วิกฤตการณ์โอริเจนิสต์ครั้งแรกเริ่มขึ้นในช่วงปลายศตวรรษที่ 4 ซึ่งตรงกับการเริ่มต้นของลัทธิอารามิกในปาเลสไตน์^{[ 4 ]}จุดเริ่มต้นของความขัดแย้งมาจากบิชอปไซเปรี ยน เอพิฟานิอุสแห่งซาลามิสผู้มุ่งมั่นที่จะกำจัดลัทธินอกรีตทั้งหมดและหักล้างพวกมัน^{[ 4 ]}เอพิฟานิอุสโจมตีโอริเจนในบทความต่อต้านลัทธินอกรีตของเขาAncoratus (375) และPanarion (376) โดยรวบรวมรายการคำสอนที่โอริเจนยึดถือซึ่งเอพิฟานิอุสถือว่าเป็นลัทธินอกรีต^{[ ​​5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]}บทความของเอพิฟานิอุสพรรณนาถึงโอริเจนว่าเป็นคริสเตียนออร์โธดอกซ์ดั้งเดิมที่ถูกทำให้เสื่อมเสียและกลายเป็นพวกนอกรีตโดยความชั่วร้ายของ "การศึกษาแบบกรีก" ^{[ 6 ]}เอพิฟานิอุสคัดค้านเป็นพิเศษต่อลัทธิซับออร์ดิเนชันนิสม์ ของโอริเจน การใช้การตีความเชิงอุปมาอุปไมยที่ "มากเกินไป" ของเขา และนิสัยของเขาในการเสนอแนวคิดเกี่ยวกับพระคัมภีร์ "ในเชิงการคาดเดา ในฐานะแบบฝึกหัด" มากกว่า "ในเชิงหลักคำสอน" ^{[ 5 ]}

เอพิฟานิอุสขอให้จอห์นที่ 2 บิชอปแห่งเยรูซาเลมประณามโอริเจนว่าเป็นพวกนอกรีต จอห์นปฏิเสธเพราะไม่สามารถประณามบุคคลว่าเป็นพวกนอกรีตย้อนหลังได้หลังจากเสียชีวิตแล้ว^{[ 1 ]}ในปี 393 พระภิกษุชื่ออาตาร์บิอุสได้ยื่นคำร้องให้มีการประณามโอริเจนและงานเขียนของเขา^{[ 1 ]}ไทแรนนิอุส รูฟินัสนักบวชที่อารามบนภูเขามะกอกเทศซึ่งได้รับการบวชโดยจอห์นแห่งเยรูซาเลมและเป็นผู้ชื่นชมโอริเจนมานาน ปฏิเสธคำร้องนั้นโดยสิ้นเชิง^{[ 1 ] [ 9 ]} อย่างไรก็ตาม เจ โรมเพื่อนสนิทและผู้ร่วมงานของรูฟินัสซึ่งได้ศึกษาโอริเจนเช่นกัน กลับเห็นด้วยกับคำร้องนั้น^{[ 1 ] [ 9 ]}ในช่วงเวลาเดียวกันนั้นจอห์น คาสเซียนได้นำคำสอนของโอริเจนมาสู่โลกตะวันตก^{[ 10 ] [ 8 ]}

ในปี 394 เอพิฟานิอุสเขียนจดหมายถึงจอห์นแห่งเยรูซาเลม ขอให้ประณามโอริเจนอีกครั้ง โดยยืนยันว่างานเขียนของโอริเจนดูหมิ่นการสืบพันธุ์ทางเพศของมนุษย์ และกล่าวหาว่าเขาเป็นพวกเอนคราไทต์ [ ^{1 ] จอ}ห์นปฏิเสธคำขออีกครั้ง^{[ 1 ]}ในปี 395 เจโรมได้ร่วมมือกับพวกต่อต้านโอริเจนและขอร้องจอห์นแห่งเยรูซาเลมให้ประณามโอริเจน ซึ่งจอห์นปฏิเสธอีกครั้ง^{[ 1 ]}เอพิฟานิอุสเริ่มการรณรงค์ต่อต้านจอห์น โดยเทศนาอย่างเปิดเผยว่าจอห์นเป็นพวกนอกรีตที่นับถือโอริเจน^{[ 1 ]}เขาโน้มน้าวให้เจโรมตัดความสัมพันธ์กับจอห์นได้สำเร็จ และแต่งตั้งพอลินิอานัส น้องชายของเจโรมเป็นปุโรหิตโดยไม่สนใจอำนาจของจอห์น^{[ 1 ]}

