทางคลินิก
การขาดหายไปของตำแหน่ง Xq12 ส่งผลให้เกิดความผิดปกติหลายอย่าง เช่นภาวะดื้อต่อแอนโดรเจน ความ เสี่ยงต่อมะเร็งต่อมลูกหมาก โรคกล้ามเนื้อฝ่อบริเวณไขสันหลังและ ก้านสมอง ของเคนเนดี และ ความบกพร่องทางสติปัญญาอย่างไรก็ตาม ยังไม่พบความเชื่อมโยงระหว่างโรคเหล่านี้กับ ZC3H12B (NCBI)
อ่านเพิ่มเติม
- Liang J, Wang J, Azfer A, Song W, Tromp G, Kolattukudy PE, Fu M (มีนาคม 2551). "โปรตีนตระกูล CCCH-zinc finger ชนิดใหม่ควบคุมการกระตุ้นการอักเสบของแมโครฟาจ"วารสารชีวเคมี 283 ( 10): 6337– 46. doi : 10.1074/jbc.m707861200 . PMID 18178554 .
- Van Damme P, Hole K, Pimenta-Marques A, Helsens K, Vandekerckhove J, Martinho RG, Gevaert K, Arnesen T (กรกฎาคม 2011). "NatF มีส่วนช่วยในการเปลี่ยนแปลงวิวัฒนาการของการอะเซทิเลชันที่ปลาย N ของโปรตีนและมีความสำคัญต่อการแยกโครโมโซมตามปกติ" PLOS Genetics . 7 (7) e1002169. doi : 10.1371/journal.pgen.1002169 . PMC 3131286 . PMID 21750686 .