สงครามโบเออร์ครั้งที่สองระหว่างปี 1899 ถึง 1902 สิ้นสุดลงด้วยสนธิสัญญาเวเรนิกิงเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 1902 ด้วยเหตุนี้สาธารณรัฐโบเออร์ เดิม อย่างรัฐออเรนจ์ฟรีสเตทและสาธารณรัฐซูอิด-แอฟริกานเซ (ทรานส์วาล) จึงกลายเป็นอาณานิคมของอังกฤษ โดยรวมเข้ากับอาณานิคม เคปและนาตาลที่มีอยู่เดิมแต่ละอาณานิคมมีสิทธิ์ได้รับธงประจำอาณานิคมตามธรรมเนียมของอังกฤษ

เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม ค.ศ. 1910 อาณานิคมทั้งสี่ได้รวมตัวกันเพื่อก่อตั้งสหภาพแอฟริกาใต้ ธงประจำอาณานิคมแต่ละแห่งจึงเลิกใช้ และมีการนำธงแอฟริกาใต้แบบใหม่มาใช้ ในฐานะดินแดนภายใต้การปกครองของอังกฤษ ธงยูเนี่ยนแจ็กยังคงทำหน้าที่เป็นธงชาติ และรูปแบบธงมาตรฐานของอังกฤษได้ถูกนำมาใช้เป็นพื้นฐานสำหรับธงแอฟริกาใต้ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะตัว

เช่นเดียวกับกรณีทั่วทั้งจักรวรรดิอังกฤษธงสีแดงและสีน้ำเงินเป็นธงอย่างเป็นทางการสำหรับเรือสินค้าและเรือของรัฐบาลในทะเล และกองทัพเรืออังกฤษอนุญาตให้ประดับโล่จากตราแผ่นดินของแอฟริกาใต้ไว้ที่ปลายธง[ ^{7 ] [ 8 ] ธง}เหล่านี้ไม่ได้มีจุดประสงค์เพื่อใช้เป็นธงชาติของสหภาพ อย่างไรก็ตาม บางคนก็ใช้ในลักษณะนี้ แม้ว่าธงเหล่านี้มีจุดประสงค์หลักเพื่อใช้ในทางทะเล แต่ก็มีการชักขึ้นบนบกด้วย

• 
  ธงเรดเอนไซน์ของแอฟริกาใต้ เป็น ธงชาติโดยพฤตินัยของแอฟริกาใต้ระหว่างปี 1910 ถึง 1928 และบางครั้งก็ถูกชักขึ้นที่อาคารของรัฐบาล
• 
  การออกแบบธง Red Ensign ได้รับการแก้ไขเล็กน้อยในปี พ.ศ. 2455 โดยวางโล่ไว้บนวงกลมสีขาวเพื่อปรับปรุงความชัดเจน ธง Red Ensign ยังคงถูกใช้เป็นธงของกองเรือพาณิชย์แอฟริกาใต้จนถึงปี พ.ศ. 2494 ^{[ 9 ]}
• 
  ธงประจำประเทศแอฟริกาใต้แบบหนึ่งที่มีตราแผ่นดินของแอฟริกาใต้แบบเต็มรูปแบบอยู่บนวงกลมสีขาว นิยมใช้โดยพลเรือน
• 
  ธงสีน้ำเงิน (Blue Ensign)ถูกชักขึ้นเหนือสำนักงานของสหภาพในต่างประเทศระหว่างปี 1910 ถึง 1928

ธงเหล่านี้ไม่เคยได้รับความนิยมมากนักเนื่องจากความบาดหมางที่ยังคงหลงเหลืออยู่หลังสงครามแองโกล-โบเออร์ – ลูกหลานชาวแอฟริกันเนอร์ของผู้ตั้งถิ่นฐานชาวดัตช์จากอดีตสาธารณรัฐโบเออร์มองว่าเป็นธงอังกฤษ และผู้พูดภาษาอังกฤษมองว่าไม่ใช่ธงยูเนียนแฟลกเพียงอย่างเดียว^{[ 10 ] [ 11 ]}

