ในปี ค.ศ. 1417 กองกำลังท้องถิ่นได้จัดตั้งจุดสังเกตการณ์ถาวรขึ้นที่ปลายคาบสมุทรซิเบอร์ราส^{[ 1 ]}ในปี ค.ศ. 1488 ชาวอารากอนได้สร้างหอสังเกตการณ์ขึ้นที่แหลมเซนต์เอลโม และอุทิศให้กับเอราสมุสแห่งฟอร์เมียหรือที่รู้จักกันดีในนามเซนต์เอลโม ในปี ค.ศ. 1533 คณะอัศวินแห่งเซนต์จอห์นได้เสริมความแข็งแกร่งให้กับหอคอยเนื่องจากทำเลที่ตั้งทางยุทธศาสตร์^{[ 2 ]}ในปี ค.ศ. 1551 เกิด การโจมตีของออตโตมันซึ่งกองเรือตุรกีแล่นเข้าสู่ท่าเรือมาร์ซัม เซตต์ โดยไม่มีการต่อต้าน ด้วยเหตุนี้ จึงมีการตัดสินใจว่าจำเป็นต้องขยายอาณาเขตครั้งใหญ่ และในปี ค.ศ. 1552 หอคอยถูกทำลายลงและเริ่มสร้างป้อมรูปดาว ใหม่ ป้อมนี้ได้รับการออกแบบโดยวิศวกรชาวสเปนชื่อปีเอโตร ปาร์โด ^{[ 3 ]}ป้อมนี้มีป้อมปราการย่อย ป้อมหลบภัย และป้อมย่อยอีกแห่งหนึ่งป้อมย่อยอีกแห่ง หนึ่ง ถูกสร้างขึ้นอย่างเร่งด่วนหลายเดือนก่อนการล้อมในปี ค.ศ. 1565 ^{[ 4 ]}

ในปี ค.ศ. 1565 ในการปิดล้อมมอลตาครั้งใหญ่ชาวออตโตมันได้บุกมอลตาอีกครั้งด้วยกำลังที่มากกว่าในปี ค.ศ. 1551 ป้อมเซนต์เอลโมเป็นสถานที่เกิดการต่อสู้ที่ดุเดือดที่สุดแห่งหนึ่งในการปิดล้อมครั้งนี้ และสามารถต้านทานการโจมตี อย่างหนัก จากปืนใหญ่ ของตุรกี ที่ประจำการอยู่บนภูเขาซิเบอร์ราสซึ่งมองเห็นป้อม และจากป้อมปืนที่แขนด้านเหนือของท่าเรือมาร์ซาเม็กซ์ ซึ่งปัจจุบันเป็นที่ตั้งของป้อมทิกเนกองกำลังรักษาการณ์เริ่มต้นของป้อมประกอบด้วยอัศวินประมาณ 150 นาย และทหาร 600 นาย ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวสเปนและทาสติดอาวุธบนเรือรบอีก 60 คน กองกำลังรักษาการณ์สามารถเสริมกำลังได้โดยทางเรือจากป้อมต่างๆ ฝั่งตรงข้ามของแกรนด์ฮาร์เบอร์ที่บีร์กูและเซงเกลีย^{[ 4 ​​]}

ระหว่างการระดมยิงป้อม ปืนใหญ่กระบอกหนึ่งเกิดขัดข้องและไปโดนยอดกำแพงป้อม ทำให้เศษกระสุนกระเด็นไปทั่วทุกทิศทาง เศษซากจากการกระแทกทำให้พลปืนเสียชีวิต และบาดเจ็บสาหัสแก่โจรสลัดและพลเรือเอกดรากุต แห่งออตโตมัน ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้บัญชาการที่เก่งที่สุดของออตโตมัน ป้อมสามารถต้านทานการปิดล้อมได้นาน 28 วัน ก่อนจะตกอยู่ภายใต้การยึดครองของตุรกีในวันที่ 23 มิถุนายน ค.ศ. 1565 ไม่มีอัศวินผู้ป้องกันป้อมคนใดรอดชีวิต และมีเพียงทหารมอลตา 9 นายเท่านั้นที่รอดชีวิตจากการว่ายน้ำข้ามไปยังป้อมเซนต์แองเจโลอีกฝั่งหนึ่งของอ่าวใหญ่ หลังจากป้อมเซนต์เอลโมถูกยึด การปิดล้อมที่ยาวนานทำให้มีเวลาเพียงพอสำหรับการเตรียมการของป้อมปราการอีกสองแห่งและการมาถึงของกำลังเสริมจากสเปน^{[ 4 ]}

หลังจากถูกล้อมเมือง แกรนด์มาสเตอร์ฌอง ปาริโซต์ เดอ วาเล็ตต์ตัดสินใจสร้างเมืองใหม่บนคาบสมุทร การก่อสร้างเริ่มต้นในปี 1566 และฟรานเชสโก ลาปาเรลลีถูกส่งมาโดยพระสันตะปาปาเพื่อออกแบบป้อมปราการ ป้อมแซงต์เอลโมที่พังทลายได้รับการสร้างขึ้นใหม่และรวมเข้ากับกำแพงเมือง

