ยีนrpoB เข้ารหัสซับยูนิต β ของเอนไซม์ RNA polymerase ของแบคทีเรีย และเอนไซม์ RNA polymerase ที่เข้ารหัสโดยพลา สติด (PEP) ที่มีโครงสร้างคล้ายคลึงกัน ยีนนี้เข้ารหัสกรดอะมิโน 1342 ตัวในE. coliทำให้เป็นพอลิเปปไทด์ที่ใหญ่เป็นอันดับสองในเซลล์แบคทีเรีย^{[ 1 ]}ยีนนี้เป็นเป้าหมายของ ยาปฏิชีวนะในกลุ่ม ริฟามัยซินเช่นริแฟมปิน [ ^{2 ] การ} กลายพันธุ์ในrpoBที่ทำให้เกิดการดื้อต่อริฟามัยซินเกิดขึ้นโดยการเปลี่ยนแปลงสารตกค้างที่จับกับยาของโปรตีน ทำให้ความสามารถในการจับกับยาปฏิชีวนะเหล่านี้ลดลง^{[ 3 ] [ 4 ]}

แบคทีเรียบางชนิดมีสำเนา ยีน 16S rRNA หลายชุด ซึ่งมักใช้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลในการศึกษาวิวัฒนาการ ในกรณีเหล่านี้ ยีน rpoBสำเนาเดียวสามารถใช้ศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ได้^{[ 5 ] [ 6 ]}

สารยับยั้งการถอดรหัสในแบคทีเรียอย่างทาเจทิทอกซินยังยับยั้ง PEP ด้วย แสดงให้เห็นว่าสารประกอบที่พบในพืชมีความคล้ายคลึงกับเอนไซม์ที่คล้ายคลึงกันในแบคทีเรียมาก^{[ 7 ]}

ในแบคทีเรียที่ไม่มีการกลายพันธุ์ที่เหมาะสมในrpoB ไรแฟมพิซินจะจับกับตำแหน่งใกล้กับส้อมในซับยูนิต β และป้องกันไม่ให้พอลิเมอเรสถอดรหัสลำดับ RNA ได้มากกว่าสองหรือสามเบสคู่ และหยุดการผลิตโปรตีนภายในเซลล์^{[ 8 ] [ 9 ]}แบคทีเรียที่มีการกลายพันธุ์ในตำแหน่งที่เหมาะสมตาม ยีน rpoBจะต้านทานต่อผลกระทบนี้^{[ 8 ] [ 9 ]}

การศึกษาเบื้องต้นดำเนินการโดย Jin และ Gross เพื่อสร้าง การกลายพันธุ์ rpoBในE. coliที่ทำให้เกิดความต้านทานต่อริแฟมพิซิน มีการระบุกลุ่มการกลายพันธุ์ 3 กลุ่ม ได้แก่ กลุ่มที่ 1 ที่โคดอน 507-533 กลุ่มที่ 2 ที่โคดอน 563-572 และกลุ่มที่ 3 ที่โคดอน 687 ^{[ 1 ] [ 10 ]}การกลายพันธุ์ส่วนใหญ่เหล่านี้ตั้งอยู่ในบริเวณ 81 คู่เบส (bp) ในกลุ่มที่ 1 ซึ่งเรียกว่า "บริเวณกำหนดความต้านทานต่อริแฟมพิซิน (RRDR)" ^{[ 9 ]}ความต้านทานนี้มักเกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ที่เบสใน DNA ถูกแทนที่ด้วยเบสอื่น และลำดับใหม่จะเข้ารหัสกรดอะมิโนที่มีโซ่ข้างขนาดใหญ่ที่ยับยั้งโมเลกุลริแฟมพิซินจากการจับกับพอลิเมอเรส^{[ 9 ]}

มีการกลายพันธุ์เพิ่มเติมที่สามารถเกิดขึ้นในซับยูนิต β ของพอลิเมอเรสซึ่งอยู่ห่างจากตำแหน่งการจับของริแฟมพิซิน ซึ่งอาจส่งผลให้เกิดความต้านทานเล็กน้อยได้เช่นกัน^{[ 8 ]}ซึ่งอาจบ่งชี้ว่ารูปร่างของบริเวณเหล่านี้อาจส่งผลต่อการก่อตัวของตำแหน่งการจับของริแฟมพิซิน^{[ 8 ]}

