อ่าวสแคปปูสเป็นส่วนหนึ่งของลำน้ำมัลท์โนมาห์ซึ่งเป็นลำน้ำสาขาของแม่น้ำวิลลาเมตต์อยู่ห่างจากจุดที่ลำน้ำมัลท์โนมาห์บรรจบกับแม่น้ำโคลัมเบียในเคาน์ตีโคลัมเบียรัฐโอเรกอน สหรัฐอเมริกา ไปทางต้นน้ำ ประมาณ1 ไมล์ (1.6 กิโลเมตร) 

อ่าวนี้ล้อมรอบด้วยพื้นที่ชุ่มน้ำกว้างใหญ่ที่เต็มไปด้วยสระน้ำขนาดเล็กและทางน้ำอื่นๆ ตรงข้ามกับเกาะซาวีตั้งอยู่ระหว่างสแคปปูสทางใต้และเซนต์เฮเลนส์ทางเหนือ ลำธารเล็กๆ ไม่กี่สาย รวมถึงมิลตันครีกและสแคปปูสครีก ไหลลงมาจากลาดเขาด้านตะวันออกของเทือกเขาโอเรกอนโคสต์เรนจ์ลงสู่อ่าว^{[ 3 ]} อ่าวสแคปปูส ตั้งอยู่ในส่วนบนของปากแม่น้ำโคลัมเบียเป็นอ่าวน้ำขึ้นน้ำลงแต่เป็นแหล่งน้ำจืด^{[ 4 ]}

ชนพื้นเมืองดั้งเดิมของบริเวณอ่าวสแคปปูสคือชาวชินุกกันซึ่งล่าสัตว์ ตกปลา และเก็บเกี่ยวพืชผลในบริเวณนี้ ในช่วงศตวรรษที่ 19 ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวอเมริกันได้พัฒนาพื้นที่นี้ โดยถางที่ดินเพื่อทำการเกษตร การผลิตผลิตภัณฑ์ไม้เริ่มขึ้นในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 โรงงานที่ปิดตัวไปแล้ว 3 แห่งได้ทิ้งวัสดุอันตรายไว้^{[ 5 ]}

อ่าวสแคปปูสเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยที่สำคัญของปลาหลายชนิด การลักลอบจับ ปลาสเตอร์ เจียนกลาย เป็นปัญหาในบริเวณนั้นในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา^{[ 6 ] [ 7 ]}คำแนะนำจากกรมคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งรัฐโอเรกอนเกี่ยวกับการงดบริโภคปลาและหอยจากอ่าวยังคงมีผลบังคับใช้เนื่องจากการปนเปื้อนจากกิจกรรมทางอุตสาหกรรมในอดีต^{[ 5 ]}