เรือโฮแกน ได้รับการนำกลับมา ประจำการอีกครั้งเมื่อวันที่ 7 สิงหาคม 1940 และได้รับการดัดแปลงให้เป็น เรือกวาดทุ่นระเบิดความเร็วสูงที่ อู่ต่อ เรือมาเรไอส์แลนด์โดยได้รับการจัดประเภทใหม่เป็นDMS-6ภารกิจของเรือจนถึงช่วงสงครามโลกครั้งที่สองส่วนใหญ่ประกอบด้วยการฝึกกวาดทุ่นระเบิดอย่างเข้มข้นและการลาดตระเวนในทะเลแคริบเบียนและตามแนวชายฝั่งตะวันออก

ในช่วงต้นสงครามโฮแกนทำหน้าที่คุ้มกันขบวนเรือในทะเลแคริบเบียนและมหาสมุทรแอตแลนติกตะวันออก ปกป้องการขนส่งสินค้าจาก การโจมตีของ เรือดำน้ำเยอรมันปฏิบัติการสำคัญครั้งแรกที่เธอเข้าร่วมคือการบุกแอฟริกาเหนือในช่วงปลายปี 1942 สำหรับการโจมตีสะเทิงน้ำสะเทิงบกครั้งสำคัญนี้ ซึ่งครอบคลุมมหาสมุทรทั้งหมดโฮแกนออกเดินทาง จาก นอร์ฟ อล์กใน วันที่ 24 ตุลาคม และมาถึงพร้อมกับกองกำลังกลางนอกชายฝั่งเฟดฮาลาเพื่อทำการกวาดล้างเบื้องต้นในวันที่ 7 พฤศจิกายน เมื่อการยกพลขึ้นบกเริ่มต้นขึ้นในเช้าวันรุ่งขึ้น เรือกวาดทุ่นระเบิดยังคงลาดตระเวนในพื้นที่ขนส่งที่สำคัญต่อไป หลังจากเวลา 05:00 น. เล็กน้อย เธอถูกส่งไปตรวจสอบแสงไฟประหลาดและพบ เรือกลไฟ ฝรั่งเศสและเรือคุ้มกันโฮแกนสั่งให้เรือทั้งสองลำถอยกลับ และเมื่อไม่ปฏิบัติตามคำสั่ง เธอจึงยิงปืนกลใส่หัวเรือคุ้มกัน เรือวิคตอเรียตอบโต้ด้วยการยิงของตนเองและพยายามพุ่งชนเรือกวาดทุ่นระเบิด แต่เรือโฮแกนหลบหลีกได้และใช้ ปืน ขนาด 20  มม.บังคับให้เรือวิคตอเรียยอมจำนน

ในวันต่อมา เรือกวาดทุ่นระเบิดยังคงลาดตระเวนต่อต้านเรือดำน้ำนอกชายฝั่งเฟดฮาลา เพื่อค้นหาเรือดำน้ำที่โจมตีเรือขนส่งเมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน เรือเข้าเทียบ ท่าเรือ คาซาบลังกาในวันที่ 18 พฤศจิกายน การบุกโจมตีประสบความสำเร็จ และหลังจากเสร็จสิ้นภารกิจลาดตระเวนก็แล่นไปยังนอร์ฟอล์ก โดยมาถึงในวันที่ 26 ธันวาคม

ต่อมา เรือโฮแกนกลับไปปฏิบัติหน้าที่คุ้มกันขบวนเรือชายฝั่งจนถึงเดือนพฤศจิกายน ปี 1943 เธอออกเดินทางจากนอร์ฟอล์กในวันที่ 13 พฤศจิกายนเพื่อเข้าร่วมกองเรือแปซิฟิกผ่านคลองปานามาและมาถึงเกาะมาเรในวันที่ 5 ธันวาคม เรือกวาดทุ่นระเบิดลำนี้มีความจำเป็นสำหรับระยะแรกของปฏิบัติการรุกคืบเกาะต่างๆ มุ่งหน้าสู่ญี่ปุ่นการบุกหมู่ เกาะ มาร์แชลล์และออกเดินทางไปยังเพิร์ลฮาร์เบอร์และควาจาเลนในวันที่ 16 มกราคม ปี 1944 เรือโฮแกนทำการลาดตระเวนต่อต้านเรือดำน้ำนอกชายฝั่งเกาะรอยก่อนที่จะออกเดินทางในวันที่ 4 กุมภาพันธ์ไปยังเอสปิริตูซานโตซึ่งเธอมาถึงในวันที่ 27 กุมภาพันธ์

หลังจากปฏิบัติหน้าที่คุ้มกันขบวนเรืออีกช่วงหนึ่งเรือโฮแกนเดินทางมาถึงอ่าวมิลน์ในวันที่ 7 เมษายน เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับปฏิบัติการฮอลแลนเดียกลุ่มเรือโจมตีออกเดินทางในวันที่ 18 เมษายน และมาถึงอ่าวฮัมโบลต์ในอีกสี่วันต่อมาเรือโฮแกนและเรือกวาดทุ่นระเบิดลำอื่นๆ ได้กวาดทุ่นระเบิดของข้าศึกให้กับกองกำลังบุกของพลเรือเอกแดเนียล บาร์บีย์หลังจากนั้นเรือก็ทำการระดมยิงชายฝั่งและปฏิบัติหน้าที่คุ้มกัน เธอเดินทางมาถึงแหลมซูเดสต์พร้อมกับเรือ HMAS เวสทราเลีย ในวันที่ 25 เมษายน

