การให้บริการทางรถไฟในบีคอนสามารถสืบย้อนไปได้ไกลถึงวันที่ 6 ธันวาคม พ.ศ. 2392 ด้วยทางรถไฟฮัดสันริเวอร์ [ ^{3 ] เดิมที}สถานีนี้มีชื่อว่า "ฟิชกิลล์แลนดิ้ง" ^{[ 4 ]}และเช่นเดียวกับสถานีอื่นๆ อีกมากมายบนเส้นทางฮัดสัน สถานีนี้ก็ตั้งอยู่ริมแม่น้ำฮัดสัน เช่นกัน เมื่อวันที่ 4 กันยายน พ.ศ. 2309 ทางรถไฟดัตเชสและโคลัมเบียได้ก่อตั้งขึ้นโดยหวังว่าจะวิ่งจากฝั่งใต้ของลำธารฟิชกิลล์ ไป ทางตะวันออกเฉียงเหนือและเหนือเพื่อเชื่อมต่อกับทางรถไฟนิวยอร์กและฮาร์เล็มที่แครารีวิลล์ รัฐนิวยอร์กจุดเชื่อมต่อและสถานีนี้สร้างขึ้นทางใต้ของฟิชกิลล์แลนดิ้ง และจะเป็นที่รู้จักตลอดไปในชื่อดัตเชสจังก์ชันสถานีแรกที่ดัตเชสจังก์ชัน ซึ่งใช้ร่วมกันโดย NYC&HR และ D&C ถูกไฟไหม้ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2319 และสร้างใหม่ ทางรถไฟเลียบแม่น้ำถูกซื้อกิจการโดยNew York Central and Hudson River Railroadในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2402 ต่อมาในปี พ.ศ. 2420 D&C ก็ถูกNewburgh, Dutchess and Connecticut Railroad เข้าครอบครอง ในปี พ.ศ. 2424 New York and New England Railroadได้สร้างท่าเรือเฟอร์รี่ใกล้กับสถานี Fishkill Landing และเพิ่มทางแยกเชื่อมต่อตามฝั่งเหนือของลำธาร Fishkill Creek (ปัจจุบันรู้จักกันในชื่อ Beacon Secondary) ซึ่งนำไปสู่ ​​Wickopee Junction และโอนกรรมสิทธิ์ให้กับ ND&C ^{[ 5 ]}

สถานีดัตเชสจังก์ชันประสบเหตุเพลิงไหม้อีกครั้งในปี 1893 และถูกแทนที่ด้วยเพิงชั่วคราวที่ใช้งานได้เพียงจนถึงทศวรรษ 1950 เท่านั้น ส่วนสถานีเรือข้ามฟากนิวยอร์กและนิวอิงแลนด์ถูกซื้อโดยบริษัทรถไฟนิวยอร์ก นิวเฮเวน และฮาร์ตฟอร์ดพร้อมกับส่วนอื่นๆ ของบริษัท NY&NE ในปี 1898

ในปี ค.ศ. 1905 บริษัทรถไฟนิวยอร์ก นิวเฮเวน และฮาร์ตฟอร์ด (NYC&HR) ได้เข้าซื้อกิจการของ ND&C และในปี ค.ศ. 1907 ได้ควบรวมกิจการเข้ากับบริษัทรถไฟเซ็นทรัลนิวอิงแลนด์ (Central New England Railway ) ซึ่งต่อมาถูกบริษัทรถไฟนิวเฮเวน (New Haven Railroad System) เข้าซื้อกิจการในปี ค.ศ. 1904 และได้รับอนุญาตให้ดำเนินงานภายใต้ชื่อของตนเองจนถึงปี ค.ศ. 1927 ในขณะเดียวกัน NYC&HR ก็เปลี่ยนชื่อเป็น ระบบ รถไฟนิวยอร์กเซ็นทรัล (New York Central Railroad System) ในปี ค.ศ. 1914

ระหว่างปี 1913 ถึง 1915 เส้นทางรถไฟ HRR เดิมได้รับการปรับแนวใหม่ และสถานีได้รับการสร้างใหม่เพื่อรองรับทั้งสายฮัดสันของทางรถไฟนิวยอร์กเซ็นทรัลและทางแยกเชื่อมต่อของ ND&C ตามแนวฝั่งเหนือของลำคลองฟิชกิลล์^{[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]}เนื่องจากฟิชกิลล์แลนดิ้งถูกรวมเข้ากับเมืองบีคอนในปี 1913 สถานีใหม่จึงมีชื่อว่าบีคอนเช่นกัน นอกจากนี้ สถานียังมีท่าเทียบเรือเฟอร์รี่ใหม่ที่ออกแบบมาสำหรับรถไฟ ผู้โดยสาร และในที่สุดก็รถยนต์ ในปี 1916 ND&C ได้ย้ายจากฝั่งตะวันออกเฉียงใต้ของลำคลองฟิชกิลล์ไปยังฝั่งเหนือของลำคลอง และส่วนเดิมระหว่างดัตเชสจังก์ชันและวิคโคพีจังก์ชันก็ค่อยๆ ถูกยกเลิกในช่วงทศวรรษ 1930 ทางรถไฟนิวเฮเวนยังคงค่อยๆ ลดบริการตามแนว ND&C แม้ว่าจะไม่เคยยกเลิกบริการทั้งหมดก็ตาม ในปี 1930 เส้นทางเฟอร์รี่ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของทางหลวงรัฐนิวยอร์กหมายเลข 52อย่าง เป็นทางการ

