โครงกระดูกเป็นกระดูกอ่อนโนโตคอร์ดจะค่อยๆ ถูกแทนที่ด้วยกระดูกสันหลังในระหว่างการพัฒนา ยกเว้นในโฮโลเซฟาลีซึ่งโนโตคอร์ดจะยังคงอยู่ครบถ้วน ในฉลามน้ำลึกบางชนิด กระดูกสันหลังจะลดลง^{[ 9 ]}

เนื่องจากพวกมันไม่มีไขกระดูกเม็ดเลือดแดงจึงถูกผลิตขึ้นในม้ามและอวัยวะเอพิโกนัล (เนื้อเยื่อพิเศษรอบอวัยวะสืบพันธุ์ซึ่งเชื่อว่ามีบทบาทในระบบภูมิคุ้มกันด้วย) นอกจากนี้ยังผลิตขึ้นในอวัยวะเลย์ดิกซึ่งพบเฉพาะในปลากระดูกอ่อนบางชนิดเท่านั้น กลุ่มย่อยโฮโลเซฟาลีซึ่งเป็นกลุ่มที่เฉพาะเจาะจงมาก ไม่มีทั้งอวัยวะเลย์ดิกและอวัยวะเอพิโกนัล

นอกจากปลากระเบนไฟฟ้าซึ่งมีลำตัวหนาและหย่อนยาน ผิวหนังอ่อนนุ่มและหลวมแล้ว ปลาในไฟลัมอื่นๆ มีผิวหนังที่แข็งแรงปกคลุมด้วยฟันผิวหนัง (ยกเว้นปลาในไฟลัม Holocephali ซึ่งฟันจะหลุดไปในตัวเต็มวัย เหลือไว้เพียงอวัยวะยึดเกาะที่อยู่บนพื้นผิวด้านท้องของหางของตัวผู้) ซึ่งเรียกอีกอย่างว่าเกล็ดพลาคอยด์ (หรือเดนทิเคิลผิวหนัง ) ทำให้ผิวหนังรู้สึกเหมือนกระดาษทราย ในสายพันธุ์ส่วนใหญ่ เดนทิเคิลผิวหนังทั้งหมดจะเรียงตัวไปในทิศทางเดียวกัน ทำให้ผิวหนังรู้สึกเรียบมากหากถูไปในทิศทางหนึ่งและหยาบมากหากถูไปในอีกทิศทางหนึ่ง

เดิมที กระดูกเชิงกรานและกระดูกอก ซึ่งไม่มีส่วนประกอบของผิวหนัง จะไม่เชื่อมต่อกัน ในรูปแบบที่พัฒนาต่อมา ครีบแต่ละคู่จะเชื่อมต่อกันทางด้านล่างตรงกลาง เมื่อแท่งกระดูกสะบักและกระดูกโคราคอยด์ รวมถึงแท่งกระดูกเชิงกรานและกระดูกสะโพก พัฒนาขึ้น ใน ปลากระเบน ครีบอกจะเชื่อมต่อกับหัวและมีความยืดหยุ่นสูง

ลักษณะสำคัญประการหนึ่งที่พบในฉลามส่วนใหญ่คือหางเฮเทอโรเซอร์คัล ซึ่งช่วยในการเคลื่อนที่^{[ 10 ]}

ปลาฉลามและปลากระเบนมีเกล็ดคล้ายฟันที่เรียกว่าเดนทิเคิลผิวหนังหรือเกล็ดพลาคอยด์ เดนทิเคิลมักทำหน้าที่ป้องกัน และในกรณีส่วนใหญ่ช่วยให้ลำตัวลื่นไหล นอกจากนี้บางชนิดยังมีต่อมเมือกอีกด้วย

สันนิษฐานว่าฟันในช่องปากของพวกมันวิวัฒนาการมาจากเกล็ดผิวหนังที่เคลื่อนตัวเข้ามาในปาก แต่ก็อาจเป็นไปในทางกลับกันก็ได้ เพราะปลากระดูกแข็งชนิดDenticeps clupeoidesมีส่วนหัวส่วนใหญ่ปกคลุมด้วยฟันผิวหนัง (เช่นเดียวกับAtherion elymusซึ่งเป็นปลากระดูกแข็งอีกชนิดหนึ่ง) นี่จึงเป็นลักษณะที่วิวัฒนาการขึ้นมาในภายหลัง ซึ่งหมายความว่าไม่จำเป็นต้องมีความเชื่อมโยงระหว่างฟันกับเกล็ดผิวหนังดั้งเดิม

