การฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ชาวยิวในสโลวาเกียคือการยึดทรัพย์ เนรเทศ และสังหารชาวยิว อย่างเป็นระบบ ในสาธารณรัฐสโลวาเกียซึ่งเป็นรัฐบริวารของนาซีเยอรมนีในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองจากจำนวนชาวยิว 89,000 คนในประเทศเมื่อปี ค.ศ. 1940 มีรายงานว่าประมาณ 69,000 คนถูกสังหารในการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ครั้งนี้

หลังข้อตกลงมิวนิก ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1938 สโลวาเกียประกาศเอกราชภายในเชโกสโลวาเกียแต่เพียงฝ่ายเดียว แต่สูญเสียดินแดนสำคัญให้กับฮังการีในสนธิสัญญาเวียนนาครั้งแรกซึ่งลงนามในเดือนพฤศจิกายน ปีต่อมา ด้วยการสนับสนุนจากเยอรมนีพรรคประชาชนสโลวักซึ่ง เป็นพรรค ชาตินิยมชาติพันธุ์ ที่ปกครองประเทศ ได้ประกาศเอกราชจากเชโกสโลวาเกีย รัฐบาลสโลวักกล่าวโทษชาวยิวว่าเป็นสาเหตุของการสูญเสียดินแดน ชาวยิวถูกเลือกปฏิบัติและถูกคุกคาม รวมถึงการยึดทรัพย์สินและธุรกิจของพวกเขาการกีดกันชาวยิวออกจากระบบเศรษฐกิจทำให้ชุมชนยากจนลง ซึ่งกระตุ้นให้รัฐบาลเกณฑ์พวกเขาไปใช้แรงงานบังคับ ในวันที่ 9 กันยายน ค.ศ. 1941 รัฐบาลได้ผ่านกฎหมายยิว ซึ่งอ้างว่าเป็นกฎหมายต่อต้านชาวยิวที่เข้มงวดที่สุดในยุโรป

ในปี 1941 รัฐบาลสโลวาเกียได้เจรจากับนาซีเยอรมนีเพื่อเนรเทศชาวยิวจำนวนมากไปยังโปแลนด์ที่ถูกเยอรมนียึดครองระหว่างเดือนมีนาคมถึงตุลาคม 1942 ชาวยิว 58,000 คนถูกเนรเทศไปยัง ค่ายกักกันเอา ชวิตซ์และเขตลูบลินของจังหวัดทั่วไปมีเพียงไม่กี่ร้อยคนเท่านั้นที่รอดชีวิตจนถึงสิ้นสุดสงคราม รัฐบาลสโลวาเกียเป็นผู้จัดการขนส่งและจ่ายเงิน 500 ไรช์มาร์คต่อชาวยิวหนึ่งคนสำหรับค่าใช้จ่ายในการตั้งถิ่นฐานใหม่ การกดขี่ข่มเหงชาวยิวกลับมาอีกครั้งในเดือนสิงหาคม 1944 เมื่อเยอรมนีบุกสโลวาเกียและจุดชนวนให้เกิดการลุกฮือของชาวสโลวาเกียชาวยิวอีก 13,500 คนถูกเนรเทศและหลายร้อยถึงหลายพันคนถูกสังหารในสโลวาเกียโดยหน่วยEinsatzgruppe Hและหน่วยฉุกเฉิน Hlinka Guard

หลังจากการปลดปล่อยโดยกองทัพแดงผู้รอดชีวิตต้องเผชิญกับการต่อต้านชาวยิวอีกครั้งและความยากลำบากในการทวงคืนทรัพย์สินที่ถูกขโมยไป ส่วนใหญ่จึงอพยพออกนอกประเทศหลังจากการรัฐประหารของพรรคคอมมิวนิสต์ในปี 1948ระบอบคอมมิวนิสต์หลังสงครามได้เซ็นเซอร์การอภิปรายเกี่ยวกับโฮโลเคาสต์ เสรีภาพในการพูดได้รับการฟื้นฟูหลังจากการล่มสลายของระบอบคอมมิวนิสต์ในปี 1989 ความเกี่ยวข้องของรัฐบาลสโลวาเกียในโฮโลเคาสต์ยังคงเป็นที่ถกเถียงกันโดยกลุ่มชาตินิยมขวาจัด

ก่อนปี 1939 สโลวาเกียไม่เคยเป็นประเทศเอกราชมาก่อน ดินแดนของประเทศเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรฮังการีมาเป็นเวลาพันปี^{[ 1 ] [ 2 ]} มีการบันทึก ชุมชนชาวยิวในยุคกลางจำนวน 17 แห่งในดินแดนของประเทศสโลวาเกียในปัจจุบัน^{[ 3 ]}แต่การปรากฏตัวของชาวยิวจำนวนมากสิ้นสุดลงด้วยการขับไล่หลังจากการพ่ายแพ้ของฮังการีในยุทธการโมฮาชในปี 1526 ^{[ 4 ]}ชาวยิวจำนวนมากอพยพเข้ามาในช่วงศตวรรษที่ 17 และ 18 ชาวยิวจากโมราเวียตั้งถิ่นฐานทางตะวันตกของเทือกเขาทาตราก่อตั้งเป็นชาวยิวโอเบอร์ลันเดอ ร์ ในขณะที่ชาวยิวจากกาลิเซียตั้งถิ่นฐานทางตะวันออกของเทือกเขา ก่อตั้งเป็นชุมชนแยกต่างหาก ( ชาวยิวอุนเทอร์ลันเดอร์ ) ซึ่งได้รับอิทธิพลจากลัทธิฮาซิดิสม์^{[ 5 ] [ 6 ]}เนื่องจากการแตกแยกในหมู่ชาวยิวฮังการีชุมชนต่างๆ จึงแยกตัวออกเป็นกลุ่มออร์โธดอก ซ์ (ส่วนใหญ่) กลุ่ม สถานะเดิมและ กลุ่ม นีโอล็อก ที่ผสมผสานเข้ากับสังคมมากขึ้น หลังจากการปลดปล่อยชาวยิวอย่างสมบูรณ์ในปี 1896 ชาวยิวจำนวนมากได้นำภาษาและขนบธรรมเนียมของชาวฮังการี มาใช้ เพื่อให้ก้าวหน้าในสังคม^{[ 1 ] [ 6 ]}

แม้ว่าพวกเขาจะไม่ได้ผสมผสานเข้ากับสังคมมากเท่ากับชาวยิวในโบฮีเมียและโมราเวียแต่ชาวยิวสโลวักจำนวนมากได้ย้ายไปอยู่ในเมืองและประกอบอาชีพต่างๆ มากมาย ส่วนที่เหลือยังคงอยู่ในชนบท ส่วนใหญ่ทำงานเป็นช่างฝีมือ พ่อค้า และเจ้าของร้าน ชาวยิวเป็นหัวหอกในการเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจในศตวรรษที่ 19 ซึ่งนำไปสู่การค้าขายที่มากขึ้นในพื้นที่ชนบท เมื่อสิ้นสุดศตวรรษนั้น ประมาณร้อยละ 70 ของธนาคารและนักธุรกิจในที่ราบสูงของสโลวักเป็นชาวยิว^{[ 7 ] [ 6 ]}แม้ว่าชาวยิวบางส่วนจะสนับสนุนชาตินิยมสโลวักแต่ในช่วงกลางศตวรรษที่ 19 การต่อต้านชาวยิวได้กลายเป็นประเด็นสำคัญในขบวนการชาตินิยมสโลวักโดยชาวยิวถูกตราหน้าว่าเป็น "ตัวแทนของการทำให้เป็นฮังการี " ^{[ 1 ] [ 6 ] [ 8 ]}ในดินแดนสโลวักตะวันตก เกิดการจลาจลต่อต้านชาวยิวขึ้นหลังจากการปฏิวัติปี 1848 ^{[ 9 ]}เกิดการจลาจลมากขึ้นเนื่องจากข้อกล่าวหาใส่ร้ายป้ายสีเรื่องการใช้เลือดของ Tiszaeszlárในปี 1882–1883 ^{​​[ 8 ]}การต่อต้าน ชาวยิว ตามประเพณีทาง ศาสนา ถูกผนวกเข้ากับมุมมองแบบเหมารวมของชาวยิวว่าเป็นผู้เอารัดเอาเปรียบชาวสโลวักที่ยากจน ( การต่อต้านชาวยิวทางเศรษฐกิจ ) และการต่อต้านชาวยิวในระดับชาติ: ชาวยิวมีความเกี่ยวข้องอย่างมากกับรัฐฮังการีและถูกกล่าวหาว่าเห็นอกเห็นใจฮังการีโดยแลกกับความทะเยอทะยานของสโลวัก^{[ 10 ] [ 7 ] [ 11 ]}ในช่วงการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ สมาชิกชั้นนำของรัฐบาลสโลวักอ้างความเชื่อของพวกเขาว่าชาวยิวเป็นชาวฮังการีหรือรับใช้ผลประโยชน์ของฮังการีเป็นเหตุผลสำหรับการข่มเหงและการเนรเทศพวกเขา^{[ 12 ]}

หลังสงครามโลกครั้งที่ 1สโลวาเกียกลายเป็นส่วนหนึ่งของประเทศเชโกสโลวาเกีย ใหม่ ชาวยิวอาศัยอยู่ใน 227 ชุมชน (ในปี 1918) และประชากรของพวกเขามีประมาณ 135,918 คน (ในปี 1921) ^{[ 13 ]} เกิด การจลาจลต่อต้านชาวยิวขึ้นหลังจากการประกาศอิสรภาพ (1918–1920) แม้ว่าความรุนแรงจะไม่รุนแรงเท่าในยูเครนหรือโปแลนด์^{[ 14 ]}นักชาตินิยมสโลวาเกียเชื่อมโยงชาวยิวกับรัฐเชโกสโลวาเกียและกล่าวหาว่าพวกเขาสนับสนุนลัทธิ เชโก สโลวาเกียมีการกล่าวหาใส่ร้ายป้ายสีชาวยิวในTrenčinและในŠalavský Gemerในช่วงทศวรรษ 1920 ในช่วงทศวรรษ 1930 ภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่ส่งผลกระทบต่อธุรกิจของชาวยิวและยังเพิ่มการต่อต้านชาวยิวทางเศรษฐกิจอีกด้วย^{[ 13 ]}ความด้อยพัฒนาทางเศรษฐกิจและการรับรู้ถึงการเลือกปฏิบัติในเชโกสโลวาเกียทำให้ชาวสโลวักส่วนใหญ่ (ประมาณหนึ่งในสาม) สนับสนุนพรรคประชาชนสโลวัก ( ภาษาสโลวัก : Hlinkova slovenská ľudová strana : HSĽS) ซึ่งเป็นพรรคอนุรักษ์นิยมและ ชาตินิยมชาติพันธุ์^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]} HSĽS มองกลุ่มชนกลุ่มน้อย เช่น ชาวเช็ก ชาวฮังการี ชาวยิว และชาวโรมานีว่าเป็นอิทธิพลที่ทำลายล้างชาติสโลวัก^{[ 17 ]}และนำเสนอการปกครองตนเองของสโลวักเป็นทางออกของปัญหาของสโลวาเกีย^{[ 16 ]}พรรคเริ่มเน้นย้ำเรื่องการต่อต้านชาวยิวในช่วงปลายทศวรรษ 1930 หลังจาก^{คลื่น}ผู้ลี้ภัยชาวยิวจากออสเตรียในปี 1938 และกฎหมายต่อต้านชาวยิวที่ผ่านโดยฮังการี โปแลนด์ และโรมาเนีย^{[ 18} ]

ข้อตกลงมิวนิกในเดือนกันยายน พ.ศ. 2481 ได้ยกดินแดนซูเดเทนแลนด์ซึ่งเป็นภูมิภาคที่พูดภาษาเยอรมันในดินแดนเช็กให้แก่เยอรมนี HSĽS ฉวยโอกาสจากความวุ่นวายทางการเมืองที่เกิดขึ้นเพื่อประกาศเอกราชของสโลวาเกียในวันที่ 6 ตุลาคมโจเซฟ ติโซนักบวชคาทอลิกและผู้นำ HSĽS ได้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีของเขตปกครองตนเองส โลวาเกีย ^{[ 15 ] [ 19 ]} ศาสนา คาทอลิกซึ่งเป็นศาสนาของประชากร 80 เปอร์เซ็นต์ของประเทศเป็นกุญแจสำคัญของระบอบการปกครอง โดยผู้นำหลายคนเป็นบิชอป นักบวช หรือฆราวาส^{[ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]}ภายใต้การนำของติโซ รัฐบาลสโลวาเกียได้เปิดการเจรจาในเมืองโคมาโนกับฮังการีเกี่ยวกับพรมแดน ข้อพิพาทดังกล่าวถูกส่งไปยังอนุญาโตตุลาการในเวียนนาโดยนาซีเยอรมนีและอิตาลีฟาสซิสต์ เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน ฮังการีได้รับดินแดนทางตอนใต้ของสโลวาเกียเป็นส่วนใหญ่ รวมถึงพื้นที่เพาะปลูก 40 เปอร์เซ็นต์ของสโลวาเกีย และประชากร 270,000 คนที่ประกาศตนเป็นชาวเชโกสโลวัก^{[ 23 ] [ 24 ]}

HSĽS ได้รวมอำนาจของตนโดยการผ่านกฎหมายอนุญาตห้ามพรรคฝ่ายค้าน ปิดหนังสือพิมพ์อิสระ เผยแพร่โฆษณาชวนเชื่อต่อต้านชาวยิวและต่อต้านชาวเช็ก และก่อตั้งกองกำลังกึ่งทหารHlinka Guard [ ^{15 ] [ 25 ] พรรคการเมือง}สำหรับชนกลุ่มน้อยชาวเยอรมันและฮังการีได้รับอนุญาตภายใต้อำนาจของ HSĽS และพรรคเยอรมันได้ก่อตั้งกองกำลังอาสาสมัครFreiwillige Schutzstaffel ^{[ 15 ] [ 26 ]} HSĽS จำคุกฝ่ายตรงข้ามทางการเมืองหลายพันคน^{[ 27 ] [ 28 ]}แต่ไม่เคยดำเนินการประหารชีวิต^{[ 29 ]}การเลือกตั้งที่ไม่เสรีในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2481ส่งผลให้ HSĽS ได้รับคะแนนเสียง 95 เปอร์เซ็นต์^{[ 30 ] [ 31 ]}