การลดลงของการให้บริการรถไฟในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ส่งผลกระทบต่อสถานีบีคอนเช่นเดียวกับพื้นที่ส่วนใหญ่ของประเทศ แต่ปัจจัยอื่นๆ ก็ทำให้สถานีตกอยู่ในความเสี่ยงเช่นกัน การเกิดน้ำแข็งในฤดูหนาวตามแนวแม่น้ำฮัดสัน (รวมถึงเหตุการณ์หนึ่งที่ทำให้เรือเฟอร์รี่ติดอยู่ในแม่น้ำฮัดสัน^{[ 10 ]} ) และการก่อสร้างสะพานนิวเบิร์ก-บีคอนทำให้การให้บริการเรือเฟอร์รี่ที่สถานีต้องยุติลง นิวยอร์กเซ็นทรัลควบรวมกิจการกับ เพน ซิลเวเนียเรลโรด คู่แข่งมายาวนาน ในปี 1968 เพื่อก่อตั้งเพนน์เซ็นทรัลเรลโรด จากนั้นได้เข้าซื้อกิจการนิวยอร์ก นิวเฮเวน แอนด์ ฮาร์ตฟอร์ดเรลโรดในปี 1969 ซึ่งรวมถึงอดีต ND&C ด้วยAmtrakเข้ามารับช่วงบริการรถไฟโดยสารระหว่างเมืองในปี 1971 แต่สถานี Beacon ยังคงให้บริการเฉพาะรถไฟโดยสารสาย Penn Central Hudson Line ซึ่งในขณะนั้นวิ่งไปยัง Poughkeepsie และได้รับการอุดหนุนจากMTAตั้งแต่ปี 1972 ไฟไหม้ในปี 1976 ทำลายสถานีที่สร้างโดย New York Central ในปี 1913 ซึ่งถูกรื้อถอนในภายหลังในปีเดียวกันเพื่อสร้างที่จอดรถเพิ่มขึ้น^{[ 11 ]} Conrailเข้ามารับช่วงต่อ Penn Central ในปี 1976 และยังคงให้บริการรถไฟสาย Hudson Line ต่อไปจนกระทั่งMetro-North Commuter Railroadเข้ามารับช่วงการดำเนินงานในปี 1983 ^{[ 12 ] [ 13 ]}

เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม 2548 บริการเรือข้ามฟากไปยังสถานีจากนิวเบิร์กได้กลับมาเปิดให้บริการอีกครั้งหลังจากหยุดไป 42 ปี โดยในช่วงนั้นสะพานนิวเบิร์ก-บีคอนได้ให้บริการข้ามแม่น้ำแทน การกลับมาเปิดให้บริการนี้ทำให้ MTA สามารถเพิ่มพื้นที่จอดรถสำหรับสถานีได้โดยไม่ต้องก่อสร้างใหม่มากนัก เนื่องจากมีที่ดินริมน้ำในนิวเบิร์กเหลือเฟือ ค่าโดยสารอยู่ที่ 1.75 ดอลลาร์ต่อคนต่อเที่ยว ซึ่งแตกต่างจากบีคอน ที่จอดรถในนิวเบิร์กนั้นฟรี ผู้ที่ซื้อบัตรโดยสารรถไฟรายเดือนยังสามารถเลือกใช้บริการเรือข้ามฟากนิวเบิร์ก-บีคอนได้ด้วย บริการรถไฟและเรือข้ามฟากที่บีคอนได้รับผลกระทบอย่างรุนแรงจากพายุเฮอริเคนไอรีนในปี 2554 และพายุเฮอริเคนแซนดี้ในปี 2555 แต่ก็ไม่ได้ถูกยกเลิกไปทั้งหมด

เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2023 ชานชาลาฝั่ง ชานชาลาที่ 3 เปิดให้บริการผู้โดยสารอีกครั้งหลังจากการปรับปรุงใหม่ทั้งหมด และสามารถเข้าถึงได้จากปลายด้านใต้ของลานจอดรถฝั่งตะวันออก รวมถึงทางลาดที่รองรับผู้พิการ (ADA-compliant ramps) ชานชาลาที่ 3 เคยมีชานชาลาชั่วคราวที่สร้างขึ้นระหว่างโครงการปรับปรุงในช่วงทศวรรษ 1990 แต่ถูกรื้อออกเมื่อโครงการเสร็จสมบูรณ์ ชานชาลาใหม่ถูกสร้างขึ้นบนโครงสร้างรองรับที่มีอยู่เดิม^{[ 14 ] [ 15 ]}ในปี 2025 MTA ได้เลือก Jonathan Rose Companies เพื่อพัฒนาอาคารอพาร์ตเมนต์ 265 ยูนิตในลานจอดรถด้านเหนือของสถานี^{[ 16 ] [ 17 ]}อาคารนี้จะมีโรงจอดรถขนาด 573 ช่อง ซึ่งมีขนาดเท่ากับลานจอดรถในปัจจุบัน^{[ 17 ]}