หน่วยสร้างโคโลนี
ในจุลชีววิทยาหน่วยสร้างโคโลนี ( CFU, cfu หรือ Cfu ) คือหน่วยที่ใช้ประมาณจำนวนเซลล์จุลินทรีย์ ( แบคทีเรียเชื้อราไวรัสฯลฯ ) ในตัวอย่างที่มีชีวิตและสามารถเพิ่มจำนวนได้โดยการแบ่งตัวแบบไบแนรีฟิชชัน ภายใต้สภาวะควบคุม การหาค่าหน่วยสร้างโคโลนีต้อง อาศัยการเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์และนับเฉพาะเซลล์ที่มีชีวิตเท่านั้น ซึ่งแตกต่างจากการตรวจสอบด้วยกล้องจุลทรรศน์ที่นับเซลล์ทั้งหมด ไม่ว่าจะเป็นเซลล์ที่มีชีวิตหรือเซลล์ที่ตายแล้ว การปรากฏของโคโลนีในวัฒนธรรมเซลล์ต้องมีการเจริญเติบโตอย่างมาก และเมื่อนับโคโลนีก็ไม่แน่ใจว่าโคโลนีนั้นเกิดจากเซลล์เดียวหรือกลุ่มเซลล์ การแสดงผลลัพธ์เป็นหน่วยสร้างโคโลนีจึงสะท้อนถึงความไม่แน่นอนนี้
ทฤษฎี
วัตถุประสงค์ของการนับโคโลนีบนจานเพาะเชื้อคือการประมาณจำนวนเซลล์ที่มีอยู่โดยอาศัยความสามารถในการสร้างโคโลนีภายใต้สภาวะเฉพาะของอุณหภูมิ เวลา และสารอาหารในอาหารเลี้ยงเชื้อ ตามทฤษฎีแล้ว เซลล์ที่มีชีวิตหนึ่งเซลล์สามารถสร้างโคโลนีได้หนึ่งโคโลนีผ่านการจำลองแบบ อย่างไรก็ตาม เซลล์เดี่ยวเป็นข้อยกเว้นในธรรมชาติ และในกรณีส่วนใหญ่ ต้นกำเนิดของโคโลนีคือกลุ่มเซลล์ที่รวมตัวกัน[ 1 ] [ 2 ]นอกจากนี้ แบคทีเรียหลายชนิดเจริญเติบโตเป็นสาย (เช่นStreptococcus ) หรือเป็นกลุ่ม (เช่นStaphylococcus ) การประมาณจำนวนจุลินทรีย์โดย CFU ในกรณีส่วนใหญ่จะนับจำนวนเซลล์ที่มีชีวิตในตัวอย่างต่ำกว่าความเป็นจริงด้วยเหตุผลเหล่านี้[ 3 ]
โดยทั่วไป จะมีการเจือจางตัวอย่างแบบอนุกรมสิบเท่าเพื่อนำไปเพาะลงบนจานเพาะเชื้อ เพื่อให้แน่ใจว่าจะได้จำนวนโคโลนีที่นับได้[ 4 ] [ 5 ]ปริมาตรในการเพาะเชื้อโดยทั่วไปอยู่ระหว่าง 100 μL ถึง 1 mL [ 5 ]นับจำนวนโคโลนีบนจานเพาะเชื้อ จากนั้นคำนวณ CFU/g (หรือ CFU/mL) ของตัวอย่างดั้งเดิมโดยอิงจากปริมาตรที่เพาะและปัจจัยการเจือจาง

ข้อดีของวิธีนี้คือจุลินทรีย์ต่างชนิดกันอาจก่อให้เกิดโคโลนีที่มีลักษณะแตกต่างกันอย่างชัดเจน ทั้งในระดับจุลภาคและมหภาคลักษณะรูปร่างของโคโลนีสามารถเป็นประโยชน์อย่างมากในการระบุจุลินทรีย์ที่มีอยู่[ 6 ]
ความเข้าใจเบื้องต้นเกี่ยวกับกายวิภาคของจุลินทรีย์ในระดับจุลภาคจะช่วยให้เข้าใจความสัมพันธ์ระหว่าง CFU/mL ที่สังเกตได้กับจำนวนเซลล์ที่มีชีวิตต่อมิลลิลิตรได้ดียิ่งขึ้น หรืออีกทางหนึ่ง อาจลดจำนวนเซลล์เฉลี่ยต่อ CFU ในบางกรณีได้โดยการเขย่าตัวอย่างก่อนทำการเจือจาง อย่างไรก็ตาม จุลินทรีย์หลายชนิดมีความบอบบางและจะสูญเสียสัดส่วนของเซลล์ที่มีชีวิตเมื่อนำไปเขย่า[ 7 ]
สัญกรณ์ลอการิทึม
ความเข้มข้นของหน่วยก่อโคโลนีสามารถแสดงได้โดยใช้สัญกรณ์ลอการิทึม โดยค่าที่แสดงคือลอการิทึมฐาน 10ของความเข้มข้น[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]วิธีนี้ทำให้สามารถ คำนวณ การลดลงของลอการิทึมของกระบวนการกำจัดสิ่งปนเปื้อนได้โดยการลบอย่างง่าย
