วารสารนี้ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2499 เมื่อการสื่อสารระหว่างรัฐของออสเตรเลียและประเทศที่ใช้ภาษาอังกฤษอื่นๆ ต้องใช้เวลานานกว่าจะเสร็จสิ้น^{[ 3 ]}วารสารนี้เป็นทั้งเวทีสำหรับการวิจัยทางการแพทย์ของออสเตรเลียและบทวิจารณ์ทางการศึกษาที่สรุปผลการวิจัยที่ทำในต่างประเทศ นับตั้งแต่นั้นมาได้มีการเปลี่ยนชื่อหลายครั้ง: ^{[ 3 ] [ 4 ]}

• วารสารการแพทย์ออสเตรเลีย (ค.ศ. 1856–1895)
• วารสารการแพทย์และการผ่าตัดระหว่างอาณานิคม (ค.ศ. 1895–1896)
• วารสารการแพทย์ระหว่างอาณานิคมแห่งออสเตรเลีย (ค.ศ. 1896–1909)
• วารสารการแพทย์ออสเตรเลีย (ค.ศ. 1910–1914)
• วารสารการแพทย์ของออสเตรเลีย (พ.ศ. 2457–ปัจจุบัน โดยเริ่มนับเล่มใหม่ตั้งแต่เล่ม 1) ^{[ 5 ]}

บรรณาธิการคนปัจจุบันของ MJA ซึ่งได้รับการแต่งตั้งในปี 2023 คือเวอร์จิเนียบาร์เบอร์

ในปี 2015 สตีเฟน ลีเดอร์บรรณาธิการบริหาร ในขณะนั้น ถูกปลดออกจากตำแหน่งอย่างกะทันหันหลังจากวิพากษ์วิจารณ์การตัดสินใจว่าจ้างบริษัทสิ่งพิมพ์ยักษ์ใหญ่ระดับโลกอย่างเอลเซเวียร์ให้ ผลิตวารสาร ^{[ 6 ]}ข้อกังวลของลีเดอร์เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ในปี 2009 เมื่อเอลเซเวียร์รับเงินจากบริษัทเภสัชกรรมเมอร์ค แอนด์ โคเพื่อตีพิมพ์วารสารต่างๆ เช่นวารสาร Australasian Journal of Bone & Joint Medicineซึ่งมีลักษณะเป็นงานวิชาการที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิ แต่ในความเป็นจริงแล้วเป็นการส่งเสริมเมอร์ค^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]} หลังจากการตัดสินใจปลดลีเดอร์ สมาชิกคณะกรรมการที่ปรึกษาบรรณาธิการของวารสารเกือบทั้งหมดได้ลาออกและเขียนจดหมายถึง ไบรอัน โอว์เลอร์ประธานสมาคมการแพทย์แห่งออสเตรเลียขอให้เขาทบทวนการตัดสินใจดังกล่าว^{[ 11 ] [ 12 ]}

Nicholas Talleyสืบทอดตำแหน่งบรรณาธิการบริหารต่อจาก Stephen Leeder ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2558 ^{[ 13 ]}และกลุ่มที่ปรึกษาบรรณาธิการได้รับการจัดตั้งขึ้นใหม่ในเวลาต่อมา^{[ 14 ]}

ตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2562 วารสารนี้จัดพิมพ์โดย^Wiley [ ^{15 ]}การจัดจำหน่ายสิ่งพิมพ์ยังคงอยู่กับ Australasian Medical Publishing Company และทิศทางและการตัดสินใจด้านบรรณาธิการยังคงอยู่กับวารสาร^{[ 15 ]}

วารสารซึ่งก่อนหน้านี้ตีพิมพ์ภายใต้รูปแบบการสมัครสมาชิก ได้เปลี่ยนรูปแบบในเดือนมกราคม 2012 ให้บทความวิจัยทั้งหมดสามารถอ่านได้ฟรีทางออนไลน์ [ ^{16 ] วารสาร}ได้เปลี่ยนมาใช้รูปแบบไฮบริดในเดือนมกราคม 2019 โดยผู้เขียนสามารถชำระค่าธรรมเนียมการประมวลผลบทความเพื่อเผยแพร่แบบเปิดอย่างเต็มรูปแบบ ( การเข้าถึงแบบเปิดสีทอง ) หรือจัดเก็บเวอร์ชันที่ส่งมาของบทความไว้ในคลังข้อมูลออนไลน์ ( การเข้าถึงแบบเปิดสีเขียว ) ^{[ 16 ]}เพื่อแสดงให้เห็นถึงความมุ่งมั่นต่อสุขภาพและการสร้างความตระหนักด้านสุขภาพของชนพื้นเมืองออสเตรเลีย วารสารจึงเปิดให้เข้าถึงบทความเกี่ยวกับสุขภาพของชนพื้นเมืองทั้งหมดได้ฟรีโดยไม่คิดค่าใช้จ่ายจากผู้เขียน^{[ 16 ]}