อ่าน 7 นาที
ความสอดคล้องทางโภชนาการ
ความสอดคล้องทางโภชนาการเป็นคุณสมบัติของกราฟแบบมีทิศทาง(หรือเครือข่าย แบบมีทิศทาง ) โดยอิงจากแนวคิดของระดับโภชนาการที่ใช้เป็นหลักในนิเวศวิทยา...
ความสอดคล้องทางโภชนาการ
ความสอดคล้องทางโภชนาการเป็นคุณสมบัติของกราฟแบบมีทิศทาง(หรือเครือข่าย แบบมีทิศทาง ) [ 1 ]โดยอิงจากแนวคิดของระดับโภชนาการที่ใช้เป็นหลักในนิเวศวิทยา [ 2 ]แต่สามารถกำหนดได้สำหรับเครือข่ายแบบมีทิศทางโดยทั่วไป และให้การวัดโครงสร้างลำดับชั้นระหว่างโหนด ความสอดคล้องทางโภชนาการคือแนวโน้มของโหนดที่จะตกอยู่ในระดับโภชนาการที่กำหนดไว้อย่างดี มีความเกี่ยวข้องกับคุณสมบัติเชิงโครงสร้างและพลวัตหลายประการของเครือข่ายแบบมีทิศทาง รวมถึงการแพร่หลายของวัฏจักร[ 3 ] และรูปแบบเครือข่าย [ 4 ]เสถียรภาพทางนิเวศวิทยา[ 1 ]ความเป็นช่วง[ 5 ]และกระบวนการแพร่กระจาย เช่นโรคระบาดและ การ แพร่ กระจาย ของเซลล์ประสาท[ 6 ]
คำนิยาม

พิจารณาเครือข่ายแบบมีทิศทางซึ่งกำหนดโดยเมทริกซ์ความประชิดแต่ละโหนดสามารถกำหนดระดับโภชนาการได้ตาม
โดยที่คือจำนวนการเชื่อมต่อขาเข้า และโหนดที่มี(โหนดฐาน) จะมีตามธรรมเนียม แต่ละขอบจะมีค่าความแตกต่างทางโภชนาการที่เกี่ยวข้อง ซึ่งกำหนดเป็น ความสอดคล้อง ทางโภชนาการของเครือข่ายคือการวัดว่าการกระจายของระยะทางโภชนาการ นั้นมีความใกล้เคียงกันมากน้อยเพียงใด รอบค่าเฉลี่ย ซึ่งมีค่าเท่ากับ เสมอสิ่งนี้สามารถวัดได้ด้วยพารามิเตอร์ความไม่สอดคล้องซึ่งเท่ากับค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานของ:
รูปแสดงเครือข่ายสองเครือข่ายที่แตกต่างกันในด้านความสอดคล้องของโภชนาการ ตำแหน่งของโหนดบนแกนตั้งสอดคล้องกับระดับโภชนาการ ในเครือข่ายด้านซ้าย โหนดต่างๆ อยู่ในระดับโภชนาการที่ชัดเจน (จำนวนเต็ม) ดังนั้นเครือข่ายจึงมีความสอดคล้องสูงสุดในเครือข่ายด้านขวา โหนดจำนวนมากมีระดับโภชนาการเป็นเศษส่วน และเครือข่ายจึงไม่สอดคล้องกันมากขึ้น[ 6 ]
ความสอดคล้องทางโภชนาการในธรรมชาติ
ระดับความสอดคล้อง (หรือไม่สอดคล้อง) ทางโภชนาการของเครือข่ายเชิงประจักษ์สามารถตรวจสอบได้โดยการเปรียบเทียบกับแบบจำลองว่างซึ่งได้มาจากกลุ่มฐานซึ่งประกอบด้วยเครือข่ายที่โหนดที่ไม่ใช่ฐานทั้งหมดมีสัดส่วนของโหนดฐานเท่ากันสำหรับเพื่อนบ้านขาเข้า[ 3 ]ค่าที่คาดหวังในกลุ่มนี้จะลู่เข้าสู่ค่าของกลุ่มการกำหนดค่าที่ ใช้กันอย่างแพร่หลาย [ 7 ]ในขีดจำกัด( โดยที่และ คือจำนวนโหนดและขอบ) และสามารถแสดงให้เห็นได้ทางตัวเลขว่าเป็นค่าประมาณที่ดีสำหรับเครือข่ายสุ่มแบบจำกัด ค่าคาดหวังของกลุ่มฐานสำหรับพารามิเตอร์ความไม่สอดคล้องคือ
