อ่าน 2 นาที
อ็อกโทปัส (ซอฟต์แวร์)
Octopusเป็นแพ็กเกจซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สสำหรับการ คำนวณ ทฤษฎีฟังก์ชันความหนาแน่นKohn–Sham (DFT) และทฤษฎีฟังก์ชันความหนาแน่นแบบขึ้นอยู่กับเวลา (TDDFT)
อ็อกโทปัส (ซอฟต์แวร์)
| ปลาหมึกยักษ์ | |
|---|---|
| เวอร์ชันเสถียร | 16.3 / 21 ตุลาคม 2568 |
| เขียนเป็น | ฟอร์ทราน , ซี , ซี++ , คูดา |
| พิมพ์ | เคมีเชิงคำนวณ |
| ใบอนุญาต | ใบอนุญาตสาธารณะทั่วไปของ GNU |
| เว็บไซต์ | octopus-code |
| ที่เก็บข้อมูล |
|
Octopusเป็นแพ็กเกจซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สสำหรับการ คำนวณ ทฤษฎีฟังก์ชันความหนาแน่นKohn–Sham (DFT) และทฤษฎีฟังก์ชันความหนาแน่นแบบขึ้นอยู่กับเวลา (TDDFT) [ 1 ]
โปรแกรม Octopus ใช้ศักยภาพเสมือนและตารางตัวเลขในพื้นที่จริงเพื่อจำลองการเคลื่อนที่ของออร์บิทัล Kohn–Sham แบบเรียลไทม์ภายใต้อิทธิพลของสนามแม่เหล็กไฟฟ้าที่เปลี่ยนแปลงตามเวลา มีฟังก์ชันเฉพาะสำหรับการจำลองระบบหนึ่งมิติ สองมิติ และสามมิติ Octopus สามารถคำนวณค่าโพลาไรเซชัน แบบสถิตและแบบไดนามิก ค่าไฮ เปอร์ โพลาไรเซชัน อันดับแรกค่าความไวต่อสนามแม่เหล็กแบบสถิตสเปกตรัมการดูดกลืนและทำการ จำลอง พลศาสตร์โมเลกุลด้วยวิธี Ehrenfest และ Car–Parrinelloได้
โค้ดส่วนใหญ่เขียนด้วยภาษาFortranและเผยแพร่ภายใต้ใบอนุญาตGPLโดยรองรับการประมวลผลแบบขนานหลายระดับโดยใช้OpenMPIและMPIบน CPU รวมถึงCUDAและROCm (ผ่านHIP ) บน GPU
เวอร์ชันล่าสุด 16.3 ได้รับการเผยแพร่เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2568 [ 2 ]ตั้งแต่เวอร์ชัน 16 เป็นต้นไป Octopus ได้นำเสนอการประมวลผลแบบขนาน GPU ที่ได้รับการปรับปรุงและการสนับสนุนฟังก์ชันไฮบริด
ปัญหาเป้าหมาย
- การตอบสนองเชิงแสงเชิงเส้น (เช่น การตอบสนองทางอิเล็กทรอนิกส์) ของโมเลกุลหรือกลุ่มอนุภาค รวมถึงการตอบสนองแบบไม่เชิงเส้นอันดับสอง
- การตอบสนองแบบไม่เชิงเส้นต่อสนามแม่เหล็กไฟฟ้าความเข้มสูงแบบคลาสสิก โดยคำนึงถึงทั้งระดับความเป็นอิสระของไอออนและอิเล็กตรอน
- คุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์ในสถานะพื้นฐานและสถานะกระตุ้นของระบบที่มีมิติต่ำกว่า เช่น ควอนตัมดอต
- ปฏิกิริยาของโมเลกุลที่เกิดจากแสง (เช่น การแตกตัวด้วยแสง การเปลี่ยนไอโซเมอร์ด้วยแสง เป็นต้น)
- การพัฒนาอย่างต่อเนื่องรวมถึงการขยายขั้นตอนเหล่านี้ไปยังระบบที่ไม่มีที่สิ้นสุดและเป็นคาบในมิติเดียวหรือมากกว่า ( เช่น โพลิเมอร์แผ่นบางท่อนาโนของแข็ง) และการขนส่งอิเล็กตรอน
พื้นฐานทางทฤษฎี
- ทฤษฎีพื้นฐานคือ DFT และ TDDFT นอกจากนี้ โค้ดอาจทำการจำลองพลศาสตร์โดยพิจารณาการประมาณแบบคลาสสิก (เช่น อนุภาคจุด) สำหรับนิวเคลียส พลศาสตร์เหล่านี้อาจไม่เป็นแบบอะเดียแบติก เนื่องจากระบบวิวัฒนาการตามเส้นทางของ Ehrenfest อย่างไรก็ตาม มันเป็นวิธีการแบบสนามเฉลี่ย
- สำหรับ TDDFT นั้น สามารถใช้วิธีการได้สามวิธีที่แตกต่างกัน:
