รายชื่อซอฟต์แวร์ด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ

รายชื่อซอฟต์แวร์ทางด้านพันธุศาสตร์เชิงคำนวณนี้เป็นการรวบรวมซอฟต์แวร์ที่ใช้ในการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ เครื่องมือเหล่านี้มักใช้ในจีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบ คลาดีสติกส์และชีวสารสนเทศวิธีการประมาณแผนภูมิวิวัฒนาการ ได้แก่ วิธีการเชื่อมต่อ เพื่อนบ้าน ( neighbor-joining ) วิธีความประหยัดสูงสุด ( maximum parsimonyหรือเรียกง่ายๆ ว่า parsimony) วิธีการจัดกลุ่มคู่ที่ไม่ถ่วงน้ำหนักด้วยค่าเฉลี่ยเลขคณิต ( UPGMA ) การอนุมานทางวิวัฒนาการแบบเบย์เซียน วิธี ความน่าจะเป็นสูงสุดและวิธีเมทริกซ์ระยะทาง

รายการ

ชื่อ	คำอธิบาย	วิธีการ	ผู้เขียน
ADMIXTOOLS ^{[ 1 ]}	แพ็คเกจซอฟต์แวร์ Rที่ประกอบด้วยโปรแกรม qpGraph, qpAdm, qpWave และ qpDstat		นิค แพตเตอร์สัน , เดวิด ไรช์
AncesTree ^{[ 2 ]}	อัลกอริทึมสำหรับการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการของโคลนจากข้อมูลลำดับดีเอ็นเอของมะเร็งหลายตัวอย่าง	วิธีความน่าจะเป็นสูงสุด, การเขียนโปรแกรมเชิงเส้นจำนวนเต็ม (ILP)	เอ็ม. เอล-เคบีร์, แอล. โอเอสเปอร์, เอช. แอชเชสัน-ฟิลด์, บีเจ ราฟาเอล
AliGROOVE ^{[ 3 ]}	การแสดงภาพความแตกต่างของลำดับที่ไม่เป็นเนื้อเดียวกันภายในชุดลำดับหลายชุด และการตรวจจับการสนับสนุนกิ่งที่สูงเกินจริง	การระบุกลุ่มสิ่งมีชีวิตเดี่ยวที่แสดงความคล้ายคลึงของลำดับแบบสุ่มเป็นส่วนใหญ่เมื่อเปรียบเทียบกับกลุ่มสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ในการจัดเรียงลำดับหลายลำดับ และการประเมินความน่าเชื่อถือของการสนับสนุนโหนดในโครงสร้างทางภูมิศาสตร์ที่กำหนด	แพทริค คุค, ซานดร้า เอ ไมด์, คริสเตียน กรอสส์, แบร์นฮาร์ด มิซอฟ, โยฮันน์ โวล์ฟกัง เวเกเล่
ลิง^{[ 4 ]}	แพ็กเกจ R-Projectสำหรับการวิเคราะห์วิวัฒนาการและพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ	มีฟังก์ชันทางด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการที่หลากหลาย	ผู้ดูแลระบบ: เอ็มมานูเอล พาราดีส
แพลตฟอร์มเวิร์กโฟลว์ Armadillo ^{[ 5 ]}	แพลตฟอร์มเวิร์กโฟลว์ที่ออกแบบมาเพื่อการวิเคราะห์ทางด้านวิวัฒนาการและชีวสารสนเทศทั่วไป	การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการโดยใช้วิธีระยะทาง วิธีความน่าจะเป็นสูงสุด วิธีความประหยัดสูงสุด วิธีเบย์เซียน และขั้นตอนการทำงานที่เกี่ยวข้อง	E. Lord, M. Leclercq, A. Boc, AB Diallo และ V. Makarenkov
BAli-Phy ^{[ 6 ]}	การอนุมานแบบเบย์เซียนพร้อมกันของการจัดเรียงลำดับและวิวัฒนาการ	การอนุมานแบบเบย์เซียน การจัดเรียงลำดับ และการค้นหาต้นไม้	MA Suchard, BD Redelings
ปีกค้างคาว^{[ 7 ]}	การวิเคราะห์แบบเบย์เซียนของต้นไม้ด้วยการสร้างโหนดภายใน	การอนุมานแบบเบย์เซียน ประวัติศาสตร์ประชากร การแบ่งกลุ่มประชากร	ไอเจ วิลสัน, วีล, ดี. บอลดิง
BayesPhylogenies ^{[ 8 ]}	การอนุมานแบบเบย์เซียนของต้นไม้โดยใช้วิธีมอนเตคาร์โลแบบลูกโซ่มาร์คอฟ	การอนุมานแบบเบย์เซียน, แบบจำลองหลายแบบ, แบบจำลองผสม (การแบ่งส่วนอัตโนมัติ)	เอ็ม. พาเกล, เอ. มีด
BayesTraits ^{[ 9 ]}	วิเคราะห์วิวัฒนาการของลักษณะเฉพาะในกลุ่มสปีชีส์ต่างๆ ที่มีแผนภูมิวิวัฒนาการหรือตัวอย่างแผนภูมิวิวัฒนาการอยู่แล้ว	การวิเคราะห์ลักษณะเฉพาะ	เอ็ม. พาเกล, เอ. มีด
