ในช่วงต้นยุคกลางพื้นที่ซึ่งปัจจุบันเป็นที่ตั้งของเมืองเซจนีเคยเป็นที่อยู่อาศัยของชาวโยทวิงเกียนซึ่งเป็นหนึ่งในชนเผ่าบอลติกที่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับชาวลิทัวเนียที่เข้ามาในพื้นที่นี้ในช่วงสหัสวรรษแรก มีความขัดแย้งอย่างต่อเนื่องในพื้นที่นี้มาตั้งแต่ศตวรรษที่ 13 ระหว่างคณะอัศวินทิวโทนิกกับลิทัวเนีย ส่งผลให้พื้นที่นี้แทบจะไม่มีผู้คนอาศัยอยู่เลย เหลือเพียงชาวโยทวิงเกียนพื้นเมืองไม่กี่คนที่รอดชีวิต^{[ 4 ]}บันทึกลายลักษณ์อักษรฉบับแรกของพื้นที่ที่เมืองตั้งอยู่ในปัจจุบันมีอายุย้อนไปถึงปี 1385 โดยบันทึกการโจมตีด้วยอาวุธของอัศวินเยอรมันจากCastrum Leicze (Giżycko) ไปยังMerkinė

หลังจากสนธิสัญญาเมลโนในปี ค.ศ. 1422 พรมแดนระหว่างชาวเยอรมันและชาวลิทัวเนียก็ได้รับการกำหนดขึ้น ผู้คนเริ่มกลับคืนสู่ป่าในบริเวณนั้น ดินแดนนี้เป็นส่วนหนึ่งของแกรนด์ดัชชีลิทัวเนียภายในสหภาพโปแลนด์-ลิทัวเนียภายใต้ราชวงศ์ยาเกียลโลเนียนและตั้งแต่ปี ค.ศ. 1569 ได้เปลี่ยนเป็นเครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนียมีการสร้างถนนใหม่หลายสาย โดยหนึ่งในนั้นคือถนนที่เชื่อมจากเบอร์ซินิกิ ( Beržininkai ) ผ่านเซจ์นีไปยังเมอร์คิเน ซึ่งกลายเป็นเส้นทางการค้าที่ สำคัญ

ในช่วงการแบ่งแยกโปแลนด์ครั้งที่สาม เมืองเซจ์นีถูกผนวกเข้ากับราชอาณาจักรปรัสเซียในปี 1795 และกลายเป็นส่วนหนึ่งของจังหวัด ป รัสเซียตะวันออก ใหม่ที่จัดตั้งขึ้น ในช่วงแรกเมืองนี้ถูกละเลย แต่ในปี 1807 เมืองนี้ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของ ดัชชีแห่งวอร์ซอของโปแลนด์ซึ่งมีอายุสั้นและเป็นศูนย์กลางการบริหารที่สำคัญภายในเขตลอมซา หลังจากที่ นโปเลียน โบนาปาร์ตพ่ายแพ้ในปี 1815 เมืองนี้ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของโปแลนด์ภายใต้การปกครอง ของรัสเซียที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ใน ส่วนที่ถูก แบ่งแยกโปแลนด์โดยรัสเซียโดยยังคงสถานะเป็นที่ตั้งของเขตปกครองย่อย (powiat)ภายในจังหวัดออกุสโตว์ในปี 1818 สำนักบิชอปได้ย้ายจากวิกรี มายังเซจ์นี และ มีการก่อตั้ง โรงเรียนเตรียมบวชเซจ์นีในปี 1826 เมืองนี้ยังคงเจริญรุ่งเรืองต่อไป แม้ว่าจะเกิดไฟไหม้ครั้งใหญ่ในเมืองเมื่อต้นปีนั้นก็ตาม ประชากรก็เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ความเจริญรุ่งเรืองลดลงในช่วงปลายศตวรรษที่ 19

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ในปี 1915 เมืองนี้ถูก เยอรมนียึดครองในตอนแรกกองกำลังเยอรมันได้รวมเมืองนี้เข้าเป็นส่วนหนึ่งของ เขตการปกครองทางทหาร โอเบอร์ออสท์แต่เยอรมนีวางแผนให้พื้นที่นี้เป็นหนึ่งในรัฐหุ่นเชิดในยุโรปกลางตาม แผน มิตเตอยูโรปา ของตน หลังจากเยอรมนีพ่ายแพ้ในสงคราม กองกำลังทหารเยอรมันก็เริ่มถอนตัวออกจากพื้นที่

เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2462 เยอรมนีได้ส่งมอบการปกครองให้กับลิทัวเนียซึ่งเพิ่งประกาศเอกราชไปไม่นานเหตุการณ์นี้ทำให้เกิดความตึงเครียดระหว่างลิทัวเนียและโปแลนด์ (ซึ่งประกาศเอกราชในช่วงเวลาเดียวกัน ) เนื่องจากทั้งสองประเทศต่างอ้างสิทธิ์ในพื้นที่ดังกล่าว ภายใต้แรงกดดันจากที่ประชุมทูต (ซึ่งต่อมากลายเป็นสันนิบาตชาติ ) โปแลนด์จึงยอมถอยในเบื้องต้น แต่เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2462 ซึ่งเป็นวันที่กองทัพเยอรมันถอนตัวออกจากพื้นที่องค์กรทหารโปแลนด์ได้จัดการปฏิบัติการทางทหารต่อต้านการปกครองของลิทัวเนีย ซึ่งต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อการลุกฮือที่เซจนี (หรือ "การกบฏเซไน") เซจนีเปลี่ยนมือไปมาหลายครั้ง ในระหว่างการต่อสู้เหล่านี้ ทั้งสองฝ่ายใช้มาตรการปราบปราม ลิทัวเนียได้เนรเทศครอบครัวชาวโปแลนด์จำนวนมาก ในขณะที่โปแลนด์ได้ปิดโรงเรียนลิทัวเนียทั้งหมด^{[ 9 ]}เมื่อวันที่ 28 สิงหาคม การลุกฮือสิ้นสุดลงด้วยชัยชนะของโปแลนด์ และเมืองนี้ก็กลายเป็นส่วนหนึ่งของโปแลนด์ หลังจากที่ชาวโปแลนด์เข้ายึดครองเมืองและพื้นที่โดยรอบ ประชากรชาวลิทัวเนียในภูมิภาคนี้ต้องเผชิญกับการปราบปรามหลายรูปแบบ ซึ่งรวมถึงการขับไล่ การห้ามใช้ภาษาลิทัวเนียในที่สาธารณะ การปิดองค์กร โรงเรียน และสื่อสิ่งพิมพ์ของชาวลิทัวเนีย และการยึดทรัพย์สิน^{[ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]}นักประวัติศาสตร์ชาวโปแลนด์Piotr Łossowskiได้เสนอแนะว่าทั้งสองฝ่ายต่างกล่าวเกินจริงเกี่ยวกับการปราบปรามที่พวกเขาประสบในช่วงการลุกฮือและผลที่ตามมา เพื่อที่จะได้รับการสนับสนุนทั้งภายในและภายนอกประเทศ^{[ 14 ]}ในขณะนั้นเมือง Sejny มีประชากรประมาณ 2,500 คน^{[ 15 ]}

เพียงหนึ่งปีต่อมา เมืองนี้ก็ถูกรัสเซียโซเวียต ยึดครอง ในระหว่างสงครามโปแลนด์-โซเวียตเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถผ่านดินแดนลิทัวเนียได้ ในวันที่ 12 กรกฎาคม 1920 ทางการโซเวียตได้ลงนามในสนธิสัญญาโซเวียต-ลิทัวเนีย ค.ศ. 1920ซึ่งยกพื้นที่ดังกล่าวให้แก่ลิทัวเนีย ในวันที่ 19 กรกฎาคม ลิทัวเนียได้ยึดเมืองคืน จากนั้นลิทัวเนียได้ปิดโรงเรียนและสำนักงานของชาวโปแลนด์ และเริ่มคุกคามชาวโปแลนด์ หลังจากการรบที่วอร์ซอกองกำลังบอลเชวิกพ่ายแพ้ และกองทัพโปแลนด์ได้โจมตีกองกำลังลิทัวเนีย เนื่องจากที่ประชุมสันติภาพปารีสได้กำหนดพรมแดนโปแลนด์-ลิทัวเนียให้สอดคล้องกับสถานการณ์ก่อนสงครามกองกำลังลิทัวเนียจึงถูกบังคับให้ถอนตัวออกจากเมือง และในวันที่ 31 สิงหาคม 1920 เมืองนี้ก็ตกอยู่ภายใต้การปกครองของโปแลนด์อีกครั้ง อย่างไรก็ตาม ทางการลิทัวเนียยังคงอ้างสิทธิ์ในพื้นที่ดังกล่าว และลิทัวเนียได้ตอบโต้กลับสำเร็จในวันที่ 2 กันยายน^{[ 10 ]}อย่างไรก็ตาม กองทัพโปแลนด์ได้ยึดเมืองคืนในวันที่ 9 กันยายน วันรุ่งขึ้น หน่วยลิทัวเนียชุดสุดท้ายได้ถอยร่นไปยังอีกฝั่งของพรมแดน และในวันที่ 7 ตุลาคม ได้มีการลงนามในข้อตกลง หยุดยิงทำให้เซจ์นีอยู่ฝั่งโปแลนด์ของพรมแดน ดังนั้นเซจ์นีและบริเวณใกล้เคียงจึงกลายเป็นส่วนหนึ่งของ รัฐ โปแลนด์ ที่ฟื้นคืนชีพ ในช่วงระหว่างสงครามลิทัวเนียยังคงต้องการเมืองนี้อยู่