- ทฤษฎีการตอบสนองเชิงเส้นมาตรฐานของ Casida ซึ่งใช้ TDDFT เป็นพื้นฐาน จะให้พลังงานการกระตุ้นและความแรงของออสซิลเลเตอร์สำหรับการเปลี่ยนสถานะจากสถานะพื้นฐานไปยังสถานะกระตุ้น
- การแพร่กระจายเวลาอย่างชัดเจนของสมการ TDDFT ซึ่งช่วยให้สามารถใช้ศักยภาพภายนอกขนาดใหญ่ ได้ซึ่งเกินขอบเขตความถูกต้องของทฤษฎีการรบกวน
- สมการสเติร์นไฮเมอร์ (ทฤษฎีการรบกวนเชิงฟังก์ชันความหนาแน่น) ในโดเมนความถี่ โดยใช้เฉพาะสถานะที่ถูกครอบครองเท่านั้น
ระเบียบวิธีวิจัย
- ในแง่ของการแสดงผลเชิงตัวเลข โค้ดนี้ทำงานโดยไม่ต้องใช้ชุดฐาน (basis set) โดยอาศัยตาข่ายเชิงตัวเลข (numerical meshes) อย่างไรก็ตาม จะมีการใช้ชุดฐานเสริม ( ระนาบคลื่น , ออร์บิทัลอะตอม ) เมื่อจำเป็น โค้ดในปัจจุบันนี้รองรับการทำงานกับกริดที่ไม่สม่ำเสมอ ซึ่งปรับให้เข้ากับความไม่สม่ำเสมอของปัญหา และสามารถใช้เทคนิคมัลติกริด (multigrid techniques) เพื่อเร่งความเร็วในการคำนวณได้
- สำหรับการคำนวณส่วนใหญ่ โค้ดจะอาศัยการใช้pseudopotential [ 3 ]สองประเภท ได้แก่ Troullier-Martins [ 4 ]และ Hartwigsen-Goedecker-Hutter [ 5 ]
- นอกเหนือจากความสามารถในการประมวลผลระบบใน 3 มิติมาตรฐานแล้ว ยังมีโหมด 2 มิติและ 1 มิติให้เลือกใช้ ซึ่งมีประโยชน์สำหรับการศึกษา เช่น ก๊าซอิเล็กตรอนสองมิติที่เป็นลักษณะเฉพาะของควอนตัมดอตหลายประเภท
ด้านเทคนิค
- โค้ดได้รับการออกแบบโดยเน้นความสามารถในการขยายขนาดแบบขนาน ดังนั้นจึงอนุญาตให้มีการแบ่งงานหลายส่วน โดยใช้ซอฟต์แวร์การแบ่งแบบตาข่ายMPIและOpenMP
- ภาษาที่ใช้เขียนโค้ดส่วนใหญ่คือFortran 2008 นอกจากนี้ยังมีการใช้ภาษาอื่นๆ เช่นC ด้วย
- ซอฟต์แวร์นี้ได้รับอนุญาตภายใต้สัญญาอนุญาตทั่วไปของ GNU (GPL) ดังนั้น ทุกคนสามารถใช้งาน ตรวจสอบ และแก้ไขได้ที่คลังเก็บ Git ของ Octopus
ดูเพิ่มเติม
ลิงก์ภายนอก
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ อ็อกโทปัส (ซอฟต์แวร์)
Octopusเป็นแพ็กเกจซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สสำหรับการ คำนวณ ทฤษฎีฟังก์ชันความหนาแน่นKohn–Sham (DFT) และทฤษฎีฟังก์ชันความหนาแน่นแบบขึ้นอยู่กับเวลา (TDDFT)
ปัญหาเป้าหมาย
การตอบสนองเชิงแสงเชิงเส้น (เช่น การตอบสนองทางอิเล็กทรอนิกส์) ของโมเลกุลหรือกลุ่มอนุภาค รวมถึงการตอบสนองแบบไม่เชิงเส้นอันดับสอง การตอบสนองแบบไม่เชิงเส้นต่อสนามแม่เหล็กไฟฟ้าความเข้มสูงแบบคลาสสิก โดยคำนึงถึงทั้งระดับความเป็นอิสระของไอออนและอิเล็กตรอน...
พื้นฐานทางทฤษฎี
ทฤษฎีพื้นฐานคือ DFT และ TDDFT นอกจากนี้ โค้ดอาจทำการจำลองพลศาสตร์โดยพิจารณาการประมาณแบบคลาสสิก (เช่น อนุภาคจุด) สำหรับนิวเคลียส พลศาสตร์เหล่านี้อาจไม่เป็นแบบอะเดียแบติก เนื่องจากระบบวิวัฒนาการตามเส้นทางของ Ehrenfest อย่างไรก็ตาม มันเป็นวิธีการแบบสนามเฉลี่ย...
ระเบียบวิธีวิจัย
ในแง่ของการแสดงผลเชิงตัวเลข โค้ดนี้ทำงานโดยไม่ต้องใช้ ชุดฐาน (basis set) โดยอาศัยตาข่ายเชิงตัวเลข (numerical meshes) อย่างไรก็ตาม จะมีการใช้ชุดฐานเสริม ( ระนาบคลื่น , ออร์บิทัลอะตอม ) เมื่อจำเป็น โค้ดในปัจจุบันนี้รองรับการทำงานกับกริดที่ไม่สม่ำเสมอ...