สัตว์ร้าย^{[ 10 ]}	ต้นไม้สุ่มตัวอย่างการวิเคราะห์วิวัฒนาการแบบเบย์เซียน	การอนุมานแบบเบย์เซียน นาฬิกาโมเลกุลแบบผ่อนคลาย ประวัติศาสตร์ประชากร	เอเจ ดรัมมอนด์, แมสซาชูเซตส์ ซูชาร์ด, ดี เซีย และเอ. รัมเบาท์
ไบโอเนเมริกส์	แพลตฟอร์มอเนกประสงค์สำหรับการจัดการ จัดเก็บ และวิเคราะห์ข้อมูลทางชีววิทยาทุกประเภท รวมถึงการสร้างแผนภูมิและเครือข่ายจากข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ	วิธี Neighbor-joining, Maximum parsimony, UPGMA, Maximum likelihood, Distance matrix,... การคำนวณความน่าเชื่อถือของต้นไม้/กิ่งก้านโดยใช้ Bootstrapping, Permutation resampling หรือ Error resampling	แอล. วอเทอริน และ พี. วอเทอริน
บอสเก้	ซอฟต์แวร์กราฟิกแบบบูรณาการสำหรับการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการ ตั้งแต่การนำเข้าลำดับดีเอ็นเอไปจนถึงการสร้างและแก้ไขแผนภูมิวิวัฒนาการและการจัดเรียงลำดับ	วิธีการคำนวณระยะทางและความน่าจะเป็นสูงสุด (ผ่าน PhyML, PHYLIP, Tree-Puzzle)	เอส. รามิเรซ, อี. โรดริเกซ
บัคกี้^{[ 11 ]}	ความสอดคล้องแบบเบย์เซียนของแผนผังยีน	ความสอดคล้องแบบเบย์เซียนโดยใช้ฉันทามติแบบโลภที่ปรับปรุงแล้วของกลุ่มควอเต็ตที่ไม่มีราก	ซี. อาเน่ , บี. ลาร์เก็ต, ดา บอม, เอสดี สมิธ, เอ. โรคาส และ บี. ลาร์เก็ต, เอสเค โกธา, ซีเอ็น ดิวอี้
หลังคา^{[ 12 ]}	การประเมินความแตกต่างภายในเนื้องอกและการติดตามประวัติการวิวัฒนาการของโคลนตามช่วงเวลาและตำแหน่งโดยใช้การลำดับดีเอ็นเอรุ่นใหม่	วิธีการหาค่าความน่าจะเป็นสูงสุด (Maximum Likelihood) และวิธีการมาร์คอฟเชน มอนเตคาร์โล (Markov Chain Monte Carlo: MCMC)	Y. Jiang, Y. Qiu, AJ Minn และ NR Zhang
CGRphylo ^{[ 13 ]}	วิธีการ CGR สำหรับการจำแนกและติดตามไวรัสที่วิวัฒนาการอย่างรวดเร็วได้อย่างแม่นยำ	วิธีการแสดงภาพเกมแห่งความโกลาหล (Chaos Game Representation: CGR) ซึ่งอิงตามแนวคิดของฟิสิกส์เชิงสถิติ	อมารินเดอร์ ซิงห์ ทินด์, สมทัตตา ซินฮา
ซีทูป	การอนุมานความเป็นโคลนในเนื้องอกโดยใช้วิวัฒนาการทางสายพันธุ์	การค้นหาอย่างละเอียดถี่ถ้วน, การเขียนโปรแกรมจำนวนเต็มกำลังสอง (QIP)	เอส. มาลิคิช, เอ.ดับบลิว. แมคเฟอร์สัน, เอ็น. ดอนเมซ, ซี.เอส. ซาฮินัลป์
แคลโดกราฟ	เป้าหมายหลักของ Cladograph คือการจัดหาเครื่องมือที่เป็นมิตรต่อผู้ใช้สำหรับนักเรียน ครู และนักวิจัย เพื่อสำรวจความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการระหว่างสิ่งมีชีวิตต่างชนิดกัน	การวิเคราะห์ลักษณะเฉพาะ	เปโดร อันดราเด จิโรลโด
คลัสทัล ดับเบิลยู	การจัดเรียงลำดับหลายลำดับแบบก้าวหน้า	เมทริกซ์ระยะทาง/เพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด	ทอมป์สันและคณะ^{[ 14 ]}
ถ่านหินอีโวล	การจำลองวิวัฒนาการของ DNA และโปรตีนตามแผนภูมิวิวัฒนาการ (ซึ่งสามารถจำลองได้ด้วยแบบจำลองการรวมกลุ่ม)	การจำลองการจัดเรียงลำดับหลายลำดับของดีเอ็นเอหรือโปรตีน	เอ็ม. อเรนาส, ดี. โพซาดา
คอดเอบีซี	การประเมินร่วมกันของการแทนที่ การรวมตัวใหม่ และ dN/dS ในลำดับโปรตีน	การคำนวณแบบเบย์เซียนโดยประมาณ	เอ็ม. อารีนาส, เจ.เอส. โลเปส, เอ็มเอ. บิวโมนต์, ดี. โพซาดา
เดนโดรสโคป^{[ 15 ]}	เครื่องมือสำหรับแสดงภาพต้นไม้รากและคำนวณเครือข่ายราก	ต้นไม้ราก, แผนภาพพันกัน, เครือข่ายฉันทามติ, เครือข่ายลูกผสม	แดเนียล ฮูสัน และคณะ