ในปี ค.ศ. 1925 เขตปกครองของบิชอปและ สถานะ เขตปกครองย่อย (powiat) ถูกยกเลิก แต่เมืองนี้ยังคงเป็นศูนย์กลางที่สำคัญไม่เพียงแต่ด้านการค้าและพาณิชย์เท่านั้น แต่ยังรวมถึงการผลิตไม้และเฟอร์นิเจอร์ โดยได้รับผลกำไรจากป่าไม้ในบริเวณใกล้เคียง ในปี ค.ศ. 1925 เซจ์นีได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของ เขตปกครองซูวาวกี (suwałki County /powiat) และ เขตปกครอง เซจ์นี (sejny County /powiat) ก็ได้รับการฟื้นฟูอีกครั้งในปี ค.ศ. 1956 (ในสมัยสาธารณรัฐประชาชนโปแลนด์ )

ทศวรรษ 1930 เป็นช่วงเวลาที่เมืองมีการพัฒนาและมีการก่อสร้างอาคารที่พักอาศัยและสถานที่ทำงานใหม่ๆ เซจ์นีเป็นส่วนหนึ่งของโปแลนด์ "B" ซึ่งหมายความว่าตั้งอยู่ในพื้นที่ที่ยากจนกว่าของโปแลนด์

ระหว่างการรุกรานโปแลนด์ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของสงครามโลกครั้งที่สองในปี 1939 เมืองนี้ถูกยึดครองโดยสหภาพโซเวียต เป็นครั้งแรก เมื่อวันที่ 24 กันยายน 1939 เมืองเซจนีถูกปล้นสะดมอย่างหนัก และต่อมาในวันที่ 13 ตุลาคม 1939 ก็ถูกส่งมอบให้แก่นาซีเยอรมนีเมืองนี้ถูกเยอรมันยึดครอง จนถึงเดือนสิงหาคม 1944

ชาวโปแลนด์ถูกจับกุม ประหารชีวิต และเนรเทศไปยังค่ายกักกันของนาซี เป็น จำนวนมาก และชุมชนชาวยิวในท้องถิ่นก็ถูกทำลายเกือบทั้งหมด ชาวเยอรมันได้สังหารหมู่ชาวโปแลนด์ 10 คนที่สุสานท้องถิ่นในปี 1939 ^{[ 16 ]}ชาวเยอรมันปิดโรงเรียนทั้งของชาวโปแลนด์และชาวลิทัวเนีย จากนั้นก็ปล้นและทำลายห้องสมุดของโรงเรียน^{[ 17 ]}ชาวโปแลนด์สามารถจัดการสอนแบบลับๆ ได้ แต่ไม่นานนักชาวเยอรมันก็จับกุมครูชาวโปแลนด์จำนวนมาก ซึ่งต่อมาถูกคุมขังใน คุกของ เกสตาโปในเมืองซูวาวกี^{[ 17 ]}อย่างไรก็ตาม การศึกษาแบบลับๆ ของชาวโปแลนด์ยังคงดำเนินต่อไปจนกระทั่งสิ้นสุดการยึดครอง^{[ 17 ]}ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2483 ชาวเยอรมันได้ทำการจับกุมชาวโปแลนด์จำนวนมากถึง 150 คน โดย 10 คนถูกประหารชีวิตต่อหน้าสาธารณชนที่จัตุรัสกลางเมืองในวันที่ 24 เมษายน พ.ศ. 2483 และwójtของ Gmina Sejny ถูกสังหารในPrudziszkiในวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2483 ^{[ 18 ]}บาทหลวงชาวโปแลนด์หลายคนถูกจับกุมและเนรเทศไปยัง ค่ายกักกัน Sachsenhausen , SoldauและDachauซึ่งส่วนใหญ่เสียชีวิตที่นั่น^{[ 19 ]}บาทหลวงสองรูปรอดชีวิตจากค่ายกักกันและสงคราม รูปหนึ่งซึ่งมีสัญชาติอเมริกัน ด้วย ในที่สุดก็ไปตั้งถิ่นฐานในสหรัฐอเมริกาซึ่งเขาได้รับการรักษาพยาบาลในอีกหลายปีต่อมา และอีกรูปหนึ่งกลับไปยังโปแลนด์หลังจากรอดชีวิตจากการทดลองมนุษย์ของนาซีใน Dachau ^{[ 20 ]}ชาวโปแลนด์ถูกขับไล่ออกจากทรัพย์สินของโบสถ์ ซึ่งต่อมาถูกส่งมอบให้กับชาวเยอรมันตามนโยบายLebensraum ^{[ 21 ]}งานศิลปะและบันทึกสำคัญถูกชาวเยอรมันปล้นจากโบสถ์ท้องถิ่นและนำไปที่เคอนิกส์เบิร์ก^{[ 22 ]}

เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 1944 เมืองนี้ถูก กองทัพแดงยึดครองเป็นครั้งแรกและถูกยึดครองอีกครั้งในวันที่ 18 สิงหาคม 1944 หลังจากนั้นไม่นาน เมืองนี้ก็ถูกส่งมอบให้กับ ทางการคอมมิวนิสต์ของ โซเวียตที่เข้ามาปกครองโปแลนด์

หลังสงคราม ประชากรท้องถิ่นซึ่งลดลงอย่างมากในช่วงสงคราม เริ่มฟื้นตัว การหลั่งไหลเข้ามาของชาวโปแลนด์จำนวนมากที่ย้ายถิ่นฐานจากพื้นที่โปแลนด์ที่ถูกผนวกโดยสหภาพโซเวียตทำให้การสร้างเมืองขึ้นใหม่เป็นไปอย่างรวดเร็ว ในปี 1956 หลังจากการปฏิรูปการปกครองในปีนั้น เซจ์นีก็กลับมาเป็นที่ตั้งของเขตปกครองท้องถิ่น อีกครั้ง แม้ว่าจะถูกยกเลิกไปในปี 1975 แต่การแบ่งเขตการปกครองใหม่ของโปแลนด์ที่ผ่านการอนุมัติในปี 1999 ก็ได้นำกลับมาใช้ใหม่ การลดลงของประชากรอาจเป็นภัยคุกคามต่อโครงสร้างการบริหารท้องถิ่นและภูมิภาคในปัจจุบันอีกครั้งในที่สุด

ในปี พ.ศ. 2523 บาทหลวงชาวลิทัวเนียหลายคน รวมถึงบาทหลวงPranas Gavėnasได้เดินทางไปเยือน Sejny และถูกห้ามไม่ให้ประกอบพิธีมิสซาเป็นภาษาลิทัวเนียในมหาวิหาร Sejny บาทหลวงเหล่านั้นได้เขียนจดหมายประท้วงถึงสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2ว่าชาวลิทัวเนียเชื้อสายโปแลนด์ไม่สามารถสวดภาวนาเป็นภาษาลิทัวเนียได้ ตั้งแต่วันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2526 พิธีทางศาสนาภาษาลิทัวเนียในมหาวิหารพระแม่มารีแห่ง Sejny จึงเริ่มขึ้น^{[ 23 ]}

ปัจจุบัน เซจ์นีเป็นศูนย์กลางการค้า การผลิต และการท่องเที่ยวที่สำคัญ โดยมีนักท่องเที่ยวหลายพันคนมาเยือนเมืองนี้ทุกปี เมืองนี้มีโรงงานผลิตนมและโรงงานผลิตชีส รวมถึงโรงแรมจำนวนมาก

เซจ์นีเป็นศูนย์กลางทางวัฒนธรรมที่โดดเด่นของชนกลุ่มน้อยชาวลิทัวเนียในโปแลนด์ เช่นกัน เป็นที่ตั้งของสมาคมลิทัวเนียแห่งโปแลนด์และ หนังสือพิมพ์รายปักษ์ Aušraชาวลิทัวเนียคิดเป็น 7.9% (474) ของประชากรในเมืองในปี 2545 ^{[ 24 ]}และ 20.2% (4,271) ของประชากรในเขตเซจ์นี (powiat) ในปี 2554 ^{[ 25 ]}ด้วยเหตุนี้จึงมีสถานกงสุลลิทัวเนียอยู่ที่นั่น รวมถึงโรงเรียนลิทัวเนีย (โรงเรียนอนุบาล โรงเรียนประถมศึกษา โรงเรียนมัธยมปลาย ) ด้วย

เนื่องจากความพ่ายแพ้ในข้อพิพาทเรื่องการชำระเงินสำหรับโครงการบำบัดน้ำเสียของเมือง ทำให้เมืองประสบปัญหาหนี้สินอย่างหนัก นายกเทศมนตรี อาร์คาดิอุส โนวาลสกี กำลังต่อสู้เพื่อกอบกู้เมือง ซึ่งขาดหลักประกันที่เพียงพอสำหรับการลงทุนที่จำเป็นหรือการขอรับเงินทุนพัฒนาจากยุโรป แม้ว่าเขาจะเป็นนายกเทศมนตรีจากการชนะการเลือกตั้งอย่างพลิกความคาดหมายในปี 2014 แต่เขาก็ไม่ได้รับการสนับสนุนจากเสียงข้างมากของสภา