ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 กองพันได้ถูกส่งไปประจำการในฐานะกองพันรบที่ 5 ในจังหวัดอัลอันบาร์ ประเทศอิรัก และเข้าควบคุม พื้นที่ ฟัลลูจาห์จากกองพันนาวิกโยธินที่ 8พวกเขาดำเนินการปฏิบัติการรบ ซึ่งรวมถึงการฝึกอบรมและให้คำแนะนำแก่กองกำลังอิรักร่วมกับทีมเปลี่ยนผ่านทางทหาร (MiTT) และทีมเปลี่ยนผ่านของตำรวจ (PiTT) RCT-5 ตั้งค่ายอยู่ในค่ายฟัลลูจาห์ภายใต้การบังคับบัญชาของกองกำลังนาวิกโยธินที่ 1 (ส่วนหน้า) จนถึงเดือนมกราคม พ.ศ. 2550 เมื่อพวกเขาถูกแทนที่โดยกองพันนาวิกโยธินที่ 6 (RCT 6) ซึ่งเป็นครั้งแรกในรอบ 94 ปีที่ทั้งสองกองพันได้อยู่ร่วมกันในสนามรบ^{[ 10 ]}

ณ เดือนธันวาคม พ.ศ. 2550 กองพันนาวิกโยธินที่ 5 สูญเสียสมาชิกไป 221 นายระหว่างปฏิบัติการรบในอิรัก ซึ่งรวมถึงสมาชิกของกองพันนี้และกองพันอื่นๆ ที่อยู่ภายใต้กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ^{[ 11 ]}

ในช่วงต้นเดือนธันวาคม พ.ศ. 2550 กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ได้จัดพิธีอุทิศอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงทหาร 221 นายที่เสียชีวิตในอิรัก รายชื่อดังกล่าวรวมถึงทหารบก 7 นายที่สังกัดกองพัน กลุ่มผู้อยู่อาศัยในออเรนจ์เคาน์ตี้ได้จัดตั้งกลุ่มที่ชื่อว่ากองทุนอนุสรณ์สถานกองพันนาวิกโยธินที่ 5 ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2550 และระดมทุนได้มากกว่า 72,000 ดอลลาร์เพื่อจ่ายค่าอนุสรณ์สถาน อนุสรณ์สถานนี้สร้างเลียนแบบสิ่งกีดขวางในอิรักเพื่อช่วยป้องกันการวางระเบิดรถยนต์และรถบรรทุก โดยมีจารึกอยู่ด้านบนว่า "ผู้ล่วงลับและจะไม่มีวันถูกลืม" และจารึกอยู่ด้านล่างว่า "นักรบผู้ต่อสู้เพื่ออิสรภาพผู้ล่วงลับ" ^{[ 12 ]}

ในช่วงปลายเดือนธันวาคม พ.ศ. 2550 และต้นเดือนมกราคม พ.ศ. 2551 กองพันได้ถูกส่งไปประจำการอีกครั้งในฐานะกองพันรบที่ 5 (RCT-5) ที่จังหวัดอัลอันบาร์ ประเทศอิรัก และเข้าควบคุมพื้นที่อัลอาซาดและส่วนตะวันตกของจังหวัดจากกองพันนาวิกโยธินที่ 2 (RCT-2) พวกเขาดำเนินการปฏิบัติการรบ ซึ่งรวมถึงการฝึกอบรมและให้คำแนะนำแก่กองกำลังอิรัก และร่วมกับ RCT-1 และกองกำลังนานาชาติภาคตะวันตก (MNF-W) ดูแลการรักษาสันติภาพในอัลอันบาร์และการถ่ายโอนอำนาจการปกครองจังหวัดไปยังอิรักในที่สุด RCT-5 ยังมีส่วนร่วมในขั้นตอนแรกของการถอนกำลังอุปกรณ์หลายพันชิ้นออกจากอิรัก RCT-5 ประจำการอยู่ที่ค่ายริปเปอร์ อัลอาซาด ภายใต้การบังคับบัญชาของกองกำลังนาวิกโยธินที่ 1 (ส่วนหน้า) และนำโดยพันเอกแพทริค เจ. มาเลย์ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2552 RCT-5 ได้รับการเปลี่ยนกำลังโดยกองพันนาวิกโยธินที่ 8 (RCT-8) ตลอดการปฏิบัติภารกิจ กองพันทหารราบที่ 5 (RCT-5) สูญเสียนาวิกโยธิน 1 นาย และทหารบก 1 นาย ที่ปฏิบัติหน้าที่ในหน่วยย่อยภายใต้กองพัน ขณะปฏิบัติการรบ

