เส้นทางรถไฟเทมส์ลิงก์เปิดให้บริการในปี 1988 หลังจากอุโมงค์สโนว์ฮิลล์ซึ่งปิดให้บริการผู้โดยสารมาตั้งแต่ปี 1916 ได้เปิดให้บริการอีกครั้ง เพื่อเป็นเส้นทางเชื่อมต่อระหว่างฟาร์ริงดันและคิงส์ครอสจากลอนดอนใต้ ในช่วงแรก รถไฟจะใช้สะพานลอยทางเข้าสถานีโฮลบอร์นไวอะดักต์ ซึ่งปัจจุบันปิดให้บริการแล้ว ^{[ 13 ]}บริการใหม่นี้ประสบความสำเร็จทางการเงินในทันที และได้มีการตัดสินใจที่จะพัฒนาพื้นที่โฮลบอร์นไวอะดักต์ใหม่ โดยสร้างสถานีและอาคารธุรกิจแห่งใหม่ งานนี้ได้รับการสนับสนุนทางการเงินบางส่วนจากบริษัทพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ในลอนดอนRosehaugh Stanhope ^{[ 13 ]}

เมื่อสถานี Holborn Viaduct ปิดทำการ เส้นทางใหม่ระหว่างBlackfriarsและอุโมงค์ถูกสร้างขึ้นในแนวที่แตกต่างออกไปเล็กน้อยทางทิศตะวันออกและในระดับความสูงที่ต่ำกว่า ทำให้มีโอกาสสร้างพื้นที่สำนักงานขนาด600,000 ตารางฟุต (56,000 ตารางเมตร) ^{เหนือ} สถานีใหม่บน พื้นที่4 เอเคอร์ (1.6 เฮกตาร์) ^{[ 14 ]} City Thameslink ถูกสร้างขึ้นเพื่อทดแทนสถานี Holborn Viaduct และตั้งอยู่บนพื้นที่ของสถานีเก่าบางส่วน ค่าใช้จ่ายทั้งหมดประมาณการไว้ที่ 360–450 ล้านปอนด์^{[ 15 ] [ 14 ]}เนื่องจากเส้นทางที่เสนอสำหรับเฟสที่สองของสาย Jubileeผ่านพื้นที่นี้ ส่วนหนึ่งของสถานีจึงถูกสร้างขึ้นเพื่อรองรับการเชื่อมต่อในอนาคต^{[ 16 ]}  

สะพานโฮลบอร์นปิดให้บริการเมื่อวันที่ 26 มกราคม พ.ศ. 2533 ^{[ 14 ]}ในเดือนพฤษภาคมปีถัดมา บริการรถไฟเทมส์ลิงก์ทั้งหมดถูกระงับเป็นเวลา 17 วัน เพื่อให้สามารถดำเนินการรื้อถอนได้^{[ 17 ]}

สถานีนี้เปิดให้บริการโดยBritish Railเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 1990 ในชื่อSt. Paul's Thameslinkและเปลี่ยนชื่อเป็นCity Thameslinkเมื่อวันที่ 30 กันยายน 1991 ^{[ 18 ]}เพื่อหลีกเลี่ยงความสับสนกับ สถานี St Paul'sบนสาย Central ของรถไฟใต้ดินลอนดอน (ซึ่งอยู่ห่างออกไปทางทิศตะวันออกหลายร้อยหลา ทางทิศเหนือของมหาวิหารเซนต์พอล ) ^{[ 19 ]}นับเป็นสถานีรถไฟสายหลักแห่งแรกที่สร้างขึ้นในใจกลางกรุงลอนดอนในรอบเกือบ 100 ปี^{[ 15 ]}สถานีนี้ได้รับการออกแบบโดย SAS International ซึ่งเป็นผู้ออกแบบผนังและแผงตกแต่งดั้งเดิม^{[ 20 ]}

ควบคู่ไปกับการก่อสร้างสถานีใหม่ พื้นที่รอบสถานี Holborn Viaduct และ Ludgate Hill เก่าได้รับการพัฒนาใหม่ และสะพานเก่าที่ข้าม Ludgate Hill ก็ถูกรื้อถอน^{[ 21 ]}ในปี 1992 หลังจากการรื้อถอน อุโมงค์บริการเพิ่มเติมถูกสร้างขึ้นเพื่อเชื่อมต่อ City Thameslink กับFarringdon ^{[ 22 ]}

เมื่อสัมปทาน Thameslink ถูกมอบให้แก่First Capital Connect (FCC) ในปี 2549 บริการ Thameslink ได้รับการเปลี่ยนชื่อใหม่ แต่ City Thameslink ไม่ได้เปลี่ยนชื่อ จนกระทั่งปลายปี 2553 FCC จึงกลับมาใช้ชื่อ Thameslink อีกครั้ง^{[ 23 ]}

ในฐานะส่วนหนึ่งของโครงการ Thameslinkการปรับปรุงสถานี City Thameslink เสร็จสมบูรณ์ในปี 2010 การปรับปรุงนี้มีความสำคัญเนื่องจากการปิดสถานี Blackfriars ในช่วงปลายปีจะทำให้มีผู้โดยสารเพิ่มขึ้น ชานชาลาได้รับการเตรียมพร้อมสำหรับรถไฟ 12 ตู้ในอนาคต และระบบข้อมูลผู้โดยสารได้รับการปรับปรุง ไฟส่องสว่างใหม่ ประตูตรวจตั๋ว และกล้องวงจรปิดได้รับการติดตั้ง และระบบประกาศบริการได้รับการปรับปรุงเพื่อให้เวลาเดินรถแม่นยำยิ่งขึ้น^{[ 24 ]} SAS ได้ปรับปรุงภายในสถานีใหม่ เช่นเดียวกับที่เคยทำในการก่อสร้างครั้งแรกในปี 1990 โดยใช้แผงผนังเคลือบที่ตรงตามข้อกำหนดการออกแบบดั้งเดิม^{[ 20 ]}

ในรายงานปี 2014 London TravelWatchเสนอให้สร้างทางเดินใต้ดินเชื่อม City Thameslink กับสถานีรถไฟใต้ดิน St Paul'sเพื่อเป็นจุดเชื่อมต่อกับสาย Central Line ซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อผู้โดยสารที่เดินทางจากพื้นที่ให้บริการของสาย Central Line ไปยังสนามบิน Gatwick และ Luton ^{[ 25 ]}

ในปี 2018 Govia Thameslink Railway ประกาศการเปลี่ยนแปลงตารางเวลาครั้งใหญ่ ซึ่งได้นำมาใช้ในเดือนพฤษภาคมปีนั้น การเปลี่ยนแปลงดังกล่าวรวมถึงบริการทุกครึ่งชั่วโมงในใจกลางกรุงลอนดอน ซึ่งเชื่อมต่อ City Thameslink กับสนามบิน GatwickและLuton Airport Parkway [ ^{26 ] ระบบ}สัญญาณได้รับการอัปเกรดเพื่อรองรับการเดินรถไฟอัตโนมัติผ่านสถานี พร้อมกับเส้นทาง Thameslink หลักส่วนที่เหลือ^{[ 27 ]}และ มีการนำรถไฟ British Rail Class 700เข้ามาให้บริการ^{[ 28 ]}ในเดือนมกราคมปีถัดมา บริการช่วงเย็นหลายเที่ยวจาก City Thameslink ไปยังSt AlbansและHarpendenได้กลับมาให้บริการอีกครั้ง หลังจากหยุดไปหกเดือน^{[ 29 ]}