การใช้งาน
หน่วยการสร้างโคโลนี (Colony-forming units) ถูกนำมาใช้ในการวัดปริมาณผลลัพธ์ในวิธีการเพาะเลี้ยงและนับจุลินทรีย์หลายวิธี รวมถึง:
- วิธีการเพาะเชื้อแบบเทลงในจานเพาะเชื้อ โดยนำตัวอย่างมาแขวนไว้ในจานเพาะเชื้อโดยใช้วุ้นเหลวที่เย็นตัวลงจนถึงอุณหภูมิประมาณ 40–45 °C (เหนือจุดแข็งตัวเล็กน้อยเพื่อลดการตายของเซลล์ที่เกิดจากความร้อน) หลังจากวุ้นอาหารแข็งตัวแล้วจึงนำจานไปบ่ม[ 11 ]
- วิธีการเพาะเชื้อแบบกระจาย โดยที่ตัวอย่าง (ในปริมาณเล็กน้อย) จะถูกกระจายไปทั่วพื้นผิวของจานเพาะเชื้อที่มีสารอาหาร และปล่อยให้แห้งก่อนนำไปบ่มเพื่อทำการนับ[ 11 ]
- วิธีการกรองเมมเบรนซึ่งตัวอย่างจะถูกกรองผ่านเมมเบรน จากนั้นวางตัวกรองลงบนพื้นผิวของจานวุ้นอาหาร ในระหว่างการบ่ม สารอาหารจะซึมผ่านตัวกรองขึ้นไปเพื่อสนับสนุนเซลล์ที่กำลังเติบโต เนื่องจากพื้นที่ผิวของตัวกรองส่วนใหญ่น้อยกว่าจานเพาะเชื้อมาตรฐาน ช่วงเชิงเส้นของการนับจำนวนโคโลนีจึงน้อยลง[ 11 ]
- วิธีการของ Miles และ Misraหรือวิธีการหยดลงบนจานเพาะเชื้อ โดยหยดตัวอย่างปริมาณเล็กน้อย (โดยปกติประมาณ 10 ไมโครลิตร) จากแต่ละการเจือจางตามลำดับลงบนจานเพาะเชื้อ ต้องอ่านจานเพาะเชื้อในขณะที่โคโลนีมีขนาดเล็กมากเพื่อป้องกันการสูญเสีย CFU เนื่องจากโคโลนีเจริญเติบโตรวมกัน[ 12 ]
อย่างไรก็ตาม ด้วยเทคนิคที่ต้องใช้จานวุ้น ไม่สามารถใช้สารละลายเหลวได้ เนื่องจากไม่สามารถระบุความบริสุทธิ์ของตัวอย่างได้ และไม่สามารถนับเซลล์ทีละเซลล์ในของเหลวได้[ 13 ]
เครื่องมือสำหรับนับจำนวนโคโลนี

การนับโคโลนีแบบดั้งเดิมนั้นทำด้วยมือโดยใช้ปากกาและเครื่องนับแบบคลิก ซึ่งโดยทั่วไปแล้วเป็นงานที่ไม่ซับซ้อน แต่จะกลายเป็นงานที่ต้องใช้แรงงานมากและใช้เวลานานเมื่อต้องนับจานเพาะเชื้อจำนวนมาก ในทางกลับกัน สามารถใช้โซลูชันแบบกึ่งอัตโนมัติ (ซอฟต์แวร์) และอัตโนมัติ (ฮาร์ดแวร์ + ซอฟต์แวร์) ได้[ 14 ] [ 15 ] [ 16 ]
ซอฟต์แวร์สำหรับนับ CFU
สามารถนับจำนวนโคโลนีจากภาพถ่ายของจานเพาะเชื้อโดยใช้ซอฟต์แวร์ โดยทั่วไปแล้วผู้ทำการทดลองจะถ่ายภาพจานเพาะเชื้อแต่ละแผ่นที่ต้องการนับ แล้ววิเคราะห์ภาพทั้งหมด (ซึ่งสามารถทำได้ด้วยกล้องดิจิทัลธรรมดาหรือแม้แต่เว็บแคม) เนื่องจากการถ่ายภาพเพียงภาพเดียวใช้เวลาน้อยกว่า 10 วินาที ต่างจากการนับ CFU ด้วยตนเองที่ใช้เวลาหลายนาที วิธีนี้จึงช่วยประหยัดเวลาได้มาก นอกจากนี้ยังมีความเป็นกลางมากกว่าและช่วยให้สามารถแยกตัวแปรอื่นๆ เช่น ขนาดและสีของโคโลนีได้[ 16 ]
- OpenCFUเป็น โปรแกรม โอเพนซอร์สฟรีที่ออกแบบมาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพความเป็นมิตรต่อผู้ใช้ ความเร็ว และความทนทาน มีตัวกรองและการควบคุมที่หลากหลาย รวมถึงอินเทอร์เฟซผู้ใช้ที่ทันสมัย OpenCFU เขียนด้วยภาษาC++และใช้OpenCVสำหรับ การ วิเคราะห์ภาพ[ 17 ]