ถูกต้อง^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}	EXACT ใช้โมเดลวิวัฒนาการที่สมบูรณ์แบบเป็นพื้นฐาน และใช้อัลกอริธึมโฮโมโทปีที่รวดเร็วมากในการประเมินความเหมาะสมของต้นไม้ต่างๆ จากนั้นจึงทำการค้นหาต้นไม้แบบบรูทฟอร์ซโดยใช้ GPU หรือ CPU หลายตัว บนเครื่องเดียวกันหรือเครื่องต่างกัน	การค้นหาแบบใช้กำลังทั้งหมดและอัลกอริธึมโฮโมโทปี	เจีย บี., เรย์ เอส., ซาฟาวี เอส., เบนโต เจ.
EzEditor ^{[ 18 ]}	EzEditor เป็นโปรแกรมแก้ไขการจัดเรียงลำดับดีเอ็นเอและโปรตีนที่เขียนด้วยภาษาจาวา ช่วยให้สามารถจัดการการจัดเรียงลำดับดีเอ็นเอและโปรตีนเพื่อการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการได้	การจัดเรียงและการแก้ไขลำดับหลายลำดับ	Y.-S. Jeon, K. Lee, S.-C. Park, B.-S. Kim, Y.-J. Cho, S.-M. Ha และ J. Chun
ฟาสต์ดีเอ็นเอเอ็มแอล	ความน่าจะเป็นสูงสุดที่ปรับให้เหมาะสมที่สุด (เฉพาะนิวคลีโอไทด์)	ความน่าจะเป็นสูงสุด	จีเจ โอลเซ่น
FastTree 2 ^{[ 19 ]}	การอนุมานวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วสำหรับการจัดเรียงลำดับที่มีมากถึงหลายแสนลำดับ	ความน่าจะเป็นสูงสุดโดยประมาณ	เอ็มเอ็น ไพรซ์, พีเอส ดีฮาล, เอพี อาร์คิน
ฟิตโมเดล	เข้ากันได้กับแบบจำลองโคดอนที่ตำแหน่งกิ่งก้านโดยไม่จำเป็นต้องมีความรู้ล่วงหน้าเกี่ยวกับกลุ่มสายพันธุ์ที่อยู่ภายใต้การคัดเลือกเชิงบวก	ความน่าจะเป็นสูงสุด	เอส. กวินดอน
อัจฉริยะ	Geneious ให้บริการเครื่องมือสำหรับการวิจัยจีโนมและโปรตีโอม	การเข้าร่วมเพื่อนบ้าน, UPGMA, ปลั๊กอิน MrBayes, ปลั๊กอิน PhyML, ปลั๊กอิน RAxML, ปลั๊กอิน FastTree, ปลั๊กอิน GARLi, ปลั๊กอิน PAUP*	AJ Drummond, M.Suchard, V.Lefort และคณะ
ไฮฟี	การทดสอบสมมติฐานโดยใช้แผนภูมิวิวัฒนาการ	ความน่าจะเป็นสูงสุด, การเชื่อมต่อเพื่อนบ้าน, เทคนิคการจัดกลุ่ม, เมทริกซ์ระยะทาง	บ่อน้ำ SL Kosakovsky, SDW Frost, SV Muse
ลบไม่ได้^{[ 20 ]}	การจำลองวิวัฒนาการของลำดับดีเอ็นเอ/โปรตีน	การจำลอง	ดับเบิลยู. เฟลตเชอร์, ซี. หยาง
IQPNNI (ไม่ได้รับการดูแลรักษาอีกต่อไป ถูกแทนที่ด้วย IQ-TREE) ^{[ 21 ]}	การค้นหาต้นไม้แบบ ML วนซ้ำพร้อมกฎการหยุด	ความน่าจะเป็นสูงสุด, การเชื่อมต่อเพื่อนบ้าน	LS Vinh, A. von Haeseler, BQ Minh
IQ-Tree ^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}	ซอฟต์แวร์ทางด้านฟิโลจีโนมิกส์ที่มีประสิทธิภาพสูงโดยใช้วิธีความน่าจะเป็นสูงสุด ซึ่งเป็นรุ่นต่อจาก IQPNNI และ Tree-Puzzle	ความน่าจะเป็นสูงสุด การเลือกแบบจำลอง การค้นหาแผนการแบ่งพาร์ติชัน AIC, AICc, BIC การบูตสแตรปแบบอัลตร้าฟาสต์^{[ 24 ]}การทดสอบสาขา การทดสอบโทโพโลยีต้นไม้ การแมปความน่าจะเป็น	Lam-Tung Nguyen, O. Chernomor, HA Schmidt, A. von Haeseler, BQ Minh
jModelTest 2	โปรแกรมประมวลผลประสิทธิภาพสูงสำหรับดำเนินการคัดเลือกทางสถิติของแบบจำลองการแทนที่นิวคลีโอไทด์ที่เหมาะสมที่สุด	ความน่าจะเป็นสูงสุด, AIC, BIC, DT, hLTR, dLTR	ดี. ดาริบา GL. ทาโบอาดา, ร. โดอัลโล, ดี. โปซาดา
โจลีทรี^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}	กระบวนการทางชีวสารสนเทศที่ไม่ต้องอาศัยการจัดเรียงลำดับเพื่อสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการตามระยะทางจากชุดประกอบจีโนม โดยเฉพาะอย่างยิ่งออกแบบมาเพื่อสร้างแผนภูมิจากจีโนมที่อยู่ในสกุลเดียวกันได้อย่างรวดเร็ว	ระยะห่างจีโนมแบบคู่โดยใช้ MinHash , วิวัฒนาการขั้นต่ำที่สมดุล (BME), การค้นหาต้นไม้ BME แบบใช้แรตเช็ต, อัตราของควอเต็ตพื้นฐาน	เอ. คริสคูโอโล