เมื่อวันที่ 14 มีนาคม พ.ศ. 2482 รัฐสโลวาเกียประกาศเอกราชโดยได้รับการสนับสนุนและคุ้มครองจากเยอรมนี เยอรมนีผนวกและรุกรานรัฐ เช็ก ที่เหลืออยู่ในวันรุ่งขึ้น และฮังการียึดครองคาร์พาเทียนรูเทเนียโดยได้รับความยินยอมจากเยอรมนี^{[ 19 ] [ 30 ]}ในสนธิสัญญาที่ลงนามเมื่อวันที่ 23 มีนาคมสโลวาเกียสละอำนาจปกครองตนเองทางการต่างประเทศและทางทหารส่วนใหญ่ให้กับเยอรมนีเพื่อแลกกับการรับประกันพรมแดนและความช่วยเหลือทางเศรษฐกิจ^{[ 30 ] [ 32 ]} สโลวาเกีย ไม่ได้เป็นรัฐอิสระอย่างสมบูรณ์หรือเป็นรัฐหุ่นเชิด ของเยอรมนี แต่มีสถานะอยู่ตรงกลาง^{[ a ]} ​​ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2482 ทีโซ ผู้นำ สาขา อนุรักษ์นิยม-นักบวชของ HSĽS ได้เป็นประธานาธิบดีโวจเทค ทูกาผู้นำปีกหัวรุนแรงฟาสซิสต์ของพรรค ได้รับแต่งตั้งเป็นนายกรัฐมนตรี ทั้งสองฝ่ายของพรรคต่างต่อสู้เพื่อเอาใจเยอรมนี^{[ 30 ] [ 35 ]}ฝ่ายหัวรุนแรงของพรรคสนับสนุนเยอรมนี ในขณะที่ฝ่ายอนุรักษ์นิยมสนับสนุนการปกครองตนเองจากเยอรมนี^{[ 36 ] [ 35 ]} ฝ่ายหัวรุนแรงพึ่งพากองกำลังฮลิงกาและการสนับสนุนจากเยอรมนี^{[ 35 ] [ 37 ]}ในขณะที่ติโซได้รับความนิยมในหมู่นักบวชและประชาชน^{[ 38 ] [ 39 ]}

ทันทีหลังจากขึ้นสู่อำนาจในปี 1938 รัฐบาลปกครองตนเองก็เริ่มไล่พนักงานรัฐบาลที่เป็นชาวยิวออก^{[ 40 ]}คณะกรรมการเพื่อแก้ไขปัญหาชาวยิว ถูกก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 23 มกราคม 1939 เพื่อหารือเกี่ยวกับกฎหมายต่อต้านชาวยิว^{[ 27 ] [ 41 ] [ 42 ]}สื่อที่ได้รับการสนับสนุนจากรัฐได้กล่าวหาชาวยิวว่าเป็น " ศัตรูของรัฐ " และของชาติสโลวัก [ ^{41 ] [ 43 ] ธุรกิจ}ของชาวยิวถูกปล้น^{[ 44 ]}และมีการทำร้ายร่างกายชาวยิวเกิดขึ้นทั้งโดยธรรมชาติและโดยการยุยงของ Hlinka Guard และFreiwillige Schutzstaffel [ ^{45 ] ใน}การกล่าวสุนทรพจน์ทางวิทยุครั้งแรกของเขาหลังจากการก่อตั้งรัฐสโลวักในปี 1939 Tiso เน้นย้ำถึงความปรารถนาของเขาที่จะ "แก้ไขปัญหาชาวยิว " ^{[ 46 ]}กฎหมายต่อต้านชาวยิวเป็นมาตรการที่เป็นรูปธรรมเพียงอย่างเดียวที่เขาสัญญาไว้^{[ 47 ]} การกดขี่ข่มเหงชาวยิวเป็นองค์ประกอบสำคัญของนโยบายภายในประเทศของรัฐ^{[ 41 ] [ 48 ]}มาตรการเลือกปฏิบัติส่งผลกระทบต่อทุกแง่มุมของชีวิต โดยมีจุดประสงค์เพื่อแยกและริบสิ่งของของชาวยิวก่อนที่จะเนรเทศพวกเขา^{[ 41 ]}

ในช่วงหลายวันหลังจากการประกาศรางวัลเวียนนาครั้งแรกเกิดการจลาจลต่อต้านชาวยิวขึ้นในบราติสลาวา หนังสือพิมพ์ต่าง ๆ ให้เหตุผลสนับสนุนการจลาจลโดยอ้างว่าชาวยิวให้การสนับสนุนฮังการีในระหว่างการเจรจาแบ่งแยกดินแดน^{[ 49 ]}อดอล์ฟ ไอช์มันน์เจ้าหน้าที่นาซีที่ถูกส่งไปยังบราติสลาวา ได้ร่วมเขียนแผนกับทิโซและนักการเมือง HSĽS คนอื่น ๆ เพื่อเนรเทศชาวยิวที่ยากจนและชาวต่างชาติไปยังดินแดนที่ยกให้ฮังการี^{[ 49 ] [ 50 ]}ในขณะเดียวกัน ชาวยิวที่มีมูลค่าสุทธิมากกว่า 500,000 โครูนาเชโกสโลวาเกีย (Kčs) ^{[ b ]}ถูกจับกุมในความพยายามที่ไม่ประสบความสำเร็จในการป้องกัน การ หนีทุน^{[ 41 ] [ 49 ]}ระหว่างวันที่ 4 ถึง 7 พฤศจิกายน^{[ 41 ]} ชาวยิว 4,000 คน^{[ 53 ]}หรือ 7,600 คน ถูกเนรเทศ ในปฏิบัติการที่วุ่นวาย คล้ายกับ การสังหารหมู่ซึ่งมีหน่วยรักษาการณ์ฮลิงกา หน่วยอาสาสมัครชุทซ์สตาฟเฟลและพรรคเยอรมันเข้าร่วม^{[ 50 ]}ผู้ถูกเนรเทศรวมถึงเด็กเล็ก ผู้สูงอายุ และหญิงตั้งครรภ์^{[ 54 ]}ไม่กี่วันต่อมา ทิโซได้ยกเลิกปฏิบัติการดังกล่าว ชาวยิวส่วนใหญ่ได้รับอนุญาตให้กลับบ้านในเดือนธันวาคม^{[ 27 ] [ 55 ]}มากกว่า 800 คนถูกกักขังอยู่ในค่ายเต็นท์ชั่วคราวที่เวล์กี คีร์มิโลสลาฟอฟและชาโมรินบนพรมแดนสโลวาเกีย-ฮังการีแห่งใหม่ในช่วงฤดูหนาว^{[ 56 ]}การเนรเทศชาวสโลวาเกียเกิดขึ้นหลังจากที่เยอรมนีเนรเทศชาวยิวโปแลนด์หลายพันคน [ ^{50 ] [ 57 ]}ทำให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์จากนานาชาติ^{[ 41 ]}ลดการลงทุนของอังกฤษ เพิ่มการพึ่งพาเงินทุนของเยอรมนี^{[ 58 ]}และเป็นการซ้อมสำหรับการเนรเทศในปี^{1942 [ 59 ]}

ในตอนแรก ชาวยิวหลายคนเชื่อว่ามาตรการที่ใช้กับพวกเขาจะเป็นเพียงชั่วคราว อย่างไรก็ตาม บางคนพยายามอพยพและนำทรัพย์สินของตนไปด้วย โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากการรุกรานโปแลนด์^{[ 60 ]} ระหว่างเดือนธันวาคม พ.ศ. 2481 ถึงเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2482 มีการโอนเงินมากกว่า 2.25 ล้าน Kč ^{[ c ]}ไปยังดินแดนเช็ก เนเธอร์แลนด์ และสหราชอาณาจักรอย่างผิดกฎหมาย นอกจากนี้ยังมีการโอนเงินจำนวนอื่น ๆ อย่างถูกกฎหมาย เจ้าหน้าที่รัฐบาลสโลวาเกียใช้ประโยชน์จากสถานการณ์ดังกล่าวในการซื้อทรัพย์สินของผู้อพยพชาวยิวที่ร่ำรวยในราคาที่ลดลงอย่างมาก ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการโอนทรัพย์สินของชาวยิวที่ได้รับการสนับสนุนจากรัฐในฐานะส่วนหนึ่งของโครงการอารยันไนเซชัน^{[ 61 ]}ความพยายามของรัฐบาลสโลวาเกียในการป้องกันการไหลออกของเงินทุนและความไม่เต็มใจของประเทศต่าง ๆ ที่จะรับผู้ลี้ภัยชาวยิวเป็นอุปสรรคต่อผู้ที่ต้องการอพยพ ในปี พ.ศ. 2483 บราติสลาวาได้กลายเป็นศูนย์กลางสำหรับ ผู้ปฏิบัติงาน Aliyah Betที่จัดระเบียบการอพยพอย่างผิดกฎหมายไปยังปาเลสไตน์ภายใต้การปกครองของอังกฤษ ในช่วงต้นปี 1941 การอพยพเพิ่มเติมเป็นไปไม่ได้ แม้แต่ชาวยิวที่ได้รับวีซ่าสหรัฐอเมริกาที่ถูกต้องก็ไม่ได้รับอนุญาตให้ผ่านเยอรมนี^{[ 60 ]}จำนวนผู้อพยพชาวยิวสโลวักทั้งหมดคาดการณ์ไว้ที่ 5,000 ถึง 6,000 คน^{[ 62 ] [ 63 ]}เนื่องจากมีชาวยิว 45,000 คนอาศัยอยู่ในพื้นที่ที่ยกให้แก่ฮังการี^{[ 62 ] [ 63 ]}การสำรวจสำมะโนประชากรในปี 1940 พบว่ามีชาวยิว 89,000 คนอาศัยอยู่ในสาธารณรัฐสโลวัก คิดเป็นร้อยละ 3.4 ของประชากร^{[ 64 ]}

การทำให้เป็นอารยันในสโลวาเกีย การยึดทรัพย์สินของชาวยิวและการกีดกันชาวยิวออกจากระบบเศรษฐกิจ^{[ 65 ] [ 66 ]}ได้รับการให้เหตุผลโดยภาพลักษณ์เหมารวม (ซึ่งได้รับการเสริมด้วยโฆษณาชวนเชื่อของ HSĽS) ของชาวยิวที่ได้รับความมั่งคั่งโดยการกดขี่ชาวสโลวัก^{[ 67 ] [ 68 ] [ 69 ]}ระหว่างปี 1939 ถึง 1942 ระบอบ HSĽS ได้รับการสนับสนุนจากประชาชนอย่างกว้างขวางโดยสัญญากับพลเมืองชาวสโลวักว่าพวกเขาจะร่ำรวยขึ้นจากทรัพย์สินที่ยึดมาจากชาวยิวและชนกลุ่มน้อยอื่นๆ^{[ 67 ] [ 70 ] [ 71 ]}พวกเขาจะได้รับเงินจำนวนมาก ในปี 1940 ชาวยิวได้จดทะเบียนทรัพย์สินมากกว่า 4.322 พันล้านโครูนาสโลวัก (Ks) (38 เปอร์เซ็นต์ของความมั่งคั่งของประเทศ) ^{[ 72 ] [ d ]}กระบวนการนี้ยังถูกอธิบายว่าเป็น "การทำให้เป็นสโลวาเกีย" ^{[ 74 ] [ 75 ]} เนื่องจากรัฐบาลสโลวาเกียได้ดำเนินการเพื่อให้แน่ใจว่าชาวสโลวาเกียเชื้อสายแท้จะได้รับทรัพย์สินของชาวยิวที่ถูกขโมยไป แทนที่จะเป็นชาวเยอรมันหรือชนกลุ่มน้อยอื่นๆ เนื่องจากการแทรกแซงของพรรคเยอรมันและนาซีเยอรมนี ชาวเยอรมันเชื้อสายแท้ได้รับทรัพย์สินที่ถูกขโมยไป 8.3 เปอร์เซ็นต์^{[ 76 ] [ 74 ]}แต่ผู้สมัครชาวเยอรมันส่วนใหญ่ถูกปฏิเสธ ซึ่งเน้นย้ำถึงเสรีภาพในการดำเนินการของรัฐบาลสโลวาเกีย^{[ 76 ]}

กฎหมายต่อต้านชาวยิวฉบับแรก ซึ่งผ่านเมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2482 และไม่ได้บังคับใช้อย่างเป็นระบบ คือ โควตา numerus claususร้อยละสี่ของจำนวนชาวยิวที่ได้รับอนุญาตให้ประกอบวิชาชีพกฎหมาย นอกจากนี้ ชาวยิวยังถูกห้ามไม่ให้เขียนบทความสำหรับสิ่งพิมพ์ที่ไม่ใช่ของชาวยิว^{[ 64 ] [ 77 ] [ 78 ]}พระราชบัญญัติปฏิรูปที่ดินในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2483 ได้โอนที่ดินจำนวน 101,423 เฮกตาร์ (250,620 เอเคอร์) ซึ่งเป็นกรรมสิทธิ์ของชาวยิว 4,943 คน โดยมากกว่าร้อยละ 40 เป็นที่ดินเพาะปลูก ให้แก่สำนักงานที่ดินของรัฐ ที่ดินดังกล่าวได้โอนให้แก่รัฐอย่างเป็นทางการในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2485 ^{[ 72 ] [ e ]}กฎหมายการทำให้เป็นอารยันฉบับแรกผ่านในเดือนเมษายน พ.ศ. 2483ผ่านกระบวนการที่เรียกว่า "การทำให้เป็นอารยันโดยสมัครใจ" เจ้าของธุรกิจชาวยิวสามารถเสนอชื่อ "ผู้สมัครคริสเตียนที่มีคุณสมบัติเหมาะสม" ซึ่งจะถือหุ้นอย่างน้อย 51 เปอร์เซ็นต์ในบริษัท^{[ 64 ]}หลังจากสามเดือน ธุรกิจ 50 แห่งจากทั้งหมดกว่า 12,000 แห่งถูกทำให้เป็นอารยัน และ 179 แห่งถูกยุบเลิก^{[ 80 ]}กลุ่มหัวรุนแรง HSĽS ^{[ 64 ]}และผู้สนับสนุนชาวเยอรมันของสาธารณรัฐสโลวาเกียต้องการนโยบายที่เข้มงวดมากขึ้น^{[ 81 ]}

