ในฐานะส่วนหนึ่งของโครงการทั่วไปในการรวมอำนาจของดินแดนต่ำของสเปน ในปี ค.ศ. 1560–1562 พระเจ้าฟิลิปที่ 2 แห่งสเปนได้ก่อตั้งมหาวิทยาลัยในเมืองดูเอ ซึ่งในแง่หนึ่งถือเป็นมหาวิทยาลัยพี่น้องกับมหาวิทยาลัยเก่าแห่งลูเวนที่ก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1426 มหาวิทยาลัยดูเอได้รับการกล่าวถึงในงานวิจัยล่าสุดว่าเป็นสถาบันสำคัญในยุคนั้น มีลักษณะเป็นคาทอลิกอย่างชัดเจน โดยมี 5 คณะ ได้แก่ ศาสนศาสตร์ กฎหมายศาสนาและกฎหมายแพ่ง แพทยศาสตร์ และศิลปศาสตร์^{[ 1 ]}ในช่วงปีแรก ๆ มีอิทธิพลจากอังกฤษอย่างมาก โดยตำแหน่งสำคัญหลายตำแหน่งถูกดำรงโดยศาสตราจารย์ที่หนีมาจากมหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ด หลังจากที่โปรเตสแตนต์ขึ้นครองราชย์ในอังกฤษ นอกจากนี้ วิลเลียม อัลเลน จากแลงคาเชอ ร์ หลังจากได้รับใบอนุญาตในปี ค.ศ. 1560 ก็ได้ดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์ประจำสาขาศาสนศาสตร์

การก่อตั้งมหาวิทยาลัยนี้เกิดขึ้นพร้อมกับการมีชาวคาทอลิกอังกฤษจำนวนมากอาศัยอยู่ในเมืองดูเอ ภายหลังการขึ้นครองราชย์ของสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 1และการฟื้นฟูศาสนาโปรเตสแตนต์ในอังกฤษ ซึ่งรวมถึงอธิการบดีคนแรกของมหาวิทยาลัยริชาร์ด สมิธผู้ซึ่งศึกษาที่มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ด และด้วยเหตุนี้จึงทำให้มหาวิทยาลัยแห่งใหม่นี้ได้รับอิทธิพลจากออกซ์ฟอร์ด^{[ 1 ]}

วิลเลียม อัลเลนเป็นคนแรกที่มีแนวคิดเรื่องโรงเรียนสอนศาสนาสำหรับนักบวชคาทอลิกชาวอังกฤษ โดยมีการศึกษาที่เชื่อมโยงกับมหาวิทยาลัย เขาได้แนวคิดนี้มาจากการสนทนากับฌอง เวนเดอวิลล์ ซึ่งในขณะ นั้นดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์ด้านกฎหมายศาสนาประจำมหาวิทยาลัยดูเอและต่อมาเป็นบิชอปแห่งตูร์เน (อัลเลนและเวนเดอวิลล์เดินทางไปแสวงบุญที่โรมด้วยกันในฤดูใบไม้ร่วงปี 1567) การก่อตั้งเริ่มเป็นรูปเป็นร่างขึ้นเมื่ออัลเลนเช่าบ้านหลังหนึ่งที่ดูเอในวันมิคาเอลมาสปี 1568 โดยมีนักเรียนเริ่มต้นหกคน^{[ 2 ]}วิทยาลัยที่คล้ายกันนี้ก็เกิดขึ้นที่ดูเอสำหรับ นักบวชคาทอลิก ชาวสกอตและชาวไอริชรวมถึงบ้านของคณะเบเนดิกติน คณะฟรานซิสกัน และคณะเยสุอิตด้วย^{[ 1 ]}