ลิสเบธ	การวิเคราะห์สามรายการสำหรับพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการและภูมิศาสตร์ชีวภาพ	การวิเคราะห์สามรายการ	เจ. ดูคาสส์, เอ็น. เชา และ อาร์. ซาราเกตา-บาจิลส์
เมกะ	การวิเคราะห์พันธุศาสตร์วิวัฒนาการระดับโมเลกุล	วิธีการคำนวณระยะทาง ความประหยัด และความน่าจะเป็นแบบผสมสูงสุด	ทามูระ เค, ดัดลีย์ เจ, เนย เอ็ม และ คูมาร์ เอส
เมกอะไลน์ โปร	MegAlign Pro เป็นส่วนหนึ่งของชุดโปรแกรม Lasergene Molecular Biology ของ DNASTAR แอปพลิเคชันนี้ทำการจัดเรียงลำดับดีเอ็นเอหลายลำดับและแบบคู่ ให้การแก้ไขการจัดเรียงลำดับ และสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ	ความน่าจะเป็นสูงสุด (RAxML) และการเชื่อมต่อเพื่อนบ้าน	ดีเอ็นเอสตาร์
เมสกีต	Mesquite เป็นซอฟต์แวร์สำหรับชีววิทยาเชิงวิวัฒนาการ ออกแบบมาเพื่อช่วยนักชีววิทยาในการวิเคราะห์ข้อมูลเปรียบเทียบเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิต โดยเน้นที่การวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการ แต่บางโมดูลก็เกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์เปรียบเทียบหรือพันธุศาสตร์ประชากร ในขณะที่โมดูลอื่นๆ ทำการวิเคราะห์หลายตัวแปรที่ไม่เกี่ยวข้องกับวิวัฒนาการ นอกจากนี้ยังสามารถใช้สร้างแผนภูมิเวลาโดยรวมเอาช่วงเวลาทางธรณีวิทยาเข้าไปด้วยได้ โดยใช้โมดูลเสริมบางส่วน	ความประหยัดสูงสุด, เมทริกซ์ระยะทาง, ความน่าจะเป็นสูงสุด	เวย์น แมดดิสันและ ดร. แมดดิสัน
เมตาพีจีเอ2	โปรแกรมมัลติคอร์สำหรับการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการด้วยวิธีความน่าจะเป็นสูงสุด (Maximum likelihood phylogeny) สำหรับลำดับดีเอ็นเอ โปรตีน และข้อมูลทางสัณฐานวิทยา สามารถทำการวิเคราะห์ได้โดยใช้ส่วนติดต่อผู้ใช้แบบกราฟิกที่ครอบคลุมและใช้งานง่าย หรือโดยใช้ไฟล์แบตช์ นอกจากนี้ยังมีเครื่องมือแสดงภาพแผนภูมิวิวัฒนาการ ลำดับบรรพบุรุษ และการเลือกแบบจำลองการแทนที่และพารามิเตอร์ที่ดีที่สุดโดยอัตโนมัติ	ความน่าจะเป็นสูงสุด, ฮิวริสติกเชิงสุ่ม ( อัลกอริธึมทางพันธุกรรม , อัลกอริธึมทางพันธุกรรมของประชากรย่อย, การอบชุบแบบจำลอง ฯลฯ), ความไม่สม่ำเสมอของอัตราแกมมาแบบไม่ต่อเนื่อง, การสร้างสถานะบรรพบุรุษขึ้นใหม่, การทดสอบแบบจำลอง	มิเชล ซี. มิลินโควิช และ ราฟาเอล เฮลาเออร์ส
ไมโครเบเทรซ	MicrobeTrace เป็นแอปพลิเคชันบนเว็บที่ใช้งานได้ฟรีผ่านทางเบราว์เซอร์	เครื่องมือแสดงภาพเครือข่าย 2 มิติและ 3 มิติ, การแสดงภาพแผนผังแบบ Neighbor-joining, แผนภูมิ Gantt, แผนภูมิฟอง, การแสดงภาพเครือข่ายบนแผนที่, แผนผังการไหล, ตารางสรุปข้อมูล, เส้นโค้ง Epi, ฮิสโตแกรม, โปรแกรมดูแนวการจัดเรียง และอื่นๆ อีกมากมาย	Ellsworth M. Campbell, Anthony Boyles, Anupama Shankar, Jay Kim, Sergey Knyazev, Roxana Cintron, William M. Switzer ^{[ 27 ]}
MNHN-Tree-Tools	MNHN-Tree-Tools เป็นซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สสำหรับการอนุมานวิวัฒนาการของสายพันธุ์ โดยทำงานกับลำดับนิวคลีโอไทด์และโปรตีน	การจัดกลุ่มลำดับดีเอ็นเอหรือโปรตีนและการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการจากชุดลำดับนั้น โดยหลักแล้วจะใช้แนวทางที่อิงตามระยะทางและความหนาแน่น	โธมัส ฮาชกา, โลอิก ปองเกอร์, คริสตอฟ เอสคูเด และจูเลียน มอสซิโคนัชชี^{[ 28 ]}