ในการประชุมซาลซ์บูร์ก เดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2483 เยอรมนีเรียกร้องให้เปลี่ยนสมาชิกคณะรัฐมนตรีหลายคนด้วยพวกหัวรุนแรงที่สนับสนุนเยอรมนีอย่างน่าเชื่อถือ^{[ 82 ] [ 83 ]}เฟอร์ดินานด์ ดูร์ชันสกีถูกแทนที่ในตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยโดยอเล็กซานเดอร์ มาคซึ่งมีนโยบายต่อต้านชาวยิวของสาธารณรัฐสโลวา เกียที่สอดคล้อง กับนโยบายของเยอรมนี^{[ 84 ] [ 85 ]}ผลลัพธ์อีกประการหนึ่งของการเจรจาที่ซาลซ์บูร์กคือการแต่งตั้งนายทหารเอสเอสดีเตอร์ วิสลิเซนีเป็นที่ปรึกษาด้านกิจการชาวยิวสำหรับสโลวาเกีย โดยเดินทางมาถึงในเดือนสิงหาคม^{[ 86 ] [ 84 ]}เขามุ่งหวังที่จะทำให้ชุมชนชาวยิวยากจนลง เพื่อให้กลายเป็นภาระของชาวสโลวาเกียที่ไม่ใช่ชาวยิว ซึ่งในที่สุดชาวสโลวาเกียก็จะเห็นด้วยกับการเนรเทศพวกเขา^{[ 87 ]}ตามคำแนะนำของ Wisliceny รัฐบาลสโลวาเกียได้จัดตั้งสำนักงานเศรษฐกิจกลาง (ÚHÚ) ซึ่งนำโดยเจ้าหน้าที่สโลวาเกียAugustín Morávekและอยู่ภายใต้การควบคุมของ Tuka ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2483 ^{[ 84 ] [ 88 ]}สำนักงานเศรษฐกิจกลางมีหน้าที่รับโอนกรรมสิทธิ์ทรัพย์สินของชาวยิว^{[ 64 ]}ชาวยิวต้องลงทะเบียนทรัพย์สินของตน บัญชีธนาคารของพวกเขา (มูลค่า 245 ล้าน K ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2484) ^{[ f ]}ถูกระงับ และการถอนเงินถูกจำกัดไว้ที่ 1,000 K (ต่อมา 150 K) ต่อสัปดาห์^{[ 64 ] [ 72 ]}ชาวยิว 22,000 คนที่ทำงานรับเงินเดือนตกเป็นเป้าหมาย: ^{[ 89 ]}คนที่ไม่ใช่ชาวยิวต้องขออนุญาตจากสำนักงานเศรษฐกิจกลางเพื่อจ้างชาวยิวและจ่ายค่าธรรมเนียม^{[ 64 ]}

กฎหมายการทำให้เป็นอารยันฉบับที่สองถูกผ่านในเดือนพฤศจิกายน ซึ่งกำหนดให้มีการยึดทรัพย์สินของชาวยิวและการทำให้เป็นอารยันหรือการเลิกกิจการของธุรกิจของชาวยิว^{[ 64 ] [ 90 ]}ในกระบวนการที่ทุจริตซึ่งอยู่ภายใต้การดูแลของสำนักงานของโมราเวก ธุรกิจของชาวยิว 10,000 แห่ง (ส่วนใหญ่เป็นร้านค้า) ถูกเลิกกิจการ และส่วนที่เหลืออีกประมาณ 2,300 แห่งถูกทำให้เป็นอารยัน^{[ 64 ] [ 72 ] [ 91 ]}การเลิกกิจการเป็นประโยชน์ต่อธุรกิจขนาดเล็กของชาวสโลวาเกียที่แข่งขันกับธุรกิจของชาวยิว และการทำให้เป็นอารยันถูกนำไปใช้กับบริษัทขนาดใหญ่ที่ชาวยิวเป็นเจ้าของซึ่งถูกซื้อกิจการโดยคู่แข่ง ในหลายกรณี ผู้ที่ทำหน้าที่ทำให้เป็นอารยันซึ่งไม่เชี่ยวชาญด้านธุรกิจได้ทำข้อตกลงกับอดีตเจ้าของและพนักงานชาวยิวเพื่อให้ชาวยิวยังคงทำงานให้กับบริษัทต่อไป^{[ 92 ] [ 93 ]} การแปรรูปธุรกิจเป็นของชาวอารยันไม่ได้นำรายได้ตามที่คาดไว้เข้าสู่คลังของรัฐสโลวาเกีย และมีเพียง 288 ธุรกิจที่ถูกยุบเลิกเท่านั้นที่สร้างรายได้ให้กับรัฐภายในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2485 ^{[ 94 ]} การแปรรูปและยุบเลิกธุรกิจเป็นของชาวอารยันเกือบจะเสร็จสมบูรณ์ภายในเดือนมกราคม พ.ศ. 2485 ^{[ 92 ]}ส่งผลให้ชาวยิว 64,000 คนจากทั้งหมด 89,000 คนสูญเสียแหล่งทำมาหากิน^{[ 95 ] [ 96 ]} การทำให้ชาวยิวยากจนลงเป็นปัญหาสังคมที่เร่งด่วนสำหรับรัฐบาลสโลวาเกียจนกระทั่งชาวยิวที่ว่างงานถูกเนรเทศในปี พ.ศ. 2485 ^{[ 97 ] [ 98 ] [ 99 ]}

การทำให้เป็นอารยันส่งผลให้สโลวาเกียประสบความสูญเสียทางการเงินอย่างมหาศาลและความมั่งคั่งถูกทำลายอย่างมาก รัฐไม่สามารถระดมทุนได้จำนวนมากจากการขายทรัพย์สินและธุรกิจของชาวยิว และรายได้ส่วนใหญ่มาจากการยึดบัญชีธนาคารและหลักทรัพย์ทางการเงินที่เป็นของชาวยิว ผู้ได้รับผลประโยชน์หลักจากการทำให้เป็นอารยันคือสมาชิกของพรรคการเมืองฟาสซิสต์สโลวักและกลุ่มติดอาวุธ ซึ่งกระตือรือร้นที่จะได้มาซึ่งทรัพย์สินของชาวยิวแต่มีความเชี่ยวชาญน้อยในการดำเนินธุรกิจ^{[ 94 ] [ 100 ]}ในช่วงที่สาธารณรัฐสโลวักดำรงอยู่ รัฐบาลได้รับเงิน 1,100 ล้าน K จากการทำให้เป็นอารยันและใช้เงิน 900–950 ล้าน K ในการบังคับใช้มาตรการต่อต้านชาวยิว^{[ g ]}ในปี 1942 รัฐบาลจ่ายเงินให้รัฐบาลเยอรมันอีก 300 ล้าน K สำหรับการเนรเทศชาวยิว 58,000 คน^{[ 97 ]}

เมื่อวิสลิเซนีมาถึง องค์กรชุมชนชาวยิวทั้งหมดถูกยุบ และชาวยิวถูกบังคับให้จัดตั้งÚstredňa Židov (ศูนย์ชาวยิว ÚŽ ซึ่งอยู่ภายใต้สำนักงานเศรษฐกิจกลาง) ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2483 ^{[ 101 ] [ 84 ]} ÚŽ เป็นJudenratแห่งแรก นอกไรช์และโปแลนด์ที่ถูกเยอรมันยึดครอง และเป็นองค์กรชาวยิวฆราวาสเพียงแห่งเดียวที่ได้รับอนุญาตให้ดำรงอยู่ในสโลวาเกีย การเป็นสมาชิกเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับชาวยิวทุกคน ^{[ 64 ] [ 102 ]}ผู้นำของชุมชนชาวยิวมีความเห็นแตกแยกกันเกี่ยวกับการตอบสนองต่อเหตุการณ์นี้ แม้ว่าบางคนจะโต้แย้งว่า ÚŽ จะถูกใช้เพื่อดำเนินมาตรการต่อต้านชาวยิว แต่หลายคนมองว่าการเข้าร่วมใน ÚŽ เป็นวิธีช่วยเหลือเพื่อนชาวยิวด้วยการชะลอการดำเนินมาตรการดังกล่าวและบรรเทาความยากจน^{[ 101 ] [ 103 ]}ผู้นำคนแรกของ ÚŽ คือไฮน์ริช ชวาร์ตซ์ผู้ซึ่งขัดขวางคำสั่งต่อต้านชาวยิวอย่างสุดความสามารถ: เขาก่อวินาศกรรมสำมะโนประชากรชาวยิวในสโลวาเกียตะวันออก ซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อใช้เป็นข้ออ้างในการย้ายพวกเขาไปทางตะวันตกของประเทศ วิสลิเซนีสั่งจับกุมเขาในเดือนเมษายน พ.ศ. 2484 ^{[ 104 ] [ 105 ] [ 106 ]}สำนักงานเศรษฐกิจกลางแต่งตั้งอาร์ปาด เซเบสเตียน ผู้ให้ความร่วมมือมากกว่าเป็นผู้แทนของชวาร์ตซ์^{[ 107 ]}วิสลิเซนีจัดตั้งแผนกกิจการพิเศษใน ÚŽ เพื่อให้แน่ใจว่ามีการดำเนินการตามคำสั่งของนาซีอย่างรวดเร็ว โดยแต่งตั้งคาโรล ฮอคเบิร์กผู้ร่วมมือ กับนาซี (ชาวยิวชาวเวียนนา) เป็นผู้อำนวยการ^{[ 104 ] [ 107 ]}

ชาวยิวที่รับราชการในกองทัพถูกแยกไปอยู่ในหน่วยแรงงานในเดือนเมษายน พ.ศ. 2482 และถูกปลดจากยศเมื่อสิ้นปี ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2483 ชายชาวยิวและชาวโรมานีถูกบังคับให้ทำงานเพื่อการป้องกันประเทศ (โดยทั่วไปคืองานใช้แรงงานในโครงการก่อสร้าง) เป็นเวลาสองเดือนทุกปี ผู้รับสมัครทั้งหมดที่ถือว่าเป็นชาวยิวหรือชาวโรมานีจะถูกจัดสรรไปยังกองพันแรงงานที่หกซึ่งทำงานในสถานที่ก่อสร้างทางทหารที่Sabinov , Liptovský Svätý Peter , Láb , Svätý JurและZohorในปีถัดไป^{[ 64 ]}แม้ว่ากระทรวงกลาโหมจะถูกกดดันจากกระทรวงมหาดไทยให้ปล่อยตัวชาวยิวเพื่อเนรเทศในปี พ.ศ. 2485 แต่ก็ปฏิเสธ^{[ 108 ]}กองพันถูกยุบในปี พ.ศ. 2486 และแรงงานชาวยิวถูกส่งไปยังค่ายแรงงาน^{[ 64 ] [ 99 ]}

ศูนย์แรงงานแห่งแรกก่อตั้งขึ้นในช่วงต้นปี 1941 โดย ÚŽ เพื่อเป็นหลักสูตรฝึกอบรมสำหรับชาวยิวที่ถูกบังคับให้ตกงาน มีชาวยิว 13,612 คนสมัครเข้าร่วมหลักสูตรภายในเดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งเกินขีดความสามารถของโครงการไปมาก^{[ 109 ]}ในวันที่ 4 กรกฎาคม รัฐบาลสโลวาเกียได้ออกพระราชกฤษฎีกาเกณฑ์ชายชาวยิวทุกคนที่มีอายุ 18 ถึง 60 ปีเพื่อทำงาน^{[ 95 ] [ 110 ]}แม้ว่า ÚŽ จะต้องจ่ายเงินเพิ่มให้กับคนงานเพื่อให้เป็นไปตามค่าจ้างขั้นต่ำตามกฎหมาย แต่ค่ายแรงงานเหล่านี้ได้ยกระดับมาตรฐานการครองชีพของชาวยิวที่ยากจนลงจากนโยบายอารยันอย่างมาก^{[ 111 ]}ภายในเดือนกันยายน มีชาวยิว 5,500 คนทำงานใช้แรงงานให้กับบริษัทเอกชนในศูนย์แรงงานขนาดเล็กประมาณ 80 แห่ง^{[ 95 ]}ซึ่งส่วนใหญ่ถูกยุบในเดือนสุดท้ายของปี 1941 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการเตรียมการสำหรับการเนรเทศ การก่อสร้างเริ่มขึ้นในค่ายใหญ่สามแห่ง ได้แก่Sereď Nováky และVyhne ใน เดือนกันยายนของปีนั้น^{[ 111 ] [ 112 ]}

ตามคำสอนของคาทอลิกเกี่ยวกับเชื้อชาติกฎหมายต่อต้านชาวยิวในตอนแรกกำหนดชาวยิวตามศาสนามากกว่าเชื้อสาย ชาวยิวที่รับบัพติศมาก่อนปี 1918 ถือว่าเป็นคริสเตียน^{[ 64 ] [ 81 ] [ 113 ]}ภายในเดือนกันยายน พ.ศ. 2483 ชาวยิวถูกห้ามไม่ให้เข้าศึกษาในระดับมัธยมศึกษาและอุดมศึกษา รวมถึงโรงเรียนที่ไม่ใช่ของชาวยิวทั้งหมด และถูกห้ามไม่ให้เป็นเจ้าของยานยนต์ อุปกรณ์กีฬา หรือวิทยุ^{[ 87 ] [ 76 ]}ทางการท้องถิ่นได้กำหนดมาตรการต่อต้านชาวยิวด้วยตนเอง หัวหน้าเขต Šariš-Zemplín สั่งให้ชาวยิวในท้องถิ่นสวมแถบสีเหลืองรอบแขนซ้ายตั้งแต่วันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2484 ซึ่งนำไปสู่การโจมตีทางกายภาพต่อชาวยิว^{[ 64 ] [ 114 ]}ในช่วงกลางปี ​​พ.ศ. 2484 เมื่อความสนใจเปลี่ยนไปเป็นการจำกัดสิทธิพลเมืองของชาวยิวหลังจากที่พวกเขาถูกริบทรัพย์สินผ่านกระบวนการอารยันกรมที่ 14ของกระทรวงมหาดไทยจึงถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อบังคับใช้มาตรการต่อต้านชาวยิว^{[ 115 ]}

