" แคนดิดาตัส โคราเคีย" ช่วงเวลา: ยุคนีโออาร์เคียน – ปัจจุบัน[ 1 ]
ภาพถ่ายจากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบสแกนของวัฒนธรรมการเพิ่มจำนวนเซลล์ในบ่อออบซิเดียน แสดงให้เห็นโคราเคีย (Korarchaeia)
การจำแนกทางวิทยาศาสตร์( แคนดิดาตัส )
โดเมน:	อาร์เคีย
อาณาจักร:	เทอร์โมโปรตีเอติ
ไฟลัม:	เทอร์โมโปรทีโอตา
ระดับ:	" Candidatus Korarchaeia" Rinke และคณะ 2564 [ 2 ]
คำสั่งซื้อ
โคราคีเอลส์ ปังกุยอาร์เคียลส์
คำพ้องความหมาย
ครีนาร์คีดา โคราเคีย โคราคีโอตา โปรตีโออาร์คีโอตา

" Candidatus Korarchaeia"เป็นคลาสของอาร์เคียภายใต้ไฟลัมThermoproteotaชื่อนี้มาจากคำนามภาษากรีกkorosหรือkoreซึ่งหมายถึง "ชายหนุ่ม" หรือ "หญิงสาว" และคำคุณศัพท์ภาษากรีกarchaiosซึ่งหมายถึง "โบราณ" ^{[ 3 ]}ก่อนหน้านี้ถูกกำหนดให้เป็นไฟลัม Korarchaeota และเป็นอาณาจักรที่มีชื่อต่างๆ เช่น Crenarchaeida หรือ Proteoarchaeota ^{[ 4 ]}

" Candidatus Korarchaeia" ได้รับการกำหนดให้เป็น Korarchaeota ในโดเมนArchaeaเชื่อกันว่าพวกมันแยกตัวออกมาค่อนข้างเร็วในช่วงกำเนิดของ Archaea และอยู่ในกลุ่มสายพันธุ์ที่แตกแขนงลึก^{[ 5 ]}พวกมันถูกจัดอยู่ในไฟลัม (และบางครั้งก็เป็นอาณาจักร^{[ 6 ]} ) Korarchaeota ร่วมกับ Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota ภายใต้อาณาจักรThermoproteatiความเชื่อมโยงทางวิวัฒนาการระหว่างPromethearchaeatiและ Thermoproteati ^{[ 7 ]}

สมาชิกแรกของ " Candidatus Korarchaeia" ที่มีการสร้างจีโนมขึ้นใหม่คือKorarchaeum cryptofilumซึ่งพบในบ่อน้ำพุร้อน Obsidian Pool ในอุทยานแห่งชาติเยลโลว์สโตนและได้รับการอธิบายในปี 2008 ^{[ 5 ] [ 8 ]}ตั้งแต่นั้นมา มีเพียงจีโนมของ Korarchaeal เพียงไม่กี่ตัวเท่านั้นที่ได้รับการอธิบาย^{[ 9 ]}เพื่อตรวจสอบ " Candidatus Korarchaeia" ได้มีการรวบรวมตัวอย่างจากบ่อน้ำพุร้อนหลายแห่งในไอซ์แลนด์และคัมชัตกา จากตัวอย่างและการวิเคราะห์ ตัวอย่างจากไอซ์แลนด์มี ลำดับ กรดนิวคลีอิกไรโบโซม 16S ที่แตกต่างกันประมาณ 87 ลำดับ ในขณะที่ตัวอย่างจากคัมชัตกามีประมาณ 33 ลำดับ^{[ 6 ]}

จากการวิเคราะห์ลำดับโปรตีนและการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการของยีนเดี่ยวที่อนุรักษ์ไว้ " Candidatus Korarchaeia" ถูกระบุว่าเป็น "สายพันธุ์อาร์เคียที่ลึก" ซึ่งอาจมีความสัมพันธ์กับ Crenarchaeota ยิ่งไปกว่านั้น เมื่อพิจารณาจากองค์ประกอบทางพันธุกรรมของอาร์เคียที่ทราบแล้ว " Candidatus Korarchaeia" อาจรักษาชุดลักษณะทางชีวภาพที่สอดคล้องกับรูปแบบอาร์เคียที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จัก^{[ 5 ]}

การวิเคราะห์ลำดับยีน 16S rRNA ของพวกมันชี้ให้เห็นว่าพวกมันเป็นสายพันธุ์ที่แตกแขนงออกไปลึก ซึ่งไม่ได้อยู่ในกลุ่มอาร์เคียหลักThermoproteota และ Euryarchaeota [ ^{10 ] การ} วิเคราะห์จีโนมของ " Candidatus Korarchaeia" หนึ่งตัวที่ได้รับการเพิ่มจำนวนจากวัฒนธรรมผสมเผยให้เห็นลักษณะคล้าย Crenarchaeota และ Euryarchaeota จำนวนมาก และสนับสนุนสมมติฐานเกี่ยวกับบรรพบุรุษที่แตกแขนงออกไปลึก^{[ 5 ]}