- NICEเป็นโปรแกรมที่เขียนด้วยMATLABซึ่งมีวิธีที่ง่ายในการนับโคโลนีจากภาพ[ 18 ]
- ImageJและ CellProfiler :มาโคร ImageJ บางตัว [ 19 ]และปลั๊กอิน และไปป์ไลน์ CellProfiler บางตัว [ 20 ]สามารถใช้ในการนับโคโลนีได้ ซึ่งมักจะต้องการให้ผู้ใช้เปลี่ยนแปลงโค้ดเพื่อให้ได้เวิร์กโฟลว์ที่มีประสิทธิภาพ แต่ก็สามารถพิสูจน์ได้ว่ามีประโยชน์และยืดหยุ่น ปัญหาหลักประการหนึ่งคือการไม่มี GUI เฉพาะ ซึ่งอาจทำให้การโต้ตอบกับอัลกอริธึมการประมวลผลยุ่งยาก
นอกจากซอฟต์แวร์ที่ใช้กับคอมพิวเตอร์เดสก์ท็อปแบบดั้งเดิมแล้ว ยังมีแอปสำหรับ อุปกรณ์ AndroidและiOSสำหรับการนับโคโลนีแบบกึ่งอัตโนมัติและอัตโนมัติ กล้องในตัวจะใช้ในการถ่ายภาพจานวุ้น และใช้อัลกอริทึมภายในหรือภายนอกในการประมวลผลข้อมูลภาพและประมาณจำนวนโคโลนี[ 21 ] [ 22 ] [ 23 ]
ระบบอัตโนมัติ
ระบบอัตโนมัติจำนวนมากถูกนำมาใช้เพื่อแก้ไขข้อผิดพลาดของมนุษย์เนื่องจากเทคนิคการวิจัยหลายอย่างที่มนุษย์ใช้ในการนับเซลล์แต่ละเซลล์มีโอกาสเกิดข้อผิดพลาดสูง เนื่องจากนักวิจัยมักจะนับเซลล์ด้วยตนเองโดยใช้แสงที่ส่องผ่าน เทคนิคที่มีโอกาสเกิดข้อผิดพลาดนี้อาจส่งผลกระทบอย่างมากต่อความเข้มข้นที่คำนวณได้ในตัวกลางของเหลวหลักเมื่อจำนวนเซลล์มีน้อย[ 24 ]

นอกจากนี้ ผู้ผลิตเทคโนโลยีชีวภาพบางรายยังมีระบบอัตโนมัติเต็มรูปแบบอีกด้วย[ 25 ] [ 26 ]โดยทั่วไปแล้วระบบเหล่านี้มีราคาแพงและไม่ยืดหยุ่นเท่าซอฟต์แวร์แบบสแตนด์อโลน เนื่องจากฮาร์ดแวร์และซอฟต์แวร์ได้รับการออกแบบให้ทำงานร่วมกันสำหรับการตั้งค่าเฉพาะ[ 18 ] หรืออีกทางหนึ่ง ระบบอัตโนมัติบางระบบใช้รูปแบบการวางแผ่นแบบเกลียว[ 27 ]
ระบบอัตโนมัติบางระบบ เช่น ระบบจาก MATLAB ช่วยให้สามารถนับเซลล์ได้โดยไม่ต้องย้อมสี ทำให้สามารถนำโคโลนีไปใช้ในการทดลองอื่นได้โดยไม่เสี่ยงต่อการฆ่าจุลินทรีย์ด้วยสีย้อม อย่างไรก็ตาม ข้อเสียของระบบอัตโนมัติเหล่านี้คือ การแยกแยะความแตกต่างระหว่างจุลินทรีย์กับฝุ่นหรือรอยขีดข่วนบนจานวุ้นเลือดทำได้ยากมาก เนื่องจากทั้งฝุ่นและรอยขีดข่วนสามารถสร้างรูปร่างและลักษณะที่หลากหลายได้[ 28 ]
หน่วยทางเลือก
แทนที่จะใช้หน่วยสร้างโคโลนี สามารถใช้พารามิเตอร์จำนวนที่น่าจะเป็นไปได้มากที่สุด (MPN) และหน่วยฟิชแมนที่ดัดแปลง (MFU) [ 29 ]ได้ วิธีการจำนวนที่น่าจะเป็นไปได้มากที่สุดจะนับเซลล์ที่มีชีวิตและมีประโยชน์เมื่อนับเซลล์ที่มีความเข้มข้นต่ำหรือนับจุลินทรีย์ในผลิตภัณฑ์ที่มีอนุภาคทำให้การนับบนจานเพาะเชื้อทำได้ยาก[ 30 ]หน่วยฟิชแมนที่ดัดแปลงจะคำนึงถึงแบคทีเรียที่มีชีวิตแต่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้
ดูเพิ่มเติม
อ่านเพิ่มเติม
- Fishman, William H.; Bernfeld, Peter (1955). [ 31 ]กลูคูโรนิเดสวิธีการทางเอนไซม์วิทยา เล่ม 1 หน้า262 –9 doi : 10.1016/0076-6879(55)01035-5 .