นักบุญแม็กนัสมีชื่อเสียงในด้านความศรัทธาและความอ่อนโยน ในระหว่างการโจมตีเกาะแองเกิลซีย์ในเวลส์ซึ่ง นำโดยกษัตริย์แห่ง นอร์เวย์แม็กนัสปฏิเสธที่จะต่อสู้และอยู่บนเรือร้องเพลงสดุดีกษัตริย์ไอสไตน์ที่ 2แห่งนอร์เวย์ได้พระราชทานส่วนแบ่งในตำแหน่ง เอิร์ ลแห่งออร์กนีย์ ที่ ฮาคอนญาติของเขาถือครองอยู่ให้ แก่เขา และทั้งสองปกครองร่วมกันอย่างฉันมิตรในฐานะเอิร์ลแห่งออร์กนีย์ตั้งแต่ปี 1105 ถึง 1114 ต่อมาผู้ติดตามของพวกเขาเกิดความขัดแย้งกัน และทั้งสองฝ่ายได้พบกันในที่ประชุมบนเกาะหลักออร์กนีย์พร้อมที่จะต่อสู้ ในที่สุดก็มีการเจรจาสันติภาพ และเอิร์ลทั้งสองนัดพบกันที่เกาะเล็กๆ ชื่อเอจิลเซย์โดยแต่ละฝ่ายนำเรือมาเพียงสองลำ แม็กนัสเดินทางมาถึงในวันที่ 16 เมษายน 1116 (หรือ 1117) พร้อมเรือสองลำ แต่แล้วฮาคอนก็ปรากฏตัวขึ้นอย่างทรยศพร้อมเรือแปดลำ แม็กนัสถูกจับตัวและเสนอให้เนรเทศหรือจำคุก แต่ที่ประชุมของหัวหน้าเผ่าต่างๆ ยืนยันว่าเอิร์ลคนใดคนหนึ่งต้องตาย ผู้ถือธงของฮาคอนปฏิเสธที่จะประหารแม็กนัส ฮาคอนจึงสั่งให้ลิฟอลฟ์ พ่อครัวของเขา ฆ่าแม็กนัสโดยใช้ขวานฟาดที่ศีรษะ

แม็กนัสถูกฝังไว้ใน ' โบสถ์คริสต์ ' ที่เบอร์เซย์บริเวณหินรอบหลุมฝังศพของเขากลายเป็นทุ่งหญ้าเขียวขจีอย่างน่าอัศจรรย์ และมีรายงานมากมายเกี่ยวกับการเกิดปาฏิหาริย์และการรักษาโรควิลเลียมผู้เฒ่า บิชอปแห่งออร์กนีย์ เตือนว่า "การเล่าเรื่องแบบนี้เป็นเรื่องนอกรีต" จากนั้นเขาก็ตาบอดในมหาวิหารเบอร์เซย์ และต่อมาก็มองเห็นได้อีกครั้งหลังจากสวดภาวนาที่หลุมฝังศพของแม็กนัส ไม่นานหลังจากที่เขาไปเยือนนอร์เวย์ (และอาจได้พบกับเอิร์ล รอกน์วัลด์ โคลส์สัน)

กุนฮิลด์ น้องสาวของแม็กนัส ได้แต่งงานกับโคล และกษัตริย์แห่งนอร์เวย์ได้พระราชทานสิทธิ์ในตำแหน่งเอิร์ลของลุงแก่รอกน์วัลด์ คาลี โคลส์สันบุตรชายของทั้งสอง ในปี 1129 ในที่สุด เอิร์ลรอกน์วัลด์ก็ยกทัพไปที่หมู่เกาะออร์กนีย์ แต่ชาวเกาะต่อต้าน และเอิร์ลพอล ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากฮาคอน ก็ไม่ยอมสละอำนาจโดยง่าย ต่อมา โคลผู้เป็นบิดาได้แนะนำให้เอิร์ลรอกน์วัลด์ โคลส์สัน สัญญากับชาวเกาะว่า “จะสร้างมหาวิหาร หิน ที่เคิร์กวอลล์ให้งดงามกว่ามหาวิหารใดๆ ในออร์กนีย์ และจะอุทิศมหาวิหารนี้แด่ลุงของท่าน เอิร์ลแม็กนัสผู้ศักดิ์สิทธิ์ พร้อมทั้งจัดหาเงินทุนที่จำเป็นทั้งหมดเพื่อให้มหาวิหารเจริญรุ่งเรือง นอกจากนี้ พระธาตุศักดิ์สิทธิ์และที่ประทับของบิชอปจะต้องย้ายมาที่นี่ [จากเบอร์เซย์]” ในขณะเดียวกัน รอกน์วัลด์ได้ลักพาตัวพอลและส่งตัวไปที่อื่น ต่อมาพอลถูกสังหารที่เคธเนสรอกน์วัลด์จึงได้เป็นเอิร์ลแห่งออร์กนีย์ใน ที่สุด