ในช่วงต้นปี 2009 กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ได้รับการกำหนดให้เป็นกองกำลังสำรองเนื่องจากการปฏิบัติภารกิจต่อเนื่อง 13 เดือนเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการอิรักเสรี (OIF) กองพันยังคงเข้าร่วมในการฝึกซ้อมและการปฏิบัติภารกิจสำรองร่วมกับกองพลนาวิกโยธินที่ 1 และเตรียมความพร้อมของกองกำลังสำหรับการส่งไปปฏิบัติภารกิจ

ในเดือนสิงหาคม 2554 กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ได้ถูกส่งไปประจำการใน จังหวัดเฮลมานด์ ประเทศอัฟกานิสถานเป็นครั้งแรก ในฐานะกองพันรบที่ 5 (RCT-5) เพื่อสนับสนุนปฏิบัติการ Enduring Freedomพวกเขาได้ทำการเปลี่ยนกำลังพลประจำพื้นที่ (Relief-In-Place หรือ RIP) ร่วมกับกองพันนาวิกโยธินที่ 1 (RCT-1) และภายใต้การบังคับบัญชาของพันเอกโรเจอร์ เทอร์เนอร์ ได้เข้าควบคุมพื้นที่ปฏิบัติการในเขตมาร์จาห์ การ์มซีร์ และนาวา RCT-5 มีฐานอยู่ที่ค่ายดไวเออร์โดยมุ่งเน้นการพัฒนากองกำลังป้องกันท้องถิ่นในการ์มซีร์และนาวา การให้คำแนะนำและขยายกำลังตำรวจทั่วภาคใต้ของเฮลมานด์การฝึกอบรมเพิ่มเติมแก่กองทัพแห่งชาติอัฟกานิสถาน และการสนับสนุนการขนย้ายยุทโธปกรณ์หลายพันชิ้นออกจากอัฟกานิสถานในต้นเดือนกรกฎาคม 2555 RCT-5 ได้ทำการเปลี่ยนกำลังพลประจำพื้นที่ (RIP) ร่วมกับ RCT-6 และกลับมายังค่ายเพนเดิลตันรัฐแคลิฟอร์เนีย ในต้นเดือนสิงหาคม 2555

ในเดือนสิงหาคม ปี 2012 พันโท เจสัน โบห์ม ได้รับเลือกให้เป็นผู้บัญชาการกรมคนต่อไป

ระหว่างเดือนเมษายนถึงต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2556 กองพันที่ 5 นาวิกโยธินได้เข้าร่วมการฝึกซ้อม Desert Scimitar ที่ศูนย์การรบทางอากาศและภาคพื้นดินของนาวิกโยธิน 29 Palms รัฐแคลิฟอร์เนีย วัตถุประสงค์ของการฝึกซ้อมคือการบังคับบัญชาและควบคุมกองกำลังเฉพาะกิจทางอากาศและภาคพื้นดินของนาวิกโยธิน (MAGTF) ​​ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการเปลี่ยนผ่านของนาวิกโยธินจากปฏิบัติการปราบปรามการก่อความไม่สงบกลับไปสู่สงครามแบบดั้งเดิมและแบบเส้นตรง เนื่องจากสงครามในอัฟกานิสถานกำลังจะสิ้นสุดลง การฝึกซ้อมนี้รวมถึงหน่วยจากหน่วยรบภาคพื้นดิน การบิน และการส่งกำลังบำรุง กองพันที่ 5 นาวิกโยธินได้จัดตั้งเป็นทีมรบระดับกรม โดยมุ่งเน้นการฝึกยุทธวิธีบังคับบัญชาและควบคุมสงครามแบบดั้งเดิมในการสั่งการทหารราบ ปืนใหญ่ และยานเกราะ กรมได้ฝึกการยิงอาวุธขนาดเล็กและขนาดกลางโดยตรงด้วยทหารราบจากกองพันที่ 2 กองพันที่ 5 นาวิกโยธิน และกองพันที่ 1 กองพันที่ 7 นาวิกโยธิน การยิงระเบิดแรงสูงแบบไม่ตรงเป้าด้วยปืนใหญ่ของกองพันที่ 2 กองพันที่ 11 นาวิกโยธิน และยานเกราะสนับสนุนของกองพันรถถังที่ 1 และกองพันลาดตระเวนยานเกราะเบาที่ 3 ระหว่างการฝึกซ้อม^{[ 13 ]}

ในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2556 นาวิกโยธินจากกรมนาวิกโยธินที่ 5 ได้เข้าร่วมการฝึกซ้อมร่วมกับกรมนาวิกโยธินราบที่ 21 ของฝรั่งเศสในเมืองเฟรจูส์ ประเทศฝรั่งเศส นาวิกโยธินได้เรียนรู้และยิงระบบอาวุธของฝรั่งเศส รวมถึงปืนไรเฟิลจู่โจม FAMAS G2 พวกเขายังใช้เรือคายัคเพื่อออกไปในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน ซึ่งเปิดโอกาสให้นาวิกโยธินได้เรียนรู้เกี่ยวกับยุทธวิธีลาดตระเวนของนาวิกโยธินฝรั่งเศส^{[ 14 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2556 นาวิกโยธินที่ประจำการอยู่กับกรมนาวิกโยธินที่ 5 ได้รวมตัวกันเพื่อร่วมพิธีเปิดอนุสรณ์สถานปฏิบัติการ Enduring Freedom ของกรมนาวิกโยธิน นาวิกโยธิน ทหารผ่านศึก และ Gold Star Mothers กว่าร้อยคนได้มารวมตัวกันที่สวนอนุสรณ์สถานซานมาเตโอเพื่อร่วมพิธีกับกรมนาวิกโยธิน ชื่อของนาวิกโยธินและทหารเรือที่ต่อสู้และเสียชีวิตขณะปฏิบัติหน้าที่กับกองพันนาวิกโยธินที่ 5 หรือภายใต้ทีมรบกรมที่ 5 ในอัฟกานิสถานถูกสลักไว้บนอนุสรณ์สถานหินแกรนิตหนัก 7 ตัน อนุสรณ์สถานสูง 7 ฟุต กว้าง 8 ฟุต 4 นิ้วนี้สร้างขึ้นที่เมืองบาร์เร รัฐเวอร์มอนต์ และเดินทางไปยังแคมป์เพนเดิลตันในระยะเวลา 10 วัน โดยมี Patriot Guard Riders ซึ่งเป็นชมรมมอเตอร์ไซค์ที่ให้การสนับสนุนสมาชิกกองทัพอย่างแข็งขันโดยการต้อนรับพวกเขากลับบ้านจากการประจำการ คอยคุ้มกันตลอดการเดินทางทุกไมล์ ที่ด้านล่างของหินอนุสรณ์มีคำว่า "ล้มลงแต่จะไม่มีวันลืม" ^{[ 15 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2557 กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหน่วยบัญชาการของกองกำลังปฏิบัติการทางอากาศและภาคพื้นดินนาวิกโยธินพิเศษ (SP-MAGTF) ^{​​[ 16 ]} SP-MAGTF จะทำหน้าที่เป็นหน่วยตอบสนองวิกฤตของ CENTCOM โดยมีพันเอกเจสัน โบห์ม เป็นผู้บัญชาการ นอกจากนี้ยังจะพิสูจน์ความสามารถของ CENTCOM ในการสนับสนุนกิจกรรมความร่วมมือด้านความมั่นคงในภูมิภาค เช่น การฝึกซ้อม ตลอดจนตอบสนองต่อเหตุการณ์ฉุกเฉิน กองกำลังปฏิบัติการนี้จะตั้งอยู่ในคูเวต แต่ในที่สุดจะปฏิบัติการจากหลายสถานที่ในตะวันออกกลาง SP-MAGTF ประกอบด้วยนาวิกโยธิน 2,300 นาย จากกองร้อยบัญชาการ กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ค่ายเพนเดิลตัน รัฐแคลิฟอร์เนีย กองพันที่ 2 กองพันนาวิกโยธินที่ 7 ทเวนตี้ไนน์ปาล์มส์ รัฐแคลิฟอร์เนีย กองบินเฮลิคอปเตอร์ลำเลียงขนาดกลางที่ 363 มิรามาร์ รัฐแคลิฟอร์เนีย และกองบินขนส่งเติมเชื้อเพลิงทางอากาศที่ 234 สถานีฐานทัพอากาศร่วมสำรองฟอร์ตเวิร์ธ รัฐเท็กซัส หน่วยส่วนใหญ่จะถูกส่งไปประจำการเป็นเวลาหกหรือเจ็ดเดือน แม้ว่ากองบัญชาการกรมอาจมีการหมุนเวียนนานกว่านั้นก็ตาม^{[ 17 ]}

