ในช่วงต้นยุคสำริดดินแดนของมังกลิซีเป็นส่วนหนึ่งของภูมิภาคที่กว้างกว่า ซึ่งเป็นที่ตั้งของวัฒนธรรมคูร์กัน^{[ 7 ]}ในช่วงต้นยุคกลางมังกลิซีและบริเวณโดยรอบซึ่งตั้งอยู่ในเชิงยุทธศาสตร์ตามเส้นทางของแม่น้ำอัลเกติ ได้ก่อตั้งเป็นหน่วยดินแดนที่รู้จักกันในชื่อ มังกลิส-เควี หรือ "หุบเขามังกลิซี" ^{[ 5 ]}

ตาม ธรรมเนียมทางประวัติศาสตร์ของจอร์เจีย Manglisi ร่วมกับMtskhetaและErushetiเป็นหนึ่งในสถานที่ประกอบศาสนจักรที่เก่าแก่ที่สุดในKartli ( Iberia ) หลังจากที่กษัตริย์Mirianเปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์ในช่วงทศวรรษที่ 330 ตามที่Leonti Mroveli นักประวัติศาสตร์ในศตวรรษที่ 11 กล่าว ไว้ Manglisi เป็นสถานที่แรกที่บิชอป John แห่ง Kartli ซึ่งเดินทางกลับจากภารกิจที่คอนสแตนติโนเปิลพร้อมกับกลุ่ม นักบวชและช่างก่อสร้าง ชาวไบแซนไทน์เลือกที่จะสร้างโบสถ์คริสเตียนขึ้น ที่นั่น พงศาวดารกล่าวต่อไปว่า เขาได้ทิ้งพระธาตุที่นำมาจากคอนสแตนติโนเปิลซึ่งเป็นของขวัญจากจักรพรรดิConstantine the Greatไว้ ทำให้กษัตริย์ Mirian ผิดหวัง เพราะพระองค์ต้องการให้พระธาตุเหล่านั้นอยู่ที่เมืองหลวง Mtskheta ของพระองค์^{[ 8 ]}

มังกลิซีกลายเป็นที่ตั้งของสังฆมณฑลชื่อเดียวกันภายใต้การปกครองของวาคตังที่ 1ในศตวรรษที่ 5 ^{[ 9 ]}เขตปกครองของสังฆมณฑลมังกลิซีครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของหุบเขาอัลเกติ และบางครั้งก็ขยายออกไปไกลกว่านั้น^{[ 5 ]}โบสถ์ของมังกลิซีเป็นสถานที่แสวงบุญสำหรับชาวอาร์เมเนีย ที่อยู่ใกล้เคียง จนกระทั่งอัครสังฆราชอับราฮัมแห่งอาร์เมเนียขับไล่ชาวจอร์เจียออกจากศาสนาหลังจากการแตกแยกทางศาสนาระหว่างสองชนชาติในปี 607 และสั่งให้เพื่อนร่วมชาติของเขาไม่ไปแสวงบุญที่มทสเคตาและมังกลิซี^{[ 10 ]}มังกลิซีถูกยึดเอาพระธาตุ คือ ที่วางพระบาท ( suppedaneum ) ของพระเจ้าโดยจักรพรรดิไบแซนไทน์เฮราคลิอุสซึ่งเดินทางผ่านคาร์ทลีระหว่างสงครามกับอิหร่านในช่วงทศวรรษที่ 620 ^{[ 11 ] [ 12 ]}