ในปี ค.ศ. 1135 แม็กนัสได้รับการประกาศเป็นนักบุญ โดยวันที่ 16 เมษายนกลายเป็นวันนักบุญแม็กนัส ร่างของเขาถูกย้ายไปทางทิศตะวันออกไปยังโบสถ์เซนต์โอลาฟในชุมชนเล็กๆ ที่รู้จักกันในชื่อKirkjuvágrซึ่งหมายถึง "อ่าวโบสถ์" ปัจจุบันคือKirkwall [ ^{หมายเหตุ 1 ]}

การก่อสร้างมหาวิหารเริ่มต้นขึ้นในปี 1137 ภายใต้การดูแลของโคล เมื่อเงินทุนขาดแคลน โคลจึงแนะนำให้โรห์นวัลด์ฟื้นฟู สิทธิ โอดัลโดยรับเงินสด ในปี 1158 ขณะที่การก่อสร้างยังคงดำเนินอยู่ โรห์นวัลด์ถูกสังหารโดยหัวหน้าเผ่าชาวสกอต กระดูกของเขาถูกนำไปยังมหาวิหารและเขาได้รับการยกย่องเป็นนักบุญในปี 1192 แม้ว่าบันทึกเกี่ยวกับสถานะนักบุญของเขาจะหายไป กระดูกของโรห์นวัลด์ถูกค้นพบและฝังใหม่ในระหว่างการก่อสร้างอาคารในศตวรรษที่ 19 ^{[ 3 ]}

ผู้คนที่ถูกกล่าวหาว่าใช้เวทมนตร์ในออร์กนีย์ระหว่างปี 1594–1708 มักถูกคุมขังในมหาวิหารเซนต์แม็กนัส และการพิจารณาคดีก็จัดขึ้นในโบสถ์เช่นกัน^{[ 8 ] [ 9 ]}หนึ่งในบุคคลแรกๆ ที่ถูกพิจารณาคดีและประหารชีวิตในข้อหาใช้เวทมนตร์ในออร์กนีย์คืออลิสัน บัลฟอร์ในปี 1594 ^{[ 8 ] [ 10 ]}บัลฟอร์ถูกกล่าวหาว่าได้รับการว่าจ้างจากแพทริก สจ๊วต เอิร์ลแห่งออร์กนีย์คนที่ 2ให้วางยาพิษน้องชายของเขา ในขณะที่แพทริก สจ๊วตได้รับการยกฟ้องในกรณีนี้ แต่บัลฟอร์ถูกประหารชีวิต^{[ 10 ]}

ห้องขังที่ตั้งอยู่ระหว่างบริเวณร้องเพลงประสานเสียงและปีกโบสถ์ด้านทิศใต้ หรือที่รู้จักกันในชื่อหลุมของมาร์วิก ถูกใช้เป็นเรือนจำจนถึงช่วงปลายศตวรรษที่ 18 และผู้ที่ถูกกล่าวหาว่าเป็นแม่มดจะถูกคุมขังไว้ที่นี่ก่อนการพิจารณาคดีและการประหารชีวิต^{[ 11 ]}ช่องเปิดของห้องขังที่มองเห็นได้นั้นเดิมทีเป็นหน้าต่าง เรียกว่าห้องขังทรงขวดเพราะพื้นมีลักษณะโค้งขึ้นเหมือนด้านในของขวดแชมเปญ^{[ 12 ]}