ภายในเดือนมกราคม 2558 SPMAGTF ปฏิบัติการอยู่ใน 6 ประเทศภายใน CENTCOM ด้วยเหตุผลด้านความปลอดภัยและเพื่อเป็นการให้เกียรติแก่พันธมิตรต่างชาติในภูมิภาค จึงไม่ได้ตั้งชื่ออย่างเป็นทางการ กองกำลังเฉพาะกิจนี้ทำการบินปฏิบัติภารกิจทั้งแบบใช้กำลังและไม่ใช้กำลังทุกวันเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการ Inherent Resolveซึ่งเป็นการแทรกแซงของสหรัฐฯ ต่อต้าน ISIS กองกำลังนาวิกโยธินใช้โครงสร้างพื้นฐานที่มีอยู่เพื่อสร้างไซต์ขีดความสามารถความร่วมมือในอิรัก ซึ่งออกแบบมาเพื่อเพิ่มขีดความสามารถของกองกำลังรักษาความปลอดภัยอิรัก (ISF) นอกจากนี้ SPMAGTF ยังใช้ประโยชน์จากโอกาสการฝึกอบรมร่วมกันในพื้นที่ปฏิบัติการ หน่วยนี้เข้าร่วมในการฝึกซ้อม Red Reef ร่วมกับกองทัพเรือ นาวิกโยธิน และกองทัพเรือซาอุดีอาระเบีย^{[ 18 ]}

เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2558 กองกำลังล่วงหน้า (ADVON) กลับมายังแคมป์เพนเดิลตัน รัฐแคลิฟอร์เนีย เมื่อวันที่ 12 เมษายน 2558 กองกำลังหลักกลับมา^{[ 19 ]}กองพันนาวิกโยธินที่ 5ส่งมอบการบังคับบัญชาให้กับ กองพัน นาวิกโยธินที่ 7 ^{[ 20 ]}

ในเดือนเมษายน 2559 กองพันนาวิกโยธินที่ 5 ได้นำกำลังพลของหน่วยปฏิบัติการพิเศษทางอากาศและภาคพื้นดินของนาวิกโยธิน – การตอบสนองต่อวิกฤต – กองบัญชาการกลาง ไปปฏิบัติภารกิจในพื้นที่เสี่ยงภัยเป็นเวลา 9 เดือน หน่วยปฏิบัติการพิเศษดังกล่าวได้ดำเนินการรบต่อต้านกลุ่ม ISIS เพื่อสนับสนุนปฏิบัติการ Inherent Resolve โดยมุ่งเน้นการปฏิบัติการร่วมมือด้านความมั่นคงในพื้นที่ปฏิบัติการ ปฏิบัติการฉุกเฉิน การตอบสนองต่อวิกฤต และการรุกคืบของกำลังพลในพื้นที่ปฏิบัติการของกองบัญชาการกลาง และเดินทางกลับในเดือนธันวาคม 2559 หลังจากการปฏิบัติภารกิจที่ประสบความสำเร็จ

เมื่อ วันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2560 พันเอกจอร์จ ซี. ชเรฟเฟลอร์ที่ 3 เข้าควบคุมนาวิกโยธินที่ 5 ^{[ 16 ]}