การจำแนกโปรตีน ของไวรัส ว่าเป็นโปรตีนระยะต้นหรือโปรตีนระยะหลังนั้นขึ้นอยู่กับความสัมพันธ์ของโปรตีนเหล่านั้นกับการจำลองแบบจีโนม แม้ว่าไวรัสหลายชนิด (เช่นHIV )ไวรัสเหล่า นี้ถูกอธิบายว่าแสดงออกถึงโปรตีนระยะต้นและระยะปลายซึ่งคำจำกัดความนี้มักใช้กับไวรัสดีเอ็นเอ คลาส 1 เท่านั้น (ไวรัสเอชไอวีมี การแสดงออกของโปรตีนสองระยะแต่ไม่ได้เกิดจากกระบวนการถอดรหัสสองระยะที่เกี่ยวข้องกับการจำลองแบบ แต่เกิดจากการผลิตโปรตีน Revซึ่งจำเป็นสำหรับการส่งออกสารถอดรหัสของโปรตีนชุดที่สองที่ถอดรหัสจากนิวเคลียสของเซลล์ )

โปรตีนระยะแรกคือโปรตีนที่ผลิตขึ้นหลังจากการเข้าสู่เซลล์เจ้าบ้านแต่ก่อนการจำลองแบบ [ ^{1 ] การ} แสดงออกของยีนระยะแรกซึ่งโดยทั่วไปเข้ารหัสโปรตีนที่ไม่ใช่โครงสร้าง จะเริ่มต้นการจำลองแบบของจีโนมและการแสดงออกของยีนระยะหลัง

ในไวรัสบางชนิดที่มีโครงสร้างไม่ซับซ้อน รูปแบบการแสดงออกนี้จะชัดเจน ในขณะที่ในไวรัสที่มีจีโนมซับซ้อนกว่า เช่น ไวรัสกลุ่มเฮอร์พีสไวรัสช่วงเวลาการแสดงออกเหล่านี้จะทับซ้อนกัน

ตัวอย่างหนึ่งของการแสดงออกของยีนในช่วงต้นคือการแสดงออกของแอนติเจน T ขนาดเล็ก กลาง และใหญ่ที่เข้ารหัสโดยโพลีโอไวรัสแอนติเจน T ขนาดกลางไม่จำเป็นสำหรับการจำลองแบบ และทำหน้าที่เพิ่มการถอดรหัสโดยการจับกับโปรตีนของโฮสต์ซึ่งมีปฏิสัมพันธ์กับโปรโมเตอร์ช่วงปลาย ในทางกลับกัน แอนติเจน T ขนาดใหญ่มีความจำเป็นและทำหน้าที่เริ่มต้นการจำลองแบบโดยตรง มันจับกับต้นกำเนิดการจำลองแบบของไวรัสและดึงดูดเอนไซม์DNA polymerase และ โปรตีนจับ DNAแบบ s/s จนกระทั่งเมื่อความเข้มข้นของมันมากพอ มันจะปิดกั้นการถอดรหัสของยีนในช่วงต้นและเริ่มต้นการจำลองแบบของจีโนม นอกจากนี้ยังทำหน้าที่ทำให้เซลล์โฮสต์เข้าสู่ระยะ S ด้วย