ในขณะที่มหาวิหารหลังเดิมกำลังก่อสร้างพระราชวังของบิชอปก็ถูกสร้างขึ้นในบริเวณใกล้เคียงสำหรับวิลเลียมผู้เฒ่า โดยมีห้องโถงสี่เหลี่ยมผืนผ้าขนาดใหญ่อยู่เหนือห้องเก็บของที่มีหลังคาโค้ง

พระเจ้าฮาคอนที่ 4 แห่งนอร์เวย์เสด็จมาประทับที่นี่ในช่วงฤดูหนาวหลังจากพ่ายแพ้ในยุทธการที่ลาร์กส์ และสิ้นพระชนม์ที่นี่ในเดือนธันวาคม ปี 1263 ซึ่งเป็นการสิ้นสุดการปกครองของชาวนอร์สเหนือหมู่เกาะเฮบริดีสชั้นนอกพระองค์ถูกฝังไว้ในมหาวิหารเซนต์แม็กนัสจนกว่าสภาพอากาศจะเอื้ออำนวยให้สามารถนำพระศพกลับไปยังเบอร์เกนได้

พระราชวังทรุดโทรมลง ต่อมาหลังปี 1540 ได้รับการบูรณะโดยบิชอปโรเบิร์ต รีดซึ่งได้เพิ่มหอคอยทรงกลมที่เรียกว่า "มูซี ทูร์" ท่านดำรงตำแหน่งที่เซนต์แม็กนัสตั้งแต่ปี 1541 ถึง 1558 และมรดกของท่านจำนวน 8,000 เมอร์กเพื่อก่อตั้งวิทยาลัยในเอดินบะระ นำไปสู่การก่อตั้งมหาวิทยาลัยเอดินบะระในปี 1583 ^{[ 13 ]}ซากปรักหักพังของพระราชวังบิชอปเปิดให้ประชาชนเข้าชมได้ (ดูที่Historic Scotland ) ตรงข้ามกับพระราชวังบิชอป ซากปรักหักพังของพระราชวังเอิร์ลเป็นเครื่องเตือนใจถึงรัชสมัยของเอิ ร์ลแห่งออร์กนี ย์ตระกูลสจ๊วตในช่วงปลายศตวรรษที่ 16 และต้นศตวรรษที่ 17 สถานที่แห่งนี้ก็เปิดให้ประชาชนเข้าชมได้เช่นกัน

โบสถ์เซนต์แม็กนัสมีระฆังอยู่สี่ใบ ซึ่งได้รับบริจาคในปี ค.ศ. 1528 โดยบิชอปโรเบิร์ต แม็กซ์เวลล์ ระฆังที่เล็กที่สุดไม่มีจารึกหรือวันหมดอายุ และไม่ได้ถูกนำไปแขวน ตามที่นักโบราณคดี เซอร์ เฮนรี เอ็ดเวิร์ด ลีห์ ดรายเดน บารอนเน็ตดรายเดนคนที่สี่และเจ็ด (ค.ศ. 1818–1899) กล่าวไว้ว่า "ระฆังเหล่านี้ไม่ได้ถูกตีด้วยกระบวนการทั่วไปของล้อหรือข้อเหวี่ยง และอาจไม่เคยถูกตีด้วยเชือกที่ดึงไปด้านข้างเพื่อให้ลิ้นกระทบกับผนัง ปลายด้านหนึ่งของเชือกสั้นๆ จะถูกผูกติดกับลิ้นและอีกด้านหนึ่งติดกับผนัง เชือกเส้นที่สองจะถูกผูกติดกับตรงกลางของเชือกเส้นแรก และปลายด้านล่างของเชือกจะถูกดึงโดยผู้ตีระฆัง ซึ่งแน่นอนว่าจะดึงลิ้นไปด้านใดด้านหนึ่ง เสียงที่ระฆังผลิตออกมานั้นไม่ได้อยู่ในช่วงไดอะโทนิก แต่ห่างกันประมาณห้าควอเตอร์โทน เสียงจะสูงขึ้นประมาณ G ¼ โทน, A ½ โทน, C ¼ โทน ระฆังที่สองใช้สำหรับนาฬิกาและถูกตีด้วยค้อนนาฬิกาจากด้านนอก เมื่อถูกตีเช่นนั้น เสียงจะต่ำกว่าเสียงที่ได้จากการตีด้วยลิ้น" ^{[ 14 ]}