โดยที่จำนวนขอบที่เชื่อมต่อกับโหนดฐานคือ[ 3 ] อัตราส่วนที่วัดได้ในเครือข่ายเชิงประจักษ์เผยให้เห็นว่าเครือข่ายเหล่านั้นมีความสอดคล้องกันมากกว่าหรือน้อยกว่าความคาดหวังแบบสุ่ม ตัวอย่างเช่น Johnson และ Jones [ 3 ]พบในชุดของเครือข่ายว่าใยอาหารมีความสอดคล้องกันอย่างมีนัยสำคัญเครือข่ายเมตาบอลิซึมไม่สอดคล้องกันอย่างมีนัยสำคัญและเครือข่ายควบคุมยีนใกล้เคียงกับความคาดหวังแบบสุ่ม
ระดับโภชนาการและหน้าที่ของข้อต่อ
ยังคงมีความเข้าใจน้อยมากเกี่ยวกับกลไกที่อาจนำไปสู่เครือข่ายบางประเภทที่มีความสอดคล้องกันหรือขาดความสอดคล้องกันอย่างมีนัยสำคัญ[ 3 ]อย่างไรก็ตาม ในระบบที่มีความสัมพันธ์ระหว่างระดับโภชนาการและคุณลักษณะอื่นๆ ของโหนด กระบวนการที่มักจะเอื้อต่อการสร้างขอบระหว่างโหนดที่มีลักษณะเฉพาะบางอย่างสามารถเหนี่ยวนำให้เกิดความสอดคล้องกันหรือขาดความสอดคล้องกันได้ ในกรณีของสายใยอาหาร ผู้ล่ามักจะเชี่ยวชาญในการกินเหยื่อที่มีคุณสมบัติทางชีวภาพบางอย่าง (เช่น ขนาด ความเร็ว หรือพฤติกรรม) ซึ่งมีความสัมพันธ์กับอาหารของพวกมัน และด้วยเหตุนี้จึงมีความสัมพันธ์กับระดับโภชนาการ สิ่งนี้ได้รับการเสนอแนะว่าเป็นเหตุผลสำหรับความสอดคล้องกันของสายใยอาหาร[ 1 ]อย่างไรก็ตาม แบบจำลองสายใยอาหารที่อิงตามแกนนิชไม่ได้สร้างความสอดคล้องกันของโภชนาการที่สมจริง[ 1 ]ซึ่งอาจหมายความว่าคำอธิบายนี้ไม่เพียงพอ หรือจำเป็นต้องพิจารณามิตินิช หลายมิติ [ 8 ]

ความสัมพันธ์ระหว่างระดับโภชนาการและหน้าที่ของโหนดสามารถมองเห็นได้ในเครือข่ายอื่นนอกเหนือจากสายใยอาหาร รูปแสดงเครือข่ายความสัมพันธ์ของคำที่ได้มาจากหนังสือGreen Eggs and Hamโดย Dr. Seuss [ 3 ]ความสูงของโหนดแสดงถึงระดับโภชนาการ (ตามทิศทางของขอบซึ่งตรงข้ามกับทิศทางที่ลูกศรแนะนำ ซึ่งแสดงลำดับการเรียงคำในประโยค) หน้าที่ทางไวยากรณ์ของคำยังแสดงด้วยสีของโหนด มีความสัมพันธ์ที่ชัดเจนระหว่างหน้าที่ทางไวยากรณ์และระดับโภชนาการ: ระดับโภชนาการเฉลี่ยของคำนามทั่วไป (สีน้ำเงิน) คือในขณะที่ของคำกริยา (สีแดง) คือตัวอย่างนี้แสดงให้เห็นว่าความสอดคล้องหรือความไม่สอดคล้องกันของโภชนาการอาจเกิดขึ้นจากหน้าที่ของโหนด และโครงสร้างโภชนาการของเครือข่ายยังเป็นวิธีการระบุหน้าที่ของโหนดในระบบบางระบบได้อีกด้วย
การสร้างเครือข่ายที่มีความสอดคล้องกันทางโภชนาการ
