เอ็นบีเอแอล1
NBEAL1 เป็นโปรตีนที่ในมนุษย์ถูกเข้ารหัสโดยยีนNBEAL1 [ 1 ]พบอยู่บนโครโมโซม 2q33.2 ของHomo sapiens
จากโดเมนต่างๆ ของโปรตีนนี้ คาดว่าหน้าที่ของ NBEAL1 จะเกี่ยวข้องกับกลไกของเซลล์ดังต่อไปนี้: การขนส่งเวสิเคิล พลวัตของเยื่อหุ้มเซลล์ การส่งสัญญาณของตัวรับ การประมวลผลพรี-mRNA การส่งสัญญาณและการประกอบโครงร่างเซลล์[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] NBEAL1 ยังเป็นที่รู้จักในชื่อ Amytorophic Lateral Sclerosis 2 Chromosomal Region, ALS2CR16 และ ALS2CR17 [ 1 ]
คุณสมบัติของโปรตีน
ถอดความ
mRNA สำหรับโปรตีนนี้ประกอบด้วยเบสคู่ 9058 คู่ในลำดับเชิงเส้น โดยลำดับการเข้ารหัสเริ่มต้นที่เบสคู่ที่ 334 และขยายไปจนถึงเบสคู่ที่ 8418 [ 5 ] โปรตีนที่แปลแล้วมีทั้งหมด 56 เอ็กซอนซึ่งมีความยาวสุดท้าย 2694 กรดอะมิโน[ 6 ]ปัจจุบันมีไอโซฟอร์มที่รู้จัก 9 ชนิดในมนุษย์[ 3 ]
โดเมน
Neurobeachin-like1 ประกอบด้วยโดเมน 5 โดเมน ได้แก่ DUF4704, DUF4800, PH_BEACH, Beach และ WD40 repeats [ 6 ]
ดUF4704
DUF4704 เป็นโดเมนที่มีฟังก์ชันไม่เป็นที่รู้จักแม้ว่าฟังก์ชันของโดเมนนี้จะยังไม่เป็นที่รู้จัก แต่ก็มีการอนุรักษ์ไว้ในโปรตีนนิวโรบีชินในยูคาริโอต[ 4 ]โดยเริ่มต้นที่กรดอะมิโนลำดับที่ 859 และครอบคลุมไปจนถึงลำดับที่ 1115 [ 3 ]
ดุฟ4800
DUF4800 เป็นโดเมนที่มีฟังก์ชันไม่เป็นที่รู้จัก เริ่มต้นที่กรดอะมิโน 1580 ครอบคลุมไปจนถึง 1833 [ 3 ]แม้ว่าจะยังไม่ทราบลักษณะการทำงาน แต่ก็พบได้ในยูคาริโอต[ 7 ]
พีเอช_บีช
โดเมนนี้ครอบคลุมตั้งแต่กรดอะมิโน 1886 จนถึงกรดอะมิโน 1983 และถูกเรียกว่าโดเมน Pleckstrin Homology ในโดเมน BEACH [ 8 ]โดเมนนี้มี PH เนื่องจากโครงสร้างของโดเมนนี้คล้ายกับโดเมน PH แต่ไม่เหมือนกันในลำดับของโดเมน PH มาตรฐาน โดเมน PH_BEACH ไม่สามารถจับกับฟอสโฟลิปิดได้[ 9 ]
ชายหาด
โดเมน Beige และ Chediak-Higashi (BEACH) เป็นหนึ่งในโดเมนที่สำคัญที่สุดภายในโปรตีนนี้ โดเมนนี้มีการอนุรักษ์สูง ประกอบด้วยกรดอะมิโนประมาณ 280 ตัว พบในโดเมน BEACH ของมนุษย์ที่แตกต่างกัน 9 โดเมน[ 10 ]โดยตั้งอยู่หลังโดเมน PH_BEACH ในลำดับ แม้ว่าจะยังไม่เข้าใจหน้าที่ที่แน่นอนของโปรตีน BDCP ภายในโดเมน BEACH มากนัก แต่ก็เป็นที่ทราบกันว่าโปรตีนเหล่านี้ทำหน้าที่หลายอย่างในกลไกของเซลล์ ได้แก่ การขนส่งเวสิเคิล อะพอพโทซิส พลวัตของเยื่อหุ้มเซลล์ และการส่งสัญญาณของตัวรับ[ 10 ]ตระกูลโปรตีนนี้มีความสำคัญทางคลินิกอย่างมากในปัจจุบัน เนื่องจากมีการระบุการกลายพันธุ์ในโดเมนนี้ในความผิดปกติของมนุษย์หลายอย่าง ตัวอย่างเช่น neurobeachin-like1 มีการเพิ่มขึ้นใน glioma: เมื่อระดับทางพยาธิวิทยาของ glioma เพิ่มขึ้น การแสดงออกของ neurobeachin-like1 จะลดลง[ 2 ]ใน NBEAL1 โดเมนนี้จะตามหลังโดเมน PH_BEACH โดยเริ่มต้นที่กรดอะมิโน 2005 และสิ้นสุดที่กรดอะมิโน 2284 [ 3 ]
