ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2553 โครงการริเริ่มด้านเอชไอวี/เอดส์ของคลินตัน ซึ่งเป็นโครงการริเริ่มของมูลนิธิคลินตัน ได้กลายเป็นองค์กรไม่แสวงหาผลกำไรแยกต่างหากในชื่อโครงการริเริ่มด้านการเข้าถึงสุขภาพของคลินตัน (CHAI) ^{[ 18 ] [ 38 ]}องค์กรต่างๆ เช่น มูลนิธิคลินตัน ยังคงจัดหายาต้านมาลาเรียให้กับแอฟริกาและพื้นที่อื่นๆ ที่ได้รับผลกระทบ ตามที่ผู้อำนวยการอินเดอร์ ซิงห์ กล่าว ในปี 2554 จะมีผู้คนมากกว่า 12 ล้านคนได้รับยาต้านมาลาเรียที่ได้รับการอุดหนุน

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 CHAI และUNITAIDประกาศข้อตกลงที่ช่วยให้ประเทศที่มีรายได้ปานกลางและรายได้ต่ำประหยัดเงินในการซื้อยาตัวที่สอง ความร่วมมือนี้ยังลดราคายาตัวแรกที่ต้องรับประทานวันละครั้งให้เหลือน้อยกว่า 1 ดอลลาร์สหรัฐต่อวัน^{[ 39 ]}เพื่อจัดหายาราคาถูกเหล่านี้ บิล คลินตันได้เดินทางไปเยี่ยมผู้ผลิตยาสามัญของอินเดียหลายครั้ง ซึ่งช่วยทำให้วงการอุตสาหกรรมยาของอินเดียมีความชอบธรรม^{[ 40 ]}

CHAI แยกตัวออกมาเป็นองค์กรอิสระในปี 2010 โดย Ira Magaziner กลายเป็น CEO (เขาเป็นบุคคลสำคัญในแผนการดูแลสุขภาพของคลินตันในปี 1993 ) ^{[ 18 ]} Chelsea Clinton เข้าร่วมคณะกรรมการบริหารในปี 2011 เช่นเดียวกับTachi Yamadaอดีตประธานโครงการสุขภาพระดับโลกของมูลนิธิ Bill & Melinda Gates ^{[ 18 ]}

โครงการ Clinton Global Initiative (CGI) ก่อตั้งขึ้นในปี 2548 โดย Bill Clinton Doug Bandที่ปรึกษาของ Bill มีบทบาทสำคัญในการก่อตั้ง^{[ 21 ]} Clinton ยกย่อง Band ว่าเป็นผู้ริเริ่ม CGI และกล่าวว่า "Doug มีความคิดที่จะทำสิ่งนี้" ^{[ 41 ]} Band ลาออกจากตำแหน่งที่ได้รับค่าจ้างที่ CGI ในปี 2553 ^{[ 18 ]}โดยเลือกที่จะเน้น ธุรกิจ Teneoและกิจกรรมครอบครัว แต่ยังคงอยู่ในคณะกรรมการที่ปรึกษาของ CGI ^{[ 19 ]}การทับซ้อนกันระหว่าง CGI และ Teneo ซึ่ง Bill เป็นที่ปรึกษาที่ได้รับค่าจ้าง ทำให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์^{[ 18 ]}ตามคำกล่าวของทนายความของเขาในระหว่างการเจรจาต่อรองข้อกล่าวหาความผิดทางเพศในปี 2550 นักการเงินJeffrey Epsteinก็เป็น "ส่วนหนึ่งของกลุ่มดั้งเดิมที่คิดค้นโครงการ Clinton Global Initiative" เช่นกัน แม้ว่าชื่อของเขาจะไม่ได้ถูกกล่าวถึงในเอกสารการก่อตั้งขององค์กรใดๆ ก็ตาม^{[ 42 ] [ 43 ]}

