เมลเบิร์นซิตี้เป็นหนึ่งใน 704 ทีมที่เข้าร่วม การแข่งขัน เอฟเอฟเอคัพและในฐานะ สโมสร เอลีกได้เข้าร่วมการแข่งขันในรอบ 32 ทีม^{[ 6 ]}

เมลเบิร์น ซิตี้ เดินทางไปเพิร์ธ เพื่อลงเล่นนัดเปิดสนามรอบ 32 ทีมสุดท้าย พบกับ ฟลอเรียต เอเธน่าทีมจากลีกรองและคว้าชัยชนะไปอย่างเฉียดฉิว 2-1

ในรอบ 16 ทีมสุดท้าย ซิตี้ต้องพบกับบริสเบน สไตรเกอร์ส ทีมจากลีกรอง โดยซิตี้เล่นนอกบ้านและตกเป็นฝ่ายตามหลังก่อน 1 ประตู ก่อนจะพลิกกลับมาเอาชนะไปได้ 2-1

จากนั้น ซิตี้ก็โชว์ฟอร์มที่น่าประทับใจที่สุดในแคมเปญฟุตบอลถ้วยของพวกเขา โดยเอาชนะเวสเทิร์น ซิดนีย์ วันเดอเรอร์ส คู่แข่งจากเอ-ลีก ไป ได้ 4-1 ในบ้าน

ในการแข่งขันดาร์บี้แมตช์รอบรองชนะเลิศที่ดุเดือด ซิตี้เอาชนะคู่ปรับอย่างเมลเบิร์น วิคตอรี่ 2-0 ที่สนาม AAMI Park ^{[ 7 ]}

เช่นเดียวกับคู่แข่งซิดนีย์ เอฟซีเข้าสู่การแข่งขันในรอบ 32 ทีม^{[ 6 ]}

ซิดนีย์ เอฟซี เริ่มต้นเส้นทางในศึกเอฟเอ คัพ ด้วยชัยชนะ 3-0 เหนือวูล์ฟส์ที่สนามวิน สเตเดียม

จากนั้นพวกเขาก็เอาชนะทีม ร่วม ลีกเออย่างเพิร์ธ กลอรี่ไปได้ 2-0 ในเกมเยือนที่สนามดอร์เรียน การ์เดนส์ในเมืองเพิร์ธ

ซิดนีย์ เอฟซี ถูกจับสลากให้พบกับแบล็กทาวน์ ซิตี้ ทีมฟอร์มดีจากดิวิชั่นสอง ที่สนามซิดนีย์ ยูไนเต็ด สปอร์ต เซ็นเตอร์แต่พวกเขาก็โชว์ฟอร์มเฉียบคมอีกครั้งด้วยชัยชนะ 3-0

คู่แข่งในรอบรองชนะเลิศของพวกเขาคือแคนเบอร์รา โอลิมปิกซึ่งเล่นได้อย่างสูสีแต่ไม่สามารถเทียบเท่าพลังการยิงประตูของสกายบลูส์ได้ ซิดนีย์จึงชนะการแข่งขันด้วยคะแนน 3–0 ^{[ 8 ]}

FFA ประกาศว่าAAMI Park จะเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันรอบชิงชนะ เลิศในปี 2016 AAMI Park ยังเคยเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศ FFA Cup ปี 2015และรอบชิงชนะเลิศ A-League ปี 2015 ด้วย ในการอธิบายเหตุผลของการตัดสินใจเดวิด แกลลอป ซีอีโอของ FFA กล่าวว่า AAMI Park จะประสบความสำเร็จในการ "เพิ่มจำนวนผู้เข้าชมและการถ่ายทอดสดให้สูงสุด ในขณะเดียวกันก็ทำให้มั่นใจได้ว่าการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศจะจัดขึ้นในสถานที่ที่สะท้อนถึงจิตวิญญาณอันเป็นเอกลักษณ์ของการแข่งขัน" ^{[ 9 ]}การตัดสินใจจัดการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศที่ AAMI Park นั้นเป็นที่ถกเถียงกัน สก็อตต์ บาร์โลว์ ประธาน สโมสรซิดนีย์ เอฟซีเรียกการตัดสินใจนี้ว่า "เป็นการตบหน้า" สโมสร ซึ่งไม่มีเกมเหย้าแม้แต่เกมเดียวตลอดการแข่งขันและมีสถิติที่ดีที่สุดในบรรดาผู้เข้าชิงสองทีม บาร์โลว์ยังวิพากษ์วิจารณ์ข้อเท็จจริงที่ว่า AAMI Park จะเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศเป็นปีที่สองติดต่อกัน และกล่าวว่า "การตัดสินใจของ FFA นั้นทำไปเพื่อเหตุผลทางการค้าล้วนๆ มันเป็นการตัดสินใจที่ไม่ยุติธรรมต่อสโมสรของเรา และแฟนๆ ของซิดนีย์ เอฟซี จะเป็นฝ่ายที่เสียประโยชน์" ^{[ 10 ]}

การแข่งขันถูกถ่ายทอดสดทางFox Sportsสตรีมสดของการแข่งขันมีให้บริการสำหรับผู้สมัครสมาชิก Fox Sports TV ทุกรายผ่านทางNews Corpโดยมีการถ่ายทอดสดซ้ำเต็มรูปแบบเมื่อการแข่งขันสิ้นสุดลง^{[ 11 ]}

มีการยืนสงบนิ่งเป็นเวลาหนึ่งนาทีก่อนเริ่มการแข่งขันเพื่อแสดงความเคารพต่อผู้เล่นของ สโมสร ชาเปโคเอนเซจากบราซิล ซึ่งหลายคนเสียชีวิตจากอุบัติเหตุเครื่องบินตกในโคลอมเบียเมื่อสองวันก่อน^{[ 12 ]}