เหตุการณ์ที่โด่งดังที่สุดในประวัติศาสตร์ของคริสตจักรในเมืองคูทาห์ยาคือการพลีชีพของเมนาส มหาผู้พลีชีพและผู้ทำปาฏิหาริย์เมนาสผู้ซึ่งต่อมาได้รับการยกย่องเป็นนักบุญ เกิดในปี ค.ศ. 285 ในครอบครัวคริสเตียนในเมืองนีเซียส ประเทศอียิปต์ เขาเข้ารับราชการทหารในกองทัพโรมันเมื่ออายุ 15 ปี และรับใช้ในฟริเกียในรัชสมัยของจักรพรรดิไดโอเคลเชียน (ค.ศ. 284–305) ในปี ค.ศ. 298 จักรพรรดิโรมันได้ออกพระราชกฤษฎีกาสั่งให้ทุกคนบูชาและสังเวยเทพเจ้าโรมัน และสั่งให้กองทัพจับกุมและข่มเหงคริสเตียน ในฐานะคริสเตียน เมนาสไม่สามารถบูชาเทพเจ้าโรมันหรือข่มเหงเพื่อนคริสเตียนได้ ดังนั้นเขาจึงทิ้งเข็มขัดทหาร (สัญลักษณ์แสดงยศ) และออกจากกองทัพหลังจากรับราชการได้สามปี เมนาสไปอยู่บนภูเขาร้างในฐานะฤๅษีเพื่ออุทิศชีวิตทั้งหมดให้กับพระคริสต์ ในปี ค.ศ. 304 หลังจากใช้ชีวิตอย่างโดดเดี่ยวในทะเลทรายเป็นเวลา 5 ปี เมนาสได้เดินทางมาถึงเมืองโคทยาเอียมในช่วงเทศกาลบูชาเทพเจ้าโรมัน และประกาศตนเป็นคริสเตียนต่อหน้าปิร์รุสผู้ว่าการแห่งฟรีเจีย ผู้ว่าการจึงจับกุมเมนาสและสั่งทรมานและตัดศีรษะเขาบนโขดหินนอกเมือง ซึ่งยังคงเป็นที่จดจำในเมืองคูทาห์ยาจนถึงทุกวันนี้

หลังจากกลายเป็นเมืองหลวงของ Phrygia Salutaris เขตปกครองของบิชอปแห่ง Cotyaeum เปลี่ยนจากเขตปกครองย่อยของSynnadaเป็นเขตปกครองระดับมหานครแม้ว่าจะมีเขตปกครองย่อยเพียงสามแห่งตามNotitia Episcopatuumของจักรพรรดิไบแซนไทน์Leo VI the Wise (886–912) ซึ่งมีอายุราวปี 901–902 ^{[ 5 ]}ตามที่John Malalasนัก ประวัติศาสตร์ในศตวรรษที่ 6 กล่าวไว้ Cyrus แห่ง Panopolisซึ่งเคยเป็นผู้ว่าการเมืองคอนสแตนติโนเปิล ถูกส่งไปที่นั่นในฐานะบิชอปโดยจักรพรรดิTheodosius II (408–50) หลังจากบิชอปสี่องค์ของเมืองถูกสังหาร (แหล่งข้อมูลอื่นอีกสองแหล่งระบุว่า Cyrus เป็นบิชอปแห่งSmyrnaแทน) เขตปกครองของบิชอปแห่ง Cotyaeum มี Domnius เป็นหัวหน้าในปี 431 ซึ่งเข้าร่วมสภา Ephesusและ Marcianus เป็นหัวหน้าในปี 451 ซึ่งอยู่ในสภา Chalcedonแหล่งข้อมูลที่Le Quien อ้าง ถึงระบุว่า บิชอปแห่ง Kotyaion ชื่อ Eusebius อยู่ในสภาคอนสแตนติโนเปิลครั้งที่สองในปี 553 Cosmas อยู่ในสภาคอนสแตนติโนเปิลครั้งที่สามในปี 680–681 Ioannes ซึ่งเป็นดีคอน เป็นตัวแทนของบิชอปแห่ง Kotyaion ที่ไม่ระบุชื่อในสภา Trullanในปี 692 บิชอป Constantinus อยู่ในสภานิเคียครั้งที่สองในปี 692 และบิชอป Anthimus อยู่ใน สภา Photian แห่งคอนสแตนติโนเปิล (879 ⁾ [ ^{6 ] [ 7 ] [ 8 ]}

หลังจากที่เมืองตกอยู่ภายใต้การปกครองของพวกเกอร์มิยานิดในปี ค.ศ. 1370 เขตปกครองของโคทยาอิออนได้เข้าครอบครองโบสถ์ต่างๆ ในฮิเอราโพ ลิ สโชเนและซินนาดา ในขณะที่ในปี ค.ศ. 1384 โคทยาอิออนถูกครอบครองโดยเขตปกครองของลาโอดีเซียและในปี ค.ศ. 1386 โดยเขตปกครองของพรูซา [ ^{9 ] ปัจจุบัน} โคทยาอิออนไม่ได้เป็นเขตปกครองของบิชอปอีกต่อไป แต่ คริสตจักรคาทอลิกได้จัดให้โคทยาอิออนเป็นเขตปกครองในนาม^{[ 10 ]}

ในรัชสมัยของจักรพรรดิจัสติเนียนที่1 แห่งไบแซนไทน์เมืองนี้ได้รับการเสริมความแข็งแกร่งด้วยกำแพงสองชั้นและป้อมปราการ