โพรบกรดนิวคลีอิกสามารถตรวจจับการกลายพันธุ์ในrpoBที่ทำให้เกิดการดื้อยาไรแฟมพิซินได้ สำหรับMycobacterium tuberculosisการกลายพันธุ์ที่ดื้อยาไรแฟมัยซินที่พบได้บ่อยที่สุดเกี่ยวข้องกับโคดอน 516, 526 และ 531 (โดยกำหนดหมายเลขตามธรรมเนียมเช่นเดียวกับrpoB ของ Escherichia coli ) ^{[ 11 ] [ 12 ]}การกลายพันธุ์เหล่านี้ส่งผลให้เกิดการดื้อยาไรแฟมพิซินสูงโดยมีการสูญเสียสมรรถภาพค่อนข้างต่ำ^{[ 8 ]} สำหรับStaphylococcus aureusการกลายพันธุ์ที่ดื้อยาไรแฟมัยซินที่พบได้บ่อยที่สุดเกี่ยวข้องกับโคดอน 526 ^{[ 13 ]}

นอกจากจะทำให้เกิดความต้านทานต่อริแฟมพิซินแล้วยังพบการกลายพันธุ์ของ rpoB บางชนิดในเชื้อ S. aureus สายพันธุ์ Vancomycin Intermediate (VISA) ถึง 70% ^{[ 8 ]}

บริเวณของ ยีน rpoBที่ไวต่อการกลายพันธุ์มักจะได้รับการอนุรักษ์ไว้อย่างดี ซึ่งบ่งชี้ว่ามีความสำคัญต่อชีวิต^{[ 9 ]}ทำให้เป็นไปได้มากว่าการกลายพันธุ์ภายในบริเวณเหล่านี้จะมีผลต่อความเหมาะสมโดยรวมของสิ่งมีชีวิต^{[ 9 ]}การเปลี่ยนแปลงทางสรีรวิทยาเหล่านี้อาจรวมถึงอัตราการเจริญเติบโตที่ลดลง ความไวต่อการเพิ่มขึ้นหรือลดลงของอุณหภูมิที่เพิ่มขึ้น และการเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติของการยืดสาย RNA และการยุติการถอดรหัส^{[ 8 ]}อย่างไรก็ตาม การเปลี่ยนแปลงดังกล่าวไม่ได้เกิดขึ้นกับแบคทีเรียทุกชนิด การกลายพันธุ์ในโคดอน 450 ของM. tuberculosisนำไปสู่การสูญเสียความเหมาะสมเพียงเล็กน้อย ในขณะที่การกลายพันธุ์ที่สอดคล้องกันในS. aureusส่งผลให้แบคทีเรียแทบจะไม่สามารถอยู่รอดได้^{[ 8 ]}

ในNeisseria meningitidisพบว่าการกลายพันธุ์ของrpoB ทำให้การแสดงออกของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญคาร์โบไฮเดรตเพิ่มขึ้น รวมถึงเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับ วัฏจักรกรดซิตริกและการยืดตัวของการถอดรหัส^{[ 8 ]}ในขณะเดียวกัน เอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการผลิต ATP การแบ่งเซลล์ และการเผาผลาญไขมันทั้งหมดจะถูกควบคุมลดลง หรือแสดงออกในระดับที่ต่ำกว่าปกติ^{[ 8 ]}

ใน เชื้อ M. tuberculosisการกลายพันธุ์ในยีน rpoB สามารถเพิ่มการทำงานของเอนไซม์polyketide synthase ได้อย่างมีนัยสำคัญ ซึ่งอาจบ่งชี้ถึงการผลิต phthiocerol dimycocerosate ที่เพิ่มขึ้น ซึ่งเป็นไขมันที่ผลิตโดยM. tuberculosisและเกี่ยวข้องกับความรุนแรงของแบคทีเรีย^{[ 8 ]}การกลายพันธุ์ยังส่งผลกระทบต่อการจับกับโปรโมเตอร์ การยืดตัว การสิ้นสุด และกระบวนการซ่อมแซมที่เชื่อมโยงกับการถอดรหัสใน RNA polymerase เอง^{[ 8 ]}ด้วยเหตุนี้ การกลายพันธุ์ ของ rpoBจึงถูกนำมาใช้เพื่อศึกษาถึงกลไกการถอดรหัส ก่อนที่ความสนใจจะเปลี่ยนไปที่ความสามารถในการทำให้เกิดความต้านทานต่อยาปฏิชีวนะ^{[ 9 ]}การกลายพันธุ์บางอย่างอาจส่งผลให้เกิดสายพันธุ์ของM. tuberculosisที่เจริญเติบโตได้ดีกว่าเมื่อมี rifampicin มากกว่าเมื่อไม่มียาปฏิชีวนะ^{[ 9 ]}

ในแบคทีเรียที่ใช้ในการผลิตยาปฏิชีวนะที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ เช่นอิริโทรไมซิน ( Saccharopolyspora erythraea ) และแวนโคไมซิน ( Amycolatopsis orientalis ) การกลายพันธุ์ ของ rpoB บางอย่าง สามารถเพิ่มการผลิตยาปฏิชีวนะโดยแบคทีเรียที่มีการกลายพันธุ์เหล่านั้นได้^{[ 9 ]}