รัฐสภาสโลวาเกียผ่านร่างกฎหมายยิวเมื่อวันที่ 9 กันยายน พ.ศ. 2484 ซึ่งมีบทบัญญัติต่อต้านชาวยิว 270 มาตรา^{[ 95 ]} กฎหมายฉบับนี้ อิงตามกฎหมายนูเรมเบิร์กกำหนดนิยามของชาวยิวตามเชื้อสาย ห้ามการแต่งงานข้ามศาสนา และกำหนดให้ชาวยิวทุกคนที่มีอายุมากกว่า 6 ปีต้องสวมดาวสีเหลืองกฎหมายยิวนี้กีดกันชาวยิวออกจากชีวิตสาธารณะ จำกัดเวลาที่พวกเขาได้รับอนุญาตให้เดินทางและซื้อของ และห้ามพวกเขาเข้าร่วมชมรม องค์กร และกิจกรรมสาธารณะ^{[ 95 ] [ 116 ]}ชาวยิวยังต้องจ่ายภาษี 20 เปอร์เซ็นต์สำหรับทรัพย์สินทั้งหมด^{[ 114 ]}การโฆษณาชวนเชื่อของรัฐบาลอ้างว่ากฎหมายยิวเป็นชุดกฎหมายต่อต้านชาวยิวที่เข้มงวดที่สุดในยุโรป ประธานาธิบดีสามารถออกข้อยกเว้นเพื่อปกป้องชาวยิวแต่ละคนจากกฎหมายได้^{[ 95 ]} ในตอนแรก ชาวยิวที่ทำงานได้รับการยกเว้นจากข้อกำหนดบางประการของกฎหมาย เช่น การสวมดาว^{[ 117 ]}

นิยามทางเชื้อชาติของชาวยิวถูกวิพากษ์วิจารณ์โดยคริสตจักรคาทอลิก และในที่สุดผู้ที่เปลี่ยนศาสนาก็ได้รับการยกเว้นจากข้อกำหนดบางประการ^{[ 118 ] [ 119 ]}หน่วย Hlinka Guard และFreiwillige Schutzstaffelเพิ่มการโจมตีชาวยิว มีส่วนร่วมในการประท้วงต่อต้านชาวยิวเป็นประจำทุกวัน และคุกคามผู้ที่ไม่ใช่ชาวยิวที่ถูกตัดสินว่าต่อต้านชาวยิวไม่มากพอ^{[ 120 ]}กฎหมายนี้ทำให้สำนักงานเศรษฐกิจกลางสามารถบังคับให้ชาวยิวเปลี่ยนที่อยู่อาศัยได้^{[ 121 ]}บทบัญญัตินี้มีผลบังคับใช้ในวันที่ 4 ตุลาคม พ.ศ. 2484 เมื่อชาวยิว 10,000 คนจาก 15,000 คนในบราติสลาวา (ที่ไม่ได้ทำงานหรือแต่งงานกับคนต่างศาสนา) ได้รับคำสั่งให้ย้ายไปยัง 14 เมือง^{[ 121 ] [ 122 ]}การย้ายถิ่นฐานนี้ได้รับการจ่ายเงินและดำเนินการโดยแผนกภารกิจพิเศษของ ÚŽ ^{[ 123 ]}แม้ว่าชาวยิวจะได้รับคำสั่งให้ออกไปภายในวันที่ 31 ธันวาคม แต่มีคนย้ายออกไปน้อยกว่า 7,000 คนภายในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2485 ^{[ 124 ] [ 125 ]}

ในช่วงปลายทศวรรษ 1941 เจ้าหน้าที่ระดับสูงของรัฐบาลสโลวาเกียทราบถึงการสังหารหมู่ชาวยิวในดินแดนที่เยอรมนียึดครอง^{[ 126 ] [ 127 ]}ในเดือนกรกฎาคม 1941 วิสลิเซนีได้จัดการให้เจ้าหน้าที่รัฐบาลสโลวาเกียไปเยี่ยมชมค่ายหลายแห่งที่ดำเนินการโดยองค์การชเมลต์ซึ่งกักขังชาวยิวในไซลีเซียตอนบนตะวันออก เพื่อบังคับใช้แรงงานบนทางหลวงไรช์ออโต้บาห์นผู้เยี่ยมชมเข้าใจว่าชาวยิวในค่ายเหล่านั้นใช้ชีวิตภายใต้สภาพที่จะนำไปสู่ความตายในที่สุด^{[ 90 ] [ 128 ]}ทหารสโลวาเกียเข้าร่วมในการรุกรานโปแลนด์และสหภาพโซเวียต [ ^{22 ] พวก}เขานำข่าวการสังหารหมู่ชาวยิวมาแจ้ง และมีส่วนร่วมในการสังหารหมู่อย่างน้อยหนึ่งครั้ง^{[ 129 ]}ชาวสโลวาเกียบางคนทราบถึงการสังหารหมู่ที่คามิอาเนตส์-โพดิลสกี ในปี 1941 ซึ่งมีชาวยิว 23,600 คน โดยหลายคนถูกเนรเทศมาจากฮังการี ถูกยิงเสียชีวิตในยูเครนตะวันตก^{[ 130 ] [ 131 ]}รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม เฟอร์ดินานด์ ชาตโลชและนายพลโจเซฟ ตูราเนครายงานการสังหารหมู่ในจีโตมีร์ให้ทีโซทราบภายในเดือนกุมภาพันธ์ 1942 ^{[ 126 ] [ 132 ]}ทั้งบิชอปคาโรล คเมตโกและอุปทูตสันตะปาปาจูเซปเป บูร์ซิโอได้เผชิญหน้ากับประธานาธิบดีด้วยรายงานที่น่าเชื่อถือเกี่ยวกับการสังหารหมู่พลเรือนชาวยิวในยูเครน^{[ 132 ] [ 133 ]}หนังสือพิมพ์สโลวาเกียเขียนบทความมากมายเพื่อพยายามหักล้างข่าวลือที่ว่าชาวยิวที่ถูกเนรเทศถูกปฏิบัติอย่างไม่เป็นธรรม โดยชี้ให้เห็นถึงความรู้ทั่วไปในช่วงกลางปี ​​1942 ว่าชาวยิวที่ถูกเนรเทศนั้นเสียชีวิตไปแล้ว^{[ 134 ]}

ในช่วงกลางปี ​​1941 ชาวเยอรมันเรียกร้อง (ตามข้อตกลงก่อนหน้านี้) แรงงานชาวสโลวักอีก 20,000 คนเพื่อทำงานในเยอรมนี สโลวาเกียปฏิเสธที่จะส่งชาวสโลวักที่ไม่ใช่ชาวยิว และเสนอแรงงานชาวยิวจำนวนเท่ากันแทน แม้ว่าจะไม่ต้องการรับภาระครอบครัวของพวกเขา^{[ 135 ] [ 86 ]}จดหมายที่ส่งเมื่อวันที่ 15 ตุลาคม 1941 ระบุว่ามีการวางแผนสังหารหมู่ชาวยิวในเขตลูบลินของรัฐบาลทั่วไปเพื่อเปิดทางให้ชาวยิวที่ถูกเนรเทศจากสโลวาเกียและเยอรมนี^{[ 136 ]} ในช่วงปลายเดือนตุลาคม Tiso, Tuka, Mach และ Čatloš ได้ไปเยี่ยมWolf's Lair (ใกล้Rastenburgทางตะวันออกของปรัสเซีย ) และพบกับAdolf Hitlerไม่มีบันทึกใดหลงเหลืออยู่เกี่ยวกับการประชุมครั้งนี้ ซึ่งการเนรเทศชาวยิวจากสโลวาเกียอาจถูกนำมาหารือเป็นครั้งแรก นำไปสู่การถกเถียงทางประวัติศาสตร์เกี่ยวกับผู้ที่เสนอแนวคิดนี้^{[ 137 ] [ 95 ]}แม้ว่าชาวเยอรมันจะเสนอข้อเสนอ แต่การตัดสินใจของสโลวาเกียไม่ได้เกิดจากแรงกดดันจากเยอรมนี^{[ 132 ] [ 138 ] [ 139 ]}ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2484 รัฐบาลสโลวาเกียอนุญาตให้รัฐบาลเยอรมันเนรเทศชาวยิวสโลวาเกีย 659 คนที่อาศัยอยู่ในไรช์และเขตปกครองโบฮีเมียและโมราเวียไปยังโปแลนด์ที่ถูกเยอรมันยึดครอง^{[ 95 ] [ 140 ]}โดยมีเงื่อนไขว่าทรัพย์สินที่ถูกยึดของพวกเขาจะต้องส่งมอบให้กับสโลวาเกีย^{[ 141 ]}

ในช่วงต้นปี 1942 ทูกาและวิสลิเซนีได้หารือเกี่ยวกับการเนรเทศชาวยิวออกจากสโลวาเกีย^{[ 142 ]}ตามที่ระบุโดยโทรเลขจากฮันส์ ลูดิน เอกอัครราชทูตเยอรมันประจำสโลวา เกีย ชาวสโลวาเกียตอบรับ "ด้วยความกระตือรือร้น" ^{[ 143 ]}ทูกาเสนอข้อเสนอต่อรัฐบาลในวันที่ 3 มีนาคม และมีการอภิปรายในรัฐสภาสามวันต่อมา^{[ 95 ]}ในวันที่ 15 พฤษภาคม รัฐสภาอนุมัติพระราชกฤษฎีกา 68/1942ซึ่งทำให้การเนรเทศชาวยิวเป็นไปอย่างถูกกฎหมายย้อนหลัง อนุญาตให้เพิกถอนสัญชาติของพวกเขา และกำหนดข้อยกเว้น^{[ 132 ] [ 144 ] [ 145 ]}การต่อต้านมุ่งเน้นไปที่อุปสรรคทางเศรษฐกิจ ศีลธรรม และกฎหมาย แต่ดังที่มาคกล่าวในภายหลังว่า "สมาชิกสภานิติบัญญัติทุกคนที่พูดถึงประเด็นนี้ต่างกล่าวว่าเราควรจะกำจัดชาวยิวออกไป" ^{[ 146 ]}ตัวแทนคาทอลิกอย่างเป็นทางการและบิชอปแห่งSpiš , Ján Vojtaššákได้ร้องขอให้มีการตั้งถิ่นฐานแยกต่างหากในโปแลนด์สำหรับผู้ที่เปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์^{[ 147 ]}รัฐบาลสโลวาเกียตกลงที่จะจ่ายเงิน 500 ไรช์มาร์คต่อผู้ถูกเนรเทศ (โดยอ้างว่าเพื่อครอบคลุมค่าที่พัก อาหาร การฝึกอบรมใหม่ และที่อยู่อาศัย) ^{[ 147 ] [ 148 ]}และค่าธรรมเนียมเพิ่มเติมให้กับDeutsche Reichsbahnสำหรับการขนส่ง^{[ 149 ]}ค่าธรรมเนียม 500 ไรช์มาร์คเทียบเท่ากับประมาณ 125 ดอลลาร์สหรัฐในขณะนั้น^{[ 73 ]}หรือ 2,500 ดอลลาร์สหรัฐในปัจจุบัน^{[ 52 ]}ชาวเยอรมันสัญญาเป็นการแลกเปลี่ยนว่าชาวยิวจะไม่กลับมาอีก และสโลวาเกียสามารถเก็บทรัพย์สินที่ถูกยึดทั้งหมดไว้ได้^{[ 129 ] [ 145 ]}ยกเว้นรัฐอิสระโครเอเชีย (ซึ่งจ่าย 30 ไรช์มาร์คต่อคน) สโลวาเกียเป็นประเทศเดียวที่จ่ายเงินเพื่อเนรเทศประชากรชาวยิวของตน^{[ 150 ] [ 151 ]}ตามที่นักประวัติศาสตร์Donald Bloxham กล่าวไว้ ว่า "ข้อเท็จจริงที่ว่าระบอบ Tiso ปล่อยให้เยอรมนีทำเรื่องสกปรกไม่ควรบดบังความปรารถนาที่จะ "ชำระล้าง" เศรษฐกิจ" ^{[ 152 ]}

แผนการเนรเทศเดิมที่ได้รับการอนุมัติในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 เกี่ยวข้องกับการเนรเทศผู้หญิง 7,000 คนไปยังเอาชวิตซ์และผู้ชาย 13,000 คนไปยังมา^จดาเน็กเพื่อใช้เป็นแรงงานบังคับ^{[ 153 ] [ 154 ]}แผนกที่ 14 จัดการการเนรเทศ^{[ 155 ] [ 132 ]} ในขณะที่กระทรวงคมนาคมของสโลวาเกียจัดหารถม้า [ ^{156 ] [ 157 ] [ 145 ]} รายชื่อผู้ที่จะถูกเนรเทศถูกจัดทำขึ้นโดยแผนกที่ 14 โดยอิงจากข้อมูลทางสถิติที่จัดทำโดยแผนกภารกิจพิเศษของศูนย์ชาวยิว^{[ 154 ]}แม้แต่ภายในประเทศสโลวาเกียเอง ชาวยิวก็ถูกขนส่งในรถม้า^{[ 158 ]}ที่สถานีชายแดนในซวาร์ดอนหน่วยรักษาการณ์ฮลิงกาได้ส่งมอบการขนส่งให้กับตำรวจทหารเยอรมัน^{[ 147 ] [ 159 ]}เจ้าหน้าที่สโลวาเกียให้สัญญาว่าผู้ถูกเนรเทศจะได้รับอนุญาตให้กลับบ้านได้หลังจากระยะเวลาที่กำหนด^{[ 160 ]}และชาวยิวจำนวนมากในตอนแรกเชื่อว่าการรายงานตัวเพื่อเนรเทศดีกว่าการเสี่ยงต่อการแก้แค้นต่อครอบครัวของพวกเขา^{[ 161 ]}เมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2485 ขบวน ขนส่งชุดแรกออกจากค่ายพักพิงชั่วคราวปอปราดไปยังเอาชวิตซ์พร้อมกับหญิงชาวยิวโสด 1,000 คน อายุระหว่าง 16 ถึง 45 ปี^{[ 132 ]} ในช่วงการเนรเทศระลอกแรก (ซึ่งสิ้นสุดในวันที่ 2 เมษายน) ชาวยิวหนุ่มสาวโสด 6,000 คนถูกเนรเทศไปยังเอาชวิตซ์และมาจดาเน็ก^{[ 162 ]}