จุดมุ่งหมายของอัลเลนและวิทยาลัยแห่งนี้คือการรวบรวมชาวอังกฤษคาทอลิกจำนวนมากที่ลี้ภัยอยู่ในประเทศต่างๆ ทั่วทวีปยุโรป และจัดหาสถานที่สำหรับการศึกษาต่อ (ซึ่งเปรียบเสมือนมหาวิทยาลัยคาทอลิกแห่งออกซ์ฟอร์ดในต่างแดน) เพื่อผลิตบุคลากรทางศาสนาคาทอลิกชาวอังกฤษที่มีการศึกษาพร้อมสำหรับการกลับมานับถือศาสนาคาทอลิกของอังกฤษอีกครั้ง (ซึ่งอัลเลนคาดหวังไว้ในอนาคตอันใกล้) ในขณะเดียวกัน วิทยาลัยแห่งนี้เป็นโรงเรียนเตรียมบวชแห่งแรกตามคำสั่งของสภาเทรนต์จึงได้รับการอนุมัติจากพระสันตะปาปาไม่นานหลังจากก่อตั้ง นอกจากนี้ยังได้รับการคุ้มครองจากกษัตริย์ฟิลิปที่ 2 แห่งสเปนซึ่งพระราชทานเงินสนับสนุนประจำปี 200 ดูแคต โรงเรียนเตรียมบวชหรือสถาบันการศึกษาอื่นๆในทวีปยุโรปสำหรับการฝึกอบรมพระสงฆ์จากและเพื่ออังกฤษและเวลส์ (ซึ่งโดยทั่วไปรู้จักกันในชื่อวิทยาลัยอังกฤษ ) ได้แก่ โรงเรียนในโรม (ตั้งแต่ปี 1579) บายาโดลิด (ตั้งแต่ปี 1589) เซบียา (ตั้งแต่ปี 1592) และลิสบอน (ตั้งแต่ปี 1628)

อย่างไรก็ตาม ในช่วงปีแรก ๆ วิทยาลัยของอัลเลนไม่มีรายได้ประจำ และต้องพึ่งพาเงินบริจาคจากเอกชนในอังกฤษและความเอื้อเฟื้อเผื่อแผ่ของเพื่อนในท้องถิ่นไม่กี่คน (โดยเฉพาะอย่างยิ่งอารามใกล้เคียงอย่างแซงต์-วาสต์ที่อาร์ราส แอนชิน และมาร์เชียนส์ ซึ่งตามคำแนะนำของเวนเดวิลล์ ได้บริจาคเงินสนับสนุนงานของวิทยาลัยเป็นครั้งคราว) อัลเลนยังคงศึกษาด้านศาสนศาสตร์ของตนเองต่อไป และหลังจากได้รับปริญญาเอกแล้ว ก็ได้ดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์ประจำมหาวิทยาลัย แม้ว่าเขาจะบริจาคเงินเดือนทั้งหมดให้กับวิทยาลัยเพื่อประคับประคองวิทยาลัยไว้ก็ตาม ไม่กี่ปีหลังจากก่อตั้ง อัลเลนได้ยื่นเรื่องขอเงินทุนสนับสนุนจากสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 13ในปี 1565 สมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีได้พระราชทานเงินบำนาญรายเดือนแก่วิทยาลัยเป็นจำนวน 100 มงกุฎทองคำ ซึ่งจ่ายเรื่อยมาจนถึงช่วงการปฏิวัติฝรั่งเศส

เพียงไม่กี่ปีหลังจากการก่อตั้ง บุคลิกและอิทธิพลของอัลเลนได้ดึงดูดนักเรียนมากกว่า 150 คนให้เข้าเรียนที่วิทยาลัย มีผลงานที่ก่อให้เกิดข้อถกเถียงมากมายออกมาจากดูเอ บางชิ้นเขียนโดยอัลเลนเอง บางชิ้นเขียนโดยบุคคลเช่นโทมัส สเตเปิลตันและริชาร์ด บริสโตว์ที่วิทยาลัยภาษาอังกฤษในดูเอแห่งนี้เองที่การแปลพระคัมภีร์เป็นภาษาอังกฤษซึ่งรู้จักกันในชื่อพระคัมภีร์ดูเอ-แร็งส์เสร็จสมบูรณ์ในปี 1609 อย่างไรก็ตาม วิทยาลัยก็เผชิญกับการต่อต้านจากมหาวิทยาลัยและเมือง โดยชาวอังกฤษทั้งหมดในดูเอถูกขับไล่ออกไปในปี 1578 และวิทยาลัยได้ย้ายไปตั้งฐานชั่วคราวที่แร็งส์ [ ^{3 ] อย่างไรก็ตาม}วิทยาลัยยังคงรักษาบ้านที่ดูเอไว้ และกลับมาที่นั่นในปี 1593 (แม้ว่าจะไม่มีอัลเลน ซึ่งถูกเรียกตัวไปพำนักที่โรม และเสียชีวิตในวันที่ 16 ตุลาคม 1594)