มีวิธีการต่างๆ ในการสร้างเครือข่ายแบบมีทิศทางที่มีความสอดคล้องทางโภชนาการที่กำหนดไว้ โดยทั้งหมดนี้อาศัยการค่อยๆ เพิ่มเส้นเชื่อมใหม่เข้าไปในระบบทีละน้อย ในลักษณะที่ความน่าจะเป็นที่เส้นเชื่อมใหม่แต่ละเส้นจะได้รับการยอมรับนั้นขึ้นอยู่กับความแตกต่างทางโภชนาการที่คาดหวังไว้
แบบ จำลองการล่าเหยื่อแบบเลือกสรรเป็นแบบจำลองเครือข่ายวิวัฒนาการที่คล้ายกับ แบบจำลอง การยึดติดแบบเลือกสรรของBarábasi-Albertแต่ได้รับแรงบันดาลใจจากระบบนิเวศที่เติบโตผ่านการอพยพของสายพันธุ์ใหม่[ 1 ] เริ่มต้นด้วยโหนดฐานและดำเนินการแนะนำโหนดใหม่จนถึงทั้งหมดแต่ละโหนดใหม่จะได้รับเพื่อนบ้านขาเข้าแรก(สายพันธุ์เหยื่อในบริบทของห่วงโซ่อาหาร) และมีการวางขอบใหม่จากไปยังโหนดใหม่จะได้รับระดับโภชนาการชั่วคราวจากนั้นจะเลือกเพื่อนบ้านขาเข้า ใหม่สำหรับ จากในบรรดาเพื่อนบ้านในเครือข่ายตามระดับโภชนาการของพวกเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่ง สำหรับเพื่อนบ้านขาเข้าผู้สมัครใหม่ความน่าจะเป็นที่จะถูกเลือกเป็นฟังก์ชันของ Johnson et al [ 1 ]ใช้
โดยที่เป็นพารามิเตอร์ที่ใช้ปรับความสอดคล้องของห่วงโซ่อาหาร: สำหรับเครือข่ายที่มีความสอดคล้องสูงสุดจะถูกสร้างขึ้น และ จะเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตามสำหรับการเลือก เป็นไปโดยพลการ ความเป็นไปได้หนึ่งคือการตั้งค่า เป็น โดยที่คือจำนวนโหนดที่มีอยู่แล้วในเครือข่ายเมื่อมาถึง และคือตัวแปรสุ่มที่ได้จากการแจกแจงแบบเบต้า ที่มีพารามิเตอร์และ
( โดยเป็นจำนวนขอบที่ต้องการ) ด้วยวิธีนี้โมเดลแคสเคดทั่วไป[ 9 ] [ 10 ]จะถูกกู้คืนในขีดจำกัดและการกระจายระดับดีกรีจะเป็นเช่นเดียวกับในโมเดลนิช[ 11 ]และโมเดลนิชทั่วไป[ 10 ] อัลกอริทึมนี้ ดังที่อธิบายไว้ข้างต้น จะสร้างเครือข่ายที่ไม่มีวงจร (ยกเว้นวงจรตัวเอง หากโหนดใหม่ถูกพิจารณาว่าเป็นเพื่อนบ้านขาเข้าที่เป็นไปได้) เพื่อให้วงจรที่มีความยาวทุกระดับเป็นไปได้ เราสามารถพิจารณาขอบผู้สมัครใหม่ที่โหนดใหม่เป็นเพื่อนบ้านขาเข้า เช่นเดียวกับขอบที่โหนดใหม่จะเป็นเพื่อนบ้านขาออก ความน่าจะเป็นของการยอมรับขอบเหล่านี้ จะขึ้นอยู่กับ
แบบ จำลองการล่าเหยื่อแบบเลือกทั่วไป[ 6 ]คล้ายกับแบบที่อธิบายไว้ข้างต้น แต่มีข้อดีบางประการ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง สามารถวิเคราะห์ได้ง่ายกว่า และสามารถสร้างเครือข่ายที่มีจำนวนขอบที่แน่นอนได้เครือข่ายเริ่มต้นด้วยโหนดฐาน จากนั้นจะเพิ่มโหนดใหม่เพิ่มเติมในลักษณะต่อไปนี้ เมื่อแต่ละโหนดเข้าสู่ระบบ จะมีการสุ่มเลือกเพื่อนบ้านขาเข้าหนึ่งรายจากจำนวนที่มีอยู่แล้ว ทุกโหนดจะมีระดับโภชนาการชั่วคราวเป็นจำนวนเต็ม ขอบ ที่เหลือจะถูกแนะนำดังต่อไปนี้ แต่ละคู่ของโหนดจะมีระยะทางโภชนาการชั่วคราวสองระยะที่เกี่ยวข้องและแต่ละขอบผู้สมัครเหล่านี้จะได้รับการยอมรับด้วยความน่าจะเป็นที่ขึ้นอยู่กับระยะทางชั่วคราวนี้ Klaise และ Johnson [ 6 ]ใช้