สมาชิกของหน่วย Hlinka Guard, Freiwillige Schutzstaffelและหน่วยตำรวจทหารมีหน้าที่รวบรวมชาวยิว รักษาความปลอดภัยศูนย์พักพิง และในที่สุดก็บังคับพวกเขาขึ้นรถไฟเพื่อเนรเทศ^{[ 132 ] [ 163 ]}เจ้าหน้าที่ชาวเยอรมันประจำอยู่ที่ศูนย์กักกันแต่ละแห่ง^{[ 164 ]}การยกเว้นอย่างเป็นทางการควรจะช่วยป้องกันไม่ให้ชาวยิวบางคนถูกเนรเทศ แต่บางครั้งเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นก็เนรเทศผู้ที่ได้รับการยกเว้น^{[ 165 ]}เหยื่อจะได้รับคำเตือนเพียงสี่ชั่วโมงเพื่อป้องกันไม่ให้พวกเขาหลบหนี การทุบตีและการโกนผมโดยบังคับเป็นเรื่องปกติ เช่นเดียวกับการตรวจค้นชาวยิวอย่างละเอียดเพื่อค้นหาสิ่งของมีค่าที่ซ่อนอยู่^{[ 166 ]}แม้ว่ายามและเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นบางคนจะรับสินบนเพื่อไม่ให้ชาวยิวขึ้นรถไฟ แต่โดยทั่วไปแล้วเหยื่อจะถูกเนรเทศไปกับรถไฟขบวนถัดไป^{[ 167 ]}บางคนก็ฉวยโอกาสจากอำนาจของตนเพื่อข่มขืนผู้หญิงชาวยิว^{[ 168 ]}ชาวยิวได้รับอนุญาตให้นำสิ่งของส่วนตัวติดตัวมาได้เพียง 50 กิโลกรัม (110 ปอนด์) เท่านั้น แต่แม้กระทั่งสิ่งของเหล่านี้ก็ยังถูกขโมยบ่อยครั้ง^{[ 164 ]}

ไรน์ฮาร์ด เฮย์ดริชหัวหน้าสำนักงานความมั่นคงแห่งไรช์ [ ^{169 ] เยือน}บราติสลาวาเมื่อวันที่ 10 เมษายน และเขากับทูกาตกลงกันว่าการเนรเทศเพิ่มเติมจะมุ่งเป้าไปที่ทั้งครอบครัวและในที่สุดก็จะกำจัดชาวยิวทั้งหมดออกจากสโลวาเกีย^{[ 170 ] [ 171 ]}การขนส่งครอบครัวเริ่มต้นขึ้นในวันที่ 11 เมษายน และนำเหยื่อไปยังเขตลูบลิน^{[ 172 ] [ 173 ]} ในช่วงครึ่งแรกของเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2485 รถไฟ 10 ขบวนหยุดชั่วคราวที่ไมดาเน็ก ซึ่งมี การคัดเลือก ชายฉกรรจ์เพื่อใช้แรงงาน รถไฟเดินทางต่อไปยังค่ายสังหารโซบิบอร์ซึ่งเหยื่อที่เหลือถูกสังหาร^{[ 172 ]}รถไฟส่วนใหญ่นำเหยื่อ (รวม 30,000 คน) ^{[ 174 ]}ไปยังเขตเกตโตซึ่งผู้อยู่อาศัยเพิ่งถูกเนรเทศไปยังค่ายสังหารเบลเซคหรือโซบิบอร์ บางกลุ่มอยู่ได้เพียงช่วงสั้นๆ ก่อนที่จะถูกเนรเทศไปยังค่ายสังหารอีกครั้ง ในขณะที่บางกลุ่มยังคงอยู่ในเขตชาวยิวเป็นเวลาหลายเดือนหรือหลายปี^{[ 172 ]} ผู้ถูกเนรเทศบางส่วนลงเอยอยู่ในค่ายแรงงานบังคับในเขตลูบลิน (เช่นโปเนียโตวา เดบลิน-อิเรนาและครีชอฟ ) ^{[ 175 ]}ที่น่าประหลาดใจคือ ผู้ถูกเนรเทศในเขตลูบลินสามารถติดต่อกับชาวยิวที่ยังคงอยู่ในสโลวาเกียได้อย่างรวดเร็ว ซึ่งนำไปสู่ ความ พยายามช่วยเหลืออย่างกว้างขวาง^{[ 176 ]}ชะตากรรมของชาวยิวที่ถูกเนรเทศจากสโลวาเกียในที่สุดก็ "ถูกกำหนดไว้แล้วภายในกรอบของปฏิบัติการไรน์ฮาร์ด " เช่นเดียวกับชาวยิวชาวโปแลนด์ตามคำกล่าวของเยโฮชัว บูชเลอร์^{[ 159 ]}

การขนส่งไปยังเอาชวิตซ์เริ่มขึ้นหลังกลางเดือนมิถุนายน โดยเหยื่อส่วนน้อยถูกคัดเลือกเพื่อใช้แรงงาน ส่วนที่เหลือถูกสังหารใน ห้อง รมแก๊ส^{[ 177 ] [ 178 ]}เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นกับการขนส่งทั้งหมด 9 ครั้ง โดยครั้งสุดท้ายมาถึงในวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2485 ^{[ 178 ] [ 179 ]}ตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคมถึง 18 กันยายน ไม่มีการขนส่งใดออกเดินทาง^{[ 180 ] [ 179 ] [ 178 ]}ชาวยิวส่วนใหญ่ที่ไม่ได้รับการยกเว้นจากการเนรเทศได้ถูกเนรเทศไปแล้วหรือหนีไปยังฮังการี^{[ 181 ]}ในช่วงกลางเดือนสิงหาคม ทิโซได้กล่าวสุนทรพจน์ในโฮลิชโดยบรรยายว่าชาวยิวเป็น "ศัตรูตลอดกาล" และให้เหตุผลในการเนรเทศตาม หลักจริยธรรมของ ศาสนาคริสต์^{[ 132 ] [ 182 ]}ในขณะที่กล่าวสุนทรพจน์นี้ รัฐบาลสโลวาเกียมีข้อมูลที่ถูกต้องเกี่ยวกับการสังหารหมู่ผู้ถูกเนรเทศจากสโลวาเกีย คำขออย่างเป็นทางการในการตรวจสอบค่ายที่ชาวยิวสโลวาเกียถูกคุมขังในโปแลนด์ถูกไอช์มันน์ปฏิเสธ^{[ 183 ]}การขนส่งเกิดขึ้นอีกสามครั้งในเดือนกันยายนและตุลาคม พ.ศ. 2485 ก่อนที่จะหยุดลงจนถึงปี พ.ศ. 2487 ^{[ 184 ] [ 179 ] [ 178 ]}เมื่อสิ้นปี พ.ศ. 2485 มีชาวยิวสโลวาเกียเหลือรอดอยู่ที่เอาชวิตซ์เพียง 500 หรือ 600 คนเท่านั้น^{[ 145 ]}ชาวยิวสโลวาเกียที่รอดชีวิตหลายพันคนในเขตลูบลินถูกยิงเสียชีวิตในวันที่ 3-4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2486 ระหว่างปฏิบัติการเทศกาลเก็บเกี่ยว^{[ 145 ] [ 176 ]}

ระหว่างวันที่ 25 มีนาคมถึง 20 ตุลาคม พ.ศ. 2485 ชาวยิวเกือบ 58,000 คน (สองในสามของประชากร) ถูกเนรเทศ^{[ 177 ] [ 185 ] [ 186 ]}ไม่ทราบจำนวนที่แน่นอนเนื่องจากความคลาดเคลื่อนในแหล่งข้อมูล^{[ 187 ]}การเนรเทศส่งผลกระทบต่อชาวยิวที่ยากจนจากทางตะวันออกของสโลวาเกียอย่างไม่สมส่วน แม้ว่าภูมิภาค Šariš-Zemplín ทางตะวันออกของสโลวาเกียจะสูญเสียประชากรชาวยิวไป 85 ถึง 90 เปอร์เซ็นต์ แต่ Žilina รายงานว่าชาวยิวเกือบครึ่งหนึ่งยังคงอยู่หลังจากการเนรเทศ^{[ 188 ] [ 189 ] [ 144 ]}ผู้ถูกเนรเทศถูกกักขังไว้ชั่วคราวในค่าย 5 แห่งในสโลวาเกียก่อนการเนรเทศ^{[ 164 ]} 26,384 คนจาก Žilina, ^{[ 190 ]} 7,500 คนจาก Patrónka, ^{[ 191 ]} 7,000 คนจาก Poprad, ^{[ 192 ]} 4,463 คนจาก Sereď, ^{[ 193 ]}และ 4,000 ถึง 5,000 คนจาก Nováky ^{[ 194 ]}รถไฟ 19 ขบวนไปที่ Auschwitz และอีก 38 ขบวนไปที่เขตชาวยิวและค่ายกักกันและค่ายสังหารในเขต Lublin ^{[ 195 ]}มีเพียงไม่กี่ร้อยคนเท่านั้นที่รอดชีวิตจากสงคราม^{[ 132 ]}ส่วนใหญ่อยู่ที่ Auschwitz แทบไม่มีใครรอดชีวิตในเขต Lublin เลย^{[ 196 ]}

สำนักวาติกันคัดค้านการเนรเทศ โดยเกรงว่าการกระทำดังกล่าวจากรัฐบาลคาทอลิกจะทำให้คริสตจักรเสื่อมเสียชื่อเสียง^{[ 197 ] [ 133 ]}โดเมนิโก ทาร์ดินีปลัดกระทรวงแห่งรัฐวาติกัน เขียนในบันทึกส่วนตัวว่า "ทุกคนเข้าใจว่าสำนักวาติกันไม่สามารถหยุดฮิตเลอร์ได้ แต่ใครจะเข้าใจได้ว่าทำไมสำนักวาติกันถึงไม่รู้วิธีควบคุมบาทหลวง" ^{[ 133 ] [ 198 ]}ตาม รายงานของ หน่วยงานความมั่นคง (SD) บูร์ซิโอขู่ทีโซว่า จะออกคำ สั่งห้าม^{[ 132 ] [ 133 ]}บรรดาบิชอปชาวสโลวาเกียมีท่าทีคลุมเครือ โดยสนับสนุนการฆ่าพระเจ้าของชาวยิวและตำนานต่อต้านชาวยิวอื่นๆ ในขณะที่เรียกร้องให้ชาวคาทอลิกปฏิบัติต่อชาวยิวอย่างมีมนุษยธรรม^{[ 199 ]}ในที่สุดคริสตจักรคาทอลิกก็เลือกที่จะไม่ลงโทษชาวคาทอลิกสโลวาเกียคนใดที่สมรู้ร่วมคิดในการกระทำของระบอบการปกครอง^{[ 200 ]}เจ้าหน้าที่จาก ÚŽ ^{[ 201 ]}และบรรดารับบีชาวสโลวักที่มีอิทธิพลมากที่สุดหลายคนได้ส่งคำร้องไปยัง Tiso แต่เขาไม่ได้ตอบกลับ^{[ 202 ]} Ludin รายงานว่าการเนรเทศนั้น "ไม่เป็นที่นิยมอย่างมาก" ^{[ 99 ] [ 197 ]}แต่มีชาวสโลวักเพียงไม่กี่คนที่ดำเนินการต่อต้าน^{[ 197 ] [ 203 ]}ภายในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2485 กลุ่มทำงาน (องค์กรใต้ดินที่ดำเนินการภายใต้การอุปถัมภ์ของ ÚŽ) ได้ก่อตั้งขึ้นเพื่อต่อต้านการเนรเทศ ผู้นำของกลุ่ม ได้แก่Gisi Fleischmannผู้จัดงานชาว ไซออ นิสต์ และMichael Dov Weissmandl รับบีออร์โธดอกซ์ ได้ ติดสินบนAnton Vašekหัวหน้าแผนกที่ 14 และ Wisliceny ไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดว่าความพยายามของกลุ่มนี้มีความเกี่ยวข้องกับการหยุดยั้งการเนรเทศหรือไม่^{[ 204 ] [ 177 ] [ 205 ]}

ชาวยิวจำนวนมากได้เรียนรู้เกี่ยวกับชะตากรรมที่รอพวกเขาอยู่ในช่วงครึ่งแรกของปี 1942 จากแหล่งข้อมูลต่างๆ เช่น จดหมายจากชาวยิวที่ถูกเนรเทศหรือผู้หลบหนี^{[ 206 ] [ 207 ]}ชาวยิวประมาณ 5,000 ถึง 6,000 คนหนีไปยังฮังการีเพื่อหลีกเลี่ยงการเนรเทศ^{[ 132 ] [ 208 ] [ 93 ]}หลายคนโดยการจ่ายสินบน^{[ 208 ]}หรือด้วยความช่วยเหลือจากผู้ลักลอบขนคน^{[ 209 ]}และขบวนการเยาวชนไซออนิสต์ Hashomer Hatzair ^{[ 99 ]}ประมาณหนึ่งในสามของผู้ที่หนีไปยังฮังการีรอดชีวิตจากสงคราม^{[ 210 ]} เจ้าของธุรกิจที่ถูกทำให้เป็นอารยันจำนวนมากได้ยื่นขอการยกเว้นการทำงานสำหรับอดีตเจ้าของที่เป็นชาวยิว ในบางกรณี นี่เป็นการทำให้เป็นอารยันที่ปลอมขึ้นมา ในขณะที่ผู้ที่ทำให้เป็นอารยันคนอื่นๆ ที่มีแรงจูงใจจากผลกำไร ได้เก็บอดีตเจ้าของที่เป็นชาวยิวไว้เพื่อใช้ประโยชน์จากทักษะของพวกเขา^{[ 211 ] [ 212 ]}ชาวยิวประมาณ 2,000 คนมีเอกสารปลอมที่ระบุตนเองว่าเป็นชาวอารยัน^{[ 93 ]}นักบวชคริสเตียนบางคนทำพิธีบัพติศมาให้กับชาวยิว แม้แต่ผู้ที่ไม่ได้เปลี่ยนศาสนาอย่างจริงใจ แม้ว่าการเปลี่ยนศาสนาหลังปี 1939 จะไม่ทำให้ชาวยิวได้รับการยกเว้นจากการเนรเทศ แต่การรับบัพติศมาทำให้การได้รับการยกเว้นอื่นๆ ง่ายขึ้น และนักบวชบางคนแก้ไขบันทึกเพื่อให้มีการทำพิธีบัพติศมาก่อน^{[ 213 ] [ 200 ]}