WD40
NBEAL1 มีโดเมน WD40 หนึ่งโดเมน ภายใน NBEAL1 โดเมน WD40 ทั้งหมดอยู่ระหว่างกรดอะมิโน 2409 ถึง 2682 ภายในโดเมนนี้ ระหว่างกรดอะมิโน 2406 ถึง 2439 มีโมทีฟโครงสร้าง WD40 ซ้ำ โดเมน WD40 พบได้ในโปรตีนยูคาริโอตหลายชนิดที่มีหน้าที่หลากหลาย ซึ่งรวมถึงแต่ไม่จำกัดเพียง โมดูลอะแดปเตอร์/ควบคุมในการส่งสัญญาณ การประมวลผล pre-mRNA และการประกอบโครงร่างเซลล์[ 3 ]
คุณสมบัติ
- น้ำหนักโมเลกุล 307.3 กิโลดาลตัน[ 11 ]
- คาดว่าจะอยู่ในไมโตคอนเดรีย[ 12 ]
โครงสร้าง
มัธยมศึกษา
โครงสร้างทุติยภูมิของ NBEAL1 คาดว่าจะเป็นการรวมกันของอัลฟาเฮลิกซ์เบต้าชีทและคอยล์แบบสุ่ม[ 13 ]
ระดับตติยภูมิ
I-TASSER ถูกใช้เพื่อทำนายโครงสร้าง 3 มิติของ NBEAL1 [ 14 ]เนื่องจาก NBEAL1 มีความยาวกรดอะมิโนมากกว่าที่อนุญาตให้ป้อนข้อมูล จึงถูกแบ่งครึ่งเพื่อทำนายโครงสร้างของโปรตีนทั้งหมด
การดัดแปลงหลังการแปล
เอกสารต่อไปนี้แสดงให้เห็นถึงการดัดแปลงหลังการแปลประเภทต่างๆ
การแสดงออก
การใช้โปรไฟล์ความอุดมสมบูรณ์ของ EST ผ่าน Unigene ทำให้ค้นพบการแสดงออกของ NBEAL1 โดยพิจารณาจากทั้งตำแหน่งของร่างกายและสภาวะสุขภาพ[ 15 ] NBEAL1 แสดงการแสดงออกในสมอง เนื้อเยื่อตัวอ่อน ตา ลำไส้ ไต ตับ ปอด ต่อมน้ำนม รังไข่ ตับอ่อน คอหอย รก ต่อมลูกหมาก ผิวหนัง กระเพาะอาหาร อัณฑะ ต่อมไทรอยด์ และหลอดลม เมื่อพิจารณาจากจำนวนทรานสคริปต์ต่อล้าน การแสดงออกจะสูงที่สุดในกระเพาะอาหารที่ 62 ทรานสคริปต์ต่อล้าน รองลงมาคือตับอ่อนและหลอดลม โดยมีจำนวนทรานสคริปต์ต่อล้านอยู่ที่ 37 และ 38 ตามลำดับ ส่วนสมอง ตา รก และอัณฑะ มีจำนวนทรานสคริปต์ต่อล้านต่ำที่สุดที่ 4 ต่อล้าน เมื่อพิจารณาการแบ่งตามสภาวะสุขภาพต่างๆ NBEAL1 มีการแสดงออกสูงในเนื้องอกหลายชนิด[ 15 ]อีกครั้ง ความอุดมสมบูรณ์สูงสุดพบในเนื้องอกในระบบทางเดินอาหารซึ่งสอดคล้องกับการแสดงออกสูงของ NBEAL1 ในกระเพาะอาหาร อย่างไรก็ตาม ไม่พบการแสดงออกของ NBEAL1 ในเนื้องอกตับอ่อนซึ่งอาจบ่งชี้ถึงหน้าที่ของมันภายในตับอ่อน ความอุดมสมบูรณ์ยังแตกต่างกันในแต่ละระยะการพัฒนา โดยพบมากที่สุดในระยะทารกในครรภ์ที่มี 21 ทรานสคริปต์ต่อล้าน และในผู้ใหญ่ที่ 14 ทรานสคริปต์ต่อล้าน
การทำงาน
