เรือนีน่าปฏิบัติหน้าที่เป็นเรือลากจูงในอู่ต่อเรือวอชิงตันและโรงงานผลิตปืนใหญ่ของกองทัพเรือในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. จนถึงเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1869 จากนั้นจึงถูกดัดแปลงเป็นเรือตอร์ปิโดเธอได้รับการประจำการใหม่ในฐานะเรือตอร์ปิโดเมื่อวันที่ 31 มีนาคม ค.ศ. 1870 และจากนั้นก็ออกเดินทางไปยังนิวพอร์ต รัฐโรดไอส์แลนด์ซึ่งเธอมาถึงสถานีทหารเรือนิวพอร์ตเมื่อวันที่ 14 เมษายน ค.ศ. 1870 เธอปฏิบัติหน้าที่เป็นเรือตอร์ปิโดที่นิวพอร์ตจนถึงปี ค.ศ. 1883

เรือนีน่าได้รับการปรับปรุงใหม่ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1884 เพื่อปฏิบัติภารกิจพิเศษ และต่อมาได้ปฏิบัติการกู้ซากเรือปืนล้อข้างUSS Tallapoosaซึ่งจมลงในอ่าว Vineyardนอกชายฝั่ง รัฐแมสซา ชูเซตส์ ตั้งแต่เดือนสิงหาคมถึงตุลาคม ค.ศ. 1884 ระหว่างปี ค.ศ. 1885 ถึง 1889 เรือนีน่าได้ปฏิบัติหน้าที่ในหลายบทบาทที่อู่ต่อเรือนิวยอร์ก และจากนั้นก็กลับมาปฏิบัติการที่นิวพอร์ตอีกครั้งระหว่างปี ค.ศ. 1890 ถึง 1891 

เมื่อวันที่ 12 มีนาคม ค.ศ. 1891 เรือนีน่าออกเดินทางจากอู่ต่อเรือนิวยอร์ก โดยลากเรือกลไฟติดอาวุธ ที่ปลดประจำ การแล้ว อย่างเรือ ยูเอสเอสกาเลนา  มุ่ง หน้าไปยังอู่ต่อเรือพอร์ตสมัธในเมืองคิตเทอรี รัฐเมนซึ่งเรือกาเลนาจะได้รับการติดตั้งหม้อไอน้ำ ใหม่ อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 13 มีนาคม ค.ศ. 1891 เรือทั้งสองลำได้เกยตื้นในหมอกบนชายหาด ห่างจาก เกย์เฮดบน เกาะ มาร์ธาส์วินยาร์ด นอกชายฝั่งรัฐแมสซาชูเซตส์ ไปทางใต้ ประมาณ 1 ไมล์ (1.6 กิโลเมตร)เรือทั้งสองลำได้รับการกู้ขึ้นมาได้ในอีกไม่กี่วันต่อมา เรือกาเลนาถูกพิจารณาว่าไม่คุ้มค่าที่จะซ่อมแซม แต่เรือนีน่าได้รับการซ่อมแซมและกลับมาใช้งานได้อีกครั้ง 

ในปี 1892 นีน่าถูกย้ายไปประจำการที่อู่ต่อเรือนิวยอร์กเพื่อปฏิบัติหน้าที่เดิม โดยทำงานด้านอู่ต่อเรือและให้บริการลากจูงอยู่ที่นั่นเป็นเวลาหนึ่งทศวรรษ

เมื่อวันที่ 8 ตุลาคม ค.ศ. 1902 เรือนีน่าได้รับการประจำการอีกครั้งในฐานะเรือสนับสนุนเรือตอร์ปิโดและเรือเสบียงสำหรับกองเรือตอร์ปิโดในช่วงการฝึกซ้อมฤดูหนาวในทะเลแคริบเบียนเธอเดินทางกลับไปยังอู่ต่อเรือนิวยอร์กเมื่อวันที่ 15 มีนาคม ค.ศ. 1903 และปลดประจำการเมื่อวันที่ 21 มีนาคม ค.ศ. 1903 โดยกลับไปทำหน้าที่ลากจูงในอู่ต่อเรืออีกครั้ง ต่อ มาเรือ นีน่าถูกยืมตัวไปยังกรมประภาคารเพื่อตรวจสอบเครื่องหมายนำทางใกล้กับ น่านน้ำ เปอร์โตริโกเพื่อปกป้องกองเรือในระหว่างการฝึกซ้อมฤดูหนาวตั้งแต่เดือนตุลาคม ค.ศ. 1903 ถึงเมษายน ค.ศ. 1904 เธอได้รับการประจำการอีกครั้งเมื่อวันที่ 9 กันยายน ค.ศ. 1905 สำหรับภารกิจพิเศษกับคณะกรรมการตรวจสอบและสำรวจที่เมืองร็อกแลนด์รัฐเมน

เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม 1905 เรือนีน่าได้รับคำสั่งให้ดัดแปลงเป็นเรือ สนับสนุน เรือดำน้ำ ต่อมา เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 1906 เธอเดินทางมาถึง สถานีตอร์ปิโดของกองทัพเรือที่นิวพอร์ต และหลังจากปฏิบัติหน้าที่เป็นเวลาหนึ่งปี เธอได้รับมอบหมายให้เป็นเรือสนับสนุนเรือตอร์ปิโดสำหรับกองเรือตอร์ปิโดที่ 1ในช่วงสี่ปีต่อมา เธอได้ปฏิบัติภารกิจร่วมกับ กอง เรือดำน้ำที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นของกองทัพเรือสหรัฐฯในปฏิบัติการชายฝั่งบุกเบิกตามแนวชายฝั่งตะวันออกของสหรัฐฯตั้งแต่นิวพอร์ตไปจนถึงแอนนาโพลิส รัฐแมริแลนด์และนอร์ฟอล์ก รัฐเวอร์จิเนียตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม 1908 ถึง 22 กุมภาพันธ์ 1909 เธอได้เข้าร่วมในพิธีสวนสนามทางทะเลครั้งใหญ่ที่แฮมป์ตันโรดส์รัฐเวอร์จิเนีย หลังจากกองเรือเกรทไวท์ฟลีท เดินทางกลับ จากการเดินทางรอบโลก และเข้าร่วมการฝึกซ้อมกับเรือดำน้ำนอกชายฝั่งรัฐเวอร์จิเนีย

เมื่อเวลา 06:30 น. ของวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 1910 เรือนีน่าออกเดินทางจากนอร์ฟอล์กมุ่งหน้าไปยังบอสตันรัฐแมสซาชูเซตส์ และถูกพบเห็นครั้งสุดท้ายนอกชายฝั่งแหลมเชซาพีคท่ามกลางพายุหลังจากนั้นก็ไม่มีใครได้ยินข่าวคราวของเรือลำนี้อีกเลย เรือถูกประกาศว่าสูญหายและถูกถอดออกจากรายชื่อเรือของกองทัพเรือเมื่อวันที่ 15 มีนาคม 1910 โดยลูกเรือ 30 คนและเจ้าหน้าที่อีก 1 คนบนเรือถูกระบุว่าเสียชีวิตในวันนั้น