ในปี 2550 บิลได้เริ่มโครงการ CGI U ซึ่งขยายรูปแบบของ CGI ไปสู่กลุ่มนักเรียน มหาวิทยาลัย และองค์กรเยาวชนระดับชาติ โครงการ CGI U ได้จัดขึ้นที่มหาวิทยาลัยทูเลนมหาวิทยาลัยเท็กซัสที่ออสตินมหาวิทยาลัยไมอามีมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก มหาวิทยาลัยจอร์จ วอชิงตัน มหาวิทยาลัยวอชิงตันในเซนต์หลุยส์ มหาวิทยาลัย แอริโซนาสเตทและมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ วิทยากรและผู้บรรยายประกอบด้วยจอน สจ๊วตมาเดลีน อัลไบรท์วานดานา ชิวาบิลและเชลซี คลินตัน สตี เฟน โคลเบิร์ต แจ็ค ดอร์ซีย์ เกร็ กสแตนตันส.ส. แก บบี้ กิฟฟอร์ดส์เชนแบตเทียร์ซัลมาน ข่าน (ผู้ก่อตั้งKhan Academy ) และ ส.ส. จอห์น ลูอิส^{[ 44 ] [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2559 มีการประกาศว่าโครงการริเริ่มจะยุติลงและเลิกจ้างพนักงาน 74 คนในปลายปี^{[ 49 ] [ 50 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2560 มีการประกาศว่าพนักงานอีก 22 คนจะถูกเลิกจ้างภายในวันที่ 15 เมษายน พ.ศ. 2560 และมหาวิทยาลัย CGI จะยังคงดำเนินต่อไป^{[ 51 ] [ 52 ]}

รางวัล Clinton Global Citizen Awards เป็นชุดรางวัลที่มอบโดย Clinton Global Initiative ทุกปีตั้งแต่ปี 2007 ^{[ 53 ]}รางวัลนี้มอบให้แก่บุคคลที่มูลนิธิคลินตันเห็นว่าเป็น "บุคคลที่โดดเด่นซึ่งเป็นแบบอย่างของความเป็นพลเมืองโลกผ่านวิสัยทัศน์และความเป็นผู้นำของพวกเขา" ^{[ 53 ]}ผู้ที่เคยได้รับรางวัลนี้ ได้แก่ นักธุรกิจและผู้ใจบุญชาวเม็กซิกันCarlos Slim [ ^{53 ]}มหาเศรษฐีชาวไอริชDenis O'Brien [ ^{54 ]}ผู้ประกอบการชาวโมร็อกโกMohammad Abbad Andaloussi [ ^{55 ]}ประธานาธิบดีรวันดาPaul Kagame [ ^{56 ] นักเคลื่อนไหว เพื่อสิทธิ}สตรีชาวอัฟกันSuraya Pakzad [ ^{57 ] ประธานาธิบดี}สาธารณรัฐโดมินิกันLeonel Fernández [ ^{58 ] และ นัก เคลื่อนไหว เพื่อสิทธิ}แรงงานชาวปากีสถานSyeda Ghulam Fatima ^{[ 59 ]}

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2549 บิล คลินตันได้เริ่มโครงการต่อสู้กับการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ ซึ่งก็คือโครงการริเริ่มด้านสภาพภูมิอากาศของมูลนิธิคลินตัน (CCI) ^{[ 60 ]} CCI ดำเนินโครงการต่างๆ โดยตรงเพื่อป้องกันการตัดไม้ทำลายป่าและฟื้นฟูป่าและภูมิทัศน์อื่นๆ ทั่วโลก พัฒนาพลังงานสะอาด และช่วยเหลือประเทศเกาะที่ถูกคุกคามจากระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้น^{[ 61 ]}

เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2549 มูลนิธิได้เข้าเป็นพันธมิตรกับกลุ่มผู้นำด้านสภาพภูมิอากาศของเมืองใหญ่โดยตกลงที่จะจัดหาทรัพยากรเพื่อให้เมืองที่เข้าร่วมสามารถจัดตั้งกลุ่มจัดซื้อผลิตภัณฑ์ประหยัดพลังงาน และให้การสนับสนุนด้านเทคนิคและการสื่อสาร^{[ 62 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 CCI ประกาศโครงการแรกที่จะช่วยให้เมืองใหญ่บางแห่งลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกโดยอำนวยความสะดวกในการปรับปรุงอาคารที่มีอยู่ ธนาคารขนาดใหญ่ 5 แห่งให้คำมั่นสัญญาว่าจะบริจาคเงิน 1 พันล้านดอลลาร์สหรัฐต่อแห่งเพื่อช่วยเหลือเมืองและเจ้าของอาคารในการปรับปรุงเพื่อประหยัดพลังงานโดยมีเป้าหมายเพื่อลดการใช้พลังงานและค่าใช้จ่ายด้านพลังงาน^{[ 63 ]} ในงาน Clinton Global Initiative ปี พ.ศ. 2550 บิล คลินตัน ประกาศแคมเปญ1Skyเพื่อเร่งนโยบายของรัฐบาลกลางที่กล้าหาญเกี่ยวกับภาวะโลกร้อน^{[ 64 ]}แคมเปญ 1Sky สนับสนุนการลดระดับมลพิษทางสภาพภูมิอากาศอย่างน้อย 80% ภายในปี พ.ศ. 2593

เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 2552 CCI ได้ประกาศโครงการพัฒนาเชิงบวกด้านสภาพภูมิอากาศระดับโลก ซึ่งจะทำงานร่วมกับสภาอาคารสีเขียวแห่งสหรัฐอเมริกาเพื่อส่งเสริมการเติบโตของเมืองที่เป็นมิตรต่อสภาพภูมิอากาศ^{[ 65 ]}

นอร์เวย์และเยอรมนีเป็นหนึ่งในประเทศที่ร่วมให้ทุนสนับสนุนโครงการกับ CCI ในประเทศกำลังพัฒนาและประเทศโลกที่สามจำนวนมาก^{[ 66 ] [ 67 ] [ 68 ]}

โครงการริเริ่มการพัฒนาคลินตัน ซึ่งเดิมชื่อโครงการริเริ่มการพัฒนาคลินตัน ฮันเตอร์ ก่อตั้งขึ้นในปี 2549 โดยเป็นการร่วมมือกับมูลนิธิฮันเตอร์ของเซอร์ทอม ฮันเตอร์ นักการกุศลชาวสก็อตแลนด์ เพื่อมุ่งเป้าไปที่สาเหตุรากฐานของความยากจนในแอฟริกาและส่งเสริมการเติบโตทางเศรษฐกิจที่ยั่งยืน^{[ 69 ]}

โครงการพันธมิตรเพื่อสุขภาพที่ดีขึ้นของคนรุ่นใหม่ (Alliance for a Healthier Generation) เป็นความร่วมมือระหว่างมูลนิธิคลินตันและสมาคมโรคหัวใจแห่งอเมริกาซึ่งทำงานเพื่อยุติปัญหาโรคอ้วนในเด็กในสหรัฐอเมริกาภายในปี 2010

มูลนิธิโรเบิร์ต วูด จอห์นสันซึ่งให้เงินเริ่มต้น 8 ล้านดอลลาร์เพื่อเริ่มโครงการโรงเรียนสุขภาพดี ได้มอบเงินช่วยเหลือ 20 ล้านดอลลาร์เพื่อขยายโครงการไปยังโรงเรียนมากกว่า 8,000 แห่งในรัฐที่มีอัตราโรคอ้วนสูงที่สุด^{[ 70 ]}

ในระดับอุตสาหกรรม พันธมิตรได้ทำข้อตกลงกับผู้ผลิตอาหารและเครื่องดื่มรายใหญ่เพื่อจัดหาทางเลือกด้านโภชนาการให้กับเด็กๆ และกำหนดแนวทางโภชนาการสำหรับเครื่องจำหน่ายสินค้าอัตโนมัติในโรงเรียน ร้านค้า และโรงอาหาร เพื่อส่งเสริมการรับประทานอาหารเพื่อสุขภาพ บริษัทบางแห่งที่เกี่ยวข้องกับความพยายามเหล่านี้ ได้แก่ Coca ^- Cola , Cadbury plc , Campbell Soup Company , Groupe Danone , Kraft Foods , MarsและPepsiCo ^{[ 71 ] [ 72} ]

CGSGI ก่อตั้งขึ้นในปี 2550 โดยมีFrank Giustra ผู้บริหารเหมืองแร่ชาวแคนาดา ซึ่งเป็นผู้ก่อตั้งบริษัทปิโตรเลียม Pacific Rubiales (เปลี่ยนชื่อเป็นPacific Exploration & Productionในปี 2558) เป็น ผู้ก่อตั้ง CGSGI โดย CGSGI อธิบายตัวเองว่าเป็น "ผู้บุกเบิกแนวทางใหม่ในการบรรเทาความยากจน" ^{[ 73 ]}การมีส่วนร่วมของ Giustra กับมูลนิธิคลินตันได้รับการวิพากษ์วิจารณ์จากInternational Business Times , The Washington PostและAmerican Media Instituteเนื่องจากมาพร้อมกับการเปลี่ยนแปลงท่าทีอย่างกะทันหันของฮิลลารี คลินตัน ในขณะดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างประเทศ เกี่ยวกับข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างสหรัฐอเมริกาและโคลอมเบียซึ่งเป็นข้อตกลงที่เธอเคยคัดค้านมาก่อน "เพราะไม่ดีต่อสิทธิแรงงาน" ^{[ 74 ] [ 75 ] [ 76 ] [ 77 ]}