เมื่อการเปลี่ยนกลับมานับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกอย่างเปิดเผยในอังกฤษไม่เกิดขึ้นจริง (เนื่องจากบาทหลวงคาทอลิกของแมเรียนเสียชีวิต ถูกจำคุก หรือถูกเนรเทศ และบาทหลวงคาทอลิกที่ยังคงอยู่ในอังกฤษก็ทยอยเสียชีวิตหรือเปลี่ยนไปนับถือโปรเตสแตนต์) วิทยาลัยจึงเริ่มส่งบาทหลวงมิชชันนารีหรือ " บาทหลวงเซมินารี " เข้าไปในอังกฤษอย่างลับๆ เพื่อปฏิบัติศาสนกิจแก่ชาวคาทอลิกที่มีอยู่ และพยายามเปลี่ยนกลับมานับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก การปฏิบัติหน้าที่เป็นบาทหลวงคาทอลิกถือเป็นการกบฏต่อแผ่นดินอย่างร้ายแรงในขณะนั้น (มีโทษถึงประหารชีวิตด้วยการแขวนคอ ตัดศีรษะ และผ่าร่างเป็นสี่ส่วน) และจากบาทหลวงกว่า 300 คนที่ดูเอส่งเข้าไปในอังกฤษภายในสิ้นศตวรรษที่ 16 มีมากกว่า 130 คน (ส่วนใหญ่เป็นนักบวชฆราวาส ซึ่งรู้จักกันในชื่อผู้พลีชีพแห่งดูเอ ) ที่ทราบกันว่าถูกประหารชีวิต^{[ 4 ]}และอีกหลายคนถูกจำคุก และเกือบ 160 คนถูกเนรเทศกลับไปยังทวีปยุโรป ในปี 1577 คัทเบิร์ต เมย์น กลายเป็นคนแรกในกลุ่มนี้ที่ถูกสังหาร^{[ 3 ]}เมื่อกลับมาที่เมืองดูไอ วิทยาลัยได้รับสิทธิพิเศษในการร้องเพลงมิสซาขอบคุณอย่างเคร่งขรึมทุกครั้งที่มีข่าวการเสียชีวิตของบาทหลวงในเมืองดูไออีกรายมาถึง

ภายใต้ผู้สืบทอดตำแหน่งของอัลเลน คือริชาร์ด บาร์เร็ตต์งานของวิทยาลัยได้ขยายออกไปรวมถึงหลักสูตรเตรียมความพร้อมด้านมนุษยศาสตร์ ทำให้วิทยาลัยแห่งนี้กลายเป็นทั้งโรงเรียนและวิทยาลัย ในปี ค.ศ. 1603 ภายใต้การนำของโทมัส เวิร์ธธิงตันประธานคนที่สาม วิทยาลัยอย่างเป็นทางการได้ถูกสร้างขึ้นตรงข้ามกับโบสถ์ประจำตำบลเก่าของเซนต์ฌาคส์ ในถนนเดส์มอร์ทส์ ซึ่งได้ชื่อเช่นนั้นเนื่องจากมีสุสานอยู่ติดกัน ในเวลานั้นเมืองนี้ประกอบด้วยตำบลเดียว แต่ในศตวรรษที่ 18 ได้ถูกแบ่งออกเป็นสี่ตำบล และโบสถ์เซนต์ฌาคส์ในปัจจุบันก็สร้างขึ้นในเวลานั้น นักบุญอาเธอร์ เบลล์ผู้เป็นนักบวชฟรานซิสกัน ได้สอนภาษาฮีบรูที่เมืองดูเอในทศวรรษ ค.ศ. 1620

