ในชีววิทยาโมเลกุลและพันธุศาสตร์คำว่าต้นน้ำ (upstream)และปลายน้ำ (downstream)ต่างก็หมายถึงตำแหน่งสัมพัทธ์ของรหัสพันธุกรรมในDNAหรือRNAแต่ละสายของ DNA หรือ RNA มีปลาย 5'และปลาย 3'ซึ่งตั้งชื่อตามตำแหน่งคาร์บอนบน วงแหวน ดีออกซีไรโบส (หรือไรโบส ) ตามธรรมเนียมต้นน้ำและปลายน้ำสัมพันธ์กับทิศทาง 5' ถึง 3' ตามลำดับ ซึ่งเป็นทิศทางที่การถอดรหัส RNA เกิดขึ้น^{[ 1 ]}ต้นน้ำอยู่ทางด้านปลาย 5' ของโมเลกุล RNA และปลายน้ำอยู่ทางด้านปลาย 3' เมื่อพิจารณา DNA สองสาย ต้นน้ำจะอยู่ทางด้านปลาย 5' ของสายรหัสสำหรับยีนที่เกี่ยวข้อง และปลายน้ำจะอยู่ทางด้านปลาย 3' เนื่องจากลักษณะแอนติพาราเลลของ DNA หมายความว่าปลาย 3' ของสายแม่แบบอยู่ต้นน้ำของยีน และปลาย 5' อยู่ปลายน้ำ

ยีนบางตัวบนโมเลกุล DNA เดียวกันอาจถูกถอดรหัสในทิศทางตรงกันข้าม ซึ่งหมายความว่าบริเวณต้นน้ำและปลายน้ำของโมเลกุลอาจเปลี่ยนแปลงไป ขึ้นอยู่กับว่าใช้ยีนใดเป็นตัวอ้างอิง

บางครั้ง คำว่าต้นน้ำ (upstream)และปลายน้ำ (downstream)ก็ถูกนำมาใช้กับลำดับของพอลิเปปไทด์ด้วย โดยที่ต้นน้ำหมายถึง บริเวณที่อยู่ทางด้านN-terminalและปลายน้ำหมายถึง หมู่กรด อะมิโนที่อยู่ทางด้าน C-terminalของจุดอ้างอิง

• ทิศทาง (ชีววิทยาโมเลกุล)
• ต้นน้ำและปลายน้ำ (การถ่ายทอดสัญญาณ)