เนื่องจากธงเหล่านี้ไม่เป็นที่นิยม จึงมีการหารือกันเป็นระยะๆ เกี่ยวกับความเหมาะสมของธงชาติที่โดดเด่นยิ่งขึ้นสำหรับแอฟริกาใต้หลังปี 1910 ^{[ 3 ] : 70}จนกระทั่งรัฐบาลผสมเข้ารับตำแหน่งในปี 1925 จึงมีการเสนอร่างกฎหมายในรัฐสภาเพื่อนำธงชาติสำหรับสหภาพมาใช้ ซึ่งก่อให้เกิดการโต้เถียงที่รุนแรงกินเวลานานถึงสามปีเกี่ยวกับว่าควรจะรวมธงสหภาพของอังกฤษไว้ในแบบธงใหม่หรือไม่จังหวัดนาตาลถึงกับขู่ว่าจะแยกตัวออกจากสหภาพหากมีการตัดสินใจที่จะถอดธงดังกล่าวออก

ในที่สุดก็มีการประนีประนอมกัน ส่งผลให้มีการนำธงแยกต่างหากสำหรับสหภาพมาใช้ในช่วงปลายปี 1927 และธงนี้ถูกชักขึ้นครั้งแรกในวันที่ 31 พฤษภาคม 1928 การออกแบบนั้นอิงตามธงที่เรียกว่าธงแวน รีบีค หรือ " ธงเจ้าชาย " ( Prinsenvlagในภาษาแอฟริกา ) ซึ่งเดิมเป็นธงของเนเธอร์แลนด์ประกอบด้วยแถบแนวนอนสีส้ม ขาว และน้ำเงิน ธงรูปแบบหนึ่งนี้เคยใช้เป็นธงของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ (รู้จักกันในชื่อ VOC) ที่แหลมกูดโฮป (โดยมีโลโก้ VOC อยู่ตรงกลาง) ตั้งแต่ปี 1652 จนถึงปี 1795 ส่วนที่แอฟริกาใต้เพิ่มเข้าไปในการออกแบบคือการเพิ่มธงขนาดเล็กสามผืนไว้ตรงกลางแถบสีขาว ธงขนาดเล็กเหล่านี้คือธงสหภาพอังกฤษ(กลับด้าน) อยู่ทางด้านเสา ธง ธงของรัฐออเรนจ์ ฟรีสเตท แขวนในแนวตั้งตรงกลาง และ ธง ไวเออร์เคิลเออร์ของทรานส์วาลอยู่ทางด้านปลายธง ตำแหน่งของธงขนาดเล็กเหล่านี้ทำให้มั่นใจได้ว่าแต่ละธงมีสถานะเท่าเทียมกัน อย่างไรก็ตาม เพื่อให้แน่ใจว่าธงชาติเนเธอร์แลนด์ในมุมของธงรัฐออเรนจ์ฟรีสเตทอยู่ใกล้กับเสาธงด้านบนของธงหลักมากที่สุด ธงรัฐฟรีสเตทจะต้องถูกกลับด้าน ธงสหราชอาณาจักรซึ่งอยู่ใกล้กับเสาธงมากที่สุดและอยู่ในตำแหน่งที่ได้เปรียบกว่า จะถูกกางออกในแนวนอนจากธงรัฐฟรีสเตทไปยังเสาธงและจึงถูกกลับด้านเช่นกัน แม้ว่าจะวางในแนวนอนไกลจากเสาธงมากที่สุด แต่ธงเวียร์เคิลเออร์เป็นธงขนาดเล็กเพียงธงเดียวที่วางในทิศทางเดียวกับธงหลัก ซึ่งเป็นการชดเชยตำแหน่งที่เสียเปรียบกว่า ในการจัดเรียงนี้ ธงขนาดเล็กแต่ละธงมีลำดับความสำคัญเท่าเทียมกัน^{[ 16 ]}โปรดทราบว่าธงขนาดเล็กของสาธารณรัฐทรานส์วาลและรัฐออเรนจ์ฟรีสเตทต่างก็มีธงขนาดเล็กของเนเธอร์แลนด์ในทางตรงกันข้าม ธงขนาดเล็กของสหราชอาณาจักรเป็นส่วนประกอบของธงของอังกฤษ ส ก็อตแลนด์และชาวแองโกล-ไอริชทำให้ธงชาติแอฟริกาใต้แบบเก่าเป็นธงชาติเดิมเพียงธงเดียวในโลกที่มีธงห้าธงอยู่ภายในธงสามธงภายในธงเดียว