หลังจากการเนรเทศ ยังคงมีชาวยิวอยู่ในสโลวาเกียประมาณ 22,000 ถึง 25,000 คน^{[ 214 ] [ 215 ]}ชาวยิวประมาณ 16,000 คนได้รับการยกเว้น มีผู้ที่เปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์ก่อนปี 1939 จำนวน 4,217 คน ชาวยิวที่แต่งงานกับคนต่างศาสนาอย่างน้อย 985 คน^{[ 216 ] [ 217 ]}และผู้ถือการยกเว้นทางเศรษฐกิจจำนวน 9,687 คน^{[ 216 ]} (โดยเฉพาะแพทย์ เภสัชกร วิศวกร และผู้เชี่ยวชาญด้านการเกษตร ซึ่งอาชีพเหล่านี้ขาดแคลน) ^{[ 218 ]}ชาวยิว 1,000 คนได้รับการคุ้มครองโดยการยกเว้นจากประธานาธิบดี ส่วนใหญ่เป็นการยกเว้นเพิ่มเติมจากข้อยกเว้นอื่นๆ^{[ 219 ] [ 220 ]}นอกจากชาวยิวที่ได้รับการยกเว้นแล้ว ยังมีชาวยิวอีกประมาณ 2,500 คนที่ถูกกักขังในค่ายแรงงาน^{[ 214 ]}และอีก 1,000 คนรับใช้ในกองพันแรงงานที่หก^{[ 99 ]} เมื่อการเนรเทศถูกระงับ รัฐบาลทราบที่อยู่ของชาวยิวที่ไม่ได้รับการยกเว้นเพียง 2,500 คนเท่านั้น^{[ 221 ]}

ในช่วงปี 1943 การบังคับใช้กฎหมายต่อต้านชาวยิวลดลง และชาวยิวจำนวนมากเลิกสวมดาวสีเหลือง^{[ 222 ]}อย่างไรก็ตาม ชาวยิวที่เหลืออยู่ แม้แต่ผู้ที่ได้รับการยกเว้น ก็ยังคงหวาดกลัวการถูกเนรเทศอยู่ตลอดเวลา^{[ 204 ] [ 223 ]} ÚŽ ทำงานเพื่อปรับปรุงสภาพความเป็นอยู่ของแรงงานในค่ายสโลวาเกีย^{[ 224 ] [ 204 ]}และเพื่อเพิ่มผลผลิต เพื่อเสริมสร้างแรงจูงใจในการรักษาแรงงานไว้ในสโลวาเกีย^{[ 218 ] [ 225 ]}ในปี 1943 ค่ายแรงงานสร้างรายได้ 39 ล้าน Ks ให้กับสาธารณรัฐสโลวาเกีย^{[ 226 ] [ 214 ] [ h ]}การหยุดการเนรเทศจากสโลวาเกียทำให้คณะทำงานสามารถเปิดตัวแผนยูโรปา ซึ่ง เป็นความพยายามที่ไม่ประสบความสำเร็จในการติดสินบน ไฮน์ริช ฮิมม์เลอร์หัวหน้าหน่วย SS เพื่อให้ไว้ชีวิตชาวยิวที่รอดชีวิตภายใต้การยึดครองของเยอรมัน^{[ 204 ] [ 227 ]}นอกจากนี้ยังลักลอบส่งความช่วยเหลือไปยังชาวยิวในโปแลนด์^{[ 228 ] [ 229 ]} และช่วยให้ชาวยิวชาวโปแลนด์หลบหนีไปยังฮังการีผ่านทางสโลวาเกีย^{[ 230 ] [ 231 ]}ในปลายเดือนเมษายน พ.ศ. 2487 ผู้หลบหนีจากเอาชวิตซ์สองคน คือรูดอล์ฟ เวอร์บาและอัลเฟรด เวทซ์เลอร์เดินทางถึงสโลวาเกีย^{[ 232 ]}คณะทำงานได้ส่งรายงานของพวกเขาไปยังฮังการีและสวิตเซอร์แลนด์ และรายงานดังกล่าวไปถึงพันธมิตรตะวันตกในเดือนกรกฎาคม^{[ 233 ]}

หลังจากการรบที่สตาลินกราดและความพ่ายแพ้อื่นๆ ในสงครามที่ไม่เป็นที่นิยมมากขึ้นเรื่อยๆ ทางตะวันออกนักการเมืองสโลวาเกียตระหนักว่าเยอรมนีน่าจะพ่ายแพ้^{[ 234 ] [ 130 ]}นักการเมือง HSĽS บางคน (โดยเฉพาะผู้ที่อยู่ในกลุ่มหัวรุนแรง) โทษความตกต่ำทางเศรษฐกิจว่าเป็นฝีมือของชาวยิว และยุยงให้เนรเทศประชากรที่เหลืออยู่^{[ 235 ]}เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2486 Mach ประกาศในการชุมนุมที่Ružomberokว่าการขนส่งจะกลับมาดำเนินการอีกครั้งในไม่ช้า^{[ 236 ]}ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2486 หน่วยรักษาการณ์ Hlinka และแผนกที่ 14 ได้เตรียมการสำหรับการกลับมาดำเนินการเนรเทศอีกครั้ง ได้แก่ การลงทะเบียนชาวยิว การยกเลิกการยกเว้นทางเศรษฐกิจ และการตามล่าชาวยิวที่ซ่อนตัวอยู่^{[ 237 ]}แผนการที่จะส่งรถไฟสี่ขบวนระหว่างวันที่ 18 ถึง 22 เมษายน ไม่ได้ถูกนำไปปฏิบัติ^{[ 238 ]}เพื่อตอบโต้การคุกคามที่จะกลับมาดำเนินการอีกครั้ง บรรดาบิชอปชาวสโลวักได้ออกจดหมายอภิบาลเป็นภาษาละตินเมื่อวันที่ 8 มีนาคม ประณามการต่อต้านชาวยิวและลัทธิเผด็จการเบ็ดเสร็จ และปกป้องสิทธิของชาวยิวทุกคน^{[ 239 ] [ 240 ]}เยอรมนีได้กดดันสาธารณรัฐสโลวักมากขึ้นเรื่อยๆ ให้ส่งมอบชาวยิวที่เหลืออยู่ในปี 1943 และ 1944 แต่บรรดานักการเมืองสโลวักไม่เห็นด้วยที่จะกลับมาดำเนินการเนรเทศอีกครั้ง^{[ 241 ]}

ในช่วงปลายปี 1943 นายทหารและปัญญาชน ชั้นนำของ กองทัพได้จัดตั้งสภาแห่งชาติสโลวัก ขึ้น เพื่อวางแผนการก่อจลาจล สภานี้ได้รวมกลุ่มผู้ต่อต้านระบอบการปกครอง ทั้งฝ่าย คอมมิวนิสต์ และฝ่ายประชาธิปไตยเข้าด้วยกัน ^{[ 242 ]} กลุ่ม ต่อต้านฟาสซิสต์อื่นๆ ได้ถอยร่นไปยัง เทือกเขา คาร์พาเทียนและจัดตั้งกลุ่มกองโจรขึ้น^{[ 243 ] [ 244 ]}การเตรียมการสำหรับการลุกฮือทำให้ชาวยิวสโลวักที่เหลืออยู่มีความรู้สึกที่หลากหลาย พวกเขากลัวว่าการลุกฮือจะนำไปสู่การปราบปรามชุมชนของพวกเขา^{[ 244 ]}กลุ่มใต้ดินได้จัดตั้งขึ้นที่ค่ายแรงงานเซเรด^{[ 245 ] [ 246 ]}และโนวาคี^{[ 247 ] [ 246 ]}ทางการสโลวักเริ่มลงทะเบียนชาวยิวใหม่ในเดือนมกราคม 1944 ทำให้บางคนต้องหนีไปยังฮังการี^{[ 248 ]}เมื่อวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2487 เยอรมนีได้บุกฮังการีรวมถึงคาร์พาเทียนรูเทเนียและพื้นที่ที่เชโกสโลวาเกียยกให้ในปี พ.ศ. 2481 ^{[ 249 ] [ 250 ]}ชาวยิวสโลวักที่หนีไปฮังการีพยายามกลับมา แต่หลายคนถูกจับกุมที่ชายแดนและถูกเนรเทศไปยังเอาชวิตซ์โดยตรง^{[ 244 ]} ยาน ส ปิเชียก เอกอัครราชทูตสโลวักประจำบูดาเปสต์ได้ออกเอกสารให้กับชาวยิว 3,000 คน อนุญาตให้พวกเขาข้ามชายแดนได้อย่างถูกกฎหมาย^{[ 243 ]}ทำให้จำนวนชาวยิวในสโลวักเพิ่มขึ้นเป็น 25,000 คน^{[ 244 ]}ระหว่างวันที่ 14 พฤษภาคมถึง 7 กรกฎาคม ชาวยิว 437,000 คนถูกเนรเทศออกจากฮังการี ส่วนใหญ่ไปยังเอาชวิตซ์^{[ 251 ]}รวมถึงชาวยิวสโลวักจำนวนมากในประเทศด้วย^{[ 243 ]} เพื่อตอบโต้ภัยคุกคามด้านความมั่นคงที่รับรู้ได้ของชาวยิวในภูมิภาค Šariš-Zemplín เมื่อแนวหน้าเคลื่อนไปทางทิศตะวันตก ในวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2487 รัฐบาลสโลวาเกียได้สั่งให้ชาวยิวย้ายไปยังส่วนตะวันตกของประเทศ^{[ 252 ]}

ด้วยความกังวลเกี่ยวกับการเพิ่มขึ้นของการต่อต้าน เยอรมนีจึงบุกสโลวาเกีย ซึ่งเป็นสาเหตุของการลุกฮือของชาวสโลวาเกียที่ปะทุขึ้นในวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2487 ^{[ 253 ] [ 254 ] [ 255 ]}กองกำลังผู้ก่อการจลาจลยึดครองภาคกลางของสโลวาเกียได้ แต่พ่ายแพ้ในวันที่ 27 ตุลาคมที่บันสกา บิสทริกากองกำลังพลพรรคถอนตัวไปยังภูเขาและดำเนินปฏิบัติการกองโจร ต่อไป จนถึงปี พ.ศ. 2488 ^{[ 253 ] [ 256 ]}รัฐบาลใหม่ได้สาบานตนเข้ารับตำแหน่ง โดยมีสเตฟาน ลูกพี่ลูกน้องของติโซ เป็นนายกรัฐมนตรี และโจเซฟยังคงดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี^{[ 257 ] [ 258 ]} บุร์ซิโอ ผู้รักษาการแทนเอกอัครราชทูต ของพระสันตะปาปา ได้พบกับติโซในวันที่ 22 และ 29 กันยายน โดยมีรายงานว่าเขาเรียกติโซว่าเป็นคนโกหกเมื่อประธานาธิบดีปฏิเสธว่าไม่รู้เรื่องการเนรเทศ^{[ 259 ] [ 260 ]} สมเด็จพระสันตะปาปา ปิอุสที่ 12ทรงสั่งให้บูร์ซิโอแจ้งกับติโซว่าวาติกันประณามการข่มเหงบุคคลเนื่องจากเชื้อชาติหรือสัญชาติของพวกเขา^{[ 261 ] [ 262 ]}สหรัฐอเมริกาและสวิตเซอร์แลนด์ได้ออกแถลงการณ์ประท้วงอย่างเป็นทางการต่อการเนรเทศชาวยิว^{[ 260 ]}การโฆษณาชวนเชื่อของสโลวาเกียกล่าวโทษชาวยิวและชาวเช็กว่าเป็นต้นเหตุของการลุกฮือ^{[ 263 ] [ 264 ]}อย่างไรก็ตาม รัฐบาลสโลวาเกียเลือกที่จะกักขังชาวยิวไว้ในค่ายกักกันในสโลวาเกียมากกว่าการเนรเทศพวกเขา^{[ 264 ]}ติโซขอให้ชาวเยอรมันไว้ชีวิตชาวยิวที่รับบัพติศมาแล้วและผู้ที่แต่งงานกับคนต่างเชื้อชาติอย่างน้อยที่สุด แต่คำขอของเขาถูกเพิกเฉย^{[ 259 ]}

การลุกฮือครั้งนี้เปิดโอกาสให้ชาวเยอรมันนำแผนการแก้ปัญหาขั้นสุดท้ายมาใช้ในสโลวาเกีย^{[ 265 ]}การกระทำต่อต้านชาวยิวอยู่ภายใต้การควบคุมของกระทรวงกลาโหมสโลวาเกีย แต่ในทางปฏิบัติแล้วชาวเยอรมันเป็นผู้กำหนดนโยบาย^{[ 257 ] [ 266 ]} ต่างจากการเนรเทศในปี 1942 การกวาดต้อนชาวยิวครั้งนี้ถูกจัดและดำเนินการโดยกองกำลังเยอรมัน^{[ 265 ]}นายทหารเอสเอส อโลอิส บรุนเนอร์ผู้ซึ่งมีส่วนร่วมในการจัดระเบียบการขนส่งชาวยิวจากฝรั่งเศสและกรีซ^{[ 267 ] [ 268 ]}เดินทางมาถึงสโลวาเกียเพื่อจัดการการเนรเทศชาวยิวที่เหลืออยู่ในประเทศ^{[ 268 ]}หน่วยเอสเอสEinsatzgruppe Hซึ่งรวมถึง Einsatzkommandos 13, 14 และ 29 ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อปราบปรามการลุกฮือทันทีหลังจากเริ่มต้นและกวาดต้อนชาวยิวและชาวโรมานี^{[ 266 ] [ 269 ]}ผู้ร่วมมือในท้องถิ่น ได้แก่SS-Heimatschutz (HS), Freiwillige SchutzstaffelและHlinka Guard Emergency Divisions (POHG) ^{[ 266 ] [ 270 ]}มีความสำคัญต่องานของ Einsatzgruppe H ^{[ 266 ] [ 271 ] [ 272 ]}ผู้ร่วมมือเหล่านี้แจ้งความผู้ที่หลบซ่อน ปลอมตัวเป็นกองโจร และช่วยเหลือในการสอบสวน^{[ 271 ]}