ในขณะเดียวกัน ในปี ค.ศ. 397 รูฟินัสได้ตีพิมพ์คำแปลภาษาละตินของหนังสือ On First Principles ของโอริเจน[ 1 ^{] [ 11 ] [ 2 ] [ 12 ]รูฟิ}นัสเชื่อมั่นว่าพวกนอกรีตได้แทรกแซงตำราดั้งเดิมของโอริเจน และการแทรกแซงเหล่านี้เป็นที่มาของคำสอนนอกรีตที่พบในนั้น^{[ 11 ]}ดังนั้นเขาจึงแก้ไขข้อความของโอริเจนอย่างมาก โดยตัดและเปลี่ยนแปลงส่วนใดๆ ที่ไม่สอดคล้องกับหลักคำสอนของคริสเตียนในยุคนั้น^{[ 12 ] [ 11 ]}ในคำนำของการแปลนี้ รูฟินัสกล่าวว่าเจอโรมได้ศึกษาภายใต้ดิดิมัสผู้ตาบอด ศิษย์ของโอริเจน ซึ่งหมายความว่าเจอโรมเป็นผู้ติดตามของโอริเจน^{[ 1 ] [ 9 ]}เจโรมโกรธมากจนเขาตั้งใจจะแปลหนังสือOn the First Principles เป็นภาษาละติน โดยสัญญาว่าจะแปลทุกคำให้ตรงตามต้นฉบับทุกประการ และเปิดเผยความนอกรีตของออริเจนให้โลกได้รับรู้^{[ 12 ] [ 1 ] [ 2 ]}การแปลของเจโรมสูญหายไปทั้งหมด^{[ 12 ]}

ในปี ค.ศ. 399 วิกฤตการณ์ของโอริเจนได้มาถึงอียิปต์^{[ 1 ]}ธีโอฟิลัสแห่งอเล็กซานเดรียเห็นอกเห็นใจผู้สนับสนุนของโอริเจน^{[ 1 ]}และนักประวัติศาสตร์คริสตจักรโซโซเมนบันทึกไว้ว่าเขาได้เทศนาคำสอนของโอริเจนอย่างเปิดเผยว่าพระเจ้าไม่มีกาย^{[ 13 ]}ในจดหมายเทศกาล ของเขา ในปี ค.ศ. 399 เขาประณามผู้ที่เชื่อว่าพระเจ้ามีกายที่เหมือนมนุษย์อย่างแท้จริง โดยเรียกพวกเขาว่า "คนโง่เขลา" ที่ไม่รู้หนังสือ^{[ 13 ] [ 14 ] [ 3 ]}ฝูงชนจำนวนมากของพระสงฆ์ชาวอเล็กซานเดรียที่ถือว่าพระเจ้ามีรูปร่างเหมือนมนุษย์ได้ก่อจลาจลบนท้องถนน^{[ 15 ]}ตามที่นักประวัติศาสตร์คริสตจักรโซคราเตส สโคลัสติคัสกล่าว เพื่อป้องกันการจลาจล ธีโอฟิลัสจึงเปลี่ยนท่าทีอย่างกะทันหันและเริ่มประณามโอริเจน^{[ 15 ] [ 3 ]}ในปี ค.ศ. 400 ธีโอฟิลัสเรียกประชุมสภาในอเล็กซานเดรีย ซึ่งประณามโอริเจนและผู้ติดตามทั้งหมดของเขาว่าเป็นพวกนอกรีต เนื่องจากสอนว่าพระเจ้าไม่มีกาย ซึ่งพวกเขาตัดสินว่าขัดแย้งกับจุดยืนที่ถูกต้องและเป็นไปตามหลักออร์โธดอกซ์เพียงจุดเดียว คือ พระเจ้ามีกายกายที่แท้จริงคล้ายกับมนุษย์^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] [ a ]}

ธีโอฟิลัสเรียกตัวโอริเจนเองว่าเป็น "ไฮดราแห่งลัทธินอกรีตทั้งปวง" ^{[ 16 ]}และชักชวนให้สมเด็จพระสันตะปาปาอนาสตาเซียสที่ 1ลงนามในจดหมายของสภา ซึ่งส่วนใหญ่ประณามคำสอนของพระภิกษุนิกายไนเทรียที่เกี่ยวข้องกับเอวาเกรียส ปอนติคัส [ ^{15 ] ใน}ปี 402 ธีโอฟิลัสขับไล่พระภิกษุนิกายโอริเจนออกจากอารามในอียิปต์ (รวมถึงไอแซคแห่งเซลล์ ) และเนรเทศพระภิกษุทั้งสี่ที่รู้จักกันในชื่อ " พี่น้องสูงใหญ่ " ซึ่งเป็นผู้นำของชุมชนไนเทรีย^{[ 15 ] [ 3 ]}จอห์น คริสโซส ตอม พระสังฆราชแห่งคอนสแตนติโน เปิล ได้ให้ที่ลี้ภัยแก่พี่น้องทอลล์ ซึ่งเป็นข้อเท็จจริงที่ธีโอฟิลัสใช้ในการวางแผนประณามและปลดจอห์นออกจากตำแหน่งในการประชุมสภาโอ๊คในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 403 ^{[ 15 ] [ 3 ]}เมื่อจอห์น คริสโซสตอมถูกปลดออกจากตำแหน่ง ธีโอฟิลัสก็ฟื้นฟูความสัมพันธ์ปกติกับพระสงฆ์นิกายโอริเจนิสต์ในอียิปต์ และวิกฤตการณ์โอริเจนิสต์ครั้งแรกก็สิ้นสุดลง^{[ 15 ]}

