สนามบินหลักของเดนมาร์ก ได้แก่:

• สนามบินโคเปนเฮเกน (CPH) เป็นสนามบินที่มีผู้โดยสารมากที่สุดในสแกนดิเนเวีย ตั้งอยู่ที่คาสตรุปทางตะวันออกเฉียงใต้ของเมืองโคเปนเฮเกน และรองรับผู้โดยสารกว่า 32 ล้านคนต่อปี
• สนามบินบิลลุนด์ (BLL) ตั้งอยู่ใจกลางคาบสมุทรจัตแลนด์ เป็นหนึ่งในศูนย์กลางการขนส่งสินค้าที่คึกคักที่สุดของเดนมาร์ก รวมทั้งเป็นจุดหมายปลายทางยอดนิยมของสายการบินเช่าเหมาลำ และเป็นสนามบินสำหรับเที่ยวบินประจำที่ให้บริการผู้โดยสาร 3 ล้านคนต่อปี ส่วนใหญ่มาจากทางตะวันตกของประเทศ
• สนามบินอัลบอร์ก (AAL) ตั้งอยู่ ห่างจากเมืองอั ลบอร์ก ไปทางตะวันตกเฉียงเหนือ 5 กิโลเมตรเป็นสนามบินที่มีผู้ใช้บริการมากเป็นอันดับสามของเดนมาร์ก โดยมีผู้โดยสารประมาณ 1.4 ล้านคนต่อปี เชื่อมต่อกับ 25 จุดหมายปลายทางในยุโรป และเป็นหนึ่งในเส้นทางบินภายในประเทศที่ busiest ที่สุดในยุโรปไปยังโคเปนเฮเกน
• สนามบินอาร์ฮุส (AAR) ซึ่งตั้งอยู่ ห่างจากเมืองอาร์ฮุสไปทางตะวันออกเฉียงเหนือ 39 กิโลเมตร ให้บริการผู้โดยสารประมาณ 540,000 คนต่อปี

สนามบินอื่นๆ ได้แก่:

• สนามบินคารุป (KRP) ใกล้เมืองวิบอร์กทางตะวันตกของคาบสมุทรจัตแลนด์ ให้บริการเที่ยวบินไปยังโคเปนเฮเกนเป็นหลัก โดยมีผู้โดยสารประมาณ 200,000 คนต่อปี
• สนามบินบอร์นโฮล์ม (RNN)  ตั้งอยู่ห่างจากใจกลางเมืองรอนเนอ 5 กิโลเมตร ทางตะวันตกเฉียงใต้ของเกาะบอร์นโฮล์ม มีเที่ยวบินประจำไปยังโคเปนเฮเกนหลายเที่ยวบินต่อวัน
• สนามบินเอสบเยิร์ก (EBJ) เป็นสนามบินขนาดเล็กทางตะวันตกของคาบสมุทรจัตแลนด์ มีเที่ยวบินประจำไปยังเมืองอะเบอร์ดีนและสตาแวนเจอร์ (แม้ว่าส่วนใหญ่จะให้บริการแท่นขุดเจาะน้ำมันในทะเลเหนือก็ตาม)
• สนามบินซอนเดอร์บอร์ก (SGD) ตั้งอยู่ทางตอนใต้สุดของคาบสมุทรจัตแลนด์ มีเที่ยวบินเชื่อมต่อไปยังโคเปนเฮเกน
• สนามบิน Roskilde (RKE) ซึ่งอยู่ ห่างจาก Roskilde ไปทางตะวันออกเฉียงใต้ 7 กิโลเมตรและห่างจากโคเปนเฮเกนไปทางตะวันตกเฉียงใต้ประมาณ 38 กิโลเมตร ให้บริการแท็กซี่ทางอากาศและการจราจรทางธุรกิจส่วนตัวเป็นหลัก^{[ 4 ]} 

การขนส่งผู้โดยสารประกอบด้วยการข้ามเรือเฟอร์รี่ภายในประเทศเดนมาร์กบางส่วน การข้ามเรือเฟอร์รี่ระหว่างประเทศบางส่วน และผู้โดยสารเรือสำราญบางส่วนเส้นทางเรือเฟอร์รี่ระยะสั้นบางเส้นทางกำลังได้รับการติดตั้งระบบไฟฟ้า^{[ 6 ]}และอีกหลายเส้นทางอาจมีคุณสมบัติเหมาะสม^{[ 7 ]}เช่นเดียวกับในประเทศนอร์เวย์^{[ 8 ]}