ตัวสร้างแบบจำลอง	การเลือกแบบจำลอง (โปรตีนหรือนิวคลีโอไทด์)	ความน่าจะเป็นสูงสุด	โทมัส คีน
มอลฟี่	พันธุศาสตร์ระดับโมเลกุล (โปรตีนหรือนิวคลีโอไทด์)	ความน่าจะเป็นสูงสุด	เจ. อาดาจิ และ เอ็ม. ฮาเซงาวะ
มอร์โฟแบงค์	แอปพลิเคชันบนเว็บสำหรับจัดระเบียบข้อมูลลักษณะ (ลักษณะทางสัณฐานวิทยา) เพื่อใช้ในการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ	(สำหรับใช้กับการวิเคราะห์แบบ Maximum Parsimony (ผ่านทางพอร์ทัล CIPRES), Maximum Likelihood และ Bayesian)	O'Leary, MA และ S. Kaufman, ^{[ 29 ]}รวมถึง K. Alphonse ด้วย
มิสเตอร์เบย์ส	การประมาณความน่าจะเป็นภายหลัง	การอนุมานแบบเบย์เซียน	J. Huelsenbeck และคณะ^{[ 30 ]}
เครือข่าย	ซอฟต์แวร์เครือข่ายวิวัฒนาการทางสายพันธุ์ฟรี	การเชื่อมต่อค่ามัธยฐาน, ค่ามัธยฐานที่ลดลง, เครือข่ายสไตเนอร์	เอ. โรห์ล
โนนา	การอนุมานเชิงวิวัฒนาการ	ความประหยัดสูงสุด, การถ่วงน้ำหนักโดยนัย, กลไกเฟือง	พี. โกลอบอฟฟ์
โอเรียนท์เอจีแรฟ	การสร้างกราฟการผสมผสานขึ้นใหม่จากความถี่ของอัลลีล	สถิติ f2 หรือเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม การค้นหาการวางแนวเครือข่ายความน่าจะเป็นสูงสุดที่ดำเนินการภายใน TreeMix ^{[ 31 ]}	เอริน มอลลอย, อรุณ ดูร์วาซูลา, ศรีราม สันการารามัน^{[ 32 ]}
PAML ^{[ 33 ]}	การวิเคราะห์วิวัฒนาการทางสายพันธุ์โดยวิธีความน่าจะเป็นสูงสุด	ความน่าจะเป็นสูงสุดและการอนุมานแบบเบย์เซียน	ซี. หยาง
พาราฟิโล^{[ 34 ]}	การคำนวณแผนภูมิวิวัฒนาการของยีนและสปีชีส์โดยอาศัยความสัมพันธ์ของเหตุการณ์ (ออร์โธโลจี, พาราโลจี)	การแก้ไขกราฟและการอนุมานสามทาง	เฮลล์มุท
PartitionFinder ^{[ 35 ]}	การเลือกแบบจำลองวิวัฒนาการระดับโมเลกุลและแผนการแบ่งส่วนสำหรับการจัดเรียงลำดับดีเอ็นเอและโปรตีนแบบผสมผสาน	ความน่าจะเป็นสูงสุด, AIC, AICc, BIC	อาร์. แลนเฟียร์, บี คัลคอตต์, SYW Ho, เอส กวินดอน
ปาสติส	แพ็กเกจ R สำหรับการประกอบแผนภูมิวิวัฒนาการ	R, การอนุมานแบบเบย์เซียนสองขั้นตอนโดยใช้ MrBayes 3.2	Thomas et al. 2013 ^{[ 36 ]}
แพ็พ*	การวิเคราะห์วิวัฒนาการทางสายพันธุ์โดยใช้หลักความประหยัด (*และวิธีการอื่นๆ)	ความประหยัดสูงสุด, เมทริกซ์ระยะทาง, ความน่าจะเป็นสูงสุด	ดี. สวอฟฟอร์ด
พะงอร์น^{[ 37 ]}	การวิเคราะห์วิวัฒนาการทางสายพันธุ์ใน R	ML, MP, เมทริกซ์ระยะทาง, บูตสแตรป, เครือข่ายวิวัฒนาการ, บูตสแตรป, การเลือกแบบจำลอง, การทดสอบ SH, การทดสอบ SOWH	ผู้ดูแลระบบ: เค. ชลีป
Phybase ^{[ 38 ]}	แพ็กเกจ R สำหรับการวิเคราะห์แผนภูมิวิวัฒนาการของสายพันธุ์	ฟังก์ชันทางด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ เช่น STAR, NJst, STEAC, maxtree เป็นต้น	แอล.หลิว และ แอล.หยู
ฟิคลัสต์	การจัดกลุ่มทางวิวัฒนาการ (Phyloclustering)	ความน่าจะเป็นสูงสุดของโหมดผสมจำกัด	เว่ยเฉิน เฉิน
ฟิลลิป	แพ็คเกจการอนุมานวิวัฒนาการ	ความประหยัดสูงสุด, เมทริกซ์ระยะทาง, ความน่าจะเป็นสูงสุด	เจ. เฟลเซนสไตน์
ไฟโลที	สร้างแผนภูมิวิวัฒนาการในรูปแบบต่างๆ โดยอิงตามอนุกรมวิธานของ NCBI	ไม่มี	ไอ. เลทูนิค
ไฟโลควาร์ท	การใช้งานควอเต็ต (โดยใช้ลำดับหรือระยะห่าง)	วิธีการควอเต็ต	วี. เบอร์รี่
PhyloWGS	การสร้างแบบจำลององค์ประกอบย่อยและการวิวัฒนาการของเซลล์จากลำดับจีโนมทั้งหมดของเนื้องอก	เอ็มซีเอ็มซี	AG Deshwar, S. Vembu, CK Yung, GH Jang, L. Stein และ Q. Morris