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2555 บิล คลินตัน ประกาศเปิดตัวโครงการ Clinton Health Matters Initiative (CHMI) CHMI เป็นโครงการระดับชาติที่ต่อยอดจากงานของมูลนิธิคลินตันเกี่ยวกับสุขภาพทั่วโลกและโรคอ้วนในเด็ก โดยมีเป้าหมายเพื่อปรับปรุงสุขภาพและความเป็นอยู่ที่ดีของผู้คนทั่วสหรัฐอเมริกา ด้วยการกระตุ้นบุคคล ชุมชน และองค์กรต่างๆ ให้มีส่วนร่วมอย่างมีความหมายต่อสุขภาพของผู้อื่น CHMI จัดการประชุม Health Matters ประจำปีทุกเดือนมกราคมใน หุบเขาโคเช ลลา^{[ 78 ]}

มูลนิธิได้ให้ทุนสนับสนุนโครงการบรรเทาภัยพิบัติอย่างกว้างขวางหลังจากเหตุการณ์แผ่นดินไหวในมหาสมุทรอินเดียในปี 2547และพายุเฮอริเคนแคทรีนาในปี 2548 ไม่นานหลังจากพายุเฮอริเคนแคทรีนาพัดถล่ม ประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู บุชได้ขอให้อดีตประธานาธิบดีจอร์จ เอช ดับเบิลยู บุชและบิล คลินตัน ระดมทุนเพื่อช่วยฟื้นฟู พื้นที่ ชายฝั่งอ่าวเม็กซิโกประธานาธิบดีทั้งสองซึ่งเคยทำงานร่วมกันเพื่อช่วยเหลือผู้ประสบภัยจากสึนามิในมหาสมุทรอินเดีย ได้จัดตั้งกองทุนบุช-คลินตันแคทรีนาขึ้นเพื่อระบุและตอบสนองความต้องการที่ยังไม่ได้รับการตอบสนองในภูมิภาค ส่งเสริมโอกาสทางเศรษฐกิจ และปรับปรุงคุณภาพชีวิตของผู้ที่ได้รับผลกระทบ^{[ 79 ]}ในเดือนแรกหลังจากพายุเฮอริเคน กองทุนได้รวบรวมเงินบริจาคทางออนไลน์มากกว่า 42,000 รายการ โดยได้รับเงินบริจาคประมาณ 128.4 ล้านดอลลาร์จากทั้ง 50 รัฐ และ 30.9 ล้านดอลลาร์จากต่างประเทศ

Both the foundation and the Clintons personally have been involved in Haiti before and after the 2010 Haiti earthquake.^[18][80] Bill Clinton was named the head of the Interim Haiti Recovery Commission (IHRC) in 2010 after serving as UN special envoy to Haiti in the immediate aftermath of the disaster. The Clinton Foundation itself raised $30m and played an important part in the creation of the Caracol Industrial Park. The IHRC mandate was removed by the Haitian legislature in 2011.^[81]

In 2013, Hillary Clinton established a partnership between the foundation and the Gates Foundation to gather and study data on the progress of women and girls around the world since the United Nations Fourth World Conference On Women in Beijing in 1995.^[82][83] This is called "No Ceilings: The Full Participation Project".^[82][83] The project released a report in March 2015.^[84]

In September 2023, the launch of the Clinton Foundation's initiative for supporting Ukraine — Clinton Global Initiative Ukraine Action Network — was announced to support non-profit organizations working in Ukraine.^[85][86]

ประมาณปี 2007 มูลนิธิคลินตันถูกวิพากษ์วิจารณ์เรื่องการขาดความโปร่งใส แม้ว่ากฎหมายของสหรัฐฯ จะไม่ได้กำหนดให้องค์กรการกุศล รวมถึงมูลนิธิของประธานาธิบดี ต้องเปิดเผยตัวตนของผู้บริจาค แต่นักวิจารณ์กล่าวว่าควรเปิดเผยชื่อผู้บริจาค เนื่องจากฮิลลารี คลินตันกำลังลงสมัครรับเลือกตั้งเป็นตัวแทนพรรคเดโมแครตเพื่อชิงตำแหน่งประธานาธิบดีสหรัฐฯนักวิจารณ์Matthew Yglesiasแสดงความคิดเห็นในบทความในLos Angeles Timesว่าตระกูลคลินตันควรเปิดเผยชื่อผู้บริจาคของมูลนิธิเพื่อหลีกเลี่ยงภาพลักษณ์ที่ไม่เหมาะสม^{[ 92 ]}