ปลา แพลโคเดอร์มโบราณไม่มีฟันเลย แต่มีแผ่นกระดูกแหลมคมอยู่ในปาก ดังนั้นจึงไม่ทราบแน่ชัดว่าฟันที่ผิวหนังหรือฟันในปากวิวัฒนาการมาก่อนกัน มีการเสนอแนะด้วยซ้ำว่าแผ่นกระดูกดั้งเดิมของ สัตว์มีกระดูกสันหลัง ทั้งหมดได้หายไปแล้ว และเกล็ดในปัจจุบันเป็นเพียงฟันที่ดัดแปลงแล้ว แม้ว่าทั้งฟันและเกราะป้องกันร่างกายจะมีต้นกำเนิดร่วมกันเมื่อนานมาแล้วก็ตาม อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันยังไม่มีหลักฐานใด ๆ สนับสนุนข้อเสนอนี้

ปลาฉลามและปลากระเบนทุกชนิดหายใจผ่าน เหงือก 5 ถึง 7 คู่ขึ้นอยู่กับชนิด โดยทั่วไปแล้ว ปลาที่อาศัยอยู่ในทะเลเปิดจะต้องว่ายน้ำอยู่ตลอดเวลาเพื่อให้ออกซิเจนในน้ำไหลเวียนผ่านเหงือก ในขณะที่ปลาที่อาศัยอยู่ก้นทะเลสามารถสูบน้ำเข้าทางรูหายใจและออกทางเหงือกได้^{[ 11 ]}อย่างไรก็ตาม นี่เป็นเพียงกฎทั่วไป และปลาหลายชนิดก็แตกต่างกันไป

รูหายใจเป็นรูเล็กๆ อยู่ด้านหลังดวงตาแต่ละข้าง รูเหล่านี้อาจมีขนาดเล็กและกลม เช่นที่พบในฉลามพยาบาล ( Ginglymostoma cirratum ) หรืออาจยาวและเป็นร่อง เช่นที่พบในฉลามวงศ์วอบเบกง (Orectolobidae) ฉลามขนาดใหญ่ที่อาศัยอยู่ในทะเลเปิดหลายชนิด เช่น ฉลามแมคเคอเรล (Lamnidae) และฉลามหางยาว (Alopiidae) ไม่มีรูหายใจเหล่านี้อีกต่อไปแล้ว

ในปลากระดูกอ่อน ระบบประสาทประกอบด้วยสมองขนาดเล็ก เส้นประสาทสมอง 8–10 คู่ และไขสันหลังพร้อมเส้นประสาทไขสันหลัง^{[ 12 ]}พวกมันมีอวัยวะรับความรู้สึกหลายอย่างที่ให้ข้อมูลเพื่อนำไปประมวลผลแอมพูลลาของลอเรนซินีเป็นเครือข่ายของรูพรุนขนาดเล็กที่เต็มไปด้วยเจลลี่เรียกว่าตัวรับไฟฟ้าซึ่งช่วยให้ปลาสามารถรับรู้สนามไฟฟ้าในน้ำ สิ่งนี้ช่วยในการหาเหยื่อ การนำทาง และการรับรู้อุณหภูมิ ระบบ เส้นข้างลำตัวมีเซลล์เยื่อบุผิวที่ดัดแปลงแล้วซึ่งตั้งอยู่ภายนอกที่รับรู้การเคลื่อนไหว การสั่นสะเทือน และความดันในน้ำรอบตัวพวกมัน สปีชีส์ส่วนใหญ่มีดวงตาขนาดใหญ่และพัฒนาอย่างดี นอกจากนี้ พวกมันยังมีรูจมูกและ อวัยวะ รับกลิ่นที่ ทรงพลังมาก หูชั้นในของพวกมันประกอบด้วยท่อครึ่งวงกลมขนาด ใหญ่ 3 ท่อ ซึ่งช่วยในการทรงตัวและการวางทิศทาง อุปกรณ์ตรวจจับเสียงของพวกมันมีช่วงจำกัดและโดยทั่วไปจะมีประสิทธิภาพมากกว่าที่ความถี่ต่ำ สปีชีส์บางชนิดมีอวัยวะไฟฟ้าซึ่งสามารถใช้ในการป้องกันตัวและการล่าเหยื่อ พวกมันมีสมองที่ค่อนข้างเรียบง่าย โดยที่สมองส่วนหน้าไม่ได้ขยายใหญ่ขึ้นมากนัก โครงสร้างและการก่อตัวของไมอีลินในระบบประสาทของพวกมันเกือบจะเหมือนกับของสัตว์สี่ขา ซึ่งทำให้นักชีววิทยาวิวัฒนาการเชื่อว่า Chondrichthyes เป็นกลุ่มหลักในลำดับเวลาวิวัฒนาการของการพัฒนาไมอีลิน^{[ 13 ]}

เช่นเดียวกับสัตว์มีกระดูกสันหลังที่มีขากรรไกรอื่นๆ สมาชิกของ Chondrichthyes มีระบบภูมิคุ้มกันแบบปรับตัวได้^{[ 14 ]}