ตามมาตรา 2 แห่งคำสั่งคณะรัฐมนตรี สำนักงานสถิติแห่งชาติ (SBJ) มีกรมสำรวจสถิติ(統計調査部, Tōkei Chōsabu )เพื่อดำเนินการสำรวจสำมะโนประชากรและการสำรวจต่างๆ โดยได้จัดตั้งหน่วยงานย่อยต่างๆ ภายใต้กรมนี้ (มาตรา 110, 115–118)

• กองสำรวจสำมะโนประชากร(勢統計課, Kokusei Tōkeika )รับผิดชอบการสำรวจสำมะโนประชากร การประมาณประชากร และการสำรวจทางสถิติอื่นๆ เกี่ยวกับประชากรศาสตร์แรงงานที่อยู่อาศัยและ การ ใช้ที่ดิน (มาตรา 116)
• แผนกสถิติเศรษฐกิจ(経済統計課, Keizai Tōkeika )รับผิดชอบการสำรวจทางสถิติของบริษัทต่างๆหรือสำนักงานและโรงงาน ของบริษัท ต่างๆ (มาตรา 117)
• กองสถิติผู้บริโภค(消費統計課, Shōhi Tōkeika )มีหน้าที่รวบรวมสถิติเกี่ยวกับผู้บริโภคและราคาสินค้ารวมถึงดัชนีราคาผู้บริโภค (มาตรา 118)
• แผนกวางแผนการสำรวจ(調査企画課, Chōsa Kikakuka )รับผิดชอบด้านสถิติที่ได้รับมาที่หลากหลาย รวมถึงเรื่องทั่วไปของแผนกนี้ (มาตรา 115)

มาตรา 110–114 แห่งคำสั่งคณะรัฐมนตรี ยังมีบทบัญญัติเกี่ยวกับการแบ่งส่วนต่างๆ ภายใต้พระราชบัญญัติประกันสังคม (SBJ) ดังต่อไปนี้

• แผนกการจัดการทะเบียนธุรกิจทางสถิติ(事業所情報管理課, Jigyōsho Jōhō Kanrika )รับผิดชอบในการรวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับทะเบียนธุรกิจทางสถิติ (มาตรา 112)
• กองส่งเสริมการใช้ข้อมูลสถิติ(統計情報利用推進課, Tōkei Jōhō Riyō Suishinka )รับผิดชอบในการส่งเสริมการใช้สถิติและไมโครดาต้า ในที่สาธารณะ การตีพิมพ์และ การ เผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับสถิติอย่างเป็นทางการ และการจัดการห้องสมุดสถิติ(統計図書館, Tōkei Toshokan ) (มาตรา 113)
• แผนกกิจการทั่วไป(総務課, Sōmuka )รับผิดชอบเรื่องทั่วไปสำหรับ SBJ เช่นเดียวกับการบริหารจัดการศูนย์สถิติแห่งชาติ(統計センター, Tōkei Sentā )และสถาบันวิจัยและฝึกอบรมทางสถิติ (統計研究研修所, Tōkei Kenkyū Kensyū-jo ) (มาตรา 111)
• ผู้อำนวยการฝ่ายการจัดการระบบสารสนเทศทางสถิติ(統計情報システム管理官, Tōkei Jōhō Shisutemu Kanrikan )รับผิดชอบระบบข้อมูลสำหรับ SBJ และอธิบดีกรมการวางแผนนโยบายของ MICรวมถึงระบบสารสนเทศระหว่างกระทรวงสำหรับสถิติอย่างเป็นทางการ (มาตรา 114)

ศูนย์สถิติแห่งชาติ (NSTAC) เดิมเป็นส่วนหนึ่งของ SBJ ที่เชี่ยวชาญด้านการจัดตารางข้อมูลในปี 1984 ส่วนนี้ได้แยกออกจาก SBJ เพื่อจัดตั้ง NSTAC ขึ้น ในปี 2003 ได้กลายเป็นหน่วยงานบริหารที่จัดตั้งขึ้น [ ^{20 ] โดย}ดำเนินการประมวลผลข้อมูลสำหรับกระทรวงต่างๆ รวมถึง SBJ ^{[ 5 ] : 13}

