ด้วยเหตุนี้ ตำแหน่งผู้ช่วยบาทหลวงจึงสิ้นสุดลง หลักคำสอนของจอห์น คาลวินได้รับการปฏิบัติตามภายใต้การกำกับดูแลของสภาบาทหลวง ซึ่งประกอบด้วยสมาชิกและสภาสังฆราช พระเจ้าเจมส์ที่ 1 ทรงเข้าใจว่าการจัดระเบียบนี้ได้รับการอนุมัติอย่างเป็นทางการจากพระราชินีนาถเอลิซาเบธจึงทรงยืนยันการจัดระเบียบนี้ในปีแรกของการครองราชย์ อย่างไรก็ตาม ในไม่ช้าพระองค์ก็ทรงเสียพระทัยในพระราชกรณียกิจและทรงแต่งตั้งผู้ว่าการ เซอร์จอห์น เพย์ตันซึ่งได้รับมอบหมายหน้าที่อย่างชัดเจนในการผลักดันให้กลับคืนสู่ความเป็นเอกภาพกับคริสตจักรแห่งอังกฤษ

มาตรการของเพย์ตันก่อให้เกิดความโกรธแค้นและความไม่พอใจอย่างรุนแรง ส่งผลให้มีการยื่นอุทธรณ์ต่อราชสำนักอังกฤษอาร์ชบิชอปแอ็บบอตได้ออกคำสั่งในนามของพระมหากษัตริย์ให้ชาวเกาะกลับไปใช้พิธีกรรมทางศาสนาของอังกฤษและใช้หนังสือสวดมนต์ทั่วไป (Book of Common Prayer)ในโบสถ์ทุกแห่ง การกระทำที่ใช้อำนาจนี้ได้รับการต่อต้าน แต่หลังจากนั้นไม่นานก็ค่อยๆ ลดลง ในปีที่ 21 แห่งรัชสมัยของพระเจ้าเจมส์ ความคิดเห็นของชาวเกาะได้เปลี่ยนไป จนกระทั่งบันดิเนลและคณะสงฆ์อื่นๆ ได้ร่วมกันร่างคำร้องต่อพระมหากษัตริย์เพื่อขอให้พระองค์คืนตำแหน่งเจ้าอาวาสและอนุญาตให้ใช้พิธีกรรมทางศาสนาอีกครั้ง จากนั้นบันดิเนลก็ได้รับการแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส พร้อมคำสั่งให้ร่างข้อกำหนดทางศาสนาที่สอดคล้องกับระเบียบวินัยของคริสตจักรแห่งอังกฤษเพื่อเสนอต่อพระมหากษัตริย์ ซึ่งข้อกำหนดเหล่านี้ได้ถูกส่งไปยังคณะกรรมการที่ประกอบด้วยอาร์ชบิชอปแอ็บบอต ลอร์ดคีปเปอร์วิลเลียมส์ และแอนดรูว์สบิชอปแห่งวินเชสเตอร์ หลังจากมีการแก้ไขแล้ว ข้อกำหนดเหล่านี้ได้รับการยืนยัน และหมู่เกาะเหล่านี้อยู่ภายใต้เขตอำนาจของคณบดี โดยขึ้นตรงต่อบิชอปแห่งวินเชสเตอร์ ซึ่งประกาศให้หมู่เกาะเหล่านี้อยู่ในสังฆมณฑลของท่าน