การเลือกใช้ธงPrinsenvlag (ซึ่งเชื่อกันว่าเป็นธงแรกที่ถูกชักขึ้นบนแผ่นดินแอฟริกาใต้โดย Jan van Riebeeck แห่งบริษัท VOC) เป็นต้นแบบในการออกแบบธงชาติแอฟริกาใต้ มีสาเหตุมาจากการประนีประนอมมากกว่าความต้องการทางการเมืองของชาวแอฟริกัน เนื่องจากธงPrinsenvlagเป็นกลางทางการเมือง เพราะไม่ได้เป็นธงชาติของประเทศใดอีกต่อไป อีกส่วนหนึ่งของการประนีประนอมนี้คือ ธงสหราชอาณาจักรจะยังคงโบกสะบัดควบคู่ไปกับธงชาติแอฟริกาใต้ใหม่เหนืออาคารราชการ การจัดวางธงคู่แบบนี้ดำเนินต่อไปจนถึงปี 1957 เมื่อธงสหราชอาณาจักรสูญเสียสถานะอย่างเป็นทางการตามพระราชบัญญัติของรัฐสภา

หลังจากการลงประชามติจัดตั้งสาธารณรัฐแอฟริกาใต้ในปี 1960ประเทศได้กลายเป็นสาธารณรัฐเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 1961 แต่การออกแบบธงยังคงไม่เปลี่ยนแปลง อย่างไรก็ตาม มีแรงกดดันอย่างมากให้เปลี่ยนธง โดยเฉพาะจากชาวแอฟริกันเนอร์ที่ยังคงไม่พอใจที่ธงสหราชอาณาจักรเป็นส่วนหนึ่งของธง ในปี 1968 จอห์น วอร์สเตอร์ นายกรัฐมนตรีในขณะนั้นได้เสนอให้ใช้ธงใหม่ตั้งแต่ปี 1971 เพื่อเป็นการระลึกถึงวันครบรอบสิบปีของการประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐ แต่สิ่งนี้ก็ไม่เคยเกิดขึ้นจริง^{[ 17 ]}

ตั้งแต่ปี 2019 การแสดงธงนี้ในที่สาธารณะในแอฟริกาใต้โดยทั่วไปถือเป็นการพูดที่แสดงความเกลียดชัง (เนื่องจากเป็นสัญลักษณ์ที่อาจแสดงถึงการแบ่งแยกสีผิวและอำนาจสูงสุดของคนผิวขาว ) และจึงถูกห้าม ยกเว้นเพื่อวัตถุประสงค์ทางศิลปะ วิชาการ และวารสารศาสตร์ รวมถึงพิพิธภัณฑ์และสถานที่ทางประวัติศาสตร์^{[ 18 ]}

• 
  ธงจากปี 1928–1982
• 
  ธงจากปี 1982–1994

ธงชาติแอฟริกาใต้ในปัจจุบันถูกชักขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2537 ^{[ 19 ]}ซึ่งเป็นวันเลือกตั้ง พ.ศ. 2537อย่างไรก็ตาม ธงนี้เดิมทีตั้งใจให้เป็นธงชั่วคราว และการออกแบบก็ได้รับการตัดสินใจเพียงหนึ่งสัปดาห์ก่อนหน้านั้น^{[ 20 ]}