NSTAC และ SBJ ยังร่วมมือกันพัฒนาระบบข้อมูลระหว่างกระทรวงสำหรับสถิติทางการ ซึ่งเป็นระบบออนไลน์สาธารณะสำหรับการสำรวจทางสถิติและการใช้ข้อมูล^{[ 6 ] : 10}ประกอบด้วยระบบย่อยดังต่อไปนี้:

• เว็บไซต์พอร์ทัลของสถิติอย่างเป็นทางการ: e-Stat ^{[ 21 ]}

• ไซต์พอร์ทัลสำหรับการใช้ microdata ครั้งที่สอง: miripo (ミクロデーTA利用ポータルサイト, Mikuro Dēta Riyō Pōtaru Saito ) ^{[ 22 ]}

• ระบบสำรวจออนไลน์: e-survey ^{[ 23 ]}

• ทะเบียนธุรกิจสถิติ^{[ 24 ]}

ศูนย์การใช้ข้อมูลทางสถิติ(統計データ利活用センター, Tōkei Dēta Rikatsuyō Sentā ) ^{[ 25 ]}เป็นสถาบันใหม่ที่ดำเนินการโดย SBJ และ NSTAC ก่อตั้งขึ้นในปี 2018 ในเมืองวาคายามะเพื่อให้บริการการใช้ไมโครดาต้านอกสถานที่ การฝึกอบรมนักสถิติ และการให้คำปรึกษาเกี่ยวกับการใช้สถิติ^{[ 6 ] : 27}

พระราชบัญญัติสถิติบัญญัติว่ารัฐมนตรีว่าการกระทรวงกิจการภายในและการสื่อสารมีอำนาจในการวางแผนและกำกับดูแลระบบสถิติทางการทั้งหมด โดยปฏิบัติตามคำแนะนำของคณะกรรมการสถิติ รัฐมนตรีมอบหมายภารกิจเหล่านี้ให้แก่อธิบดีกรมวางแผนนโยบาย (ไม่ใช่ SBJ) ตั้งแต่ปี 2548 ^{[ 5 ] : 9–11}

อำนาจในการกำกับดูแลและวางแผนระบบสถิติอย่างเป็นทางการมาจากคณะกรรมการสถิติ เดิม (統計委員会, Tōkei Iinkai ) (พ.ศ. 2489–2495) ^{[ 5 ] : 2–3}นับตั้งแต่การยุบเลิกคณะกรรมการในปี พ.ศ. 2495 ความรับผิดชอบของคณะกรรมการจึงตกอยู่กับผู้ตรวจการของสำนักงานบริหารราชการแผ่นดินโดยปรึกษาหารือ กับ สภาสถิติ(統計審議会, Tōkei Shingikai )ซึ่งเป็นคณะกรรมการที่ปรึกษาที่มีผู้เชี่ยวชาญด้านสถิติ เพื่อจุดประสงค์นี้ สำนักงานบริหารราชการแผ่นดินจึงรวมถึงกรมมาตรฐานสถิติ กรมนี้สืบทอดหน้าที่ของคณะกรรมการสถิติ^{[ 16 ] : 274}

จากผลของการปรับโครงสร้างองค์กรภาครัฐในปี 1984 กรมมาตรฐานสถิติจึงถูกควบรวมเข้ากับ SBJ ดังนั้นกรมจึงอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ SBJ ตั้งแต่ปี 1984 ถึง 2005 ในช่วงเวลานี้ องค์กรภาครัฐได้รับการปรับโครงสร้างอีกครั้งในปี 2001 ซึ่งทำให้ SBJ ย้ายไปอยู่ภายใต้ MIC ^{[ 5 ] : 3}

ในปี พ.ศ. 2548 MIC ได้ยุบแผนกมาตรฐานทางสถิติและโอนหน้าที่ไปยังอธิบดีฝ่ายวางแผนนโยบาย(政策統括官, Seisaku Tōkatsukan )ของกระทรวง เดิมตำแหน่งนี้เรียกว่ารับผิดชอบ"มาตรฐานทางสถิติ" (統計基準, Tōkei Kijun ) แต่ตั้งแต่ปี 2021 เป็นต้นมา ตำแหน่งนี้ถูกเรียกว่ารับผิดชอบ"นโยบายทางสถิติ" (統計制度, Tōkei Seido ) ^{[ 26 ]}