หน้าที่ของ NBEAL1 ยังไม่เป็นที่เข้าใจอย่างถ่องแท้ในวงการวิทยาศาสตร์ อย่างไรก็ตาม เมื่อพิจารณาจากหน้าที่ของโดเมนต่างๆ และความเกี่ยวข้องกับโรคต่างๆ คาดการณ์ได้ว่าโปรตีน NBEAL1 อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับหน้าที่ต่างๆ มากมาย ณ ขณะนี้ หน้าที่เหล่านั้นได้แก่ แต่ไม่จำกัดเพียง ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน การขนส่งเวสิเคิล พลวัตของเยื่อหุ้มเซลล์ การส่งสัญญาณของตัวรับ อะพอพโทซิส โมดูลอะแดปเตอร์/ควบคุมในการส่งสัญญาณ การประมวลผลพรีเอ็มอาร์เอ็นเอ และการประกอบโครงร่างเซลล์[ 3 ] [ 2 ]
ความสำคัญทางคลินิก
โปรตีนนี้มีความเกี่ยวข้องกับNBEAL1ได้แก่ โรค กล้ามเนื้ออ่อนแรง Amyotrophic Lateral Sclerosis , Juvenile และAdenocarcinoma [ 1 ] แม้ว่าหน้าที่ในโรคเหล่านี้ยังไม่ได้รับการระบุ
ความเหมือนกัน
Neurobeachin-like1 เป็นโปรตีนที่มีการอนุรักษ์สูง มีออร์โธล็อกที่พบในสิ่งมีชีวิตหลายชนิด รวมถึงแต่ไม่จำกัดเพียง: สัตว์เลื้อยคลาน นก สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ปลา และสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังบางชนิด ตารางต่อไปนี้แสดงออร์โธล็อกบางส่วนที่พบโดยใช้การค้นหาใน BLAST [ 16 ]และ BLAT [ 17 ]
| ชื่อวิทยาศาสตร์ | ชื่อสามัญ | หมายเลขการเข้าถึง | ความยาวของลำดับ | เปอร์เซ็นต์ความเหมือน |
|---|---|---|---|---|
| โฮโมเซเปียนส์ | มนุษย์ | NP_001107604.1 | 2694 | - |
| แพน โทรกลอดิตส์ | ชิมแปนซี | XP_525997.3 | 2694 | 99 |
| กอริลลากอริลลา กอริลลา | กอริลลาที่ราบต่ำตะวันตก | XP_018878299.1 | 2694 | 99 |
| มัส มัสคูลัส | หนู | NP_77560 | 2688 | 98 |
| เซโรเซบัส เทย์ส | โซตี้ อังกาเบย์ | XP_011903312 | 2678 | 97 |
| สุนัขลูปัส แฟมิลี่ริส | สุนัข | XP_545603.3 | 2693 | 93 |
| Ailuropoda melanoleuca | แพนด้ายักษ์ | XP_019655126.1 | 2693 | 93 |
| ทริเคคัส มานาตัส ลาติโรสทริส | พะยูนเวสต์อินเดีย | XP_004378299 | 2682 | 93 |
| เทอร์ซิออปส์ ทรันคาตัส | โลมาปากขวดธรรมดา | XP_019794654.1 | 2682 | 92.7 |
| เอปทีซิคัส คัสคัส | ค้างคาวสีน้ำตาลตัวใหญ่ | XP_008144758.1 | 2722 | 92 |
| Zonotrichia albicollis | นกกระจอกคอขาว | XP_014120514.1 | 2707 | 80 |
| ไก่ตัวผู้ ไก่ตัวผู้ | ไก่ | XP_004942730.1 | 2725 | 78.7 |
| Python bivattatus | งูเหลือมพม่า | XP_007422078.1 | 2687 | 79 |
| Xenopus tropicalis | กบเล็บตะวันตก | XP_012826463.1 | 2687 | 74 |
| คัลโลรินคัส มิลี | ฉลามผีออสเตรเลีย | XP_007888887.1 | 2749 | 70.2 |