ในปี 2001 George M. Garrity และ John G. Holt ได้อธิบายไฟลัม Crenarchaeota ว่ารวมถึงคลาส Thermoprotei เพียงคลาสเดียว^{[ 11 ]}ด้วยจำนวนแท็กซาโปรคาริโอตที่เพิ่มขึ้น และการตั้งชื่อและการจัดประเภทที่ไม่สอดคล้องกัน จึงมีความจำเป็นต้องแก้ไขการจัดประเภทโดยรวมของอาร์เคีย ในปี 2014 นักอนุกรมวิธานชาวฝรั่งเศสที่นำโดย David Moreira ได้กำหนด "TACK" ซึ่งโดยทั่วไปถือว่าเป็นซูเปอร์ไฟลัม ให้เป็นอาณาจักรเดียวชื่อ Proteoarchaeota ^{[ 12 ]}อย่างไรก็ตาม การแก้ไขดังกล่าวไม่มีผลบังคับใช้ภายใต้กฎของคณะกรรมการระหว่างประเทศว่าด้วยระบบอนุกรมวิธานของโปรคาริโอต (ICSP) ^{[ 13 ]}ในปี 2021 ทีมของนักวิทยาศาสตร์ชาวออสเตรเลีย นำโดย Christian Rinke และ Philip Hugenholtz ได้ตีพิมพ์การจำแนกประเภทใหม่ของอาร์เคีย โดยหลักฐานทางพันธุกรรมของพวกเขาระบุว่าอาร์เคีย Thermoproteati อยู่ในไฟลัมThermoproteota ที่เป็นหนึ่งเดียว ซึ่งสามารถแบ่งออกเป็นคลาส " Candidatus Korarchaeia", Thermoprotei, Methanomethylicia (เดิมคือไฟลั ม Ca. Verstraetearchaeota), Bathyarchaeia และNitrososphaeria (เดิมคือไฟลัมCa. Thaumachaeota) ^{[ 2 ]}รายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LPSN) ซึ่งเป็นหน่วยงานที่ดูแลและจัดทำรายการอนุกรมวิธานของโปรคาริโอต ได้รับรองการจำแนกประเภท " Candidatus Korarchaeia" นี้ว่าเป็น "ชื่อที่ต้องการ" ในฐานะคลาส^{[ 14 ]}

ในปี 2022 ICSP ได้แก้ไขประมวลกฎการตั้งชื่อสากลของโปรคาริโอต (ICNP, Prokaryotic Code ) ^{[ 15 ]}หลังจากแก้ไขประมวลกฎดังกล่าว Markus Göker และ Aharon Oren (ผู้นำของ ICSP) ได้แก้ไข การจำแนก โดเมนและอาณาจักรในปี 2024 โดยกลุ่ม "TACK" ที่มีชื่อเรียกแบบดั้งเดิมได้ถูกเปลี่ยนชื่อเป็นอาณาจักร Thermoproteati ^{[ 4 ]}ด้วยวิธีนี้ การกำหนดชื่อเดิม เช่น ไฟลัม Korarchaeota หรืออาณาจักร Proteoarchaeota จึงเป็นโมฆะ^{[ 16 ]}

ระบบการจำแนกทางอนุกรมวิธานที่ได้รับการยอมรับในปัจจุบันนั้น อ้างอิงจากรายชื่อชื่อจุลินทรีย์โปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature หรือ LPSN) และศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (National Center for Biotechnology Informationหรือ NCBI)

รายชื่อต่อไปนี้คือสายพันธุ์ที่รู้จักของ " Candidatus Korarchaeia": ^{[ 20 ]}

• สั่งซื้อPanguiarchaeales Qu และคณะ 2023
  • วงศ์ Panguiarchaeaceae Qu et al. 2023
    • สกุลPanguiarchaeum Qu และคณะ 2023
      • ชนิดPanguiarchaeum symbiosum Qu et al. 2023
• สั่งซื้อKorarchaeales Petitjean และคณะ 2558 ^{[ 21 ]}
  • วงศ์ Korarchaeaceae Rinke et al. 2020
    • สกุล " Candidatus Korarchaeum " Elkins et al. 2551
      • สายพันธุ์ " Ca. Korarchaeum cryptofilum " Elkins et al. 2008 ^{[ 5 ]}
        • " Ca. Korarchaeum cryptofilum " OPF8 ^{[ 5 ]}
    • สกุล " Ca. Methanodesulfokores " corrig. McKay et al. 2019 ^{[ 22 ]}
      • สายพันธุ์ " Ca. Methanodesulfokores washburnensis " corrig. McKay et al. 2019 ^{[ 22 ]}
    • สกุล " Ca. Korarchaeota " ^{[ 20 ]}
    • สกุล " Ca. Korarchaeota archaeon " NZ13-K ^{[ 20 ]}
    • สกุลKorarchaeote SRI-306 ^{[ 20 ]}
    • ตัวอย่างสิ่งแวดล้อมสกุล^{[ 20 ]}
      • โคราคีโอต pBA5 ที่ไม่ได้เพาะเลี้ยง^{[ 20 ]}
      • โคราคีโอตที่ไม่ได้รับการเพาะเลี้ยง pJP27 ^{[ 20 ]}
      • โคราคีโอตที่ไม่ได้รับการเพาะเลี้ยง pJP78 ^{[ 20 ]}