หลังจากเริ่มการลุกฮือขึ้น ชาวยิวหลายพันคนได้หลบหนีไปยังพื้นที่ภูเขาตอนในและพื้นที่ที่กองกำลังพลพรรคควบคุมอยู่รอบๆ บันสกา บิสทริกา^{[ 244 ] [ 243 ]}รวมถึงหลายคนที่ออกจากค่ายแรงงานหลังจากที่ยามหนีไป^{[ 273 ]} ชาวยิวประมาณ 1,600 ถึง 2,000 คนต่อสู้ในฐานะพลพรรค คิดเป็นร้อยละสิบของกำลังพลทั้งหมด^{[ 274 ] [ 243 ]}แม้ว่าหลายคนจะปกปิดตัวตนเนื่องจากการต่อต้านชาวยิวในขบวนการพลพรรค^{[ 275 ]} กฎหมายต่อต้านชาวยิวในพื้นที่ที่ได้รับการปลดปล่อยถูกยกเลิกโดยสภาแห่งชาติสโลวาเกีย^{[ 243 ]}แต่ทัศนคติของประชากรในท้องถิ่นนั้นแตกต่างกันไป บางคนเสี่ยงชีวิตเพื่อซ่อนชาวยิว และบางคนก็แจ้งตำรวจ^{[ 276 ]}แตกต่างจากในปี 1942 โทษประหารชีวิตมีผลบังคับใช้สำหรับผู้ช่วยเหลือ^{[ 277 ]} ส่วนใหญ่ให้ความช่วยเหลือโดยคิดค่าธรรมเนียม แม้ว่าจะมีกรณีการช่วยเหลือโดยไม่หวังผลตอบแทนอยู่บ้าง^{[ 262 ] [ 278 ]}ชาวยิวจำนวนมากใช้เวลาหกถึงแปดเดือนในที่พักพิงชั่วคราวหรือบังเกอร์บนภูเขา^{[ 276 ] [ 277 ]}ในขณะที่คนอื่นๆ ซ่อนตัวอยู่ในบ้านของคนที่ไม่ใช่ชาวยิว ไม่ว่าอย่างไรก็ตาม ชาวยิวต้องการเงินสำหรับค่าใช้จ่ายในการดำรงชีวิตหกถึงแปดเดือน และความช่วยเหลือจากคนที่ไม่ใช่ชาวยิวที่เต็มใจให้ความช่วยเหลือ^{[ 279 ]}ชาวยิวบางคนที่อยู่ในที่พักพิงต้องกลับบ้านในช่วงปลายฤดูหนาว โดยเสี่ยงต่อการถูกจับกุม เนื่องจากความหิวโหยและความหนาวเย็น^{[ 280 ] [ 277 ]}การใช้ชีวิตอย่างเปิดเผยและทำงานต่อไปโดยใช้เอกสารปลอมนั้นโดยทั่วไปเป็นไปได้เฉพาะในบราติสลาวาเท่านั้น^{[ 281 ]}

ชาวยิวที่ถูกจับกุมจะถูกคุมขังชั่วคราวในเรือนจำท้องถิ่นหรือสำนักงาน Einsatzgruppe H ในบราติสลาวา จากนั้นจึงถูกส่งไปยังเซเรดเพื่อเนรเทศ เจ้าหน้าที่ท้องถิ่นได้จัดทำรายชื่อชาวยิว และชาวบ้านจำนวนมากก็แจ้งความเรื่องชาวยิวด้วย^{[ 276 ] [ 282 ] [ 281 ]} ในช่วงครึ่งแรกของเดือนกันยายน มีการบุกค้นครั้งใหญ่ในโทโปลชานี (3 กันยายน) เทรนชินและนิตรา (7 กันยายน) ซึ่งมีชาวยิว 616 คนถูกจับกุมและคุมขังในอิลาวาและเซเรด^{[ 257 ] [ 283 ]}ในซิลินาหน่วย Einsatzkommando 13 และผู้ร่วมมือได้จับกุมชาวยิวหลายร้อยคนในคืนวันที่ 13/14 กันยายน เหยื่อถูกเนรเทศไปยังเซเรดหรืออิลาวา และจากนั้นไปยังเอาชวิตซ์ ซึ่งส่วนใหญ่ถูกสังหาร^{[ 257 ] [ 284 ]}หน่วย Einsatzgruppe H รายงานว่าชาวยิวบางส่วนสามารถหลบหนีไปได้เนื่องจากกำลังพลไม่เพียงพอ แต่โดยทั่วไปแล้วทั้งชาวเยอรมันและชาวสโลวักต่างสนับสนุนการกวาดล้างและช่วยติดตามผู้หลบหนี^{[ 285 ]}หลังจากการปราบปรามการลุกฮือ กองกำลังเยอรมันยังตามล่าชาวยิวที่ซ่อนตัวอยู่ในภูเขาอีกด้วย^{[ 286 ] [ 281 ]}แม้ว่าเหยื่อส่วนใหญ่จะถูกจับกุมในช่วงสองเดือนแรกของการยึดครอง แต่การตามล่าชาวยิวยังคงดำเนินต่อไปจนถึงวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2488 เมื่อนักโทษชาวยิวคนหนึ่งถูกนำตัวไปยังเซเรดเพียงสามวันก่อนที่ค่ายจะได้รับการปลดปล่อย^{[ 276 ] [ 287 ]}

ชาวยิวบางส่วนถูกจับกุมในบราติสลาวาภายในวันที่ 20 กันยายน การกวาดล้างครั้งใหญ่ที่สุดเกิดขึ้นในเมืองในช่วงคืนวันที่ 28/29 กันยายน โดย หน่วย Einsatzkommando 29ซึ่งได้รับการช่วยเหลือจากผู้ร่วมมือ HS และ POHG จำนวน 600 คน และหน่วย Luftwaffe ที่คอยเฝ้ารักษาการณ์ตามท้องถนน มีชาวยิวประมาณ 1,600 คนถูกจับกุมและนำตัวไปยังเซเรด^{[ 289 ] [ 272 ] [ 290 ]} ชาวยิวประมาณ 300 คนที่มีสัญชาติอื่นถูกกักขังชั่วคราวในปราสาทแห่งหนึ่งในมาริอันกาบรุนเนอร์บุกโจมตีปราสาทในวันที่ 11 ตุลาคม นักโทษทั้งหมด ยกเว้นสามคน ถูกนำตัวไปยังเซเรดและถูกเนรเทศไปยังเอาชวิตซ์ในวันที่ 17 ตุลาคม^{[ 291 ] [ 292 ]}ในช่วงกลางเดือนตุลาคม มีการจัดตั้งสำนักงานขึ้นที่ศูนย์ชาวยิวเดิมเพื่อตามล่าชาวยิวที่หลบซ่อน ซึ่งทรมานชาวยิวที่ถูกจับเพื่อให้เปิดเผยชื่อและที่อยู่ของชาวยิวคนอื่นๆ^{[ 282 ]}ชาวยิวหนึ่งถึงสองพันคนที่เหลืออยู่ในบราติสลาวาได้รับคำสั่งให้มอบตัวในวันที่ 20 พฤศจิกายน มิฉะนั้นจะถูกจำคุก แต่มีเพียงไม่กี่คนที่ทำตาม^{[ 293 ]}ครึ่งหนึ่งของชาวยิวที่ถูกจับกุมหลังวันที่ 19 พฤศจิกายนอยู่ในบราติสลาวา ส่วนใหญ่หลบซ่อนตัวโดยใช้เอกสารปลอม^{[ 294 ]}อองรี ดูนันด์ จากสภากาชาดให้เงินทุนแก่กลุ่มลับที่นำโดยอาร์โนลด์ ลาซาร์ ซึ่งให้เงิน อาหาร และเสื้อผ้าแก่ชาวยิวที่หลบซ่อนตัวในบราติสลาวา^{[ 262 ]}

ค่ายกักกันเซเรดเป็นสถานที่หลักในการกักขังชาวยิวก่อนการเนรเทศ แม้ว่าจะไม่มีการขนส่งจนถึงสิ้นเดือนกันยายน ชาวยิวก็ได้รับการปฏิบัติอย่างโหดร้าย (รวมถึงการข่มขืนและการฆาตกรรม) และแออัดอย่างรุนแรงเนื่องจากจำนวนประชากรเพิ่มขึ้นเป็น 3,000 คน ซึ่งมากกว่าความจุที่ตั้งใจไว้ถึงสองเท่า^{[ 245 ] [ 295 ] [ 296 ]}บรุนเนอร์เข้ารับช่วงการบริหารค่ายต่อจากรัฐบาลสโลวาเกียเมื่อสิ้นเดือนกันยายน^{[ 268 ]}มีผู้คนประมาณ 11,700 คนถูกเนรเทศโดยการขนส่ง 11 ครั้ง^{[ 245 ] [ 268 ]}ห้าครั้งแรก (ตั้งแต่วันที่ 30 กันยายนถึง 17 ตุลาคม) ไปที่เอาชวิตซ์ ซึ่งเหยื่อส่วนใหญ่ถูกรมแก๊ส การขนส่งครั้งสุดท้ายไปยังเอาชวิตซ์ในวันที่ 2 พฤศจิกายน มาถึงหลังจากห้องรมแก๊สถูกปิดลง การขนส่งในเวลาต่อมาออกเดินทางไปยังSachsenhausen , Bergen- Belsen , RavensbrückและTheresienstadt ^{[ 277 ] [ 297 ]}

ขบวนขนส่งขนาดเล็กสองขบวนออกจากČadcaไปยัง Auschwitz ในวันที่ 1 และ 5 กันยายน Fatran ประมาณการว่าจำนวนผู้ถูกเนรเทศทั้งหมดอยู่ที่ประมาณ 400 คน ในเดือนกันยายนและตุลาคม มีผู้ถูกเนรเทศจากสโลวาเกียผ่านZakopane อย่างน้อย 131 คน โดยขบวนขนส่งสองขบวนสิ้นสุดที่Kraków-Płaszówและขบวนที่สามสิ้นสุดที่ Auschwitz ขบวนขนส่งจากPrešovซึ่งออกเดินทางในวันที่ 26 พฤศจิกายน สิ้นสุดที่ Ravensbrück ตามการสืบสวนคดีอาญาของเชโกสโลวาเกีย ชาวยิวอีก 800 คนถูกเนรเทศในขบวนขนส่งสองขบวนจากทางตะวันออกของสโลวาเกียในวันที่ 16 ตุลาคมและ 16 ธันวาคม รายละเอียดเกี่ยวกับขบวนขนส่งที่ออกจากสถานที่อื่นนอกเหนือจาก Sereď นั้นมีไม่ครบถ้วน^{[ 298 ]}และไม่ทราบจำนวนผู้ถูกเนรเทศทั้งหมด^{[ 265 ]}อีวาน คาเมเนคนักประวัติศาสตร์ชาวสโลวัก ประเมินว่าชาวยิว 13,500 คนถูกเนรเทศในปี 1944 และ 1945 ซึ่งในจำนวนนี้ 10,000 คนเสียชีวิต^{[ 253 ] [ 299 ] [ 215 ]}แต่กิลา ฟาตรัน นักประวัติศาสตร์ชาวอิสราเอล และเลนกา ชินเดลาโรวา นักประวัติศาสตร์ชาวเช็ก พิจารณาว่าสามารถตรวจสอบผู้ถูกเนรเทศได้ 14,150 คน และตัวเลขที่แท้จริงอาจสูงกว่านี้^{[ 265 ] [ 275 ]}ระบอบการปกครองของสโลวักยังได้โอนนักโทษการเมืองหลายร้อยคนไปยังเยอรมนี เนรเทศไปยังค่ายกักกันมาอุทเฮาเซนและหลายคนเสียชีวิตที่นั่น^{[ 300 ]}

หลังจากการรุกรานของเยอรมนี มีผู้ถูกสังหารในสโลวาเกียประมาณ 4,000 คน ส่วนใหญ่โดยหน่วย Einsatzgruppe H แต่ได้รับความช่วยเหลือจากผู้ร่วมมือในท้องถิ่น^{[ 301 ]}ประมาณครึ่งหนึ่ง (2,000 คน) ของเหยื่อเป็นชาวยิว^{[ 277 ] [ 302 ] [ 303 ]}เหยื่อรายอื่นๆ ได้แก่ พรรคพวก ผู้สนับสนุนการลุกฮือ และชาวโรมานี^{[ 304 ]}การประหารชีวิตครั้งแรกๆ เกิดขึ้นในเขต Topoľčany ซึ่ง Einsatzkommando 14 เริ่มการกวาดล้างชาวยิวจำนวนมาก ชาวยิวที่ถูกจับกุมจำนวนมากถูกนำตัวไปยัง Sereď เพื่อเนรเทศ แต่ 53 คนถูกยิงเสียชีวิตในNemčiceเมื่อวันที่ 11 กันยายน^{[ 305 ]}การประหารชีวิตครั้งใหญ่ที่สุดเกิดขึ้นในKremničkaหมู่บ้านเล็กๆ ที่อยู่ห่างจาก Banská Bystrica 6 กิโลเมตร (3.7 ไมล์) เมื่อยึดฐานที่มั่นของฝ่ายกบฏได้แล้ว ชาวยิว พรรคพวก ชาวโรมานี และคนอื่นๆ ที่ถูกจับกุมในพื้นที่นั้นถูกคุมขังไว้ในเรือนจำในเมือง ในจำนวนนี้ 743 คนถูกนำตัวไปยัง Kremnička เพื่อประหารชีวิตในเหตุการณ์สังหารหมู่หลายครั้งระหว่างเดือนพฤศจิกายนถึงมีนาคม โดย Einsatzgruppe H และ POHG เหยื่อรวมถึงผู้หญิง 280 คนและเด็ก 99 คน ครึ่งหนึ่งเป็นชาวยิว ผู้คนหลายร้อยคนถูกสังหารที่หมู่บ้านNemecká ใกล้เคียง ซึ่งศพของเหยื่อถูกเผาหลังจากถูกยิง^{[ 271 ] [ 306 ]} สุสานชาวยิวของ Zvolenถูกใช้เป็นสถานที่ประหารชีวิต มีการขุดศพ 218 ศพขึ้นมาหลังจากสิ้นสุดสงคราม^{[ 307 ]}