ระฆังที่สามถูกอธิบายว่าเป็น "เทเนอร์ G ¼ โทนชาร์ป" และมีเส้นผ่านศูนย์กลาง41.5 นิ้ว (105 ซม.)และสูง33 นิ้ว (84 ซม.)ดรายเดนตั้งข้อสังเกตว่าระฆังที่สามมีจารึกเป็นตัวพิมพ์ใหญ่ธรรมดาที่ยกขึ้นเป็นสองบรรทัด ซึ่งแสดงไว้ที่นี่ในรูปแบบการสะกดดั้งเดิม: "สร้างโดยนายโรเบิร์ต แม็กซ์เวลล์ บิชอปแห่งออร์กนีย์ ในปี ค.ศ. 28 ซึ่งเป็นปีแห่งรัชสมัยของพระเจ้าเจมส์ที่ 5 โรเบิร์ต บอร์ธวิกสร้างฉันขึ้นในปราสาทเอดินบะระ" ^{[ 14 ]}  

ในปี พ.ศ. 2314 เมื่อหอคอยของโบสถ์ถูกฟ้าผ่าและไฟไหม้ ระฆังก็ตกลงไปในโบสถ์ ว่ากันว่าชาวเมืองรีบนำวัสดุที่อ่อนนุ่มเข้าไปในโบสถ์เพื่อรองรับระฆังหากมันตกลงมา แต่ถึงแม้จะพยายามอย่างเต็มที่ ระฆังที่ใหญ่ที่สุดก็ยังแตก^{[ 15 ]}

ดังนั้น ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1682 เจ้าหน้าที่ของโบสถ์จึงทำสัญญากับอเล็กซานเดอร์ เกดเดส พ่อค้าในเมืองเคิร์กวอลล์ เพื่อนำระฆังไปส่งที่อัมสเตอร์ดัม ซึ่งคลอเดียส เฟรมี่จะนำไปหล่อใหม่ เมื่อระฆังมาถึงอัมสเตอร์ดัม ได้มีการชั่งน้ำหนักและพบว่ามีน้ำหนัก 1,500 ปอนด์ (680 กิโลกรัม) ระฆัง สูญเสีย น้ำหนักไป 65 ปอนด์ (29 กิโลกรัม)ในระหว่างการหล่อ แต่ มีการเพิ่ม "โลหะใหม่" เข้าไป 193 ปอนด์ (88 กิโลกรัม) ทำให้น้ำหนักสุดท้ายอยู่ที่1,528 ปอนด์ (693 กิโลกรัม)ลิ้นระฆังใหม่มีน้ำหนัก46 ปอนด์ (21 กิโลกรัม)เกดเดสนำระฆังกลับไปยังเคิร์กวอลล์ในวันที่ 23 สิงหาคมของปีเดียวกัน^{[ 16 ]}     

นาฬิกาหอคอยดั้งเดิมสร้างขึ้นในปี 1761 โดยช่างทำนาฬิกาชื่อฮิวจ์ กอร์ดอน แห่งเมืองอเบอร์ดีน^{[ 17 ]}นาฬิกาได้รับการปรับปรุงใหม่ด้วยกลไกอัตโนมัติโดยเจมส์ ริตชี แอนด์ ซันในปี 2018 ^{[ 18 ]}

ออร์แกนนี้ได้รับการติดตั้งในปี พ.ศ. 2468 และสร้างโดยเฮนรี วิลลิสและได้รับการบำรุงรักษาโดยบริษัทเดียวกันนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา สามารถดูข้อมูลจำเพาะของออร์แกนได้ในทะเบียนออร์แกนท่อแห่งชาติ^{[ 19 ]}