ในปี ค.ศ. 1071 เมืองโคตยาอิออนตกอยู่ภายใต้การ ปกครองของ เซลจุก ชั่วคราว แต่ต่อมาก็ถูกไบแซนไทน์ยึดคืนมาได้ เมืองนี้ถูกเซลจุกปล้นสะดมในช่วงเวลาใดเวลาหนึ่งหลังปี ค.ศ. 1180 ภายหลังการสิ้นพระชนม์ของจักรพรรดิมานูเอลที่ 1 คอมเนนอส [ ^{11 ] เมือง}นี้ถูกยึดครองโดยเกอร์มิยานิดส์ และต่อมาโดยติมูร์-เลง จนกระทั่งถูก ออตโตมันยึดครองในปี ค.ศ. 1428 ^{[ 12 ]}

ในช่วงเวลานี้ ชาวอาร์เมเนียที่เป็นคริสเตียนจำนวนมากได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานใน Kotyaion/Kütahya ซึ่งพวกเขากลายเป็นผู้มีบทบาทสำคัญในการผลิตกระเบื้องและเครื่องเซรามิก^{[ 13 ]} Kütahya กลายเป็นศูนย์กลางที่มีชื่อเสียงของอุตสาหกรรมเซรามิกของออตโตมัน โดยผลิตกระเบื้องและเครื่องเคลือบดินเผาสำหรับมัสยิด โบสถ์ และอาคารราชการในสถานที่ต่างๆ ทั่วตะวันออกกลาง^{[ 14 ]}อุตสาหกรรมหัตถกรรมเซรามิกอาร์เมเนียในเยรูซาเลมเริ่มต้นโดยDavid Ohannessian ช่างทำเซรามิ ก ชาว อาร์เมเนีย หัวหน้าโรงงานใน Kütahya ระหว่างปี 1907 ถึง 1915 ซึ่งถูกเนรเทศออกจาก Kütahya ในต้นปี 1916 ระหว่างการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ชาวอาร์เมเนียและได้รับการค้นพบอีกครั้งในขณะที่อาศัยอยู่เป็นผู้ลี้ภัยใน Aleppo ในปี 1918 โดย Sir Mark Sykesอดีตผู้อุปถัมภ์ ไซค์สได้เชื่อมโยงเขากับผู้ว่าการทหารคนใหม่ของเยรูซาเลมเซอร์ โรนัลด์ สตอร์สและจัดการให้โอฮาเนสเซียนเดินทางไปเยรูซาเลมเพื่อเข้าร่วมในการบูรณะโดมแห่งศิลา ที่อังกฤษวางแผน ไว้^{[ 15 ]}

ปัจจุบัน สองครอบครัวที่สืบเชื้อสายมาจากเมืองคูตาห์ยา คือครอบครัวบาเลียนและครอบครัวคาราคาเชียน ยังคงสืบทอดประเพณีการทำเครื่องปั้นดินเผาอาร์เมเนียในเยรูซาเลมตะวันออก สตูดิโอของครอบครัวบาเลียนเป็นสถานที่ที่มารี บาเลียนผู้ ล่วงลับ ได้พลิกโฉมศิลปะการสร้างภาพจิตรกรรมฝาผนังจากกระเบื้องเซรา มิก

ป้อมปราการของเมืองและบริเวณโดยรอบ ซึ่งมีความสำคัญต่อความมั่นคงและความเจริญรุ่งเรืองทางเศรษฐกิจของภูมิภาค ได้ถูกสร้างและบูรณะใหม่ตั้งแต่สมัยโบราณจนถึงสมัยออตโตมัน^{[ 16 ]}อย่างไรก็ตาม วันที่กำหนดให้กับช่วงเวลาการก่อสร้างต่างๆ และการประเมินสถาปัตยกรรมทางทหารนั้นเปิดกว้างสำหรับการตีความที่หลากหลาย^{[ 17 ]}

ในช่วงปลายศตวรรษที่สิบเก้า ประชากรในเขตปกครองคูตาห์ยามีจำนวน 120,333 คน ซึ่งเป็นชาวกรีก 4,050 คน ชาว อาร์เมเนีย 2,533 คน ชาวคาทอลิก 754 คนและที่เหลือเป็นชาวเติร์กและกลุ่มชาติพันธุ์มุสลิมอื่นๆ^{[ 18 ]}คูตาห์ยาและเขตปกครองนี้รอดพ้นจากความหายนะของการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ชาวอาร์เมเนียในปี 1915 เมื่อฟารุก อาลี เบย์ ผู้ว่าการออตโตมัน ได้พยายามอย่างสุดความสามารถเพื่อปกป้องประชากรชาวอาร์เมเนียจากการถูกขับไล่และส่งไปเดินขบวนมรณะ^{[ 18 ]}อย่างไรก็ตาม ฟารุก อาลี เบย์ ถูกปลดออกจากตำแหน่งในเดือนมีนาคม 1916 และชุมชนชาวอาร์เมเนียในเมืองต้องทนทุกข์ทรมานภายหลังภายใต้การปกครองของผู้สืบทอดตำแหน่งของเขา อาห์เมต มุฟตี เบย์ เมืองคูตาห์ยาถูก กองทัพกรีกยึดครองเมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2464 หลังจากการรบที่คูตาห์ยา-เอสกีเชฮีร์ในช่วงสงครามประกาศอิสรภาพของตุรกี และต่อมาถูก กองทัพตุรกียึดครองในสภาพพังพินาศหลังจากการรบที่ดุมลูปินาร์ในช่วงการรุกครั้งใหญ่เมื่อวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2465 ^{[ 19 ] [ 20 ]}