มูลนิธิได้เผยแพร่รายชื่อผู้บริจาคจำนวนมากในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2551 ^{[ 23 ]}ซึ่งรวมถึงผู้บริจาคที่มีความอ่อนไหวทางการเมืองหลายราย เช่นราชอาณาจักรซาอุดีอาระเบียและแบล็กวอเตอร์ เวิลด์ไวด์ [ ^{93 ] มูลนิธิ} ระบุว่าการเปิดเผยข้อมูลดังกล่าวจะทำให้มั่นใจได้ว่า "จะไม่มีแม้แต่ภาพลักษณ์ของความขัดแย้งทางผลประโยชน์" เมื่อฮิล ลารี คลินตันดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างประเทศ^{[ 93 ]}

มูลนิธิถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่ารับเงินบริจาคจาก ประเทศ ในตะวันออกกลางซึ่งถูกมองว่ากดขี่ผู้หญิง (เช่น การลงโทษด้วยการปาหินหากทำผิดประเวณี การห้ามขับรถ การกำหนดให้ต้องมีผู้ปกครองชาย เป็นต้น) โดยเฉพาะอย่างยิ่งซาอุดีอาระเบียซึ่งบริจาคเงินระหว่าง 10 ล้านถึง 25 ล้านดอลลาร์สหรัฐ นอกจากประเทศในตะวันออกกลางอย่างสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์และโอมานแล้ว ยังมีการบริจาคจากรัฐบาลต่างประเทศอื่นๆ เช่น ออสเตรเลีย เยอรมนี และหน่วยงานรัฐบาลแคนาดา^{[ 94 ] [ 95 ]} มูลนิธิยอมรับเงินบริจาคเหล่านี้แม้ว่า นโยบาย หาเสียงเลือกตั้งประธานาธิบดีปี 2016 ของฮิลลารี คลินตันจะรับประกันว่าจะทำลายอุปสรรคที่ขัดขวางผู้หญิงก็ตาม^{[ 96 ]}

ในเดือนพฤศจิกายน 2016 รอยเตอร์รายงานว่า "มูลนิธิคลินตันยืนยันว่าได้รับเงินบริจาค 1 ล้านดอลลาร์สหรัฐจากกาตาร์ในขณะที่ฮิลลารี คลินตันดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของสหรัฐฯ โดยไม่ได้แจ้งให้กระทรวงการต่างประเทศทราบ แม้ว่าเธอจะสัญญาว่าจะให้หน่วยงานตรวจสอบการสนับสนุนใหม่หรือที่เพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญจากรัฐบาลต่างประเทศก็ตาม" ^{[ 97 ]}เจนนิเฟอร์ รูบินคอลัมนิสต์ของวอชิงตันโพสต์ แสดงความคิดเห็นว่าเงินบริจาคจากกาตาร์ "ก่อให้เกิดคำถามด้านจริยธรรม" เนื่องจากการสนับสนุนกลุ่ม ฮามาสของประเทศดังกล่าว^{[ 98 ]}