PhyML ^{[ 39 ]}	การประมาณค่าแผนภูมิวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วและแม่นยำโดยใช้วิธีความน่าจะเป็นสูงสุด	ความน่าจะเป็นสูงสุด	เอส. กวินดอน และ โอ. กัสกเวล
phyx ^{[ 40 ]}	เครื่องมือวิเคราะห์วิวัฒนาการทางสายพันธุ์แบบบรรทัดคำสั่งสำหรับ Unix/Linux	สำรวจ จัดการ วิเคราะห์ และจำลองวัตถุทางวิวัฒนาการ (การจัดเรียงลำดับ แผนภูมิวิวัฒนาการ และบันทึก MCMC)	เจดับบลิว บราวน์, เจเอฟ วอล์คเกอร์ และ เอสเอ สมิธ
โปย	โปรแกรมวิเคราะห์วิวัฒนาการทางสายพันธุ์ที่รองรับข้อมูลหลายประเภทและสามารถทำการจัดเรียงลำดับและการอนุมานวิวัฒนาการทางสายพันธุ์ได้ มีการพัฒนาอัลกอริธึมเชิงฮิวริสติกหลากหลายรูปแบบเพื่อจุดประสงค์นี้	ความประหยัดสูงสุด, ความน่าจะเป็นสูงสุด, การจัดเรียงโครโมโซมใหม่, อักขระแบบไม่ต่อเนื่อง, อักขระแบบต่อเนื่อง, การจัดเรียงลำดับ	อ. วารอน, เอ็น. ลูกาโรนี, แอล. ฮอง, ดับเบิลยู. วีลเลอร์
ProtASR2 ^{[ 41 ]}	การสร้างลำดับโปรตีนขึ้นใหม่โดยคำนึงถึงความเสถียรในการพับตัว	ความน่าจะเป็นสูงสุด, แบบจำลองการทดแทน	เอ็ม. อารีนาส, ยู. บาสโตลลา
โปรทอีโวล	การจำลองลำดับโปรตีนภายใต้แบบจำลองการแทนที่ที่มีข้อจำกัดเชิงโครงสร้าง	การจำลองลำดับ โมเดลการแทนที่	เอ็ม. อารีนาส, เอ. ซานเชซ-โคบอส, ยู. บาสโตลล่า ยู
โปรตีนอีโวลเวอร์	การจำลองลำดับโปรตีนตามแผนภูมิวิวัฒนาการภายใต้แบบจำลองการแทนที่เชิงประจักษ์และเชิงโครงสร้างของการวิวัฒนาการโปรตีน	การจำลองลำดับไปข้างหน้าตามเวลา โมเดลการแทนที่	เอ็ม. อาเรนาส, เอชจี ดอส ซานโตส, ดี. โปซาดา, ยู. บาสโตลลา
ProteinEvolverABC ^{[ 42 ]}	การประมาณค่าร่วมกันของอัตราการเกิดการรวมตัวใหม่และการแทนที่ในลำดับโปรตีน	การคำนวณแบบเบย์เซียนโดยประมาณ	เอ็ม. อารีนาส
ProteinModelerABC ^{[ 43 ]}	การคัดเลือกแบบจำลองการแทนที่ที่มีข้อจำกัดเชิงโครงสร้างขึ้นอยู่กับไซต์ในการวิวัฒนาการของโปรตีน	การคำนวณแบบเบย์เซียนโดยประมาณ	ดี. เฟอร์เรโร และคณะ
การทดสอบความปลอดภัย3	โปรแกรมประมวลผลประสิทธิภาพสูงสำหรับเลือกแบบจำลองวิวัฒนาการของโปรตีนที่เหมาะสมที่สุดกับชุดลำดับที่จัดเรียงแล้วที่กำหนด	ความน่าจะเป็นสูงสุด, AIC, BIC, DT	ดี. ดาริบา GL. ทาโบอาดา, ร. โดอัลโล, ดี. โปซาดา
ไพโคเจนท์	คลังซอฟต์แวร์สำหรับชีววิทยาจีโนม	การจำลองลำดับ การจัดเรียง การควบคุมแอปพลิเคชันของบุคคลที่สาม เวิร์กโฟลว์ การสอบถามฐานข้อมูล การสร้างกราฟิกและแผนภูมิวิวัฒนาการ	ไนท์และคณะ
ควิกทรี	การจัดวางโครงสร้างต้นไม้เพื่อประสิทธิภาพสูงสุด	การเชื่อมต่อเพื่อนบ้าน	เค. โฮว์, เอ. เบทแมน, อาร์. เดอร์บิน
RAxML-HPC	การประมาณค่าความน่าจะเป็นสูงสุดแบบสุ่มโดยใช้ Axeleration สำหรับการคำนวณประสิทธิภาพสูง (นิวคลีโอไทด์และกรดอะมิโน)	ความน่าจะเป็นสูงสุด, ความประหยัดสูงสุดแบบง่าย	เอ. สตามาทาคิส
RAxML-NG ^{[ 44 ]}	การประมาณค่าความน่าจะเป็นสูงสุดแบบสุ่มโดยใช้ Axeler สำหรับการคำนวณประสิทธิภาพสูง (นิวคลีโอไทด์และกรดอะมิโน) รุ่นต่อไป	ความน่าจะเป็นสูงสุด, ความประหยัดสูงสุดแบบง่าย	A. Kozlov, D. Darriba, T. Flouri, B. Morel, A. Stamatakis