ในศตวรรษที่ 17 เกิดข้อพิพาทระหว่างบาทหลวงฆราวาสและบาทหลวงประจำอาราม คล้ายกับข้อพิพาทที่เกิดขึ้นในกิจการคาทอลิกของอังกฤษโดยทั่วไป แม้ว่าเวิร์ธิงตันจะเป็นบาทหลวงฆราวาส แต่เขาก็อยู่ภายใต้อิทธิพลของบาทหลวงเพอร์สันส์แห่งคณะเยสุอิตและเป็นเวลานานที่นักเรียนเข้าเรียนในโรงเรียนของคณะเยสุอิต และการชี้นำทางจิตวิญญาณทั้งหมดก็อยู่ในมือของคณะเยสุอิต อย่างไรก็ตาม การตรวจสอบวิทยาลัยพบข้อบกพร่องมากมายในการบริหาร และในที่สุดเวิร์ธิงตันก็ถูกแทนที่ในตำแหน่งอธิการบดีโดยแมทธิว เคลลิสัน (ค.ศ. 1631–1641) ซึ่งประสบความสำเร็จในการฟื้นฟูชื่อเสียงของวิทยาลัยและค่อยๆ จัดการให้การเรียนการสอนกลับมาดำเนินการโดยวิทยาลัยเองอีกครั้ง แทนที่จะเป็นคณะเยสุอิต

ในช่วงครึ่งหลังของศตวรรษที่ 17 และต้นศตวรรษที่ 18 วิทยาลัยภาษาอังกฤษประสบกับช่วงเวลาที่ยากลำบาก ในสมัยที่ดร. ไฮด์ (ค.ศ. 1646–1651) ดำรงตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยดูเอได้รับสิทธิ์ควบคุมบางประการเหนือวิทยาลัย แต่ไฮด์ก็สามารถต่อต้านสิทธิ์เหล่านั้นได้สำเร็จ ผู้สืบทอดตำแหน่งของเขาจอร์จ เลย์เบิร์น (ค.ศ. 1652–1670) เกิดความขัดแย้งกับกลุ่มนักบวชฆราวาสในอังกฤษที่รู้จักกันในชื่อ " Old Chapter " ซึ่งในขณะที่ไม่มีบิชอป ก็ได้ปกครองคริสตจักรคาทอลิกในอังกฤษ เลย์เบิร์นโจมตีโทมัส ไวท์ หรือที่รู้จักกันในนามแบล็คโลสมาชิกคนสำคัญของ "Old Chapter" และจัดการให้มหาวิทยาลัยดูเอ ประณามงานเขียนของเขา (ในขณะเดียวกัน ดูเอถูกฝรั่งเศสยึดครองในปี ค.ศ. 1677) อย่างไรก็ตาม ในที่สุด เลย์เบิร์นเองก็เห็นว่าจำเป็นต้องเกษียณอายุเพื่อให้หลานชายของเขาจอห์น เลย์เบิร์น ขึ้นดำรงตำแหน่งแทน ซึ่งต่อมาได้เป็นผู้แทนพระสันตะปาปาในอังกฤษ ข้อพิพาทกับ "แบล็กโลอิสต์" ยังไม่ทันจบดี ก็เกิดพายุลูกใหม่ที่มีเนื้อหาร้ายแรงยิ่งกว่าขึ้น โดยมีเอ็ดเวิร์ด ฮาวาร์เดน เป็นศูนย์กลาง ซึ่งดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์ด้านปรัชญาและต่อมาเป็นศาสตราจารย์ด้านเทววิทยาที่วิทยาลัยอังกฤษเป็นเวลาสิบเจ็ดปี ชื่อเสียงของเขาโด่งดังมาก จนกระทั่งเมื่อมีตำแหน่งว่างในปี 1702 เขาได้รับการขอร้องจากบิชอป สมาชิกหลักของมหาวิทยาลัย และผู้พิพากษาของเมืองให้รับตำแหน่งศาสตราจารย์ด้านเทววิทยาประจำราชสำนัก อย่างไรก็ตาม การสมัครของเขาถูกคัดค้านโดยกลุ่มที่นำโดยรองอธิการบดี คณะเยสุอิตก็ประกาศต่อต้านเขาเช่นกัน โดยกล่าวหาเขาและวิทยาลัยอังกฤษว่าเป็นพวกแจนเซนิสม์ในที่สุด ฮาวาร์เดนก็เกษียณจากดูเอและไปปฏิบัติภารกิจในอังกฤษ และการตรวจสอบวิทยาลัยตามคำสั่งของสำนักวาติกันส่งผลให้เขาพ้นจากข้อกล่าวหาโดยสิ้นเชิง^{[ 5 ]}