วิกฤตการณ์โอริเจนิสต์ครั้งที่สองเกิดขึ้นในศตวรรษที่ 6 ในช่วงที่ลัทธิไบแซนไทน์เฟื่องฟู [ ^{15 ] แม้ว่า}วิกฤตการณ์โอริเจนิสต์ครั้งที่สองจะไม่มีเอกสารหลักฐานมากเท่ากับครั้งแรก^{[ 15 ]}แต่ดูเหมือนว่าจะเกี่ยวข้องกับคำสอนของบรรดาผู้ติดตามของโอริเจนในภายหลังมากกว่าสิ่งที่โอริเจนเขียนไว้เอง^{[ 15 ]}เอวาเกรียส ปอนติคัส ศิษย์ของโอริเจนได้สนับสนุน การภาวนา แบบใคร่ครวญ^{[ 15 ]}แต่ชุมชนนักบวชอื่นๆ ให้ความสำคัญกับการบำเพ็ญตบะในการภาวนา โดยเน้นการอดอาหาร การทำงานหนัก และการเฝ้ารอ^{[ 15 ]}พระภิกษุโอริเจนิสต์บางรูปในปาเลสไตน์ ซึ่งศัตรูของพวกเขาเรียกว่า "อิโซคริสโตอิส" (หมายถึง "ผู้ที่จะถือว่าตนเองเท่าเทียมกับพระคริสต์") เน้นย้ำคำสอนของโอริเจนเกี่ยวกับการดำรงอยู่ก่อนกาลของวิญญาณ และถือว่าวิญญาณทั้งหมดเดิมทีเท่าเทียมกับพระคริสต์ และจะกลับมาเท่าเทียมกันอีกครั้งในตอนสิ้นสุดของกาลเวลา^{[ 15 ]}กลุ่มผู้เชื่อในลัทธิออริเจนอีกกลุ่มหนึ่งในภูมิภาคเดียวกันกลับยืนยันว่าพระคริสต์ทรงเป็น "ผู้นำของพี่น้องมากมาย" ในฐานะผู้ถูกสร้างเป็นคนแรก^{[ 19 ]}กลุ่มนี้มีความเป็นกลางมากกว่า และฝ่ายตรงข้ามเรียกพวกเขาว่า "Protoktistoi" ("ผู้ถูกสร้างเป็นคนแรก") ^{[ 19 ]}ทั้งสองกลุ่มต่างกล่าวหาอีกฝ่ายว่าเป็นพวกนอกรีต และคริสเตียนคนอื่นๆ ก็กล่าวหาทั้งสองกลุ่มว่าเป็นพวกนอกรีตเช่นกัน^{[ 20 ]}

กลุ่ม Protoktistoi ได้ยื่นอุทธรณ์ต่อจักรพรรดิจัสติเนียนที่ 1ให้ประณามกลุ่ม Isochristoi ว่าเป็นพวกนอกรีตผ่านทาง Pelagius ซึ่งเป็น apocrisiarius ของพระสันตะปาปา[ 20 ^{]ในปี}ค.ศ. 543  Pelagius ได้นำเอกสารมาเสนอต่อจัสติเนียน ซึ่งรวมถึงจดหมายประณาม Origen ที่เขียนโดยพระสังฆราชMennas แห่งคอนสแตนติโนเปิล [ ^{21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 20 ]}พร้อมด้วยข้อความที่ตัดตอนมาจากหนังสือ On First Principles ของ Origen ^และคำสาปแช่งหลายฉบับต่อ Origen ^{[ 20 ]}การประชุมสภาภายในประเทศที่จัดขึ้นเพื่อแก้ไขปัญหานี้ได้สรุปว่าคำสอนของ Isochristoi เป็นพวกนอกรีต และเมื่อเห็นว่า Origen เป็นผู้กระทำความผิดขั้นสุดท้ายที่อยู่เบื้องหลังความนอกรีต จึงประณาม Origen เองว่าเป็นพวกนอกรีตเช่นกัน^{[ 20 ] [ 18 ] [ 8 ]}จักรพรรดิจัสติเนียนทรงสั่งให้เผางานเขียนทั้งหมดของ Origen ^{[ 18 ] [ 8 ]}ในฝั่งตะวันตกDecretum Gelasianumซึ่งเขียนขึ้นในช่วงระหว่างปี 519 ถึง 553 ระบุว่า Origen เป็นผู้เขียนที่งานเขียนของเขาจะต้องถูกห้ามอย่างเด็ดขาด^{[ 24 ]}