หุบเขามังกลิซีปรากฏอยู่ในครอบครองของตระกูลฮวนเชเรียนี^{[ 13 ]}ซึ่งเป็นสาขาหนึ่งของราชวงศ์โชสรอยด์แห่งไอบีเรียในอดีต ในช่วงกลางศตวรรษที่ 8 ^{[ 14 ]}และต่อมาอยู่ในครอบครองของลิปาริติดซึ่งสมาชิกคนหนึ่งชื่อราติ ผู้ร่วมสมัยกับบาแกรตที่ 3 ( ครองราชย์ ค.ศ. 978/1008–1014) ได้รับการบรรยายโดยนักประวัติศาสตร์ชาวจอร์เจียว่าครอบครอง "ป้อมปราการอาเตนีและคาร์ทลีทั้งหมดทางใต้ของมทคูอารีไทรอาเลติ มัง กลิส-เควี และสควิเรติ " ^{[ 15 ]}ในช่วงต้นศตวรรษที่ 11 มหาวิหารมังกลิซี ซึ่งเดิมเป็นเทตราคอนช์ได้รับการบูรณะและปรับปรุงใหม่เป็นอย่างมาก^{[ 16 ]}ในปี ค.ศ. 1121 ทุ่งดิดกอรี ซึ่งอยู่ไม่ไกลจากมังกลิซี เป็นสถานที่แห่งชัยชนะครั้งสำคัญ ของพระเจ้า ดาวิดที่ 4แห่งจอร์เจียเหนือชาวเติร์กเซลจุก [ ^{17 ] หลังจาก}การรุกรานจากต่างชาติหลายครั้ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากการรณรงค์ของติมูร์หุบเขามังกลิซีก็ค่อยๆ เสื่อมโทรมลง ในช่วงทศวรรษ ค.ศ. 1770 หุบเขานี้ถูกจัดอยู่ในรายชื่อเขตปกครองของคริสตจักรจอร์เจียที่ว่างเปล่า^{[ 18 ]}มหาวิหารที่ถูกทิ้งร้างยังคงตั้งตระหง่านอยู่ โดยไม่ถูกรบกวนจากผู้รุกรานชาวมุสลิมของจอร์เจีย เพราะตามที่เจ้าชายวาคุช ติ นักประวัติศาสตร์ในศตวรรษที่ 18 กล่าวอ้าง พวกเขาคิดว่าภาพจิตรกรรมฝาผนังภาพหนึ่งในโบสถ์นั้นแสดงภาพมูฮัมหมัดนั่งอยู่บนสิงโต^{[ 19 ]}อันที่จริงแล้ว ภาพจิตรกรรมฝาผนังนั้นเป็นภาพของนักบุญมัมเมสแห่งซีซาเรีย^{[ 20 ]}

หลังจากรัสเซียเข้ามาปกครองจอร์เจียหมู่บ้านมังกลิซี ( รัสเซีย: Манглис , Manglis ) ที่ไม่มีผู้คนอาศัยอยู่ถูกเลือกในปี 1823 โดยนายพลอเล็กเซย์ เยอร์โมลอฟให้เป็นกองบัญชาการของหนึ่งในกองทหารภายใต้การบังคับบัญชาของเขา ซึ่งต่อมาในปี 1827 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นกองทหารเกรนาเดียร์ที่ 13 แห่งเอริวานสกี เนื่องจากมีบทบาทในการได้รับชัยชนะที่เอริวานใน สงคราม กับเปอร์เซีย^{[ 21 ]}ในโอกาสนี้ ทางการรัสเซียยังได้ย้ายครอบครัวพลเรือนบางส่วนจากเขตใกล้เคียงมาตั้งถิ่นฐานด้วย ในช่วงต้นทศวรรษ 1850 มังกลิซีได้กลายเป็นอาณานิคมของรัสเซียที่มีการจัดระเบียบอย่างดีพอสมควร^{[ 22 ]}มหาวิหารเก่าได้รับการบูรณะใหม่ระหว่างปี พ.ศ. 2494 ถึง พ.ศ. 2490 ^{[ 23 ]}ประชากรซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวสลาฟ มีจำนวนถึง 3,000 คนในปี พ.ศ. 2435 ^{[ 24 ]}ในช่วงต้นทศวรรษ พ.ศ. 2433 มังกลิสยังได้รับ สถานะ เป็นเมืองสปาซึ่งผู้คนจากทิฟลิส (ทบิลิซี) สามารถหลีกหนีความร้อนในฤดูร้อนของเมืองได้^{[ 25 ]}

ในช่วงยุคโซเวียตมังกลิซียังคงทำหน้าที่เป็นสปาและสถานพักฟื้นให้บริการแก่ผู้ป่วย โรคระบบทาง เดินหายใจ^{[ 2 ]}ในปี พ.ศ. 2467 สายการบินของรัฐZakaviaได้เปิดเส้นทางบินระยะสั้นระหว่างทิฟลิสและมังกลิสเพื่อให้บริการนักท่องเที่ยวในท้องถิ่น^{[ 26 ]}เมื่อวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2467 ค่ายทหาร ของกองทัพแดงในมังกลิซีถูกโจมตี แต่สุดท้ายก็ไม่ประสบความสำเร็จ โดยกลุ่มกบฏต่อต้านโซเวียตที่นำโดยKakutsa Cholokashvili ^{[ 27 ]}

ในปี พ.ศ. 2469 ชุมชนได้รับสถานะเป็นดาบา ( ชุมชนประเภทเมือง ) ตามสำมะโนประชากรทั่วประเทศจอร์เจียในปี พ.ศ. 2545 มังกลิซีมีประชากร 2,752 คน ลดลง 30.1% จาก 3,939 คนในสำมะโนประชากรโซเวียตครั้งสุดท้ายในปี พ.ศ. 2532 ^{[ 28 ]}