เมืองดูแอกลายเป็นสถานที่สำคัญยิ่งขึ้นสำหรับชาวอังกฤษคาทอลิก เมื่อความหวังของพวกเขาที่จะเห็นอังกฤษกลับคืนสู่ศาสนาคาทอลิกสิ้นสุดลงด้วยความพ่ายแพ้ของการก่อกบฏของจาโคไบต์ภายใต้การบริหารของโรเบิร์ต วิทแธม (1715–1738) วิทยาลัยภาษาอังกฤษที่ดูแอได้รับการสร้างขึ้นใหม่ในขนาดที่ใหญ่โต และได้รับการช่วยเหลือจากหนี้สินจำนวนมหาศาลที่วิทยาลัยต้องเผชิญหลังจากสูญเสียเงินบริจาคเกือบทั้งหมดไปในเหตุการณ์ " ฟองสบู่ทะเลใต้ " อันอื้อฉาว

เมืองดูแอได้รับผลกระทบน้อยกว่าเมืองอื่นๆ ในช่วงเริ่มต้นของการปฏิวัติฝรั่งเศสและในตอนแรกมหาวิทยาลัยและวิทยาลัยในเครือยังคงรักษาเอกลักษณ์ความเป็นคาทอลิกไว้ได้ แต่ในช่วงการปกครองแบบเผด็จการ (Reign of Terror ) เมืองดูแอก็ประสบชะตากรรมเดียวกันกับสถานศึกษาอื่นๆ ที่คล้ายคลึงกัน เมื่อคณะสงฆ์ทั้งหมดในเมืองถูกเรียกให้กล่าวคำปฏิญาณตนเพื่อความเป็นพลเมืองในปี 1791 สมาชิกของสถานศึกษาของอังกฤษอ้างสิทธิ์ในการได้รับการยกเว้นโดยอาศัยสัญชาติของตน คำขอได้รับการอนุญาตในระยะหนึ่ง แต่เมื่อพระเจ้าหลุยส์ที่ 16ถูกประหารชีวิตและอังกฤษประกาศสงคราม ผู้บริหารและนักศึกษาของสถานศึกษาของอังกฤษส่วนใหญ่ตระหนักว่าสิทธิคุ้มครองของพวกเขาสิ้นสุดลงแล้วและจึงหนีไปยังอังกฤษ

สมาชิกของวิทยาลัยอังกฤษ พร้อมด้วยประธานของพวกเขาจอห์น แดเนียลยังคงอยู่ด้วยความหวังที่จะรักษาวิทยาลัยไว้ อย่างไรก็ตาม ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1793 พวกเขาถูกนำตัวไปคุมขังที่Doullensใน Picardy พร้อมกับพระภิกษุแองโกล-เบเนดิกตินอีก 6 รูป ซึ่งยังคงอยู่เพื่อจุดประสงค์เดียวกัน และโทมัส สเตเปิลตัน (ประธานของSt Omer ) และนักเรียนของเขา หลังจากทนทุกข์ทรมานในคุก สมาชิกของวิทยาลัยอังกฤษได้รับอนุญาตให้กลับไปยัง Douai ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1794 และอีกไม่กี่เดือนต่อมา สเตเปิลตันก็สามารถขอปล่อยตัวและอนุญาตให้พวกเขากลับไปยังอังกฤษได้ แม้ว่าวิทยาลัยจะไม่เคยกลับไปที่ Douai อีกเลยก็ตาม^{[ 6 ]}ในอังกฤษ กฎหมายลงโทษเพิ่งถูกยกเลิก และพวกเขาก่อตั้งวิทยาลัยสองแห่งเพื่อดำเนินงานของวิทยาลัยต่อไป ที่Crook Hallเคาน์ตี Durham (ต่อมาย้ายไปที่Ushaw Collegeเคาน์ตี Durham) ทางตอนเหนือ และSt Edmund's College , Old Hall ที่Ware, Hertfordshireทางตอนใต้^{[ 3 ]}เงินบำนาญของโรมันถูกแบ่งเท่าๆ กันระหว่างคนทั้งสองนี้ จนกระทั่งฝรั่งเศสเข้ายึดครองกรุงโรมในปี ค.ศ. 1799 จึงหยุดจ่าย