กองทัพแดงยึดครองสโลวาเกียได้ภายในสิ้นเดือนเมษายน พ.ศ. 2488 ^{[ 308 ]}ชาวยิวประมาณ 69,000 คน ซึ่งคิดเป็นร้อยละ 77ของประชากรก่อนสงคราม ถูกสังหาร^{[ 309 ]}นอกจากชาวยิว 10,000 คน^{[ 310 ]}ถึง 11,000 คนที่รอดชีวิตในสโลวาเกียแล้ว ยังมีชาวยิวอีก 9,000 คนที่เดินทางกลับมาหลังจากถูกเนรเทศไปยังค่ายกักกันหรือหลบหนีไปต่างประเทศ และชาวยิวอีก 10,000 คนรอดชีวิตในดินแดนที่ฮังการีผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่ง ภายในสิ้นปี พ.ศ. 2488 มีชาวยิวอาศัยอยู่ในสโลวาเกีย 33,000 คน ผู้รอดชีวิตหลายคนสูญเสียครอบครัวทั้งหมด และหนึ่งในสามป่วยเป็นวัณโรค^{[ 311 ]}แม้ว่ากฎหมายของเชโกสโลวาเกียหลังสงครามจะยกเลิกธุรกรรมทรัพย์สินที่เกิดจากการกดขี่ข่มเหงของนาซี แต่รัฐบาลปกครองตนเองของสโลวาเกียก็ปฏิเสธที่จะนำกฎหมายดังกล่าวมาใช้^{[ 312 ] [ 313 ]}ทรัพย์สินที่ไม่มีทายาทถูกโอนเป็นของรัฐในปี พ.ศ. 2490 เข้าสู่กองทุนชำระบัญชีสกุลเงิน^{[ 312 ]}ผู้ที่ขโมยทรัพย์สินของชาวยิวไม่เต็มใจที่จะคืนทรัพย์สินนั้น อดีตสมาชิกกลุ่มต่อต้านก็ยึดทรัพย์สินที่ถูกขโมยมาบางส่วนเช่นกัน ความขัดแย้งเกี่ยวกับการคืนทรัพย์สินนำไปสู่การข่มขู่และการโจมตีอย่างรุนแรงรวมถึง การสังหารหมู่ ที่โทโปลชานี ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488 และการจลาจลในการประชุมพรรคพวกในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2489 ^{[ 314 ] [ 315 ]} นักประวัติศาสตร์ชาวโปแลนด์Anna Cichopek-Gajrajประมาณการว่ามีชาวยิวอย่างน้อย 36 คนถูกฆาตกรรมและมากกว่า 100 คนได้รับบาดเจ็บจากความรุนแรงหลังสงคราม^{[ 316 ] [ 317 ]}

โจเซฟ วิทิสกาผู้บัญชาการของ Einsatzgruppe H ฆ่าตัวตายในปี 1946 ระหว่างการส่งตัวผู้ร้ายข้ามแดนไปยังเชโกสโลวาเกีย^{[ 318 ]}วิสลิเซนีถูกพิจารณาคดี ตัดสินว่ามีความผิด และถูกประหารชีวิตในบราติสลาวาในปี 1948 ^{[ 319 ]}ทีโซ (ซึ่งหนีไปออสเตรีย) ถูกส่งตัวผู้ร้ายข้ามแดนไปยังเชโกสโลวาเกีย ถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานทรยศและร่วมมือกับศัตรู ถูกตัดสินประหารชีวิตในวันที่ 15 เมษายน 1947 และถูกประหารชีวิตในอีกสามวันต่อมา^{[ 253 ]}ตามคำตัดสินของศาล การกระทำที่ "ไร้ศีลธรรมที่สุด ไร้หลักศาสนาคริสต์ที่สุด และไร้มนุษยธรรมที่สุด" ของเขาคือการสั่งเนรเทศชาวยิวสโลวัก^{[ 320 ]}ผู้กระทำความผิดคนอื่นๆ รวมถึงทูกา ก็ถูกพิจารณาคดี ตัดสินว่ามีความผิด และถูกประหารชีวิตเช่นกัน^{[ 321 ] [ 322 ]}ทั้ง Tiso และ Tuka ถูกพิจารณาคดีภายใต้พระราชกฤษฎีกา 33/1945ซึ่งเป็น กฎหมาย ย้อนหลังที่กำหนดโทษประหารชีวิตสำหรับการปราบปรามการลุกฮือของชาวสโลวัก^{[ 323 ] [ 324 ]}บทบาทของพวกเขาในเหตุการณ์ฆ่าล้างเผ่าพันธุ์เป็นเพียงส่วนหนึ่งของอาชญากรรมที่พวกเขาถูกตัดสินว่ามีความผิด^{[ 320 ] [ 325 ]}ผู้เขียนบทความและภาพล้อเลียนต่อต้านชาวยิวที่ร้ายแรงที่สุดบางส่วนถูกดำเนินคดีหลังสงคราม^{[ 326 ]} การพิจารณาคดีทำให้ เจ้าหน้าที่ ของสาธารณรัฐสโลวัก ถูกมองว่า เป็นผู้ทรยศ ซึ่งเป็นการยกเว้นความรับผิดชอบของสังคมสโลวักต่อเหตุการณ์ฆ่าล้างเผ่าพันธุ์^{[ 321 ]}

รัฐบาลเชโกสโลวาเกียสนับสนุนลัทธิไซออนิสต์ โดยยืนกรานว่าชาวยิวต้องกลืนเข้ากับวัฒนธรรมเชโกสโลวาเกียหรืออพยพไปยังปาเลสไตน์ [ ^{327 ] ชาว}ยิวที่ประกาศสัญชาติเยอรมันหรือฮังการีในสำมะโนประชากรก่อนสงครามถูกเพิกถอนสัญชาติสูญเสียสิทธิ์ในการคืนสัญชาติ และถูกขู่ว่าจะถูกเนรเทศ^{[ 328 ]} ชาวยิวส่วนใหญ่ในสโลวาเกียอพยพไปยังอิสราเอลหรือประเทศอื่นๆ ในช่วงหลายปีหลังสงคราม การอพยพเร่งตัวขึ้นในปี 1948 หลังจากการรัฐประหารของพรรคคอมมิวนิสต์และการโอนกิจการหลายแห่งเป็นของรัฐหลังสงคราม จำนวนชุมชนชาวยิวลดลงจากจุดสูงสุดหลังสงครามที่ 126 แห่งเหลือ 25 แห่ง ในขณะที่ประชากรลดลง 80 เปอร์เซ็นต์ เหลือชาวยิวเพียงไม่กี่พันคนเมื่อสิ้นปี 1949 ^{[ 329 ]}หลายคนที่เลือกที่จะอยู่ต่อเปลี่ยนนามสกุลและละทิ้งการปฏิบัติทางศาสนาเพื่อให้เข้ากับชนชั้นกลางของสโลวาเกีย^{[ 317 ]}ในปี 2019 ประชากรชาวยิวมีประมาณ 2,000 ^{[ 312 ]}ถึง 3,000 คน^{[ 330 ]}

ทัศนคติของรัฐบาลต่อชาวยิวและลัทธิไซออนิสต์เปลี่ยนไปหลังปี 1948 นำไปสู่การพิจารณาคดีสลานสกี ในปี 1952 ซึ่งรัฐบาลเชโกสโลวาเกียกล่าวหาคอมมิวนิสต์ 14 คน (ในจำนวนนี้เป็นชาวยิว 11 คน) ว่ามีส่วนร่วมในแผนการสมคบคิดของไซออนิสต์^{[ 331 ] [ 332 ]}การเซ็นเซอร์ทางการเมืองขัดขวางการศึกษาเรื่องการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ และอนุสรณ์สถานสำหรับเหยื่อของลัทธิฟาสซิสต์ไม่ได้กล่าวถึงชาวยิว ในช่วงทศวรรษ 1960 ซึ่งเป็นช่วงของการเปิดเสรีที่รู้จักกันในชื่อฤดูใบไม้ผลิแห่งปราก การอภิปรายเกี่ยว กับการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์จึงเปิดกว้างขึ้น^{[ 333 ] [ 334 ]}ภาพยนตร์ที่ได้รับรางวัลออสการ์ ในปี 1965 เรื่อง The Shop on Main Streetมุ่งเน้นไปที่ความผิดของสโลวาเกียในการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์^{[ 334 ] [ 335 ]}หลังจากการรุกรานเชโกสโลวาเกียของสนธิสัญญาวอร์ซอ ในปี พ.ศ. 2511 ทางการได้ปราบปราม เสรีภาพในการแสดงออก^{[ 336 ] [ 337 ]}ในขณะที่การโฆษณาชวนเชื่อต่อต้านไซออนิสต์ ซึ่งส่วนใหญ่นำเข้าจากสหภาพโซเวียต ได้ทวีความรุนแรงขึ้นและเปลี่ยนไปเป็นการต่อต้านชาวยิวหลังจากการได้รับชัยชนะของอิสราเอลในสงคราม 6 วัน ในปี พ.ศ. 2510 ^{[ 338 ]}

การฟื้นตัวของลัทธิชาตินิยมเกิดขึ้นหลังจากการล่มสลายของระบอบคอมมิวนิสต์ในปี 1989 นำไปสู่การยุบเชโกสโลวาเกียในปี 1993 และรัฐบาลชาตินิยมของเมชีอาร์หลังจากการล่มสลายของเมชีอาร์ในปี 1998 รัฐบาลสโลวาเกียได้ส่งเสริมการรำลึกถึงเหตุการณ์ฆ่าล้างเผ่าพันธุ์เพื่อแสดงให้เห็นถึงเอกลักษณ์ความเป็นยุโรปของประเทศก่อนที่จะเข้าร่วมสหภาพยุโรปในปี 2004 ^{[ 339 ]}ในช่วงทศวรรษ 1990 มีการสร้างอนุสรณ์สถานหลายแห่งเพื่อรำลึกถึงเหยื่อของการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์^{[ 340 ] [ 341 ]}และในเดือนตุลาคม 2001 สโลวาเกียได้กำหนดให้วันที่ 9 กันยายน (วันครบรอบการผ่านกฎหมายยิว) เป็นวันรำลึกถึงเหยื่อของการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์และความเกลียดชังทางเชื้อชาติ^{[ 342 ]}สถาบันความทรงจำแห่งชาติก่อตั้งขึ้นในปี 2002 เพื่อให้สามารถเข้าถึงบันทึกของทั้งสาธารณรัฐสโลวาเกียและรัฐคอมมิวนิสต์ได้^{[ 343 ]} รัฐบาลหลังยุคคอมมิวนิสต์ได้ออกกฎหมายเพื่อคืนทรัพย์สินของชาวยิว แต่ข้อกำหนดเรื่องถิ่นที่อยู่และสัญชาติทำให้ผู้อพยพไม่สามารถยื่นคำร้องได้^{[ 344 ]}ในปี 2002 ร้อยละสิบของมูลค่าทรัพย์สินที่ไม่มีทายาทซึ่งถูกยึดเป็นของรัฐ ได้ถูกนำไปใส่ไว้ในกองทุนที่ใช้สำหรับการศึกษาของชาวยิวและอนุสรณ์สถานการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์^{[ 345 ]}ณ เดือนมกราคม 2019 ยาด วาเชม (อนุสรณ์สถานอย่างเป็นทางการของอิสราเอลเกี่ยวกับการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์) ได้ยกย่องชาวสโลวัก 602 คนให้เป็นผู้ทรงคุณธรรมในหมู่ประชาชาติสำหรับการเสี่ยงชีวิตเพื่อช่วยชีวิตชาวยิว^{[ 346 ]}

นักวิทยาศาสตร์การเมืองJelena Subotićกล่าวว่าสาธารณรัฐสโลวาเกีย ในช่วงสงคราม เป็น "ความขัดแย้งในการสร้างอัตลักษณ์ของสโลวาเกียหลังยุคคอมมิวนิสต์" เพราะเป็นรัฐสโลวาเกียที่ได้รับเอกราชอย่างเป็นทางการเป็นครั้งแรก การเน้นย้ำถึงเอกราชนั้นมาพร้อมกับความรับผิดชอบที่มากขึ้นต่อการเนรเทศชาวยิวในช่วงโฮโลคอสต์ แต่หากไม่เป็นเช่นนั้น สาธารณรัฐสโลวาเกียก็จะสูญเสียบทบาทในการให้ความชอบธรรมแก่สาธารณรัฐสโลวาเกียในปัจจุบัน^{[ 347 ]}แนวคิดสัมพัทธนิยมเกี่ยวกับโฮโลคอสต์ในสโลวาเกียมีแนวโน้มที่จะแสดงออกในรูปแบบของการพยายามยกโทษให้รัฐบาล Tiso โดยการเบี่ยงเบนความรับผิดชอบไปยังชาวเยอรมันและชาวยิว^{[ 54 ] [ 139 ]}หนังสือเรียนปี 1997 โดยMilan Stanislav Ďuricaซึ่งได้รับการรับรองจากรัฐบาลได้ก่อให้เกิดข้อโต้แย้งในระดับนานาชาติ (และในที่สุดก็ถูกถอนออกจากหลักสูตรการเรียนการสอน) เนื่องจากแสดงภาพชาวยิวว่าใช้ชีวิตอย่างมีความสุขในค่ายแรงงานในช่วงสงคราม^{[ 348 ] [ 349 ] [ 350 ]} Tiso และสาธารณรัฐสโลวาเกียเป็นจุดสนใจของการรำลึกถึงเหตุการณ์ ในศาสนาคาทอลิกและลัทธิ ชาตินิยมสุดโต่ง^{[ 351 ] [ 46 ]}พรรคนีโอนาซี^{[ 352 ]} Kotlebaซึ่งมีตัวแทนอยู่ในรัฐสภาแห่งชาติและรัฐสภายุโรปและได้รับความนิยมเป็นพิเศษในกลุ่มผู้มีสิทธิเลือกตั้งรุ่นเยาว์^{[ 353 ]}ส่งเสริมมุมมองเชิงบวกต่อสาธารณรัฐสโลวาเกีย ผู้นำของพรรคMarian Kotlebaเคยกล่าวถึงชาวยิวว่าเป็น "ปีศาจในร่างมนุษย์" ^{[ 354 ]}สมาชิกของพรรคถูกตั้งข้อหาปฏิเสธการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ [ ^{355 ] [ 356 ]}ซึ่งเป็นความผิดทางอาญาตั้งแต่ปี^{2001 [ 355 ]}

• การเขียนประวัติศาสตร์เกี่ยวกับการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ในสโลวาเกีย