มะเขือเทศสีน้ำเงินหรือที่เรียกว่ามะเขือเทศสีม่วงคือมะเขือเทศที่ได้รับการพัฒนาสายพันธุ์เพื่อให้ผลิตสารแอนโทไซยานิน ในปริมาณสูง ซึ่งเป็นสารรงควัตถุชนิดหนึ่งที่ทำให้ผลไม้หลายชนิดมีสีน้ำเงินและสีม่วง เช่น บลูเบอร์รี่ แบล็ กเบอร์รี่และโชกเบอร์รี่ สารแอนโทไซยานินอาจช่วยปกป้องพืชจากแมลง โรค และรังสีอัลตราไวโอเลตมะเขือเทศเหล่านี้บางชนิดได้รับการจำหน่ายในเชิงพาณิชย์ภายใต้ชื่อ "อินดิโกโรส" และ "ซันแบล็ก"

แม้ว่ามะเขือเทศจะมีพันธุกรรมสำหรับการผลิตแอนโทไซยานินแต่โดยทั่วไปแล้วพันธุกรรมเหล่านี้จะไม่แสดงออกในผลของมะเขือเทศพันธุ์ที่จำหน่ายในเชิงพาณิชย์ส่วนใหญ่ ส่งผลให้เม็ดสีจำกัดอยู่เฉพาะในใบและลำต้น ซึ่งเป็นส่วนที่ไม่สามารถรับประทานได้ นับตั้งแต่ฤดูกาลเพาะปลูก ปี 2012 เมล็ดพันธุ์มะเขือเทศสีน้ำเงินที่พัฒนา โดยมหาวิทยาลัยแห่งรัฐโอเรกอนได้วางจำหน่ายในเชิงพาณิชย์ภายใต้ชื่อพันธุ์ "อินดิโกโรส" สีน้ำเงินส่วนใหญ่เกิดจากแอนโทไซยานินเพทูนิดินที่ด้านนอกของมะเขือเทศซึ่งเป็นด้านที่ผลสัมผัสกับแสงแดดโดยตรง^{[ 1 ]}ด้านที่อยู่ในที่ร่มของผลจะมีสีเขียวเมื่อยังไม่สุก สีแดงเมื่อสุก และด้านในจะมีสีแดงหรือชมพูเข้ม มะเขือเทศมีขนาดเล็ก เส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 2 นิ้ว กลม และเติบโตเป็นกลุ่มๆ ละ 6 ถึง 8 ลูก รสชาติออกเปรี้ยวเล็กน้อย เถาของมะเขือเทศมีลักษณะไม่จำกัดการเจริญเติบโตแต่กะทัดรัด และต้านทานโรคได้ดี แม้ว่าความเข้มข้นของแอนโทไซยานินจะยังต่ำมากเมื่อเทียบกับผลไม้ชนิดอื่นๆ เช่น บลูเบอร์รี่ แต่เม็ดสีเหล่านี้ก็ช่วยเพิ่มความต้านทานของผลต่อเชื้อราBotrytis cinereaได้^{[ 2 ]}

มะเขือเทศสีม่วงได้รับการพัฒนาขึ้นที่ศูนย์ John Innesในสหราชอาณาจักรโดยใช้การดัดแปลงพันธุกรรม (GM)โดยการนำยีนจากดอกสแนปดรากอน มาใช้ เพื่อเพิ่มระดับแอนโทไซยานินในเนื้อมะเขือเทศ^{[ 3 ] [ 4 ]}ในขณะที่ทั้งพันธุ์ที่ผสมพันธุ์แบบดั้งเดิมและพันธุ์ที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมแสดงการแสดงออกที่เปลี่ยนแปลงไป ของ ปัจจัยการถอดรหัสเดียวกันของ ยีน MYBซึ่งควบคุมการสังเคราะห์ แอนโทไซยานิ น พันธุ์ที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมยังผลิตเม็ดสีในเนื้อผลไม้มากกว่าแค่เปลือก^{[ 5 ]}ส่งผลให้ความเข้มข้นของแอนโทไซยานินในผลไม้ที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมสูงกว่าพันธุ์ดั้งเดิมเกือบ 100 เท่า^{[ 6 ]} ผู้คิดค้นมะเขือเทศสีม่วง GM คือJonathan DG JonesและCathie Martinจากศูนย์ John Innesได้ก่อตั้งบริษัทชื่อ Norfolk Plant Sciences เพื่อทำการตลาดมะเขือเทศสีม่วง^{[ 7 ] [ 8 ]}ในปี 2014 มีการประกาศว่าพวกเขาร่วมมือกับ ฟาร์ม เรือนกระจกในแคนาดาเพื่อปลูกมะเขือเทศสีม่วงเพื่อสร้างผลิตภัณฑ์เชิงพาณิชย์ใหม่^{[ 9 ]}แต่ไม่มีการประกาศเพิ่มเติม ในเดือนกันยายน 2022 มะเขือเทศสีม่วง Norfolk Plant Sciences ได้รับการอนุมัติจาก USDA ให้จำหน่ายในสหรัฐอเมริกา^{[ 10 ]}

มะเขือเทศพันธุ์อื่นๆ อีกหลายพันธุ์มีชื่อที่บ่งบอกถึงสีเข้ม เช่นBlack KrimและCherokee purpleสีเหล่านี้เกิดจากกระบวนการที่แตกต่างกันโดยสิ้นเชิง ซึ่งคลอโรฟิลล์ไม่ถูกย่อยสลายอย่างมีประสิทธิภาพ ส่งผลให้มีการสะสมของเม็ดสีฟีโอไฟตินในผล^{[ 11 ]} เม็ดสีนี้รวมกับ แคโรทีนอยด์อื่นๆในผล รวมถึงเบต้าแคโรทีนและไลโคปีนทำให้เกิดสีน้ำตาลหรือสีดำ