เรือจาคอบ เบลล์แล่นไปยังแม่น้ำโปโตแมค ทันที และในวันรุ่งขึ้นก็ได้เข้าร่วมกับเรือกลไฟยูเอสเอสไอซ์ โบ๊ท (ค.ศ. 1861)  ในการยิง ปืนใหญ่ใส่ป้อมปืนของฝ่าย สัมพันธมิตรที่ปากแม่น้ำโปโตแมคครีก เรือลำนี้ยังคงอยู่ในแม่น้ำโปโตแมคเพื่อบังคับใช้การปิดล้อม ชายฝั่ง เวอร์จิเนียตรวจตราตามแนวชายฝั่งของแม่น้ำโปโตแมคและลำน้ำสาขาเพื่อค้นหาป้อมปราการของฝ่ายสัมพันธมิตร และยิงปืนใหญ่ใส่ป้อมปืนใดๆ ที่พบ

ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1862 จาคอบ เบลล์ได้เดินทางไปกับเรือของฝ่ายสหภาพอีก 5 ลำไปยังแม่น้ำแรปปาแฮน็อกเพื่อรวบรวมข้อมูลให้กับพลตรีจอร์จ บี. แมคเคลแลนซึ่งในขณะนั้นกำลังเริ่มปฏิบัติการรุกคืบในคาบสมุทรไอบีเรียและกำลังพิจารณาถึงข้อได้เปรียบที่อาจเกิดขึ้นจากการสร้างหัวหาดแห่งที่สอง เรือของฝ่ายสหภาพล่องขึ้นไปตามแม่น้ำแรปปาแฮน็อกจนถึงเมืองแทปปาแฮน็อก ( เออร์บานา ) รัฐเวอร์จิเนียซึ่ง อยู่ห่างจาก เมืองริชมอนด์ รัฐเวอร์จิเนียทางบก 50 ไมล์

เรือจาคอบ เบลล์เข้าไปเกี่ยวข้องกับกิจการของกองทัพโพโทแมคของนายพลแมคเคลแลน อย่างใกล้ชิดยิ่งขึ้น เมื่อถูกย้ายไปประจำการในกองเรือปิดล้อมแอตแลนติกเหนือเพื่อปฏิบัติหน้าที่ในแม่น้ำเจมส์ เรือ เดินทางมา ถึง แฮมป์ตันโรดส์ในวันที่ 28 พฤษภาคม และในวันรุ่งขึ้นได้เดินทางต่อไปยังป้อมโพวาตัน พร้อมกับ เรือยูเอสเอสมาฮาสกา (1861)  คณะสำรวจที่ขึ้นฝั่งในวันที่ 30 พฤษภาคม ไม่พบหลักฐานว่าป้อมถูกยึดครอง ในวันถัดมาเรือยูเอสเอส อารูสตูก (1861)ได้เข้าร่วมกับเรือทั้งสองลำในการล่องขึ้นไปตามแม่น้ำเจมส์ จนถึงจุดที่อยู่ห่างจากดรูว์รีส์บลัฟฟ์ ไป 3 ไมล์ โดยไม่พบสิ่งกีดขวางหรือป้อมปืนใดๆ บนเส้นทาง แต่ได้รับความรำคาญจากพลปืนที่ฝั่งซ้ายของแม่น้ำ เรือทั้งสามลำจึงรีบกลับไปยังจุดจอดเรือนอกเกาะเทอร์กีย์  

ข้อความจากนายพลแมคเคลแลน ผู้ซึ่งกำลังสู้รบในยุทธการเซเว่นไพน์สมาถึงไม่กี่นาทีหลังเที่ยงคืนของวันที่ 2 มิถุนายน โดยขอความช่วยเหลือจากกองทัพเรือ เรือ จาคอบ เบลล์พร้อมด้วยเรืออีกห้าลำ ได้ออกเดินทางขึ้นไปต้นน้ำในตอนรุ่งสาง แต่ถูกขัดขวางไม่ให้ไปถึงริชมอนด์ รัฐเวอร์จิเนียโดยสิ่งกีดขวางที่เตรียมไว้อย่างรอบคอบที่ดรูว์รีส์บลัฟฟ์ อย่างไรก็ตาม กองทัพเรือได้ตัดสินใจอย่างชาญฉลาดที่จะอยู่ประจำการในแม่น้ำเจมส์ตอนบน ซึ่งการสนับสนุนของกองทัพเรือในอีกหนึ่งเดือนต่อมาได้ช่วยกองทัพโพโทแมคให้รอดพ้นจากการถูกทำลายในตอนท้ายของยุทธการเจ็ดวัน อันชาญฉลาดของลี

ในขณะเดียวกันเรือจาคอบ เบลล์ก็ปฏิบัติหน้าที่อย่างไม่รู้จักเหน็ดเหนื่อยเพื่อสนับสนุนฝ่ายสหภาพ โดยทำการโจมตีปืนใหญ่และลาดตระเวนบนฝั่ง สำรวจลำน้ำสาขาในดินแดนที่เป็นศัตรู และรักษาการติดต่อสื่อสารตลอดแนวแม่น้ำ เรือลำนี้ปฏิบัติหน้าที่อันมีค่านี้ต่อไปจนกระทั่งถูกย้ายกลับไปยังกองเรือโปโต แมค โดยออกเดินทางจากป้อมมอนโรไปยังวอชิงตัน ดี.ซี.ในวันที่ 2 กันยายน

ตลอดช่วงที่เหลือของสงคราม เรือจาคอบ เบลล์ให้ความสำคัญกับการป้องกันกรุงวอชิงตันเป็นหลัก โดยสลับกันประจำการในแม่น้ำโปโตแมคและแม่น้ำแรปปาแฮน็อกตามสถานการณ์การสู้รบอันดุเดือดระหว่างนายพลโรเบิร์ต อี. ลีและกองทัพโปโตแมค ในขณะเดียวกัน หน้าที่ในการปิดล้อมทางทะเลของเธอก็ได้รับการปฏิบัติอย่างเชี่ยวชาญและทุ่มเท เธอสามารถยึด เรือชูชีพโลหะ ชื่อ ซีเอฟ วอร์ดซึ่งบรรทุกสินค้าผิดกฎหมายได้เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม และทำลายเรือใบ สองลำ เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน ขณะปฏิบัติ ภารกิจ ลาดตระเวนขึ้นไปตามลำน้ำโนมินีรัฐเวอร์จิเนีย เมื่อวันที่ 23 สิงหาคม ค.ศ. 1863 เธอสามารถจับเรือใบโกลเด้น ลีฟที่พยายามลักลอบเข้าไปในลำน้ำโฮซิเออร์รัฐเวอร์จิเนีย พร้อมสินค้าเป็นน้ำตาลได้ และยังยึดเรือได้อีกสองลำในปี ค.ศ. 1864

ในช่วงระหว่างการชิงชัย การปฏิบัติหน้าที่ปิดล้อมก็มีความหลากหลาย ทั้งการยิงปืนใหญ่ตามแนวชายฝั่งและการส่งหน่วยเรือขึ้นฝั่งเพื่อทำลายทรัพย์สินของฝ่ายสัมพันธมิตร

โทมัส เนลสัน คอนราดสอดแนมและสายลับของฝ่ายสัมพันธมิตรถูกจับกุมโดยกลุ่มที่ขึ้นฝั่งจากเรือจาคอบ เบลล์ในคืนวันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2308 ^{[ 2 ]}