The Hanover Branch Railroad is associated with historic events during the Civil War. It carried the parties of PresidentAbraham Lincoln and Pennsylvania Governor Andrew Curtin from Hanover Junction to Gettysburg on November 18, 1863, where President Lincoln delivered the next day his Gettysburg Address at the dedication of the Gettysburg National Cemetery. The Northern Central Railway trains carried President Lincoln from Baltimore and Governor Curtin from Harrisburg, the two groups meeting at Hanover Junction and proceeding together on the Hanover Branch to Gettysburg.^[4]

After the Battle of Gettysburg in 1863, the Hanover Branch provided a route for transportation of wounded soldiers to distant hospitals and cities via Hanover Junction, since this was the only rail outlet available from Gettysburg to the outside world during the Civil War area.^[4] The Hanover Branch Railroad facilities at Hanover Junction included a hotel built by the railroad, which also housed the railroad's offices.^[4] During the Gettysburg campaign of the Civil War, Confederate cavalry disrupted the telegraph line and destroyed the railroad's facilities at Hanover Junction, except for the hotel.

On April 21, 1865, the nine-car funeral train of President Lincoln left the Baltimore & Ohio Railroad (B&O) station in Washington at 8:00 a.m., arriving at Baltimore's Camden Station at 10 a.m. on the B&O.^[5] After public viewing of the President's remains in Baltimore, the train departed on the Northern Central at 3 p.m. and passed Hanover Junction at 5:55 p.m., arriving in Harrisburg at 8:20 p.m., after a brief stop at York.^[4][6][7] The next morning, the train left Harrisburg for Philadelphia at 11:00 a.m. It continued on its trip to Springfield, Illinois, for the burial, via the cities of New York, Albany, Buffalo, Cleveland, Columbus, and Indianapolis.

ในปี ค.ศ. 1874 ทางรถไฟแฮโนเวอร์ แบรนช์ ได้ควบรวมกิจการกับทางรถไฟซัสเควฮันนา เกตตีสเบิร์ก แอนด์ โพโทแมค (ซึ่งเป็นผู้สืบทอดของทางรถไฟเกตตีสเบิร์ก) เพื่อก่อตั้งทางรถไฟแฮโนเวอร์ จังก์ชัน แฮโนเวอร์ แอนด์ เกตตีสเบิร์กบริษัทใหม่นี้ได้ขยายเส้นทางรถไฟจากเกตตีสเบิร์กไปทางตะวันตกถึงมาร์ชครีกในปี ค.ศ. 1884 และถึงออร์ทันนาในปี ค.ศ. 1885 ในปี ค.ศ. 1886 บริษัทได้ควบรวมกิจการกับทางรถไฟบัลติมอร์ แอนด์ แฮโนเวอร์เพื่อก่อตั้งทางรถไฟบัลติมอร์ แอนด์ แฮร์ริสเบิร์ก ทางรถไฟบัลติมอร์ แอนด์ แฮร์ริสเบิร์ก อยู่ภายใต้การควบคุมของทางรถไฟเวสเทิร์น แมริแลนด์ และทางรถไฟเวสเทิร์น แมริแลนด์ ได้ซื้อกิจการบริษัทนี้ในปี ค.ศ. 1917

ในช่วงทศวรรษ 1920 รถไฟ "ผสม" ของ Western Maryland จะวิ่งเข้ามายัง Hanover Junction จาก Hanover ในวันจันทร์ พุธ และศุกร์ เวลาประมาณเที่ยง เมื่อมาถึง หัวรถจักรจะอยู่ด้านหน้าขบวนรถ โดยจะถอยหลังเพื่อใช้แท่นหมุนที่ตั้งอยู่ทางด้านเหนือของสถานี จากนั้นสำหรับการเดินทางกลับไปยัง Hanover หัวรถจักรก็จะอยู่ด้านหน้าขบวนรถอีกครั้ง มุ่งหน้าไปยังจุดหมายปลายทาง รถไฟขบวนนี้สามารถบรรทุกผู้โดยสารไปยัง Junction เพื่อต่อรถไฟหมายเลข 8021 ไปยัง York เวลา 12:32 น. หรือรถไฟหมายเลข 500 ไปยัง Baltimore เวลา 13:28 น. รางรถไฟ Hanover Junction-Valley Junction ถูกรื้อถอนในช่วงปี 1928 – 1934 ^{[ 4 ]}