| ดานิโอ เรริโอ | ปลาซีบราฟิช | XP_009300392 | 2723 | 66.3 |
| ปลาหมึกยักษ์บิมาคูโลอิดส์ | ปลาหมึกสองจุดแคลิฟอร์เนีย | XP_014777916.1 | 2584 | 41.2 |
| แดฟเนีย แมกนา | กุ้งแพลงก์ตอน | KZS03729 | 2734 | 34.4 |
| ดรอโซฟิลา บัสกี้ | แมลงวันผลไม้ | XP_017842328.1 | 2722 | 34 |
พาราล็อกส์
ตามข้อมูลจาก GeneCards NBEAL1 มีพาราโลกอยู่บ้าง ได้แก่NBEAL2 , WDFY3 , NBEA, LRBA , ตัวควบคุมการขนส่งไลโซโซม (LYST) และ WDFY3 [ 19 ]ตารางด้านล่างสรุปพาราโลกของ NBEAL1
| ชื่อยีน | สายพันธุ์ | หมายเลขการเข้าถึง | ความยาวของลำดับ | เปอร์เซ็นต์ความเหมือน |
|---|---|---|---|---|
| เอ็นบีเอแอล2 | โฮโมเซเปียนส์ | NP_055990 | 2754 | 46 |
| เอ็นบีเออี | โฮโมเซเปียนส์ | NP_056483.3 | 2946 | 22.8 |
| แอลอาร์บีเอ | โฮโมเซเปียนส์ | NP_996717.2 | 2863 | 22.5 |
| ดับเบิลยูดีเอฟวาย3 | โฮโมเซเปียนส์ | XP_016863397.1 | 3544 | 21.8 |
| LYST | โฮโมเซเปียนส์ | NP_001288294.1 | 3801 | 19.3 |
เอกสารอ้างอิง
- 1 2 3ฐานข้อมูล GH. "ยีน NBEAL1 - GeneCards | โปรตีน NBEL1 | แอนติบอดี NBEL1" . www.genecards.org . สืบค้นเมื่อ2017-02-03 .
- 1 2 3 Chen J, Lu Y, Xu J, Huang Y, Cheng H, Hu G, Luo C, Lou M, Cao G, Xie Y, Ying K (มิถุนายน 2547). "การระบุและลักษณะเฉพาะของ NBEAL1 ยีนโปรตีน neurobeachin-like 1 ของมนุษย์ชนิดใหม่จากสมองทารกในครรภ์ ซึ่งมีการเพิ่มการแสดงออกในเนื้องอกสมอง" Brain Research. Molecular Brain Research . 125 ( 1– 2): 147– 55. doi : 10.1016/j.molbrainres.2004.02.022 . PMID 15193433 .
- 1 2 3 4 5 6 7 "homo sapiens NBEAL1 - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . สืบค้นเมื่อ2017-02-24 .
- 1 2 de Souza N, Vallier LG, Fares H, Greenwald I (กุมภาพันธ์ 2550). "SEL-2 ซึ่งเป็นโฮโมล็อกของ neurobeachin/LRBA ใน C. elegans เป็นตัวควบคุมเชิงลบของกิจกรรม lin-12/Notch และส่งผลต่อการขนส่งเอนโดโซมในเซลล์เยื่อบุผิวที่มีขั้ว" Development . 134 (4): 691– 702. doi : 10.1242/dev.02767 . PMID 17215302 . S2CID 18838265 .
- ↑ "Homo sapiens neurobeachin like 1 (NBEAL1), mRNA - Nucleotide - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . สืบค้นเมื่อ2017-02-24 .
- 1 2 "โปรตีนคล้ายนิวโรบีชิน 1 [ Homo sapiens ] - โปรตีน - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . สืบค้นเมื่อ2017-02-24 .
- ↑ "Pfam: Family: DUF4800 (PF16057)" . pfam.xfam.org . สืบค้นเมื่อ2017-04-23 .