เนื่องจากพบว่าการกระจายของระยะห่างทางโภชนาการในเครือข่ายหลายประเภทมีลักษณะใกล้เคียงกับ การกระจายแบบ ปกติและการเลือกนี้จะนำไปสู่ช่วงของพารามิเตอร์ที่เมื่อมีการเพิ่มขอบทั้งหมดแล้ว จะต้องคำนวณระดับโภชนาการของโหนดทั้งหมดใหม่ เนื่องจากระดับเหล่านี้จะแตกต่างจากระดับชั่วคราวที่กำหนดไว้ในตอนแรก เว้นแต่เช่นเดียวกับแบบจำลองการล่าเหยื่อแบบเลือก พารามิเตอร์ความไม่สอดคล้องกันโดยเฉลี่ยของเครือข่ายที่ได้จะเป็นฟังก์ชันที่เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องของสำหรับรูปด้านบนแสดงเครือข่ายสองเครือข่ายที่มีความสอดคล้องกันทางโภชนาการต่างกันซึ่งสร้างขึ้นด้วยอัลกอริทึมนี้
ลิงก์ภายนอก
- ทำไมระบบนิเวศขนาดใหญ่ถึงไม่ล่มสลายไปเสียก่อน?
- ความไร้วงวน
- ความสอดคล้องกันของห่วงโซ่อาหารอาจช่วยไขปริศนาการอยู่ร่วมกันภายในระบบนิเวศที่ซับซ้อนได้
- ความสอดคล้องทางโภชนาการอธิบายได้ว่าทำไมเครือข่ายจึงมีวงจรป้อนกลับน้อยและมีความเสถียรสูง
- เว็บไซต์ของซามูเอล จอห์นสัน
- เว็บไซต์ของนิค โจนส์
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ความสอดคล้องทางโภชนาการ
ความสอดคล้องทางโภชนาการเป็นคุณสมบัติของกราฟแบบมีทิศทาง(หรือเครือข่าย แบบมีทิศทาง ) โดยอิงจากแนวคิดของระดับโภชนาการที่ใช้เป็นหลักในนิเวศวิทยา...
คำนิยาม
พิจารณาเครือข่ายแบบมีทิศทางซึ่งกำหนดโดย เมทริกซ์ความประชิด แต่ละโหนดสามารถกำหนด ระดับโภชนาการ ได้ตาม เอ็น × เอ็น {\displaystyle N\times N} เอ = ( เอ ฉัน เจ ) {\displaystyle A=(a_{ij})} ฉัน {\displaystyle i} ส ฉัน {\displaystyle s_{i}}
ความสอดคล้องทางโภชนาการในธรรมชาติ
ระดับความสอดคล้อง (หรือไม่สอดคล้อง) ทางโภชนาการของเครือข่ายเชิงประจักษ์สามารถตรวจสอบได้โดยการเปรียบเทียบกับ แบบจำลองว่าง ซึ่งได้มาจาก กลุ่มฐาน ซึ่งประกอบด้วยเครือข่ายที่โหนดที่ไม่ใช่ฐานทั้งหมดมีสัดส่วนของโหนดฐานเท่ากันสำหรับเพื่อนบ้านขาเข้า [ 3 ]...
ระดับโภชนาการและหน้าที่ของข้อต่อ
ยังคงมีความเข้าใจน้อยมากเกี่ยวกับกลไกที่อาจนำไปสู่เครือข่ายบางประเภทที่มีความสอดคล้องกันหรือขาดความสอดคล้องกันอย่างมีนัยสำคัญ [ 3 ] อย่างไรก็ตาม ในระบบที่มีความสัมพันธ์ระหว่างระดับโภชนาการและคุณลักษณะอื่นๆ ของโหนด...