เรื่องราวส่วนตัวที่น่าสนใจที่สุดของบันดิเนลอยู่ที่บทบาทของเขาในความขัดแย้งที่เกิดขึ้นบนเกาะในช่วงเวลาที่อังกฤษกำลังมีปัญหา การทะเลาะวิวาทกับตระกูลคาร์เทอเร็ต และจุดจบอันน่าเศร้าที่ตามมา เซอร์ฟิลิป เดอ คาร์เทอเร็ต ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ว่าการรองแห่งเจอร์ซีย์โดยพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1และถึงแม้จะเป็นโปรเตสแตนต์ที่เคร่งครัด แต่เขาก็เป็นผู้จงรักภักดีต่อ อังกฤษอย่างสุดโต่งเสมอ มา กล่าวกันว่าเขาเป็นคนที่มีความสามารถและซื่อสัตย์ แต่มีมารยาทที่เคร่งครัด และถูกศัตรูกล่าวหาว่าครอบครองตำแหน่งที่มีผลประโยชน์มากกว่าทั้งหมด เขาถูกกล่าวหาว่าพยายามแย่งชิงส่วนหนึ่งของภาษีสิบ ส่วนของดี น ซึ่งการกระทำนี้ทำให้บันดิเนลเกิดความไม่พอใจต่อผู้ว่าการรอง และความไม่พอใจนี้ก็ยิ่งทวีความรุนแรงขึ้นจากเหตุการณ์ในภายหลัง และคงอยู่ตลอดชีวิตของเขา

ในช่วงสงครามกลางเมืองอังกฤษบันดิเนลถือเป็นหัวหน้าพรรคฝ่ายรัฐสภาในเจอร์ซีย์ซึ่งว่ากันว่าเขาให้การสนับสนุนพรรคนี้เป็นหลักเพราะต่อต้านคาร์เทอเร็ต ผู้นำฝ่ายภักดี เมื่อทั้งสองฝ่ายขัดแย้งกัน บันดิเนลได้ระงับการส่งเสบียงทั้งหมดไปยังป้อมปราการเอลิซาเบธคาสเซิลและมงต์ออร์เกยล์ซึ่งเป็นที่คุมขังรองผู้ว่าการและภรรยา ความยากลำบากและความทรมานที่เขาต้องเผชิญทำให้คาร์เทอเร็ตเสียชีวิต และในช่วงสุดท้ายของชีวิต บันดิเนลได้แสดงความขมขื่นต่อความบาดหมางโดยการปฏิเสธที่จะให้ความสะดวกสบายทางจิตวิญญาณและวัตถุใดๆ แก่ผู้ที่กำลังจะตาย แม้กระทั่งไม่ให้ภรรยาของเขาเข้าใกล้จนถึงนาทีสุดท้าย

เมื่อคาร์เทอเร็ตเสียชีวิตในปี 1643 หลานชายของเขา เซอร์จอร์จ คาร์เทอเร็ตได้รับการแต่งตั้งจากกษัตริย์ให้เป็นผู้ว่าการแทน หลานชายผู้นี้ทนทุกข์ทรมานจากความไม่พอใจต่อการปฏิบัติที่ไม่เป็นธรรมต่อบิดาของเขาไม่ได้ และด้วยความจงรักภักดี เขาจึงจับกุมบันดิเนลและฌาคส์ บุตรชายของเขา ในข้อหากบฏ พวกเขาถูกคุมขังในปราสาทเอลิซาเบธ และต่อมาในมงต์ออร์เกยล์ ซึ่งหลังจากนั้นกว่าสิบสองเดือน พวกเขาวางแผนที่จะหลบหนี โดยใช้ผ้าปูที่นอนและวัสดุอื่นๆ ทำเป็นเชือก ในคืนวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 1645 พวกเขาพังลูกกรงห้องขังและค่อยๆ โรยตัวลงมาจากด้านข้างของห้องขัง บุตรชายสามารถไปถึงปลายเชือกได้ แต่เชือกนั้นสั้นเกินไป เขาจึงตกลงมาและได้รับบาดเจ็บสาหัส ส่วนน้ำหนักของหัวหน้าบาทหลวงนั้นมากจนทำให้เชือกขาด เขาตกลงมาจากที่สูงลงบนโขดหินด้านล่าง ซึ่งยามพบเขาหมดสติในเช้าวันรุ่งขึ้น เขาเสียชีวิตในวันถัดมา ลูกชายของเขาหนีรอดไปได้ แต่ถูกจับตัวได้อีกครั้งและถูกคุมขังในคุก ซึ่งเขาเสียชีวิตในคุก^{[ 6 ]}ดีน บันดิเนลเป็นหนึ่งในอธิการของเกาะ อย่างไรก็ตาม เขาได้รับค่าตอบแทนเพียงเล็กน้อยจากตำแหน่งนี้