เฮลซิงเออร์

รอดบีฮาวน์

เฟรเดอริคส์ฮาวน์

Sjællands Odde

เอสบเยิร์ก

เก็ดเซอร์

อาร์ฮุส

รอนน์

เอเบลทอฟท์

โคเปนเฮเกน

แผนที่ประเทศเดนมาร์กแสดงที่ตั้งของท่าเรือสำคัญต่างๆ

ในบรรดาท่าเรือที่สำคัญที่สุดสำหรับการขนส่งผู้โดยสาร (จำนวนผู้โดยสารหลายพันคนต่อปีในปี 2550) ได้แก่:

• เฮลซิงเออร์ 10,967
• ร็อดบีฮาวน์ 7,058
• เฟรเดอริคส์ฮาวน์ 2,894
• Sjællands Odde 2,233
• เอสบเยิร์ก 1,827
• เกดเซอร์ 1,612
• อาร์ฮุส 1,583
• รอนเน่ 1,522
• เอเบลทอฟท์ 962
• โคเปนเฮเกน 872

ในปี 2550 มีเรือสำราญ 288 ลำมาเยือนโคเปนเฮเกน เพิ่มขึ้นเป็น 376 ลำในปี 2554 ก่อนจะกลับมาอยู่ที่ประมาณ 300 ลำในอีกไม่กี่ปีต่อมา มีผู้โดยสารเรือสำราญประมาณ 800,000 คนและลูกเรือ 200,000 คนมาเยือนโคเปนเฮเกนทุกปี^{[ 9 ]}

ท่าเรือที่สำคัญที่สุดสำหรับการขนส่งสินค้า (ล้านตันต่อปีในปี 2550) ได้แก่:

• เฟรเดริเซีย 15,327
• อาร์ฮุส 12,189
• โคเปนเฮเกน 7,379
• เฮลซิงเออร์ 4,480
• เอสบเยิร์ก 4,476
• คาลุนด์บอร์ก 3,714
• เฟรเดอริคส์ฮาวน์ 3,200
• อัลบอร์ก พอร์ตแลนด์ 2,999
• อัลบอร์ก 2,749
• โอเดนเซ่ 2,616

เส้นทางน้ำมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการขนส่งในท้องถิ่นในประเทศเดนมาร์กมาโดยตลอด โดยเฉพาะอย่างยิ่งระบบแม่น้ำกูเดนา ในจัตแลนด์ตอนกลางมีบทบาทสำคัญ เส้นทางน้ำเหล่านี้ใช้ เรือบรรทุก ไม้ในการเดินเรือ และต่อมาก็ใช้เรือกลไฟ^{[ 10 ]}เรือกลไฟโบราณบางลำยังคงใช้งานอยู่ เช่น เรือSS Hjejlenจากปี 1861 ที่ซิลเคบอร์ก

มี คลองธรรมชาติยาว 160 กิโลเมตร ไหลผ่านช่องแคบลิมฟยอร์ด ตื้นๆ ทางตอนเหนือของจัตแลนด์ เชื่อมทะเลเหนือกับ ทะเล แคตเตกัต

ในอดีตมีการเปลี่ยนเส้นทางน้ำจำนวนมากและนำมาสร้างเป็นคลองโดยมนุษย์ในช่วงทศวรรษ 1900 แต่ส่วนใหญ่เพื่อวัตถุประสงค์ทางการเกษตร ไม่ใช่เพื่ออำนวยความสะดวกในการขนส่งในระดับใหญ่ เมืองหลายแห่งมีคลองที่สร้างขึ้นโดยมนุษย์เพื่อใช้ในการขนส่งและการจราจร โดยเฉพาะอย่างยิ่งคลองโคเปนเฮเกนและคลองโอเดนเซซึ่งใช้ขนส่งนักท่องเที่ยวและประชาชนในท้องถิ่นจำนวนมาก^{[ 11 ]}

ภาพภายนอก
การจราจรและพื้นที่คุ้มครองรอบประเทศเดนมาร์ก

เดนมาร์กมีกองเรือพาณิชย์ขนาดใหญ่เมื่อเทียบกับขนาดประเทศ ในปี 2018 กองเรือมีระวางบรรทุกเกิน 20 ล้านตันเนื่องจากรัฐบาลพยายามนำเรือที่เป็นกรรมสิทธิ์ของเดนมาร์กที่จดทะเบียนในต่างประเทศกลับคืนมา โดยมีมาตรการต่างๆ รวมถึงการยกเลิกค่าธรรมเนียมการจดทะเบียน^{[ 12 ]}

เดนมาร์กได้จัดตั้งทะเบียนเรือระหว่างประเทศของตนเองขึ้นมา เรียกว่าทะเบียนเรือระหว่างประเทศของเดนมาร์ก (Danish International Ship Register หรือ DIS)ซึ่งเปิดให้เฉพาะเรือพาณิชย์เท่านั้น เรือที่ลงทะเบียนในทะเบียน DIS ไม่จำเป็นต้องปฏิบัติตามกฎระเบียบด้านบุคลากรของเดนมาร์ก