เส้นทางรถไฟมันนาร์ถูกสร้างขึ้นเป็นส่วนหนึ่งของแผนการสร้างเส้นทางรถไฟเชื่อมระหว่างศรีลังกาและอินเดีย สะพานยาว 22 ไมล์เพื่อเชื่อมสองประเทศนี้ได้รับการเสนอมาตั้งแต่ปี 1894 โดยวิศวกรที่ปรึกษาด้านรถไฟในเมืองมัทราส (ปัจจุบันคือเชนไน ) ข้อเสนอนี้ได้รับการพิจารณาอย่างจริงจัง และ มีการจัดทำ แบบแผนทางเทคนิคและการวิเคราะห์ต้นทุน ในปี 1914 เส้นทางรถไฟมันนาร์ถูกสร้างขึ้นเพื่อเชื่อมทาไลมันนาร์บนเกาะมันนาร์กับแผ่นดินใหญ่ของศรีลังกา ในฝั่งอินเดีย เครือข่ายรถไฟของอินเดียได้ขยายไปยังธนูศโกฏิสะพานระหว่างประเทศเพื่อเชื่อมทั้งสองประเทศไม่ได้ถูกสร้างขึ้น^{[ 5 ]}

ในช่วงที่เส้นทางรถไฟมันนาร์เปิดให้บริการ รถไฟเชื่อมต่อเมืองมันนาร์และทาไลมันนาร์กับเมืองต่างๆ ตามเส้นทางสายเหนือเช่นอนุราธปุระและกุรุเนกาลาและในที่สุดก็ไปถึงโคลัมโบบริการเรือไปรษณีย์เป็นบริการหลักในเส้นทางนี้ โดยอนุญาตให้ผู้โดยสารขึ้นเรือข้ามฟากไปยังราเมศวารัมในอินเดีย ผู้โดยสารสามารถใช้บริการเรือไปรษณีย์เพื่อเดินทางระหว่างโคลัมโบและมัทราสได้

บริการเรือข้ามฟากเพื่อเชื่อมต่อสถานีรถไฟที่ Talaimannar และ Dhanushkodi ดำเนินต่อไปจนถึงช่วงทศวรรษ 1960 เมื่อพายุไซโคลนทำลายท่าเรือและรางรถไฟที่ Dhanushkodi ส่วนเส้นทาง Mannar ไม่ได้รับผลกระทบ บริการเรือข้ามฟากกลับมาดำเนินการอีกครั้งโดยมีสถานีปลายทางใหม่ในอินเดียที่Rameshwaram ^{[ 5 ]}

บริการทั้งหมดบนเส้นทางดังกล่าวหยุดให้บริการในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2533 เนื่องจากสงครามกลางเมือง^{[ 6 ]}รางรถไฟ สถานี และโครงสร้างพื้นฐานอื่นๆ บนเส้นทางดังกล่าวถูกทำลายในระหว่างสงครามในเวลาต่อมา

ในช่วงทศวรรษ 2000 มีการเสนอสร้างสะพานรถไฟเพื่อเชื่อมต่อสองประเทศอีกครั้ง โดยเน้นถึงประโยชน์ของการเชื่อมต่อท่าเรือโคลัมโบและตรินโคมาลีกับเชนไน^{[ 5 ]}

หลังจากการสิ้นสุดของสงครามกลางเมืองในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2552 รัฐบาลได้ริเริ่มโครงการต่างๆ เพื่อสร้างเส้นทางรถไฟขึ้นใหม่ทั้งหมด สัญญาในการสร้าง เส้นทางรถไฟระยะทาง 44 กิโลเมตร (27 ไมล์)ระหว่างสถานี Medawachchiya Junction และ Madhu ได้รับการมอบหมายให้แก่Ircon Internationalซึ่งเป็นบริษัทวิศวกรรมและการก่อสร้างของรัฐบาลอินเดีย^{[ 7 ] [ 8 ]}โครงการนี้จะมีค่าใช้จ่าย81 ล้านดอลลาร์สหรัฐ และจะได้รับเงินทุนจาก เงินกู้ดอกเบี้ยต่ำจากรัฐบาลอินเดีย^{[ 9 ]}บริษัทเดียวกันนี้ยังได้รับสัญญาในการสร้าง เส้นทางรถไฟระยะทาง 65 กิโลเมตร (40 ไมล์)ระหว่าง Madhu และ Talaimannar ขึ้นใหม่ ^{[ 7 ] [ 8 ]}ซึ่งมีค่าใช้จ่าย 150 ล้าน ดอลลาร์สหรัฐและจะได้รับเงินทุนจากเงินกู้ดอกเบี้ยต่ำจากรัฐบาลอินเดีย^{[ 9 ]}  

เส้นทางช่วงระหว่าง Medawachchiya และ Madhu Road เปิดให้บริการอีกครั้งในวันที่ 14 พฤษภาคม 2556 หลังจากการปรับปรุงใหม่^{[ 10 ]} การปรับปรุงเส้นทางทั้งหมดเสร็จสมบูรณ์ในปี 2558

เส้นทางทั้งหมดสร้างเสร็จสมบูรณ์จนถึงทาไลมันนาร์ในปี 2015 บริษัทก่อสร้างทางรถไฟอินเดีย จำกัด (IRCON) ดำเนินการก่อสร้างทั้งสองช่วงของโครงการ ซึ่งได้รับเงินทุนสนับสนุนจากสินเชื่อ 425 ล้านดอลลาร์สหรัฐจากอินเดีย การเปิดเส้นทางที่สร้างใหม่นี้มีประธานาธิบดีศรีลังกาไมตรีปาลา สิริเสนาและรัฐมนตรีลักษมัน คิริเอลลาและริชาด บาธิอู ดี น เข้าร่วม ^{[ 1 ]}เส้นทางที่สร้างใหม่นี้ได้รับการเปิดใช้งานโดยนายกรัฐมนตรีอินเดียนเรนทรา โมดีเมื่อวันที่ 14 มีนาคม 2015 ^{[ 11 ]}