หลังจากการอพยพนักเรียนชาวอังกฤษในปี 1793 อาคารที่เคยเป็นวิทยาลัยถูกดัดแปลงเป็นค่ายทหารและตั้งชื่อตามปิแอร์ ฟรองซัวส์ โจเซฟ ดูรุตต์ (1767–1827) วีรบุรุษสงครามชาวเมืองดูเอ ค่ายทหารแห่งนี้ยังคงใช้งานอยู่จนกระทั่งถูกรื้อถอนในปี 1926 การขุดค้นในภายหลังเผยให้เห็นโบราณวัตถุที่ถูกฝังอยู่ รวมถึงร่างของจอห์น เซาท์เวิร์ธ (1592–1654) ศิษย์เก่าผู้พลีชีพเพื่อศรัทธาของเขา

หลังจากการปฏิวัติโบนาปาร์ตได้รวมสถานประกอบการของอังกฤษทั้งหมดในฝรั่งเศสไว้ภายใต้ผู้บริหารคนเดียวคือจอห์น แบปติสต์ วอลช์ชาวไอริช อธิการบดีวิทยาลัยไอริชในปารีสเมื่อราชวงศ์บูร์บงกลับมาครองราชย์เงินจำนวนมากถูกจ่ายให้กับรัฐบาลอังกฤษเพื่อชดเชยผู้ที่ได้รับความเดือดร้อนจากการปฏิวัติ แม้ว่าเงินจำนวนนี้จะไม่ได้ตกถึงมือชาวคาทอลิกเลยก็ตาม มีการตัดสินว่าเนื่องจากวิทยาลัยคาทอลิกยังคงดำเนินกิจการอยู่ในฝรั่งเศสด้วยเหตุผลเดียวคือผิดกฎหมายในอังกฤษ จึงต้องถือว่าเป็นสถานประกอบการของฝรั่งเศส ไม่ใช่ของอังกฤษ แม้ว่าอาคารต่างๆ จะถูกคืนให้กับเจ้าของที่แท้จริงแล้วก็ตาม ประเพณีเก่าแก่ที่นักโบราณคดีโจเซฟ กิลโลว์ ถือว่าน่าเชื่อถือ ระบุว่าเงินทุนถูกนำไปใช้เพื่อตกแต่งพระราชวังของพระเจ้าจอร์จที่ 4ที่ไบรตัน ให้เสร็จสมบูรณ์ ^{[ 7 ]}

เมื่อมีการประกาศใช้กฎหมายแยกศาสนาออกจากรัฐในปี 1905 ทรัพย์สินทั้งหมดของคณะเบเนดิกตินชาวอังกฤษจึงถูกรัฐบาลฝรั่งเศสยึด คณะจึงเดินทางกลับอังกฤษ และก่อตั้งอารามและโรงเรียนขึ้นใหม่ที่วูลแฮมป์ตันในเบิร์กเชียร์ซึ่งอยู่ใกล้กับลอนดอน

ปัจจุบันอาคารของวิทยาลัยแห่งนี้เป็นที่ตั้งของสถาบันแซงต์-ฌอง เดอ ดูเอ (Institution Saint-Jean de Douai)ซึ่งเป็นโรงเรียนร่วมระหว่างภาครัฐและเอกชนสำหรับเด็ก