- ↑ "NCBI CDD Conserved Protein Domain PH_BEACH" . www.ncbi.nlm.nih.gov . สืบค้นเมื่อ2017-02-27 .
- ↑ Gebauer D, Li J, Jogl G, Shen Y, Myszka DG, Tong L (พฤศจิกายน 2547). "โครงสร้างผลึกของโดเมน PH-BEACH ของ LRBA/BGL ในมนุษย์" Biochemistry . 43 (47): 14873– 80. doi : 10.1021/bi049498y . PMID 15554694 .
- 1 2 Cullinane AR, Schäffer AA, Huizing M (กรกฎาคม 2556). "BEACH กำลังมาแรง: LYST ของบทบาทใหม่ที่เกิดขึ้นของโปรตีนที่มีโดเมน BEACH ในโรคของมนุษย์" Traffic . 14 ( 7): 749– 66. doi : 10.1111/tra.12069 . PMC 3761935 . PMID 23521701 .
- ↑ Kramer J (1990). "น้ำหนักโมเลกุล" .
- ↑ Nakai และ Horton (1997). "PSORTII" . PSORT . เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 2021-07-25 . เรียกดูเมื่อ2017-04-23 .
- ↑ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Home" . www.expasy.org . สืบค้นเมื่อ25 เมษายน 2560 .
- ↑ "เซิร์ฟเวอร์ I-TASSER สำหรับการทำนายโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน" . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . สืบค้นเมื่อ2017-04-30 .
- 1 2กลุ่ม S. "EST Profile - Hs.648846" . www.ncbi.nlm.nih.gov . สืบค้นเมื่อ2017-05-06 .
{{cite web}}:|last=มีชื่อทั่วไป ( ความช่วยเหลือ ) - ↑ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool" . blast.ncbi.nlm.nih.gov . สืบค้นเมื่อ2017-04-22 .
- ↑ "คำถามที่พบบ่อยเกี่ยวกับโปรแกรมดูจีโนม" . genome.ucsc.edu . สืบค้นเมื่อ2017-04-22 .
- ↑ Workbench NB. "SDSC Biology Workbench" . seqtool.sdsc.edu . เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 2003-08-11 . เรียกดูเมื่อ2017-05-07 .
- ↑ฐานข้อมูล GH. "ยีน NBEAL1 - GeneCards | โปรตีน NBEL1 | แอนติบอดี NBEL1" . www.genecards.org . สืบค้นเมื่อ2017-02-20 .
อ่านเพิ่มเติม
- ฮาดาโนะ เอส, มือ CK, โอซูกะ เอช, ยานางิซาวะ วาย, โอโตโมะ เอ, เดวอน อาร์เอส, มิยาโมโตะ เอ็น, โชว์กูจิ-มิยาตะ เจ, โอกาดะ วาย, ซิงการาจา อาร์, ฟิเกิลวิคซ์ ดา, คเวียตโคว์สกี้ ที, ฮอสเลอร์ บีเอ, ซากี้ ที, สเกาก์ เจ, นาซีร์ เจ, บราวน์ RH, เชเรอร์ SW, รูโล จีเอ, เฮย์เดน เอ็มอาร์, อิเคดะ JE (ตุลาคม 2544) "ยีนที่เข้ารหัสตัวควบคุม GTPase สมมุตินั้นได้รับการกลายพันธุ์ในเส้นโลหิตตีบด้านข้างอะไมโอโทรฟิคในครอบครัว 2" พันธุศาสตร์ธรรมชาติ . 29 (2): 166– 73. ดอย : 10.1038/ng1001-166 . PMID11586298 . S2CID 52828189 .
- Chen J, Lu Y, Xu J, Huang Y, Cheng H, Hu G, Luo C, Lou M, Cao G, Xie Y, Ying K (มิถุนายน 2547). "การระบุและลักษณะเฉพาะของ NBEAL1 ยีนโปรตีน neurobeachin-like 1 ของมนุษย์ชนิดใหม่จากสมองทารกในครรภ์ ซึ่งมีการเพิ่มการแสดงออกในเนื้องอกสมอง" Brain Research. Molecular Brain Research . 125 ( 1– 2): 147– 55. doi : 10.1016/j.molbrainres.2004.02.022 . PMID 15193433 .