RevBayes ^{[ 45 ]}	RevBayes เป็นสภาพแวดล้อมแบบโต้ตอบสำหรับการคำนวณทางสถิติในด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ โดยมีจุดประสงค์หลักเพื่อใช้ในการสร้างแบบจำลอง การจำลอง และการอนุมานแบบเบย์เซียนในชีววิทยาเชิงวิวัฒนาการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ อย่างไรก็ตาม สภาพแวดล้อมนี้ค่อนข้างทั่วไปและสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้กับงานสร้างแบบจำลองที่ซับซ้อนหลายอย่าง	การอนุมานแบบเบย์เซียน	S. Höhna และคณะ^{[ 46 ]}
เซมฟี่	การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการโดยใช้จุดแข็งของการหาค่าความน่าจะเป็นสูงสุด (ความแม่นยำ) และการเชื่อมต่อเพื่อนบ้าน (ความเร็ว) ร่วมกัน ปัจจุบัน SEMPHY ล้าสมัยแล้ว ผู้เขียนแนะนำให้ผู้ใช้ใช้ RAxML ซึ่งมีความแม่นยำและความเร็วเหนือกว่า	วิธีการผสมผสานระหว่างวิธีหาค่าความน่าจะเป็นสูงสุดและวิธีเชื่อมโยงเพื่อนบ้าน	เอ็ม. นินิโอ, อี. พริฟแมน, ที. ปุปโก, เอ็น. ฟรีดแมน
เอสจีวี	การจำลองวิวัฒนาการทั่วทั้งจีโนมตามแผนภูมิวิวัฒนาการ	การจำลองลำดับจีโนมทั้งหมดไปข้างหน้าตามเวลา	อเรนาส เอ็ม., โพซาดา ดี.
SimPlot++ ^{[ 47 ]}	แผนภาพความคล้ายคลึงของลำดับ (SimPlots ^{[ 48 ]} ) การตรวจจับเหตุการณ์การรวมตัวใหม่ภายในยีนและระหว่างยีน การวิเคราะห์บูตสแกน^{[ 49 ]}และเครือข่ายความคล้ายคลึงของลำดับ	การแสดงผล SimPlot โดยใช้แบบจำลองระยะห่างระหว่างนิวคลีโอไทด์/โปรตีนที่แตกต่างกัน การทดสอบการรวมตัวใหม่ Phi, χ2 และ NSS การวิเคราะห์เครือข่ายความคล้ายคลึงของลำดับ	S. Samson, E. Lord, V. Makarenkov
แล้วอย่างไร^{[ 50 ]}	การทดสอบสมมติฐาน	การทดสอบ SOWH	ซามูเอล เอช เชิร์ช, โจเซฟ เอฟ ไรอัน และ เคซีย์ ดับเบิลยู ดันน์
สแปลตเช่3 ^{[ 51 ]}	การจำลองข้อมูลทางพันธุกรรมภายใต้สถานการณ์วิวัฒนาการที่หลากหลายและระบุตำแหน่งอย่างชัดเจน	การรวมตัวกัน, วิวัฒนาการระดับโมเลกุล, ลำดับดีเอ็นเอ, SNP, STR, RFLP	เอ็ม. เคอร์แรต และคณะ
SplitsTree ^{[ 52 ]}	โปรแกรมต้นไม้และเครือข่าย	การคำนวณ การแสดงผล และการสำรวจแผนภูมิและเครือข่ายวิวัฒนาการ	ดีเอช ฮูสัน และ ดี. ไบรอันท์
ทีเอ็นที^{[ 53 ]}	การอนุมานเชิงวิวัฒนาการ	ความประหยัด, การถ่วงน้ำหนัก, กลไกเฟือง, การเคลื่อนตัวของต้นไม้, การรวมต้นไม้, การค้นหาตามภาคส่วน	พีเอ โกลอบอฟฟ์, เจเอส ฟาร์ริส และ เคซี นิกสัน
โทปาลี	การอนุมานเชิงวิวัฒนาการ	การเลือกแบบจำลองทางวิวัฒนาการ การวิเคราะห์แบบเบย์เซียนและการประมาณแผนภูมิวิวัฒนาการด้วยวิธีความน่าจะเป็นสูงสุด การตรวจหาตำแหน่งที่อยู่ภายใต้การคัดเลือกเชิงบวก และการวิเคราะห์ตำแหน่งจุดแตกหักของการรวมตัวใหม่	เอียน มิลน์, โดมินิค ลินด์เนอร์ และคณะ
ทรีเจน	การสร้างแผนผังต้นไม้โดยใช้ข้อมูลระยะทางที่คำนวณไว้ล่วงหน้า	เมทริกซ์ระยะทาง	อีที ซูริค
TreeAlign	วิธีการไฮบริดที่มีประสิทธิภาพ	เมทริกซ์ระยะทางและความประหยัดโดยประมาณ	เจ. ไฮน์
ทรีไลน์	อัลกอริทึมการสร้างต้นไม้ภายใน แพ็คเกจ DECIPHERสำหรับ R	ความน่าจะเป็นสูงสุด ความประหยัดสูงสุด และระยะทาง	อี. ไรท์
Treefinder ^{[ 54 ]}	การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการด้วยแมชชีนเลิร์นนิงอย่างรวดเร็ว การวิเคราะห์บูตสแตรป การเลือกแบบจำลอง การทดสอบสมมติฐาน การปรับเทียบแผนภูมิ การจัดการและการแสดงภาพแผนภูมิ การคำนวณอัตราการเปลี่ยนแปลงตำแหน่ง การจำลองลำดับ แบบจำลองวิวัฒนาการหลายแบบ (ดีเอ็นเอ โปรตีน อาร์เอ็นเอ โปรตีนผสม แบบจำลองที่ผู้ใช้กำหนดได้) อินเทอร์เฟซผู้ใช้แบบกราฟิก ( GUI ) และภาษาสคริปต์	ความน่าจะเป็นสูงสุด ระยะทาง และอื่นๆ	จ็อบบ์ จี, ฟอน ฮาเซเลอร์ เอ, สตริมเมอร์ เค