ป้อมได้รับการปรับปรุงแก้ไขหลายครั้งในศตวรรษที่ 17 ป้อมเวนโดมถูกสร้างขึ้นในปี 1614 และในปี 1687 ป้อมคาราฟา เอนเซนเตถูกสร้างขึ้นบนชายฝั่งที่ล้อมรอบป้อมทั้งหมด ในช่วงปลายศตวรรษที่ 17 ป้อมถูกเชื่อมต่อโดยตรงกับป้อมปราการ และส่วนหนึ่งของคูเมืองถูกถม ทำให้กำแพงเดิมบางส่วนถูกฝังอยู่ใต้ดิน^{[ 5 ]}ในศตวรรษที่ 18 มีการสร้าง โรงสี ใหม่ ในป้อมเวนโดม^{[ 1 ]}และมีการสร้างโกดังในบริเวณระหว่างป้อมหลักและป้อมคาราฟา เอนเซนเต โกดังเหล่านี้รู้จักกันในชื่อโกดังปินโต และโกดังเหล่านี้รวมถึงพื้นที่โดยรอบก่อให้เกิดสิ่งที่เรียกว่าเซนต์เอลโมตอนล่าง^{[ 6 ]}

ภาพวาดในศตวรรษที่ 18 depicting ผู้ว่าการอัศวินแห่งป้อมเซนต์เอลโม โดยมีป้อมและเมืองวัลเลตตาเป็นฉากหลัง

เมื่อวันที่ 8 กันยายน ค.ศ. 1775 ป้อมเซนต์เอลโมถูกยึดโดยนักบวชกบฏ 13 คน พร้อมกับเซนต์เจมส์ คาวาเลียร์ซึ่งต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อการกบฏของนักบวชธงของคณะสงฆ์ถูกลดลง และธงของนักบุญเปาโลถูกชักขึ้นแทน คณะสงฆ์สามารถยึดเซนต์เอลโมคืนได้ ดังนั้นพวกกบฏที่ควบคุมเซนต์เจมส์จึงยอมจำนนเช่นกัน ในที่สุดพวกกบฏก็ถูกนำตัวขึ้นศาล และสามคนถูกประหารชีวิต ในขณะที่คนอื่นๆ ถูกเนรเทศหรือจำคุก ศีรษะของชายสามคนที่ถูกประหารชีวิตถูกนำไปแสดงไว้ที่มุมของเซนต์เจมส์ คาวาเลียร์ แต่ถูกนำออกไปไม่นานหลังจากที่เอ็มมานูเอล เดอ โรฮาน-โพลดุกได้รับเลือกเป็นแกรนด์มาสเตอร์ในเดือนพฤศจิกายนของปีเดียวกัน^{[ 7 ]}

ป้อมแห่งนี้ได้รับการดัดแปลงอีกครั้งในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 โดยชาวอังกฤษ เมื่อมีการสร้างกำแพงสำหรับยิงปืนขึ้น ในปี 1855 โรงเก็บกระสุนที่ป้อมเวนโดมถูกดัดแปลงเป็นคลังอาวุธ และอาวุธขนาดเล็กบางส่วนจากคลัง อาวุธของ พระราชวังถูกย้ายมาที่นี่ ในช่วงทศวรรษ 1870 มีการดำเนินการเพิ่มเติมที่ป้อมอะเบอร์ครอมบี ในปี 1917 การผ่าตัดหัวใจครั้งแรกที่ทำกับทหารเกิดขึ้นที่เซนต์เอลโม^{[ 8 ]}ในช่วงระหว่างสงคราม มีการสร้างที่ตั้งปืนเพื่อรองรับปืน QF ขนาด 6 ปอนด์คู่ใหม่^{[ 1 ]}

ป้อมแห่งนี้เป็นสถานที่เกิดเหตุการณ์โจมตีทางอากาศครั้งแรกของมอลตาเมื่อวันที่ 11 มิถุนายน พ.ศ. 2483 ในบรรดาผู้คนที่อยู่ในป้อมระหว่างการโจมตีทางอากาศนั้น มีแพทย์ทหารชื่อĊensu Taboneซึ่งต่อมาได้เป็นประธานาธิบดีของมอลตา เขารอดชีวิตจากการโจมตีครั้งนั้น แต่มีอีก 6 คนเสียชีวิตในการโจมตีทางอากาศครั้งเดียวกัน^{[ 9 ]}

เมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม พ.ศ. 2484 ชาวอิตาลีได้เปิดฉากโจมตีท่าเรือแกรนด์ฮาร์เบอร์ทางทะเลด้วยตอร์ปิโดมนุษย์ 2 ลำ เรือ MAS 4 ลำและเรือ MT 6 ลำ กองกำลังดังกล่าวถูกตรวจพบตั้งแต่เนิ่นๆ โดยสถานีเรดาร์ของอังกฤษ และปืนใหญ่ชายฝั่งที่แซงต์เอลโมได้เปิดฉากยิงเมื่อชาวอิตาลีเข้าใกล้ในระยะประชิด ผู้โจมตี 15 คนเสียชีวิตและ 18 คนถูกจับกุม และตอร์ปิโดมนุษย์และเรือ MT ทั้งหมด รวมถึงเรือ MAS 2 ลำก็สูญหายไป เรือ MT ลำหนึ่งชนสะพานแซงต์เอลโมซึ่งเชื่อมต่อเขื่อนกันคลื่นกับปลายคาบสมุทรใกล้ป้อม และสะพานก็พังทลายลง สะพานไม่ได้รับการบูรณะ และจนกระทั่งปี พ.ศ. 2555 จึงมีการสร้างสะพานใหม่ขึ้นมาแทนที่ โดยมีดีไซน์ที่คล้ายคลึงกันแต่แตกต่างออกไป^{[ 10 ]}

บางส่วนของป้อมได้รับความเสียหายอย่างหนักในช่วงสงคราม และร่องรอยจากการทิ้งระเบิดบางส่วนยังคงมองเห็นได้จนถึงทุกวันนี้^{[ 11 ]}กองปืนใหญ่หลวงมอลตาได้ออกจากป้อมเมื่อวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2515 ซึ่งเป็นการสิ้นสุดประวัติศาสตร์ทางทหารอันยาวนานของป้อมแห่งนี้ ต่อมาบางส่วนของป้อมก็ถูกปล่อยทิ้งร้าง

กองทุนอนุรักษ์โบราณสถานโลกได้จัดให้ป้อมแห่งนี้อยู่ในรายชื่อเฝ้าระวัง 100 แห่งที่เสี่ยงต่อการถูกทำลายมากที่สุดในโลกประจำปี 2008 เนื่องจากสภาพทรุดโทรมอย่างมากอันเนื่องมาจากปัจจัยต่างๆ เช่น การขาดการบำรุงรักษาและการรักษาความปลอดภัย การเสื่อมสภาพตามธรรมชาติ และการสัมผัสกับสภาพอากาศ ตั้งแต่ปี 2009 ได้เริ่มงานบูรณะครั้งใหญ่^{[ 12 ]}และในปี 2014 การบูรณะอัปเปอร์เซนต์เอลโมและกำแพงคาราฟาเกือบเสร็จสมบูรณ์^{[ 13 ] [ 14 ]}งานบูรณะเสร็จสมบูรณ์ในปี 2015 ^{[ 15 ]}

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2518 ส่วนหนึ่งของป้อมเป็นที่ตั้งของพิพิธภัณฑ์สงครามแห่งชาติซึ่งจัดแสดงอุปกรณ์ทางทหารและสิ่งของอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับสงครามโลกครั้งที่ 1 และ 2 แบบจำลองของเหรียญจอร์จครอ ส ที่พระเจ้าจอร์จที่ 6 พระราชทานแก่ประเทศมอลตาในเดือนเมษายน พ.ศ. 2485 ก็จัดแสดงอยู่ในพิพิธภัณฑ์แห่งนี้ด้วย^{[ 16 ]}พิพิธภัณฑ์ปิดทำการในเดือนกันยายน พ.ศ. 2557 ^{[ 17 ]}และเปิดทำการอีกครั้งในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2558 โดยมีคอลเลกชันที่ใหญ่ขึ้น^{[ 18 ]}

ตั้งแต่กลางศตวรรษที่ 20 ป้อมเซนต์เอลโมยังเป็นที่ตั้งของโรงเรียนตำรวจของมอลตาอีกด้วย ส่วนอื่นๆ ของป้อมใช้สำหรับการจำลองเหตุการณ์ทางทหารIn GuardiaและAlarme ^{[ 19 ]}

ในระหว่างการบูรณะป้อม มีการขุดค้นทางโบราณคดีบางส่วน และพบองค์ประกอบต่างๆ ของป้อมดั้งเดิมก่อนปี ค.ศ. 1565 ซึ่งถือเป็นการค้นพบที่สำคัญ เนื่องจากป้อมดั้งเดิมเหลืออยู่เพียงเล็กน้อย ส่วนใหญ่เป็นเพราะลาปาเรลลีสร้างป้อมขึ้นใหม่ในปี ค.ศ. 1566 และมีการบูรณะซ่อมแซมอีกมากระหว่างศตวรรษที่ 17 ถึง 19 ^{[ 5 ]}

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2558 ป้อมแห่งนี้ถูกใช้เป็นศูนย์สื่อสำหรับการประชุมสุดยอดด้านการย้ายถิ่นฐานที่เมืองวัลเลตตา [ ^{20 ] นักข่าว}ต่างประเทศระบุว่าสถานที่แห่งนี้อาจเป็น "สถานที่ที่น่าทึ่งที่สุดเท่าที่เคยใช้จัดงานประชุมสุดยอดของสหภาพยุโรป" ^{[ 21 ]}