ข้อตกลงด้านจริยธรรมระหว่างกระทรวงการต่างประเทศและมูลนิธิคลินตัน ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อต้นวาระการดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของฮิลลารี คลินตันในปี 2552 ได้รับการตรวจสอบจากสื่อมวลชนในช่วงเดือนกุมภาพันธ์ 2558 เนื่องจากผลสำรวจแสดงให้เห็นว่าเธอน่าจะเป็นผู้ได้รับการเสนอชื่อเป็นตัวแทนพรรคเดโมแครตในการเลือกตั้งประธานาธิบดีปี 2559 ^{[ 99 ]}วอลล์สตรีทเจอร์นัลรายงานว่ามูลนิธิคลินตันได้กลับมารับเงินบริจาคจากรัฐบาลต่างประเทศอีกครั้งหลังจากที่วาระการดำรงตำแหน่งของรัฐมนตรีคลินตันสิ้นสุดลง^{[ 100 ]}เงินบริจาคจากผู้บริจาคต่างชาติ ซึ่งกฎหมายห้ามไม่ให้บริจาคให้แก่ผู้สมัครทางการเมืองในสหรัฐอเมริกา ถือเป็นส่วนสำคัญของรายได้ของมูลนิธิ การตรวจสอบเงินบริจาคในปี 2557 โดยวอชิงตันโพสต์แสดงให้เห็นว่ามี "ความทับซ้อนอย่างมากระหว่างกลไกทางการเมืองของคลินตันและมูลนิธิ" การสืบสวนพบว่าเกือบครึ่งหนึ่งของผู้บริจาครายใหญ่ที่สนับสนุนReady for Hillaryซึ่งเป็นกลุ่มที่สนับสนุนการลงสมัครชิงตำแหน่งประธานาธิบดีในปี 2016 ของเธอ ได้บริจาคอย่างน้อย 10,000 ดอลลาร์ให้กับมูลนิธิ ไม่ว่าจะโดยส่วนตัวหรือผ่านมูลนิธิหรือบริษัทที่พวกเขาบริหารCraig Minassian หัวหน้าเจ้าหน้าที่ฝ่ายสื่อสารของมูลนิธิคลินตัน อธิบายว่า “เป็นการเข้าใจผิดที่จะบอกว่าคนที่อาจสนใจสนับสนุนกิจกรรมทางการเมืองจะไม่สนับสนุนงานการกุศลด้วย” ^{[ 10 ]}

การสอบสวน ของ Washington Postในเวลาต่อมาเกี่ยวกับการบริจาคของรัฐบาลต่างประเทศให้กับมูลนิธิคลินตันในช่วงที่รัฐมนตรีดำรงตำแหน่ง พบว่า นอกเหนือจากหกกรณีที่รัฐบาลเหล่านั้นยังคงบริจาคในระดับเดียวกับที่เคยทำก่อนที่คลินตันจะดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีตามที่ระบุไว้ในข้อตกลงแล้ว ยังมีกรณีการบริจาคใหม่หนึ่งกรณี คือ 500,000 ดอลลาร์จากแอลจีเรียเพื่อบรรเทาภัยพิบัติแผ่นดินไหวในเฮติ ซึ่งอยู่นอกเหนือขอบเขตของข้อกำหนดการต่อเนื่องและควรได้รับการตรวจสอบด้านจริยธรรมเป็นพิเศษ แต่ไม่ได้รับการตรวจสอบ^{[ 101 ]}เจ้าหน้าที่ของมูลนิธิกล่าวว่า หากอดีตรัฐมนตรีตัดสินใจลงสมัครรับเลือกตั้งประธานาธิบดีในปี 2016 พวกเขาจะพิจารณาขั้นตอนที่จะดำเนินการเกี่ยวกับการบริจาคจากต่างประเทศอีกครั้ง^{[ 101 ]}แต่โดยทั่วไปแล้ว พวกเขาย้ำว่า "เช่นเดียวกับองค์กรการกุศลระดับโลกอื่นๆ เราพึ่งพาการสนับสนุนจากบุคคล องค์กร บริษัท และรัฐบาลที่มีเป้าหมายร่วมกันในการแก้ไขปัญหาความท้าทายระดับโลกที่สำคัญอย่างมีนัยสำคัญ เมื่อใดก็ตามที่มีคนบริจาคให้กับมูลนิธิคลินตัน เงินบริจาคนั้นจะนำไปใช้ในโครงการของมูลนิธิที่ช่วยชีวิตผู้คน" ^{[ 101 ]}เจน พซากีโฆษกกระทรวงการต่างประเทศยืนยันว่าความมุ่งมั่นของมูลนิธิที่มีต่อข้อตกลงด้านจริยธรรมดังกล่าว "นั้นเกินกว่าตัวบทกฎหมาย" ^{[ 102 ]}ในเดือนสิงหาคม 2016 หลังจากที่คลินตันได้รับการเสนอชื่อเป็นตัวแทนพรรคเดโมแครต มูลนิธิคลินตันได้ประกาศว่าจะหยุดรับเงินบริจาคจากต่างประเทศหากเธอได้รับเลือกตั้ง^{[ 103 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2558 สำนักข่าวรอยเตอร์รายงานว่าโครงการริเริ่มการเข้าถึงสุขภาพของคลินตัน (Clinton Health Access Initiative)ล้มเหลวในการเผยแพร่รายชื่อผู้บริจาคทั้งหมด และไม่ยอมให้กระทรวงการต่างประเทศตรวจสอบเงินบริจาคทั้งหมดจากรัฐบาลต่างประเทศ หลังจากที่โครงการนี้แยกตัวออกมาจากมูลนิธิคลินตันในปี พ.ศ. 2553 ^{[ 104 ]}ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2558 หนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์รายงานว่า เมื่อฮิลลารี คลินตันดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ กระทรวงการต่างประเทศได้อนุมัติธุรกรรมที่อนุญาตให้บริษัทRosatom ซึ่งเป็นบริษัทของรัฐบาล รัสเซียเข้าถือหุ้นส่วนใหญ่ในUranium Oneซึ่งประธานบริษัทได้บริจาคเงินให้กับมูลนิธิคลินตัน^{[ 105 ]}กระทรวงการต่างประเทศ "เป็นหนึ่งในเก้าหน่วยงานของรัฐบาล ไม่นับรวมหน่วยงานกำกับดูแลนิวเคลียร์ของรัฐบาลกลางและรัฐอิสระ ที่ต้องลงนามอนุมัติข้อตกลงนี้" ^{[ 106 ]} FactCheck.orgระบุว่า "ไม่มีหลักฐาน" ว่าการบริจาคมีอิทธิพลต่อการกระทำอย่างเป็นทางการของคลินตัน หรือว่าเธอมีส่วนเกี่ยวข้องในการตัดสินใจของกระทรวงการต่างประเทศในการอนุมัติข้อตกลง^{[ 107 ]}และPolitiFactสรุปว่า "ข้อเสนอแนะใด ๆ เกี่ยวกับการแลกเปลี่ยนผลประโยชน์นั้นไม่มีหลักฐานสนับสนุน" ^{[ 106 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2559 หนังสือพิมพ์ The Washington Postรายงานว่ากระทรวงการต่างประเทศของสหรัฐอเมริกาได้ออกหมายเรียกไปยังมูลนิธิดังกล่าวในฤดูใบไม้ร่วง พ.ศ. 2558 ตามรายงาน หมายเรียกดังกล่าวมุ่งเน้นไปที่ "เอกสารเกี่ยวกับโครงการการกุศลที่อาจต้องได้รับการอนุมัติจากรัฐบาลกลางในช่วงที่ฮิลลารี คลินตันดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ" และ "ยังขอเอกสารที่เกี่ยวข้องกับฮูมา อับเบดินผู้ช่วยของคลินตันมายาวนาน ซึ่งในช่วงหกเดือนในปี พ.ศ. 2555 ทำงานพร้อมกันให้กับกระทรวงการต่างประเทศ มูลนิธิ สำนักงานส่วนตัวของคลินตัน และบริษัทที่ปรึกษาเอกชนที่มีความสัมพันธ์กับตระกูลคลินตัน" ^{[ 108 ]}