ทรีมิกซ์	การสร้างกราฟการผสมผสานขึ้นใหม่จากความถี่ของอัลลีล	สถิติ f2 หรือเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม, ความน่าจะเป็นสูงสุด, การค้นหาแบบฮิวริสติก (การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการโดยการเพิ่มแท็กซอนแบบสุ่มแล้วเพิ่มขอบผสม)	โจเซฟ เค. พิกเครลล์ และ โจนาธาน เค. พริตชาร์ด^{[ 55 ]}
Tree-Puzzle ^{[ 56 ]} (ไม่ได้รับการบำรุงรักษาอีกต่อไป ถูกแทนที่ด้วย IQ-TREE) ^{[ 57 ]}	ความน่าจะเป็นสูงสุดและการวิเคราะห์ทางสถิติ	ความน่าจะเป็นสูงสุด	เอช.เอ. ชมิดต์, เค. สตริมเมอร์, เอ็ม. วิงรอน และเอ. ฟอน เฮสเลอร์
ทรี-คิวเอ็มซี	สรุปแผนภูมิต้นไม้ทางพันธุกรรมที่ไม่มีรากให้เป็นแผนภูมิต้นไม้สายพันธุ์ที่ไม่มีราก	ฮิวริสติกแบบตัดกราฟสำหรับปัญหาต้นไม้สายพันธุ์สนับสนุนควอเต็ตสูงสุด^{[ 58 ]}^{[ 59 ]}	หยุนเหิง ฮัน, เอริน มอลลอย ^{[ 60 ]}^{[ 61 ]}
T-REX (เว็บเซิร์ฟเวอร์) ^{[ 62 ]}^{[ 63 ]}	การอนุมานและการแสดงภาพต้นไม้, การตรวจ จับการถ่ายโอนยีนในแนวนอน , การจัดเรียงลำดับหลายลำดับ	การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ โดยใช้วิธีระยะทาง ( Neighbor Joining ), วิธีความประหยัด (Parsimony) และวิธีความน่าจะเป็นสูงสุด (PhyML, RAxML), การจัดเรียงลำดับดีเอ็นเอด้วย MUSCLE, MAFFT และ ClustalW และแอปพลิเคชันที่เกี่ยวข้อง	บ็อค เอ, ดิอัลโล เอบี, มาคาเรนคอฟ วี
UShER ^{[ 64 ]}	การจัดวางตำแหน่งทางวิวัฒนาการโดยใช้หลักความประหยัดสูงสุดสำหรับจีโนมของไวรัส	ความประหยัดสูงสุด	ทูราเคีย วาย, ธอร์นโลว์ บี, ฮินริชส์ เอเอส, เด ไมโอ เอ็น, โกซาชติ แอล, แลนเฟียร์ อาร์, เฮาส์สเลอร์ ดี และคอร์เบตต์-เดติก อาร์
ยูจีน	โปรแกรมแก้ไขแผนผังต้นไม้แบบหลายแพลตฟอร์มที่รวดเร็วและฟรี	GUI พร้อมอัลกอริธึม PHYLIP 3.6 และ IQTree	ยูนิโปร
VeryFastTree ^{[ 65 ]}	เครื่องมือที่ได้รับการปรับแต่งมาเป็นพิเศษ ซึ่งใช้กลยุทธ์การประมวลผลแบบขนานและการแปลงเป็นเวกเตอร์ เพื่อเร่งความเร็วในการอนุมานแผนภูมิวิวัฒนาการสำหรับข้อมูลการจัดเรียงลำดับขนาดใหญ่	ความน่าจะเป็นสูงสุดโดยประมาณ	ซีซาร์ ปิเญโร. โฮเซ่ เอ็ม. อาบูอิน และฮวน ซี. ปิเชล
วินคลาดา	GUI และโปรแกรมแก้ไขโครงสร้างต้นไม้ (ต้องใช้ Nona)	ความประหยัดสูงสุด, กลไกเฟือง	เค. นิกสัน
เอ็กซ์เรท	เครื่องมือไวยากรณ์เชิงวิวัฒนาการ	การประมาณอัตรา การประมาณความยาวกิ่ง การระบุตำแหน่งการจัดเรียง	ไอ. โฮล์มส์

ดูเพิ่มเติม

รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการแสดงภาพแผนภูมิวิวัฒนาการ

ลิงก์ภายนอก

รายชื่อ เว็บเซิร์ฟเวอร์ด้านวิวัฒนาการ ของ สถาบันปาสเตอร์ทั้งหมด
รายชื่อโปรแกรมด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการของExPASy
รายการเครื่องมือทางด้านวิวัฒนาการชาติพันธุ์ที่ครอบคลุมมาก(การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ, การแสดงภาพฯลฯ )
รายชื่อซอฟต์แวร์พันธุศาสตร์วิวัฒนาการเพิ่มเติม
รายชื่อซอฟต์แวร์ด้านวิวัฒนาการชาติพันธุ์ที่จัดทำโดยพิพิธภัณฑ์วิจัยสัตว์วิทยา A. Koenig
MicrobeTrace สามารถดูได้ที่https://github.com/CDCgov/MicrobeTrace/wiki

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]

[ 61 ]

[ 62 ]

[ 63 ]

[ 64 ]

[ 65 ]

รายชื่อซอฟต์แวร์ด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ

รายการ

ดูเพิ่มเติม

ลิงก์ภายนอก

ข้อมูลสำคัญจากบทความ