อิสกากาถูกผนวกเข้ากับจักรวรรดิออตโตมัน ในปี ค.ศ. 1517 พร้อมกับ ปาเลสไตน์ทั้งหมดและในปี ค.ศ. 1596 ปรากฏในทะเบียนภาษีภายใต้ชื่อสกากาโดยอยู่ในเขตย่อยจาบัล คูบัล ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของซันจักแห่งนาบลัสมีประชากร 37 ครัวเรือน ซึ่งทั้งหมดเป็นชาวมุสลิมพวกเขาจ่ายภาษีอัตราคงที่ 33.3% สำหรับผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร รวมถึงข้าวสาลี ข้าวบาร์เลย์ พืชฤดูร้อน ต้นมะกอก แพะ และรังผึ้ง นอกเหนือจากรายได้อื่นๆ เช่น เครื่องบีบน้ำมันมะกอกหรือน้ำเชื่อมองุ่น รวมเป็นเงิน 5,042 อักเช^{[ 8 ]}นอกจากนี้ยังพบเศษเครื่องปั้นดินเผาจากยุคต้นของจักรวรรดิออตโตมันที่นี่ด้วย^{[ 6 ]}

ในศตวรรษที่ 18 และ 19 หมู่บ้านนี้เป็นส่วนหนึ่งของภูมิภาคที่สูงซึ่งรู้จักกันในชื่อ Jūrat 'Amra หรือ Bilād Jammā'īn ตั้งอยู่ระหว่างDayr Ghassānaทางใต้และเส้นทางหมายเลข 5ในปัจจุบันทางเหนือ และระหว่างMajdal YābāทางตะวันตกและJammā'īn , MardāและKifl Ḥārisทางตะวันออก พื้นที่นี้ทำหน้าที่ ตามที่นักประวัติศาสตร์Roy Marom กล่าวไว้ ว่า "เป็นเขตกันชนระหว่างหน่วยทางการเมือง เศรษฐกิจ และสังคมของ ภูมิภาค เยรูซาเล็มและนาบลัสในระดับการเมือง พื้นที่นี้ประสบกับความไม่มั่นคงเนื่องจากการอพยพของ ชนเผ่า เบดูอินและการแข่งขันอย่างต่อเนื่องระหว่างตระกูลท้องถิ่นเพื่อสิทธิในการเก็บภาษีในนามของทางการออตโตมัน " ^{[ 9 ]}

ในปี พ.ศ. 2413 วิกเตอร์ เกอรินได้บันทึกไว้ว่าเป็นหมู่บ้านโบราณบนเนินเขาที่ปลูกต้นมะกอก^{[ 10 ]}

ในปี พ.ศ. 2313/2314 ( ค.ศ. 2481 ) สำมะโนประชากรของออตโตมันระบุว่าหมู่บ้านนี้มีประชากร 27 ครัวเรือนใน เขต ย่อย (nahiya ) ของ Jamma'in al-Awwal ซึ่งขึ้นตรงต่อเมือง Nablus ^{[ 11 ]}

ในปี พ.ศ. 2425 การสำรวจปาเลสไตน์ตะวันตกของPEFอธิบายอิสกาคาว่า: "หมู่บ้านเล็กๆ ที่มีหอคอยที่พังทลายและสุสานที่แกะสลักจากหิน ล้อมรอบด้วยต้นมะกอกและตั้งอยู่บนที่สูง แหล่งน้ำมาจากบ่อน้ำ " ^{[ 12 ]}

ในการสำรวจสำมะโนประชากรปาเลสไตน์ปี 1922ที่ดำเนินการโดยหน่วยงานภายใต้การปกครองของอังกฤษเซกากามีประชากรมุสลิม 127 คน^{[ 13 ]}เพิ่มขึ้นเป็น 186 คนในการสำรวจสำมะโนประชากรปี 1931ในบ้านที่ถูกยึดครอง 48 หลัง^{[ 14 ]}

จากสถิติในปี พ.ศ. 2488ประชากรมีชาวมุสลิม 260 คน^{[ 15 ]}ในขณะที่พื้นที่ทั้งหมดมี 5,311 ดูนัมตามการสำรวจที่ดินและประชากรอย่างเป็นทางการ^{[ 16 ]}ในจำนวนนี้ 1,309 ดูนัมถูกจัดสรรสำหรับไร่และที่ดินชลประทาน 1,624 ดูนัมสำหรับธัญพืช^{[ 17 ]}ในขณะที่ 12 ดูนัมถูกจัดเป็นพื้นที่ก่อสร้าง^{[ 18 ]}

หลังสงครามอาหรับ-อิสราเอลปี 1948และหลังข้อตกลงหยุดยิงปี 1949อิสกากาจึงตกอยู่ภายใต้ การปกครอง ของจอร์แดน

ในปี พ.ศ. 2504 ประชากรของอิสกากามีจำนวน 415 คน^{[ 19 ]}

นับตั้งแต่สงคราม六วันในปี 1967 อิสกาคาอยู่ภายใต้ การยึดครอง ของอิสราเอล

หลังข้อตกลงปี 1995ที่ดินของหมู่บ้าน 25% ถูกกำหนดให้เป็น ที่ดิน พื้นที่ Bในขณะที่อีก 75% ที่เหลือเป็น ที่ดิน พื้นที่ CตามรายงานของARIJชาวอิสราเอลได้ยึดที่ดิน 356 ดูนัมในอิสกาคา ซึ่งรวมถึงที่ดินสำหรับการตั้งถิ่นฐานของชาวอิสราเอลที่อาริเอล โนเฟอี เนเฮเมียและสำหรับ กำแพงกั้นเวส ต์แบงก์ของอิสราเอล^{[ 20 ]}

เมื่อวันที่ 14 พฤษภาคม 2021 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของวิกฤตการณ์อิสราเอล-ปาเลสไตน์ในปี 2021มี รายงานว่า ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวอิสราเอลได้สังหาร Awad Ahmed Harb วัย 23 ปี^{[ 21 ] [ 22 ]}