เงินบริจาครวมหลายสิบล้านดอลลาร์จากรัฐบาลออสเตรเลียและนิวซีแลนด์ที่ต่อเนื่องกันให้กับมูลนิธิคลินตันถูกวิพากษ์วิจารณ์จากหลายกลุ่ม รวมถึงสหภาพผู้เสียภาษีของนิวซีแลนด์^{[ 109 ]}เนื่องจากขาดความรับผิดชอบและมีผลประโยชน์ทับซ้อน^{[ 110 ] [ 111 ] [ 112 ]}เงินบริจาคบางส่วนบริจาคโดยตรงและบางส่วนบริจาคผ่านAUSAID ^{[ 113 ]}

ในปี 2549 อเล็กซานเดอร์ ดาวเนอร์รัฐมนตรีต่างประเทศในขณะนั้นและอดีตประธานาธิบดีคลินตัน ได้ร่วมกันลงนามในบันทึกความเข้าใจในเดือนกุมภาพันธ์ 2549 ซึ่งมอบเงินมากกว่า25 ล้าน ดอลลาร์ออสเตรเลียให้กับมูลนิธิคลินตันตลอดระยะเวลาสี่ปีสำหรับโครงการตรวจคัดกรองและรักษาด้วยยาสำหรับผู้ป่วยเอดส์ในเอเชีย ต่อมาเงินบริจาคดังกล่าวได้ถูกส่งผ่านองค์กรในเครือของมูลนิธิการกุศลที่รู้จักกันในชื่อ Clinton Health Access Initiative (CHAI) รัฐบาลออสเตรเลียได้ยุติการให้ทุนสนับสนุน CHAI ในปี 2559 ^{[ 114 ]}ในปี 2560 Specialist Health Service (SHS) ในรายงานที่ได้รับมอบหมายจาก DFAT ได้ระบุว่า "ก่อนหน้านี้ ดูเหมือนว่าจะมีการพึ่งพา Clinton Health Access Initiative (CHAI) มากเกินไปในการอำนวยความสะดวกในการเข้าถึงตลาด" ^{[ 115 ]}