การเลือกธงชาติใหม่เป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการเจรจาที่เริ่มต้นขึ้นเมื่อเนลสัน แมนเดลาได้รับการปล่อยตัวจากเรือนจำในปี 1990 เมื่อมีการจัดการประกวดออกแบบทั่วประเทศในปี 1993 คณะกรรมการสัญลักษณ์แห่งชาติได้รับแบบร่างมากกว่า 7,000 แบบ^{[ 21 ]}มีการคัดเลือกแบบร่าง 6 แบบและนำเสนอต่อสาธารณชนและสภาเจรจา แต่ไม่มีแบบใดได้รับการสนับสนุนอย่างกระตือรือร้น ต่อมาได้มีการติดต่อสตูดิโอออกแบบหลายแห่งเพื่อส่งข้อเสนอเพิ่มเติม แต่ก็ไม่ได้รับการตอบรับที่ดีรัฐสภาจึงปิดสมัยประชุมเมื่อสิ้นปี 1993 โดยไม่มีผู้สมัครที่เหมาะสมสำหรับธงชาติใหม่

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537 Cyril RamaphosaและRoelf Meyerหัวหน้าผู้เจรจาของ รัฐบาล พรรคแอฟริกันเนชั่นแนลคองเกรสและ พรรค เนชั่นแนลปาร์ตี้ในขณะนั้น ได้รับมอบหมายให้แก้ไขปัญหาเรื่องธงชาติ การออกแบบขั้นสุดท้ายได้รับการรับรองเมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2537 ซึ่งได้มาจากการออกแบบที่พัฒนาโดยFred Brownell หัวหน้าฝ่ายประชาสัมพันธ์ของรัฐ [ ^{22 ] [หมายเหตุ 1 ]}ซึ่งอ้างว่าเคยออกแบบธงชาตินามิเบียมา ก่อน ธงชั่วคราวนี้ถูกชักขึ้นอย่างเป็นทางการเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2537 ซึ่ง ^เป็นวันที่การเลือกตั้งแบบมีส่วนร่วมอย่างเต็มรูปแบบครั้งแรกของประเทศเริ่มต้นขึ้น ส่งผลให้Nelson Mandelaได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานาธิบดีที่มาจากการเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตยคนแรกของแอฟริกาใต้เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2537 ^{[ 23 ]}ธงนี้ได้รับการยอมรับอย่างดีจากชาวแอฟริกาใต้ส่วนใหญ่ แม้ว่าจะมีชนกลุ่มน้อยที่คัดค้านก็ตาม สมาชิก Afrikaner Volksfrontหลายร้อยคนในเมือง Bloemfonteinได้เผาธงชาติเพื่อประท้วงเมื่อไม่กี่สัปดาห์ก่อนการเลือกตั้งในเดือนเมษายน พ.ศ. 2537 ^{[ 19 ]}

การประกาศใช้ธงชาติใหม่โดยประธานาธิบดีแอฟริกาใต้F. W. de Klerkได้รับการตีพิมพ์เมื่อวันที่ 20 เมษายน 1994 ^{[ 6 ]}เพียงเจ็ดวันก่อนที่จะมีการเปิดตัวธงอย่างเป็นทางการ ทำให้เกิดความเร่งรีบในช่วงนาทีสุดท้ายสำหรับผู้ผลิตธง ตามที่ระบุไว้ในรัฐธรรมนูญชั่วคราวหลังยุคการแบ่งแยกสีผิวของแอฟริกาใต้ ธงนี้จะถูกนำมาใช้ในช่วงทดลองห้าปี หลังจากนั้นจะมีการอภิปรายเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงธงชาติในร่างรัฐธรรมนูญฉบับสุดท้ายสภาร่างรัฐธรรมนูญมีหน้าที่ร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ของประเทศ และได้ขอให้ส่งข้อเสนอแนะเกี่ยวกับสัญลักษณ์ประจำชาติต่างๆ โดยได้รับข้อเสนอแนะ 118 ฉบับที่แนะนำให้คงธงใหม่ไว้ และ 35 ฉบับที่แนะนำให้เปลี่ยนแปลง ดังนั้น ในวันที่ 28 กันยายน 1995 สภาจึงตัดสินใจคงธงไว้โดยไม่เปลี่ยนแปลง ดังนั้น จึงได้รวมไว้ในมาตราหนึ่งของรัฐธรรมนูญแห่งแอฟริกาใต้ ซึ่งมีผลบังคับใช้ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2540 ^{[ 24 ]}