กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 3 นาที

ความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์

ในชีววิทยาเชิงโครงสร้างเช่นเดียวกับในวิทยาศาสตร์เกือบทั้งหมดที่สร้างข้อมูลสามมิติความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์ (FSC)วัด ค่า สัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ไขว้ แบบนอร์มาไล

ความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์

ในชีววิทยาเชิงโครงสร้างเช่นเดียวกับในวิทยาศาสตร์เกือบทั้งหมดที่สร้างข้อมูลสามมิติความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์ (FSC)วัด ค่า สัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ไขว้ แบบนอร์มาไล ซ์ระหว่างปริมาตรสามมิติสองปริมาตรเหนือเปลือกที่สอดคล้องกันใน ปริภูมิ ฟูริเยร์ (กล่าวคือ เป็นฟังก์ชันของความถี่เชิงพื้นที่[ 1 ] ) FSC เป็นส่วนขยายสามมิติของความสัมพันธ์วงแหวนฟูริเยร์สองมิติ (FRC) [ 2 ]หรือที่รู้จักกันในชื่อ: ฟังก์ชันสหสัมพันธ์ความถี่เชิงพื้นที่[ 3 ]

การคำนวณ

โดยที่เป็นแฟกเตอร์โครงสร้างเชิงซ้อนสำหรับปริมาตร 1, เป็นคอนจูเกตเชิงซ้อนของแฟกเตอร์โครงสร้างสำหรับปริมาตร 2 และเป็นองค์ประกอบโวเซลแต่ละตัวที่รัศมี[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] ในรูปแบบนี้ FSC จะรับชุดข้อมูลสามมิติสองชุดและแปลงเป็นอาร์เรย์หนึ่งมิติ

แอปพลิเคชัน

FSC มีต้นกำเนิดมาจากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอและค่อยๆ แพร่หลายไปยังสาขาอื่นๆ การวัด FSC ต้องใช้ปริมาตร 3 มิติสองปริมาตรที่กำหนดขึ้นอย่างอิสระ ในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอปริมาตรทั้งสองเป็นผลมาจากการสร้างภาพสามมิติสองครั้ง โดยแต่ละครั้งใช้ข้อมูลครึ่งหนึ่งของชุดข้อมูลที่มีอยู่ โดยทั่วไปจะใช้ครึ่งแบบสุ่ม แม้ว่าบางโปรแกรมอาจใช้ภาพอนุภาคคู่สำหรับครึ่งหนึ่งและอนุภาคคี่สำหรับอีกครึ่งหนึ่งของชุดข้อมูลก็ตาม บางสิ่งพิมพ์อ้างถึงค่าตัดความละเอียด FSC 0.5 ซึ่งหมายถึงเมื่อค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์เท่ากับ 0.5 [ 7 ] [ 8 ]อย่างไรก็ตาม การกำหนดเกณฑ์ความละเอียดยังคงเป็นประเด็นถกเถียง โดยบางคนโต้แย้งว่าเกณฑ์ค่าคงที่นั้นขึ้นอยู่กับสมมติฐานทางสถิติที่ไม่ถูกต้อง[ 6 ] [ 9 ]มีเกณฑ์อื่นๆ อีกมากมายที่ใช้เส้นโค้ง FSC รวมถึงเกณฑ์ 3-σ เกณฑ์ 5-σ และค่าตัด 0.143 เกณฑ์ครึ่งบิตบ่งชี้ว่าที่ความละเอียดใดที่เราได้รวบรวมข้อมูลเพียงพอที่จะตีความปริมาตร 3 มิติได้อย่างน่าเชื่อถือ และเกณฑ์ 3- ซิกมา (ที่ปรับปรุงแล้ว) บ่งชี้ว่า FSC ปรากฏขึ้นอย่างเป็นระบบเหนือความสัมพันธ์แบบสุ่มที่คาดหวังของสัญญาณรบกวนพื้นหลัง[ 6 ]ค่าตัด FSC 0.143 ได้รับการเสนอขึ้นส่วนหนึ่งเพื่อให้การวัดความละเอียดเทียบได้กับการวัดที่ใช้ในผลึกศาสตร์รังสีเอกซ์ [ 10 ] ปัจจุบัน ค่าตัด 0.143 เป็นเกณฑ์ที่ใช้กันทั่วไปมากที่สุดสำหรับความละเอียดของการสร้างภาพ cryo-EM ที่ดีกว่า ความละเอียด10 อังสตรอม[ 11 ]

ดูเพิ่มเติม

หมายเหตุ

  1. ^ฮาราอุซและแวนฮีล, 1986
  2. ^แวน ฮีล, 1982
  3. ^แซกซ์ตัน แอนด์ บาวไมสเตอร์, 1982
  4. ^ "FSC ของ Image Science: โปรแกรมคำนวณ Fourier Shell Correlation (FSC) ของปริมาตร 3 มิติสองปริมาตร" . fsc . Image Science . สืบค้นเมื่อ2009-04-09 .
  5. ^ "RF 3 - เฟสตกค้างและความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์" . SPIDER . ศูนย์ Wadsworth . สืบค้นเมื่อ2009-04-09 .
  6. a b cของ ฮีล แอนด์ แชตซ์, 2548
  7. ^บอตเชอร์และคณะ, 1997
  8. ^แฟรงก์, 2006, หน้า 250-251
  9. ^แวน ฮีล แอนด์ ชัตซ์, 2017
  10. ^โรเซนทาลและเฮนเดอร์สัน, 2003
  11. ^ "ฐานข้อมูลกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน" . www.ebi.ac.uk . สืบค้นเมื่อ2019-01-07 .
  • EMstatsแนวโน้มและการกระจายตัวของแผนที่ในฐานข้อมูล EM (EMDB) เช่น แนวโน้มความละเอียด
ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Fourier_shell_correlation&oldid=1334883218 "

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์

ในชีววิทยาเชิงโครงสร้างเช่นเดียวกับในวิทยาศาสตร์เกือบทั้งหมดที่สร้างข้อมูลสามมิติความสัมพันธ์ของเปลือกฟูริเยร์ (FSC)วัด ค่า สัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ไขว้ แบบนอร์มาไล

การคำนวณ

โดยที่เป็นแฟกเตอร์โครงสร้างเชิงซ้อนสำหรับปริมาตร 1, เป็นคอนจูเกตเชิงซ้อนของแฟกเตอร์โครงสร้างสำหรับปริมาตร 2 และเป็นองค์ประกอบโวเซลแต่ละตัวที่รัศมี[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] ใน รูปแบบนี้ FSC จะรับชุดข้อมูลสามมิติสองชุดและแปลงเป็นอาร์เรย์หนึ่งมิติ เอฟ 1 {\displaystyle...

แอปพลิเคชัน

FSC มีต้นกำเนิดมาจาก กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอ และค่อยๆ แพร่หลายไปยังสาขาอื่นๆ การวัด FSC ต้องใช้ปริมาตร 3 มิติสองปริมาตรที่กำหนดขึ้นอย่างอิสระ ใน กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอ ปริมาตรทั้งสองเป็นผลมาจากการสร้างภาพสามมิติสองครั้ง...

หมายเหตุ

^ ฮาราอุซและแวนฮีล, 1986 ^ แวน ฮีล, 1982 ^ แซกซ์ตัน แอนด์ บาวไมสเตอร์, 1982 ^ "FSC ของ Image Science: โปรแกรมคำนวณ Fourier Shell Correlation (FSC) ของปริมาตร 3 มิติสองปริมาตร" . fsc . Image Science . สืบค้นเมื่อ 2009-04-09 .