สายพันธุ์Korarchaeum cryptofilumได้รับการเพาะเลี้ยงจากวัฒนธรรมเสริมจากบ่อน้ำพุร้อนในอุทยานแห่งชาติเยลโลว์สโตน ประเทศสหรัฐอเมริกา และได้รับการอธิบายในปี 2551 ^{[ 5 ]}เซลล์มีลักษณะยาวและเป็นรูปเข็ม ซึ่งเป็นที่มาของชื่อสายพันธุ์ โดยสื่อถึง "เส้นใยที่ซ่อนเร้น" สิ่งมีชีวิตชนิดนี้ขาดจีนสำหรับ การสังเคราะห์นิว คลีโอไท ด์พิวรี น ดังนั้นจึงต้องพึ่งพาแหล่งสิ่งแวดล้อมเพื่อตอบสนองความต้องการพิวรีน^{[ 23 ]}

" Candidatus Korarchaeia" แสดงลักษณะเฉพาะ เช่น มีผนังเซลล์ที่ไม่มีเพปติโดไกลแคนรวมถึงเยื่อไขมันที่เชื่อมต่อด้วยอีเทอร์^{[ 24 ]}พวกมันมีชั้นผิวของโปรตีนพาราคริสตัลไลน์^{[ 25 ]}ชั้นผิวนี้เรียกว่า S-layer มีความหนาแน่นสูงและประกอบด้วยโปรตีน 1-2 ชนิดที่สร้างโครงสร้างตาข่ายต่างๆ และน่าจะเป็นสิ่งที่ช่วยรักษาความสมบูรณ์ของโครงสร้างเซลล์^{[ 24 ] [ 25 ]}โดยทั่วไปแล้วเซลล์จะมีรูปร่างเป็นแท่ง อย่างไรก็ตาม พบว่ารูปร่างนี้สามารถเปลี่ยนไปเป็นรูปร่างที่หนาขึ้นได้เมื่อมีโซเดียมโดเดซิลซัลเฟต (SDS) ความเข้มข้นสูงขึ้น^{[ 26 ]}เซลล์มีรูปร่างเป็นเส้นใยบางมากซึ่งอาจมีความยาวแตกต่างกัน^{[ 5 ]}โดยทั่วไปมีความยาวเฉลี่ย 15 ไมโครเมตรและเส้นผ่านศูนย์กลาง 0.16 ไมโครเมตร แต่สามารถพบได้ยาวถึง 100 ไมโครเมตร^{[ 26 ]}อาร์เคียบางชนิดสามารถตรึงคาร์บอนไดออกไซด์ผ่านเส้นทาง 3-ไฮดรอกซีโพรพิโอเนต/4-ไฮดรอกซีบิวทิเรตให้กลายเป็นสารประกอบอินทรีย์ได้^{[ 27 ]}

" Candidatus Korarchaeia" พบได้เฉพาะในสภาพแวดล้อมความร้อนใต้พิภพ ตั้งแต่บนบก รวมถึงบ่อน้ำพุร้อน^{[ 5 ] [ 28 ]}ไปจนถึงในทะเล รวมถึงปล่องความร้อนใต้ทะเลตื้นและปล่องความร้อนใต้ทะเลลึก งานวิจัยก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นว่า " Candidatus Korarchaeia" มีความหลากหลายมากกว่าในบ่อน้ำพุร้อนบนบกเมื่อเทียบกับสภาพแวดล้อมในทะเล^{[ 6 ]} " Candidatus Korarchaeia" พบได้ในธรรมชาติในปริมาณน้อยเท่านั้น^{[ 29 ] [ 30 ]} Koarcheota น่าจะมีต้นกำเนิดในสภาพแวดล้อมทางทะเลแล้วจึงปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อมบนบก^{[ 31 ]}

ในทางภูมิศาสตร์ " Candidatus Korarchaeia" พบได้ในสถานที่ต่างๆ ทั่วโลก รวมถึงญี่ปุ่น อุทยานแห่งชาติเยลโลว์สโตน อ่าวแคลิฟอร์เนีย ไอซ์แลนด์ และรัสเซีย^{[ 6 ] [ 24 ]}

" Candidatus Korarchaeia" เป็นจุลินทรีย์ทนความร้อนโดยพบว่าสามารถอาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมที่มีอุณหภูมิสูงถึง 128 องศาเซลเซียส^{[ 6 ]}อุณหภูมิต่ำสุดที่พบคือ 52 องศาเซลเซียส^{[ 24 ]}แม้ว่าจะพบเห็นพวกมันอาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมที่เป็นกรดบ่อยครั้ง แต่ก็พบว่าพวกมันอาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมที่มีค่า pH สูงถึง 10 เช่นกัน^{[ 32 ]}

นักวิจัยได้ระบุไวรัสที่อาจติดเชื้อ " Candidatus Korarchaeia" ได้ ^{[ 33 ]}

• รายชื่อสกุลของอาร์เคีย