ผู้อำนวยการใหญ่ของ MIC นี้ยังรับผิดชอบการสื่อสารระหว่างประเทศกับสำนักงานสถิติของประเทศอื่น ๆ โดยร่วมมือกับ SBJ ^{[ 27 ] [ 28 ] [ 5 ] : 6}

คณะกรรมการสถิติชุดใหม่ได้รับการจัดตั้งขึ้นโดยการแก้ไขพระราชบัญญัติสถิติฉบับสมบูรณ์ในปี 2550 ^{[ 5 ] : 4–5}เป็นสภาที่ดูแลระบบสถิติอย่างเป็นทางการ ประกอบด้วยผู้เชี่ยวชาญทางวิชาการไม่เกิน 13 คน เป็นหน่วยงานทดแทนสภาสถิติ แต่ได้รับอำนาจที่กว้างขวางกว่า^{[ 29 ] : 20}การแก้ไขพระราชบัญญัติสถิติในปี 2561 ได้ขยายอำนาจของคณะกรรมการให้ครอบคลุมการควบคุมสถิติอย่างเป็นทางการทั้งหมด^{[ 15 ] : 35}ทำหน้าที่จัดการแผนแม่บทเกี่ยวกับการพัฒนาสถิติอย่างเป็นทางการ^{(公的統計の整備に関した基本的な計画, Kōteki Tōkei no Seibi ni Kansuru Kihontekina Keikaku ) [ 30 ]}ทบทวนแผนและกระบวนการของสถิติ^{พื้นฐานแต่ละ}อย่าง รักษามาตรฐานทางสถิติ เช่นประเทศญี่ปุ่นการจำแนกประเภทอุตสาหกรรมมาตรฐาน^{[ 31 ]}และกำกับดูแลการไม่ระบุชื่อข้อมูลขนาดเล็กสำหรับการใช้สถิติรอง^{[ 32 ]}

หน่วยงานสถิติจากกระทรวงต่างๆ รวมถึง SBJ จัดการประชุม(各府省統計主管部局長等会議, Kaku-fu-shō Tōkei Shukan Bukyoku-chō-tō Kaigi )เพื่อหารือเกี่ยวกับประเด็นสถิติทางการ ในช่วงปี 2544–2550 เมื่อสภาสถิติสูญเสียอำนาจในการให้ความเห็นต่อรัฐบาลอย่างแข็งขันอันเป็นผลมาจากการปฏิรูปรัฐบาลกลางในปี 2544การประชุมระหว่างกระทรวงเหล่านี้จึงเป็นโอกาสสำคัญในการตัดสินใจเกี่ยวกับเรื่องทางเทคนิคที่เกี่ยวข้องกับระบบสถิติ^{[ 33 ] [ 29 ] : 20}

สถาบันวิจัยและฝึกอบรมสถิติตั้งอยู่ที่โคคุบุนจิทางตะวันตกของจังหวัดโตเกียวสถาบันนี้มีรากฐานมาจากสถาบันฝึกอบรมบุคลากรสถิติ(統計職員養成所, Tōkei Shokuin Yōsei-jo )ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1921 ^{[ 34 ]}สถาบันนี้กลายเป็นสถาบันการศึกษาอิสระของกระทรวงสารสนเทศศาสตร์ในปี 2003 และรวมเอาหน้าที่การวิจัยที่เคยดำเนินการโดยสำนักงานสถิติแห่งชาติ (SBJ) เข้ามาด้วยในปี 2017 ดังนั้นสถาบันนี้จึงได้ดำเนินการวิจัยเทคโนโลยีทางสถิติรวมถึงการฝึกอบรมนักสถิติ^{[ 6 ] : 38–40}สำนักงานสถิติแห่งชาติ (SBJ) รับผิดชอบกิจการที่เกี่ยวข้องกับสถาบันนี้^{[ 18 ]}