ในปี 553 ในช่วงต้นของการประชุมสภาคอนสแตนติโนเปิลครั้งที่สอง (สภาสังคายนาสากลครั้งที่ห้า) เมื่อสมเด็จพระสันตะปาปาวิจิลิอุสยังคงปฏิเสธที่จะเข้าร่วม แม้ว่าจัสติเนียนจะจับพระองค์เป็นตัวประกัน บรรดาบิชอปในการประชุมได้ให้สัตยาบันจดหมายเปิดผนึกที่ประณามออริเจนในฐานะผู้นำของอิโซคริสตอย^{[ 20 ]}จดหมายฉบับนี้ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของการกระทำอย่างเป็นทางการของการประชุม และโดยพื้นฐานแล้วก็เป็นการกล่าวซ้ำพระราชกฤษฎีกาที่ออกโดยสภาสังคายนาคอนสแตนติโนเปิลในปี 543 ^{[ 20 ]}โดยอ้างถึงงานเขียนที่ไม่เหมาะสมที่กล่าวอ้างว่าเป็นของออริเจน แต่แท้จริงแล้วงานเขียนทั้งหมดที่อ้างถึงในนั้นเขียนโดยเอวาเกรียส ปอน ติคัส ^{[ 20 ]}หลังจากที่การประชุมสภาเปิดอย่างเป็นทางการ แต่ในขณะที่สมเด็จพระสันตะปาปาวิจิลิอุสยังคงปฏิเสธที่จะเข้าร่วม จัสติเนียนได้นำเสนอปัญหาของข้อความที่รู้จักกันในชื่อ " สามบท" แก่บรรดาบิชอป ซึ่งโจมตีคริสตวิทยาของแอนติโอเคีย^{[ 20 ]}

บรรดาบิชอปได้จัดทำรายชื่อคำสาปแช่งต่อคำสอนนอกรีตที่อยู่ในบททั้งสามและคำสอนที่เกี่ยวข้องกับบทเหล่านั้น^{[ 20 ]}ในข้อความอย่างเป็นทางการของคำสาปแช่งข้อที่สิบเอ็ด โอริเจนถูกประณามว่าเป็นพวกนอกรีตทางคริสตวิทยา^{[ 20 ] [ 24 ]}แต่ชื่อของโอริเจนไม่ได้ปรากฏเลยในโฮโมโนเอีย^ซึ่งเป็นร่างแรกของคำสาปแช่งที่ออกโดยสำนักวาติกัน ของจักรวรรดิ [ ^{20 ]}และก็ไม่ได้ปรากฏในฉบับของการดำเนินการของสภาที่สมเด็จพระสันตะปาปาวิจิลเลียสทรงลงนามในที่สุด ซึ่งเป็นเวลานานหลังจากนั้น^{[ 20 ]}ความไม่สอดคล้องกันเหล่านี้อาจบ่งชี้ว่าชื่อของโอริเจนอาจถูกแทรกเข้าไปในข้อความภายหลังสภา^{[ 20 ]}ผู้เชี่ยวชาญบางคนเชื่อว่าคำสาปแช่งเหล่านี้เป็นของสภาท้องถิ่นก่อนหน้านี้^{[ 25 ]}แม้ว่าชื่อของโอริเจนจะปรากฏอยู่ในข้อความต้นฉบับของคำสาปแช่ง แต่คำสอนที่อ้างว่าเป็นของโอริเจนซึ่งถูกประณามในคำสาปแช่งนั้น แท้จริงแล้วเป็นความคิดของพวกโอริเจนนิสต์รุ่นหลัง ซึ่งมีพื้นฐานน้อยมากในสิ่งที่โอริเจนเองได้เขียนไว้^{[ 20 ] [ 21 ] [ 16 ]}อันที่จริง พระสันตะปาปาวิจิลิอุส (537–555), เปลาจิอุสที่ 1 (556–561), เปลาจิอุสที่ 2 (579–590) และเกรกอรีมหาราช (590–604) ทรงทราบเพียงว่าสภาสังคายนาครั้งที่ 5 เกี่ยวข้องกับบททั้งสาม โดยเฉพาะ และไม่ได้กล่าวถึงลัทธิโอริเจนหรือลัทธิสากลนิยม หรือพูดราวกับว่าพวกเขารู้เกี่ยวกับการประณามลัทธิเหล่านั้นแม้ว่าเกรกอรีมหาราชจะต่อต้านลัทธิสากลนิยมก็ตาม^{[ 21 ]}