ในปี 2011 รัฐบาลของ จูเลีย กิลลาร์ดแห่งออสเตรเลียได้ให้คำมั่นสัญญามูลค่า270 ล้าน ดอลลาร์ ออสเตรเลีย แก่Global Partnership for Education ^{[ 116 ]}ซึ่งในปี 2014 ได้เข้าร่วม Clinton Global Initiative ^{[ 117 ]}จูเลีย กิลลาร์ดได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกคณะกรรมการของ Global Partnership for Education ในปี 2014 หลังจากพ่ายแพ้ในการเลือกตั้งรัฐบาลกลางของออสเตรเลีย^{[ 118 ] [ 119 ]}

ตามข้อมูลของ DFAT ออสเตรเลียได้บริจาคเงิน 340.8ล้านดอลลาร์ออสเตรเลียให้กับความร่วมมือระดับโลกด้านการศึกษาระหว่างปี 2550 ถึง 2557 ^{[ 120 ]}ซึ่งรวมถึงเงินเติมทุน90 ล้าน ดอลลาร์ออสเตรเลีย ระหว่างปี 2561 ถึง 2563 ^{[ 121 ]}

จากอีเมลของโพเดสตาที่ ถูกแฮ็ก ดั๊ก แบนด์พนักงานของมูลนิธิคลินตัน กล่าวหาว่ามาร์ค เมซวินสกีสามีของเชลซี คลินตันมีส่วนเกี่ยวข้องกับผลประโยชน์ทับซ้อน แบนด์กล่าวว่าเมซวินสกีใช้มูลนิธิเพื่อระดมทุนสำหรับกองทุนเฮดจ์ฟันด์ของเขา^{[ 122 ]}แบนด์ยังกล่าวอีกว่าเขาสามารถระบุผลประโยชน์ทับซ้อนได้ถึง 500 รายการที่เกี่ยวข้องกับมูลนิธิ และบางรายการที่เกี่ยวข้องกับบิล คลินตัน^{[ 123 ]}

บิล คลินตัน ใช้พระราชบัญญัติอดีตประธานาธิบดีเพื่อเสริมเงินเดือนของผู้ช่วยที่มูลนิธิคลินตัน และยังใช้เงินทุนสำหรับอุปกรณ์ไอที คลินตันถอนเงิน 16 ล้านดอลลาร์โดยใช้พระราชบัญญัติประธานาธิบดี ซึ่งมากกว่าที่ประธานาธิบดีที่ยังมีชีวิตอยู่คนใดเคยถอน^{[ 124 ]}

ในปี 2011 Raj Fernandoซึ่งบริจาคเงินระหว่าง 100,000 ถึง 250,000 ดอลลาร์ให้กับมูลนิธิคลินตัน ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งในคณะกรรมการที่ปรึกษาด้านความมั่นคงระหว่างประเทศภายในกระทรวงการต่างประเทศแม้ว่าจะไม่มีคุณสมบัติก็ตาม การแต่งตั้ง Fernando เกิดขึ้นตามคำขอของCheryl Mills ผู้ช่วยของคลินตัน และHillary Clinton Fernando ลาออกจากตำแหน่งไม่นานหลังจากที่ ABCสอบถามเรื่องนี้^{[ 125 ]}

ในปี 2552 ดั๊ก แบนด์ ผู้ช่วยของมูลนิธิ ได้ส่งอีเมล ถึง ฮูมา อับดินเพื่อขอพบกับฮิลลารี คลินตัน สำหรับซัลมาน บิน ฮาหมัด อัล คาลิฟาผู้ซึ่งบริจาคเงิน 32 ล้านดอลลาร์สหรัฐให้กับมูลนิธิคลินตัน^{[ 126 ] [ 127 ]}สองวันต่อมา การประชุมก็ถูกจัดขึ้น^{[ 128 ]}