เรือโฮแกนออกเดินทางจากเอนิเวทอคเมื่อวันที่ 10 มิถุนายน เพื่อทำการลาดตระเวนเบื้องต้นรอบเกาะไซปันเพื่อเตรียมการบุกโจมตีที่จะเกิดขึ้น เรือยังคงประจำการอยู่นอกชายฝั่งไซปันระหว่างการโจมตีเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน โดยถูกยิงจากฝั่งของศัตรู และได้เคลื่อนไปยังเกาะกวมในวันถัดมา ขณะที่กองเรือญี่ปุ่นเคลื่อนตัวไปยังหมู่เกาะมาเรียนาสเพื่อทำการรบทางทะเลครั้งสำคัญเรือโฮแกนได้กลับไปยังไซปันเพื่อคุ้มครองเรือขนส่ง ในการรบทางเรือครั้งใหญ่ที่เกิดขึ้นระหว่างวันที่ 19-20 มิถุนายน กองเรืออเมริกันได้รับชัยชนะอย่างน่าทึ่ง ทำลายกองทัพอากาศนาวีของญี่ปุ่น และทำให้ปฏิบัติการในหมู่เกาะมาเรียนาสปลอดภัยจากการแทรกแซง เรือโฮแกนกลับไปยังฐานทัพที่เอนิเวทอคเมื่อวันที่ 30 มิถุนายน แต่กลับไปยังเกาะกวมอีกครั้งในวันที่ 12 กรกฎาคม เพื่อปฏิบัติหน้าที่คุ้มกันและกวาดทุ่นระเบิดสำหรับการโจมตีที่นั่น เรือมาถึงเกาะเอสปิริตูซานโตเมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 1944

หลังจากเสร็จสิ้นภารกิจคุ้มกันในหมู่เกาะโซโลมอนเรือโฮแกนได้แล่นผ่านเพิร์ลฮาร์เบอร์ไปยังซานฟรานซิสโกเพื่อซ่อมแซม โดยมาถึงในวันที่ 5 ตุลาคม เมื่อการยึดฟิลิปปินส์คืนมีความคืบหน้า เรือจึงแล่นออกจากซานฟรานซิสโกในวันที่ 6 พฤศจิกายน และมาถึง พื้นที่เตรียมการที่ มานัส ในวันที่ 4 ธันวาคม 1944 ก่อนวันคริสต์มาสเรือโฮแกนได้เคลื่อนไปยังอ่าวเลย์เต และ ออกปฏิบัติการร่วมกับกลุ่มเรือกวาดทุ่นระเบิดและอุทกศาสตร์ในวันที่ 2 มกราคม 1945 การโจมตี แบบพลีชีพเริ่มขึ้นหลังจากนั้นไม่นาน และดำเนินต่อไปตลอดการเดินทางไปยังอ่าวลิงกาเยนเรือกวาดทุ่นระเบิดเข้าสู่พื้นที่รุกรานในวันที่ 2 มกราคม และเริ่มปฏิบัติการกวาดทุ่นระเบิด เรือกวาดทุ่นระเบิดสี่ลำถูกจมหรือได้รับความเสียหาย และ พลปืน ของ เรือ โฮแกนก็ยุ่งอยู่กับการโจมตีเครื่องบินรบ เมื่อปฏิบัติการดำเนินไปได้ด้วยดี เรือก็มาถึงอ่าวเลย์เตในวันที่ 16 มกราคม

หลังจากเกษียณไปอยู่ที่เกาะทิเนียนแล้วโฮแกนก็ออกเดินทางอีกครั้งในวันที่ 7 กุมภาพันธ์ เพื่อเข้าร่วมในการโจมตีครั้งสำคัญที่อิโวะจิมะในระหว่างปฏิบัติการนี้ เธอได้กวาดทุ่นระเบิด คุ้มกันเรือขนส่ง และทำการระดมยิงชายฝั่ง ก่อนที่จะออกเดินทางพร้อมกับกลุ่มเรือรบและเรือคุ้มกันในวันที่ 7 มีนาคม เดินทางถึงเพิร์ลฮาร์เบอร์ในวันที่ 13 เมษายน ผ่านทางอูลิติ จากนั้น เธอก็เดินทางต่อไปยังซานดิเอโกในวันที่ 3 พฤษภาคม 1945

เรือ โฮแกนได้รับการซ่อมแซมครั้งใหญ่และจัดประเภทใหม่เป็นAG-105เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน 1945 เรือลำนี้ถูกใช้เป็นเรือเป้าหมายสำหรับการทดสอบการทิ้งระเบิดและถูกจมลงนอกชายฝั่งซานดิเอโกเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 1945